брошюру PDF
advertisement
Геномный секвенатор Ion PGM tm Полногеномный секвенатор Ion Proton tm Малые геномы Наборы генов Малые РНК Экспрессия генов Chip-Seq Ion PGM Sequencer ™ Транскриптом Человеческий экзом Человеческих геном Ion Proton Sequencer* ™ Секвенаторы Ion PGM и Ion Proton — это настольные системы для генетических исследований на основе полупроводниковой платформы и метода детекции иона водорода в процессе секвенирования. Геномный секвенатор Ion PGMtm применяется для секвенирования или ресеквенирования бактериальных геномов, вирусов, целевого ресеквенирования и дает возможность прочесть до 1 млрд. пар нуклеотидных остатков за запуск прибора. Полногеномный секвенатор Ion Proton имеет еще большую производительность – от 10 млрд. пар нуклеотидных остатков за запуск прибора и используется для секвенирования экзома и генома человека, других организмов. Технология секвенирования Ion PGM и Ion Proton В технологии полупроводникового секвенирования используется хорошо известный биохимический процесс: при встраивании нуклеотида с помощью полимеразы в растущую цепь ДНК происходит выделение иона водорода, что можно зафиксировать изменением напряжения pH-чувствительной поверхности. Основным компонентом систем является полупроводниковый микрочип, включающий миллионы ячеек — pH-чувствительных сенсоров. При секвенировании в каждую такую ячейку попадает микросфера с иммобилизованными клонами секвенируемой ДНК. Последовательное присоединение определенных нуклеотидов к цепи ДНК с последующим выделением иона водорода фиксируется сенсором. Секвенирование таким образом проводится параллельно на всех ячейках чипа, и за один запуск прибора возможно считывание десятков и сотен миллионов последовательностей нуклеотидов с очень высокой точностью. www.lifetechnologies.com ТЕХНИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Ion PGMtm Ion Protontm Приложения Малые геномы Наборы генов Малые РНК Экспрессия генов Chip-Seq Геном человека Экзом человека Наборы генов (мультиплекс) Полный транскриптом Производительность за прогон, пар нуклеотидов 314 чип — от 20 млн. (20 Mb) 316 чип — от 200 млн. (200 Mb) 318 чип — от 1 млрд. (1 Gb) Proton I – 10 млрд. (10 gb) Proton II – 100 млрд.* (100 gb) Proton III – 250 млрд* (250 gb) Количество сенсоров на чипе 314 чип — 1,3 млн. 316 чип — 6,3 млн. 318 чип — 11 млн. Proton I – 165 млн. Proton II – 660 млн. Proton III – 1,2 млрд. Длина прочтения, пар оснований до 400 до 200 до 384 баркодов Число образцов Возможности программного обеспечения • сборка геномов de novo; • картирование фрагментов ДНК на референсный геном при ресеквенировании, выявление SNP и изучение структурных вариаций (инсерций, делеций, повторов), • анализ транскриптома; • анализ ампликонов; • анализ результатов экспериментов ChIP-Seq, RNA-Seq, RIP-Seq, MeDIP (анализ метилирования). Время секвенирования < 1,5 часа (при длине чтения 100 п.о.) 2 часа (при длине чтения 100 п.о.) Вес, кг 39 59 Размеры, мм 610 х 510 х 530 542 х 775 х 474 Требуемая мощность сети Max 9A Max 18A * Чипы Proton II и Proton III доступны с 2013 года. Всего 1 день на выделение материала и получение данных Выделение ДНК/РНК Конструирование библиотеки Клональная амплификация Секвенирование Анализ данных OR Ambion® & Invitroge n™ kits Ion DNA & RNA Library Kits Ion AmpliSe q™ Library Kit Ion OneTouc h™ System or Ion OneTouc h™ System 2.0 Ion PG M™ Sequencer Ion P roton™ Sequencer Torre nt Ser ver or Proton ™ Torrent Server
