Новый рекомбинантный вариант субтипа envВ/envА

Новый рекомбинантный
вариант субтипа envВ/envА
ВИЧ-1, выделенный в
Новосибирске
Н.М. Гашникова, А.В. Тотменин, Е.Ф. Бочаров*,
А.Г. Покровский
Институт молекулярной биологии Государственного
Научного Центра Вирусологии и Биотехнологии
"Вектор»
*Новосибирский Областной Центр по профилактике и
борьбе со СПИД и другими инфекционными
заболеваниями
Лаборатория ретровирусов
N
К
ЦЕЛЬ РАБОТЫ
Исследование генетической гетерогенности
вариантов ВИЧ-1, распространенных на
территории Новосибирской области
СХЕМА ПРОВЕДЕНИЯ ГЕТЕРОДУПЛЕКСНОГО АНАЛИЗА
Исследуемые образцы
провирусной ДНК ВИЧ-1
LTR
gag
pol
Стандартные плазмиды,
содержащие фрагменты гена env
ВИЧ-1, относящиеся к
различным субтипам
env
LTR
env A
env B
env C
I ПЦР
env A
env B
env C
env
II ПЦР
env A
env
env C
env B
Денатурация
фрагментов
Быстрая ренатурация
гетеродуплексы
гомодуплексы
Анализ фрагментов в ПААГ по подвижности
Распространение субтипов ВИЧ-1 в Новосибирской
области в разные периоды развития эпидемического
процесса
A
B
53,3%
A
B/A
C
D
72,5%
G
1987 – 1998 г.
1999-2000 г.
95,7%
A
B
2002 г.
Лаборатория ретровирусов
C
100
90
80
70
60
50
40
30
20
10
0
1987-1998 1999-2000
2002
Выявляемость вариантов ВИЧ-1 субтипа А в
группе риска лиц, употребляющих наркотические
вещества внутривенно (%)
Анализ нуклеотидной последовательности области
гена
основного
белка
оболочки
(env)
наиболее
распространенного в Новосибирской области варианта
субтипа А ВИЧ-1
A.RU15.BSE1
A.RU.15BSE1
100
Уровень гомологии
позиция в нуклеотидной последовательности
Определение гомологии нуклеотидной последовательности гена
env варианта А.RU.15BSE1 ВИЧ-1 с представителями различных
субтипов ВИЧ-1.
Лаборатория ретровирусов
A.KE.94.Q23
A.UG.92.92UG037
A.SE.94.SE7253
A.UG.85.U455
02 AG.NG.-.IBNG
02 AG.GH.-.G829
02 AG.FR.91.DJ263
02 AG.FR.91.DJ264
A.RU.15BSE1*
96UA23*
93UA13*
03 BA.RU.B2*
96UA25C2V5*
UKR970063*
97BL006*
UA1127-24*
D.UG.94.94UG1141
D.CD.83.ELI
D.CD.84.84ZR085
B.US.83.RF
B.US.90.WEAU160
JS4/24
SF162
B.US.86.JRFL
B.FR.83.HXB2
03 AB.RU.98.RU98001
03 AB.RU.-.KAL153-2
UKR1216
C.ET.86.ETH2220
C.BR.92.92BR025
C.BW.96.96BW0502
C.BW.96.96BW17B03
F1.FI.93.FIN9363
F1.BE.93.VI850
F1.BR.93.93BR020.1
K.CM.96.MP535
K.CD.97.EQTB11C
F2.CM.95.MP255
F2.CM.95.MP257
J.SE.93.SE7022
J.SE.94.SE7887
G.BE.96.DRCBL
G.FI.93.HH8793-1.1
G.NG.92.92NG083
G.SE.93.SE6165
H.BE.-.VI997
H.CF.90.90CF056
A
D
B
C
F
K
F
J
G
H
0.1
Филогенетический анализ нуклеотидной последовательности
фрагмента гена env варианта А.RU15BSE1 ВИЧ-1. Звездочками
обозначены
последовательности
вариантов
ВИЧ-1,
циркулирующие на территории России.
Анализ электрофоретической подвижности гетеродуплексов
Лаборатория ретровирусов
03BA.RU.B2
Позиция в нуклеотидной последовательности
Оценка уровня гомологии нуклеотидной последовательности гена env
рекомбининтного варианта 03ВА.RU.В2 ВИЧ-1 с нуклеотидными
последовательностями ВИЧ-1 различных субтипов
Лаборатория ретровирусов
0.1
AUG.85.U.456
A.KE.94.Q23
A.SE.94.SE7253
A.UG.92.92UG037
03 BA.RU.B2*
UKR970063*
97BL006*
UA1127-24*
H.BE.-.VI997
H.CF.90.90CF056
B.US.90.WEAU160
B.US.83.RF
SF162
B.FR.83.HXB2
B.US.86.JRFL
03AB.RU – KAL152
03 AB.RU.-.KAL153-2
UKR1216
D.UG.94.94UG1141
D.CD.83.ELI
D.CD.84.84ZR085
K.CD.97.EQTB11C
K.CM.96.MP535
F1.BE.93.VI850
F1.FI.93.FIN9363
F2.CM.95.MP255
F2.CM.95.MP257
C.BW.96.96BW0502
C.BR.92.92BR025
C.ET.86.ETH2220
G.FI.93.HH8793-1.1
G.BE.96.DRCBL
G.NG.92.92NG083
J.SE.93.SE7022
J.SE.94.SE7887
A
H
B
D
K
F
C
G
J
Филогенетический анализ нуклеотидной последовательности гена env
рекомбининтного варианта 03.ВА.RUВ2 ВИЧ-1, кодирующей область
C2
–
V5
гликопротеина
gp120.
Звездочками
обозначены
последовательности вариантов ВИЧ-1, циркулирующие на территории
России.
F2.CM.95.MP257
A.UG.85.U455
A.UG.92.92UG037
A.KE.94.Q23
A.SE.94.SE7253
97BL006*
UA1127-24*
UKR970063*
А
03 BA.RU.B2*
B.US.90.WEAU160
B.FR.83.HXB2
B.US.86.JRFL
B.US.83.RF
SF162
03 AB.RU.98.RU98001*
03 AB.RU.-.KAL153-2*
UKR1216*
D.UG.94.94UG1141
D.CD.83.ELI
D.CD.84.84ZR085
G.BE.96.DRCBL
G.FI.93.HH8793-1.1
G.NG.92.92NG083
J.SE.93.SE7022
J.SE.94.SE7887
C.BW.96.96BW0502
C.BR.92.92BR025
C.ET.86.ETH2220
H.BE.-.VI997
H.CF.90.90CF056
F2.CM.95.MP255
F1.BE.93.VI850
F1.FI.93.FIN9363
K.CD.97.EQTB11C
K.CM.96.MP535
0.1
В
D
G
J
C
H
F
K
Филогенетический анализ нуклеотидной последовательности
гена env рекомбининтного варианта 03.ВА.RUВ2 ВИЧ-1,
кодирующей область V1 – C2 гликопротеина gp120.
Звездочками обозначены последовательности вариантов ВИЧ1, циркулирующие на территории России.
11 13
25
NA/EU.conA*CTRPNNNTRKSIHI . . GPGRAFVTTGE I IGD I RQAHC
A.RU15BSE1 CI RPGNNTRT SIRI . . GPGQTFYATGDVIGD I RKH IN
03ВA.RU.B2 CI RPGNNTRT SIRI . . GPGQTFYATGDVIGD I RKAYC
ГКВ4046** CTRPNNNTRKKIRIQRGPGRAFYT IGK . IGNMRQAHC
* - консенсусная последовательность аминокислот V-3 петли
для субтипа А ВИЧ-1
** - последовательность аминокислот штамма ВИЧ-1 субтипа В
Анализ аминокислотной последовательности V3-петли
вариантов A.RU15BSE1 и 03BA.RU.B2 ВИЧ-1
ВЫВОДЫ
• Исследована динамика распространения субтипов ВИЧ-1
в Новосибирской области. Показано, что на данной
территории преобладающее распространение получил
субтип А ВИЧ-1.
• Определена нуклеотидная последовательность наиболее
распространенного на территории Новосибирской области
варианта ВИЧ-1 субтипа А.
• Обнаружен и охарактеризован ранее не описанный
рекомбинантный вариант субтипа envB/envA ВИЧ-1 с
участком рекомбинации внутри второго консервативного
района С2 гена env.
• Филогенетический анализ нуклеотидных
последовательностей выделенных вариантов вируса
выявил их генетическую близость к изолятам ВИЧ-1,
циркулирующим на территории Украины.
Лаборатория ретровирусов
Благодарим за помощь при проведении
исследований
сотрудников Новосибирского
Областного Центра по профилактике и
борьбе со СПИД и другими
инфекционными заболеваниями
Орловского Владимира Геннадьевича
Гладкого Петра Алексеевича
Топчина Юрия Андреевича