брошюру PDF

реклама
Геномный
секвенатор Ion PGM
tm
Полногеномный секвенатор Ion Proton
tm
Малые геномы
Наборы генов
Малые РНК
Экспрессия генов
Chip-Seq
Ion PGM Sequencer
™
Транскриптом
Человеческий
экзом
Человеческих
геном
Ion Proton Sequencer*
™
Секвенаторы Ion PGM и Ion Proton — это настольные системы для генетических исследований на
основе полупроводниковой платформы и метода детекции иона водорода в процессе секвенирования. Геномный секвенатор Ion PGMtm применяется для секвенирования или ресеквенирования бактериальных геномов, вирусов, целевого ресеквенирования и дает возможность прочесть до 1 млрд.
пар нуклеотидных остатков за запуск прибора. Полногеномный секвенатор Ion Proton имеет еще большую производительность – от 10 млрд. пар нуклеотидных остатков за запуск прибора и используется
для секвенирования экзома и генома человека, других организмов.
Технология секвенирования
Ion PGM и Ion Proton
В технологии полупроводникового секвенирования используется хорошо известный биохимический процесс: при встраивании
нуклеотида с помощью полимеразы в растущую цепь ДНК происходит выделение иона водорода, что можно зафиксировать
изменением напряжения pH-чувствительной поверхности.
Основным компонентом систем является полупроводниковый
микрочип, включающий миллионы ячеек — pH-чувствительных
сенсоров. При секвенировании в каждую такую ячейку попадает
микросфера с иммобилизованными клонами секвенируемой
ДНК. Последовательное присоединение определенных нуклеотидов к цепи ДНК с последующим выделением иона водорода
фиксируется сенсором. Секвенирование таким образом проводится параллельно на всех ячейках чипа, и за один запуск прибора возможно считывание десятков и сотен миллионов последовательностей нуклеотидов с очень высокой точностью.
www.lifetechnologies.com
ТЕХНИЧЕСКИЕ
ХАРАКТЕРИСТИКИ
Ion PGMtm
Ion Protontm
Приложения
Малые геномы
Наборы генов
Малые РНК
Экспрессия генов
Chip-Seq
Геном человека
Экзом человека
Наборы генов (мультиплекс)
Полный транскриптом
Производительность за прогон,
пар нуклеотидов
314 чип — от 20 млн. (20 Mb)
316 чип — от 200 млн. (200 Mb)
318 чип — от 1 млрд. (1 Gb)
Proton I – 10 млрд. (10 gb)
Proton II – 100 млрд.* (100 gb)
Proton III – 250 млрд* (250 gb)
Количество сенсоров на чипе
314 чип — 1,3 млн.
316 чип — 6,3 млн.
318 чип — 11 млн.
Proton I – 165 млн.
Proton II – 660 млн.
Proton III – 1,2 млрд.
Длина прочтения, пар оснований
до 400
до 200
до 384 баркодов
Число образцов
Возможности программного обеспечения
• сборка геномов de novo;
• картирование фрагментов ДНК на референсный геном при ресеквенировании,
выявление SNP и изучение структурных вариаций (инсерций, делеций, повторов),
• анализ транскриптома;
• анализ ампликонов;
• анализ результатов экспериментов ChIP-Seq, RNA-Seq, RIP-Seq, MeDIP
(анализ метилирования).
Время секвенирования
< 1,5 часа
(при длине чтения 100 п.о.)
2 часа
(при длине чтения 100 п.о.)
Вес, кг
39
59
Размеры, мм
610 х 510 х 530
542 х 775 х 474
Требуемая мощность сети
Max 9A
Max 18A
* Чипы Proton II и Proton III доступны с 2013 года.
Всего 1 день на выделение материала и получение данных
Выделение
ДНК/РНК
Конструирование
библиотеки
Клональная
амплификация
Секвенирование
Анализ данных
OR
Ambion® & Invitroge n™ kits
Ion DNA & RNA Library Kits
Ion AmpliSe q™ Library Kit
Ion OneTouc h™ System or
Ion OneTouc h™ System 2.0
Ion PG M™ Sequencer
Ion P roton™ Sequencer
Torre nt Ser ver or
Proton ™ Torrent Server
Скачать