Сравнение множественного выравнивания, полученного с помощью программы

Сравнение множественного выравнивания, полученного с помощью программы
ClustalW, с «биологически правильным» выравниванием из BaliBase.
Выравнивание, с которым проводилось сравнение - 1pii.
Сравниваемые последовательности (ID): TRPC_ACICA, TRPC_PHYPR, TRPC_HALVO,
TRPC_METTH. Примечание, последовательности для выравнивания с помощью ClastalW брались из
банка данных SwissProt по Accession Number последовательностей из 1pii документа. Оказалось, что
по AC для TRPC_ACICA в банке SwissProt нашлась последовательность не TRPC_ACICA, а TRPC_ACIAD.
Последовательности же с ID TRPC_ACICA там не обнаружилось. Проведя выравнивание
последовательности TRPC_ACICA из документа 1pii с последовательностью TRPC_ACIAD из SwissProt,
я обнаружил, что они отличаются только одной делецией/вставкой в начале (Identity 97%). Поэтому
я условно считаю их одной и той же последовательностью.
По данным из Balibase минимальный процент совпадения последовательностей 31, максимальный
– 35.
Сравнение проводилось по 151-175 колонкам (фрагмент длинной 25 колонок).
Указанный участок выравнивания из BaliBase
TRPC_ACICA : VACLsdqQLEEMSKTAFEYDLDVLV
TRPC_PHYPR : VTLLskeQLIELIDATHNLGMCALV
TRPC_HALVO : ARFVg.eDLPALVEAARDRGFQPLV
TRPC_METTH : TGVFp..DLESGIETCRELSMEPLV
Цветом выделены «биологически правильные» колонки – 22 шт. (88% от общего числа)
Этот же участок выравнивания полученного с помощью программы ClustalW
140
TRPC_ACIAD
TRPC_PHYPR
TRPC_HALVO
TRPC_METTH
*
160
*
180
*
: DPYNVVEARALQADCILLIVACLSDQQLEEMSKTAFEYDLDVLVEVHDEQELERALKLSEQCLLG : 190
: DVYQLLEARAYGADCVLLIVTLLSKEQLIELIDATHNLGMCALVEVNSVQELDIALAAKAR-LIG : 170
: NEAQLDVVQSD--LVLLIARFVG--EDLPALVEAARDRGFQPLVEVHTREELTAALAAGAD-IVG : 179
: DEYKIYQARASGASSVLLITGVF--PDLEAGIQKCRELSMEPLVECHTSLDIFRALEAGAE-IIG : 177
1 y 6 ara a 6L6i
L
LVEvh e6 AL a a 66G
Участок выделен голубым цветом. Оранжевым цветом выделены аминокислоты, которыми данное
выравнивание отличается от такового из BaliBase.
Число совпавших колонок в выравниваниях составляет 18 (68% от общего числа «биологически
правильных» колонок)
 Наблюдения
Рассмотрим внимательно участки выравнивания последовательности TRPC_HALVO в двух
выравниваниях, отличающиеся друг от друга.
ARFVG--E (ClastalW)
_ARFVg.e (BaliBase)
Можно заметить, что в выравнивании программой ClustalW появился лишний геп (отмечен
красным), из-за которого весь этот участок неправильный. Если его удалить, получим совпадающие
выравнивания:
ARFVG-E
ARFVg.e
Рассмотрим теперь в выравниваниях последовательности TRPC_METTH:
TGVF--PDLEAGIQKCRELSMEPLV (ClastalW)
TGVFp..DLESGIETCRELSMEPLV (BaliBase)
Как видно они отличаются!! (обратите внимание на выделенное оранжевым).
С помощью программы needle я построил выравнивание последовательности TRPC_METTH из банка
данных SwissProt, на которую ссылается BaliBase в своем выравнивании, с последовательностью в
самом выравнивании BaliBase… Результат оказался неожиданным: Identity 67%, Similarity 87.7% Из
этого можно сделать вывод, что последовательность TRPC_METTH в банке Balibase и SwissProt не одна
и та же…