Возможности Swiss PDB Viewer

Возможности Swiss PDB Viewer
Якимов
3D модель белка
Различимы все атомы белка.
Синие – положительно заряженные;
Красные – отрицательно заряженные;
Желтые – отсутствие информации об аминокислоте в
первичных данных и сообщение о том, что программа сама
подобрала и вставила наиболее подходящую аминокислоту.
Каркас белка
Различимы заряды атомов в каркасе.
Различима вторичная структура белка.
И там и там видна третичная и четвертичная структуры белка
Поверхность белка
Поверхность «обкатывания»
Ван-дер-ваальсовая модель
Электростатический потенциал ε=81
Окрашивание
Вторичная структура
Красные – спирали
Желтые – складки
Проблемы.
(несоответствие
модели
действительности)
Вторичная структура.
Градиент от начала
до конца (от синего к
красному)
В-фактор
Красные –
подвижные в
кристаллической
структуре АК
Доступность
Синие – АК внутри
молеулы
Красные – снаружи
Тип
Синие – основные
Кислые - красные
Карта Рамачандра
На карте показаны углы между аминокислотами. За синей чертой – область
недопустимых значений. Между синей и желтой – допустимы, но с
напряжением. Внутри желтой границы – допустимы.
*Глутамин, выделенный зеленым отмечен на карте точкой.
Проблемы
«проблемная» аминокислота не всегда лежит в запрещенной
области.
Pow Ray
Фантазия…
Немного обработки в Pow-Ray…
после
до
*(добавил 4 стеклянных шарика, красное и зеленое освещение, поменял фон)