Аминокислоты, пептиды, белки Протеиногенные аминокислоты • Альфа-аминокислоты • При С-альфа-атоме – водород • Хиральны и дихиральны Ароматические аминокислоты Ионизируемые радикалы Нестандартные аминокислоты Небелковые аминокислоты Кислотно-основные свойства аминокислот Кислотно-основные свойства аминокислот Пептиды Невежда удивляется, что вещи таковы, каковы они суть, и такое удивление есть начало знания; мудрец, наоборот, удивился бы, если бы вещи были иными, а не таковыми, какими он их знает… Аристотель Perhaps the more remarkable features of [myoglobin] are its complexity and its lack of symmetry. The arrangement seems to be almost totally lacking in the kind of regularities which one instinctively anticipates, and it is more complicated than has been predicted by any theory of protein structure. —John Kendrew, article in Nature, 1958 Симметрия Пептидная связь Варианты вторичной структуры Варианты вторичной структуры Сверхвторичные структуры Фибриллярные белки Фибриллярные белки Глобулярные белки Мембранные белки Мембранные белки Мембранные белки Сворачивание белка Парадокс Левиталя Фолдинг Функции белков • «Кандид» (1758 г.) • Доктор Панглос: «Доказано, что все таково, каким должно быть; так как все создано сообразно цели, то все необходимо и создано для наилучшей цели. Вот, заметьте, носы созданы для очков, потому мы и носим очки. Ноги, очевидно, назначены для того, чтобы их обувать, вот мы их и обуваем. Камни были сотворены для того, чтобы их тесать и строить из них замки, и вот монсеньер владеет прекраснейшим замком; у знатнейшего барона всего края должно быть наилучшее жилье…» Кислород-связывающие белки Кислород-связывающие белки Кислород-связывающие белки Кислород-связывающие белки Комплементарные взаимодействия белка с лигандом Комплементарные взаимодействия белка с лигандом Моторы • Препаративные методы • Аналитические методы Основные методы работы с белком • Высаливание • Электрофорез 1. Нативный электрофорез 2. SDS-электрофорез 3. Изоэлектрофокусирование 4. Двумерный гель-электрофорез • Хроматография 1. Гель-фильтрация 2. Ионообменная хроматография 3. Аффинная хроматография Принципы электрофореза Прибор для горизонтального электрофореза Принципы электрофореза Принципы электрофореза Принципы электрофореза Капиллярный и микросвободнопроточный электрофорез Изоэлектрофокусирование Изоэлектрофокусирование Двумерный гель-электрофорез Принципы хроматографии Хроматография белков