База данных для анализа взаимосвязей генотип

БАЗА ДАННЫХ ДЛЯ АНАЛИЗА ВЗАИМОСВЯЗЕЙ
ГЕНОТИП-ФЕНОТИП-ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА У ПШЕНИЦЫ (WheatPGE)
Характеристика
База данных «WheatPGE» хранит в себе отношения, описывающие различные характеристики
растения, его генотип, фенотип и некоторые факторы внешней среды. База данных позволяет
однозначно устанавливать взаимосвязь между генетическими и фенотипическими признаками
растений и параметрами окружающей среды. Текущая версия базы данных содержит около 300
аннотированных растений, более 90 описанных генотипов и более 1300 изображений
морфологических признаков пшеницы.
a)
б)
в)
Web- интерф ейс (а),
принципиальна я (б) и
детальная с хема базы данных
WheatP G E , разработанной
для изучения взаимосвязи
генотип-ф енотип-окружающая
среда у пшеницы.
А.С . № 2010620602. Авторы:
Г енаев М., Дорошков А.,
Аф онников Д.
Технико-экономические преимущества
Разработанная база данных позволяет ускорить работу селекционера-биолога,
автоматизируя процесс выявления взаимосвязи между фенотипом, генотипом и окружающей
средой у пшеницы. С помощью этой системы эксперт может за считанные минуты анализировать
сотни растений, что увеличивает скорость обработки данных и, соответственно,
производительность труда.
Области применения
Информация, содержащаяся в базе данных «3P-DB», представляет интерес для
исследователей, работающих в области теоретической и экспериментальной молекулярной
биологии и генетики, биоинформатики, математического и компьютерного моделирования
морфогенеза.
Уровень и место практической реализации
Для описания различных характеристик растений пшеницы была спроектирована
реляционная база данных, которая лежит в основе системы «WheatPGE» и содержит более 30
таблиц, связанных между собой. В качестве сервера используется MySQL. Важная особенность
разработанной системы — возможность для пользователя описывать произвольные
морфологические признаки и параметры окружающей среды без помощи программиста. При этом
происходит автоматическое расширение схемы базы данных, создается новая модель,
описывающая объекты этого признака. Генерируются контроллеры и представления,
реализующие базовые возможности работы с признаком (создание, удаление, редактирование).
Совместно с биологами проведены тестовые испытания системы в ходе выполнения структурного
анализа характеристик колоса пшеницы.
Патентная защита
Получено свидетельство об официальной регистрации № 2010620602, зарегистрировано
13.10.2010.
Коммерческие предложения
Лицензионное соглашение.
Ориентировочная стоимость
Не рассчитывалась.
Контактная информация
Институт цитологии и генетики СО РАН, просп. ак. Лаврентьева, 10, г. Новосибирск,
630090
Ученый секретарь по международным связям к.б.н. Киселева Галина Николаевна
Тел.: (383) 333-36-99, факс: (383) 333-12-78
E-mail: [email protected]
http://www.bionet.nsc.ru/
2