Презентация - Институт цитологии и генетики СО РАН
advertisement
Компьютерное исследование влияния высокого давления и температуры на структуру и функцию РНК-связывающего белка семейства Nip7 архей Медведев К.Е. м.н.с. лаборатории эволюционной биоинформатики и теоретической генетики, ИЦиГ СО РАН Научный руководитель: Афонников Д.А., к.б.н., доцент, зав. лабораторией эволюционной биоинформатики и теоретической генетики, ИЦиГ СО РАН, Лаборатория эволюционной биоинформатики и теоретической генетики Институт цитологии и генетики СО РАН г.Новосибирск 2014г. Экстремофилы – обитатели биотопов с экстремальными условиями внешней среды Высокая температура Экстремальное значение рН Давление Высокое давление Механизмы, обеспечивающие выживание клеток в экстремальных условиях остаются до конца не ясными. Влияние давления на структуру белка Частичная денатурация Олигомер 0,1 МПа Полная денатурация Мономер 100 – 200 МПа Расплавленная глобула 300 – 500 МПа > 1 ГПа Давление Ключевым фактором дестабилизации белковых структур под воздействием давления является взаимодействие с растворителем – проникновение молекул воды через поры в ядро (Winter et al, 2006). Pyrococcus: гипертермофильные археи, живущие в гидротермальных источниках. Поверхность океана В процессе дивергенции мелководных организмов от глубоководных предков: (1) Выявлен факт накопления радикальных замен в генах на этапе дивергенции от общего глубоководного предка (предположение о движущем отборе)1 (2) Среди функциональных групп генов были идентифицированы гены, отвечающие за процессинг РНК 1 (3) У глубоководных организмов происходят замены аминокислот с полярных на неполярные 2 Глубоководный предок Pyrococcus furiosus Глубина<100м Pyrococcus abyssi Глубина ≥2000м 1Gunbin et al., 2009 2Afonnikov et al., 2011 Структура и функции белка Nip7 - Белок Nip7 вовлечён в биогенез рибосом - Участвует в процессинге 27S пре-рРНК и в образовании 60S субъединицы рибосом - Ингибирует процесс полиаденилирования РНК на экзосомах - Ингибирует процесс деградации поли-А и поли-UA участков РНК на экзосомах - Два домена: С-терминальный (PUA домен) – связывает преимущественно U- и AU-богатые участки РНК, N-терминальный – взаимодействует с экзосомой, тем самым контролируя её функционирование. N-терминальный домен C-терминальный домен α1 Аминокислоты, связывающие РНК β6 β11 N β10 β1 β3 β4 β12 β5 α4 α3 α2 C β9 α6 β8 β2 β7 α5 Цели и задачи исследования: Цель: изучение влияния высокого давления и температуры на пространственную структуру белка Nip7, участвующего в процессинге РНК у архей методами молекулярной динамики и сравнительного анализа последовательностей и структур Задачи: 1. Провести моделирование структуры белка Nip7 мелководных и глубоководных архей рода Pyrococcus при атмосферном и повышенных давлениях, комнатной и высокой температурах с помощью пакета программ GROMACS; 2. Разработать подходы для анализа основных структурных характеристик компьютерных моделей белков Nip7 глубоководных и мелководных архей с целью выявления сходства и различий динамического поведения структур этих белков при разных параметрах температуры и давления на основе многофакторного дисперсионного анализа; 3. На основе анализа результатов моделирования выявить различия во флуктуациях доменов белка Nip7, охарактеризовать наиболее подвижные участки и выдвинуть предположение об их функции; 4. Провести поиск специфичных позиций в последовательностях семейства белков Nip7 архей, к таким параметрам среды местообитания как высокая температура и давление; 5. На основе результатов компьютерного анализа сформулировать гипотезу о возможных механизмах адаптации белков Nip7 к экстремальным условиям высоких давлений и температур Положения выносимые на защиту: 1. Результаты компьютерного моделирования белков Nip7 P.abyssi и P.furiosus согласуются с известными данными о влиянии повышенных температур и давлений на структуру белка, что свидетельствует об их адекватности. 2. Аминокислотные последовательности гомологов белка Nip7 у архей содержат замены, которые в процессе эволюции происходят специфическим образом по отношению к температуре и глубине мест обитания организмов. 3. Механизмы адаптации белков Nip7 к экстремальным условиям высоких давлений и температур основаны на устойчивости и количестве солевых мостиков в структуре белка, а также на мутациях в позициях специфичных к давлению и температуре. Сравнение последовательностей белков Nip7 P.furiosus и P.abyssi Полярные/заряженные Гидрофобные (7 замен) Заряженныенезаряженные полярные (5 замен) Смена знака заряда (4 замены) Гидрофобные полярные/заряженные (1 замена) Незаряженные полярные заряженные (1 замена) Всего 47 замен В белке Nip7 P. furiosus наблюдается высокая доля радикальных замен по сравнению с белком P. abyssi. Большинство из них являются заменами с полярной аминокислоты на гидрофобную, с заряженной на незаряженную полярную и смена знака заряда. Моделирование молекулярной динамики белка Nip7 и анализ результатов Модели белка Nip7 P.abyssi : NIP7-ABY (PDB 2P38:A) Nip7 P.furiosus: NIP7-FUR (ModBASE Q8TZP7) Моделирование программой GROMACS траекторий 40нс при значениях давления 0.1, 50 и 100 MПa и температуры 300, 373 K. Для каждой пары значений рассчитывалось по 5 независимых траекторий. Зависимость среднеквадратичного отклонения (RMSD) Сα атомов моделей от начальной структуры в процессе моделирования NIP7-FUR NIP7-ABY 3,5 3,5 NIP7_ABY_50_300 NIP7_ABY_50_373 3,0 RMSD RMSD (Å(Å) ) RMSD (Å) RMSD (Å) 3,0 NIP7_FUR_50_300 NIP7_FUR_50_373 2,5 2,0 1,5 1,0 2,5 2,0 1,5 1,0 0,5 0,5 0,0 0,0 0 5,4 2,7 10,8 8,1 16,2 13,5 27 21,6 18,9 24,3 32,4 29,7 моделирования (нс) Время Время моделирования, нс 37,8 35,1 0 5,4 2,7 10,8 8,1 16,2 13,5 27 21,6 18,9 24,3 32,4 29,7 37,8 35,1 Время моделирования (нс) Время моделирования, нс При сравнении с кристаллической структурой белка Nip7 P. abyssi 2p38:A средние значения RMSD по траекториям не превышали 1,94Å (NIP7-ABY ) и 2,41Å (NIP7-FUR) что свидетельствовало об устойчивости полученных моделей Многофакторный анализ зависимости структурных параметров белка от параметров внешней среды и типа белка Двухфакторный дисперсионный анализ P T 300 К 0,1 МПа 373 К 300 К 50 МПа 373 К 300 К 100 МПа 373 К Значимость влияния давления и температуры на структуру модели Трехфакторный дисперсионный анализ NIP7-ABY Давление 373 К 300 К NIP7-ABY NIP7-FUR Зависимость влияния давления и температуры на структуру модели от аминокислотных замен 0,1 МПа 0,1 МПа 50 МПа 50 МПа 100 МПа 100 МПа NIP7-FUR Анализ основных структурных характеристик белковой глобулы : радиус гирации (Rg), поверхность доступная растворителю (SAS) 17,90 NIP7-ABY 300K NIP7-FUR 300K NIP7-ABY 373K NIP7-FUR 373K 17,85 17,75 17,70 Значение F-статистики для Rg 17,65 Факторы NIP7-ABY NIP7-FUR Давление, P 0,121363 2,422502 Температура,T 0,359953 0,521653 Взаимодействие, PxT 0,657574 1,063274 17,60 0,1MПa 0,1 5050MПa 100100MПa Давление Давление, MПa 10250 2 Поверхность доступная SAS, общая (Å2) растворителю (Å ) 10300 10150 10100 10050 10000 9950 9900 9850 3950 6550 6500 6450 2 10200 доступная SAS, Поверхность гидрофильная (Å2) растворителю (Å ) 10350 Поверхность доступная 17,55 0,1МПа 0,1 50MПa 50 ДавлениеMПa Давление, 100MПa 100 6400 6350 6300 6250 6200 6150 6100 6050 2 SAS, гидрофобная растворителю (Å2)(Å ) Rg (Å) Rg (Å) 17,80 0,1MПa 0,1 50MПa 100MПa 50 100 ДавлениеMПa Давление, 3900 3850 3800 3750 3700 3650 3600 0,1MПa 0,1 50MПa 50 Даление Давление, MПa 100MПa 100 Значение F-статистики для SASt Значение F-статистики для SASp Значение F-статистики для SASh Факторы NIP7-ABY NIP7-FUR Давление, P 0,939677 5,029996 Температура,T 1,723084 0,031428 Взаимодействие, PxT 4,460528 1,116603 Факторы NIP7-ABY NIP7-FUR Давление, P 0,509486 4,03738 Температура,T 0,003001 3,27042 Взаимодействие, PxT 2,919392 1,608262 Факторы NIP7-ABY NIP7-FUR Давление, P 2,238007 1,666267 Температура,T 5,948016 4,003066 Взаимодействие, PxT 1,472974 0,255465 (1) Rg меньше для высоких давлений и температур для обеих моделей (2) Гидрофобная SAS больше у NIP7-FUR, полярная SAS меньше Конформации полипептидной цепи для модели NIP7-ABY при разных температурах и давлениях NIP7-ABY 0.1 MПa 300K NIP7-ABY 0.1 MПa 373K Увеличение давления NIP7-ABY 300 MПa 300K Увеличение температуры NIP7-ABY 300 MПa 373K (1) С увеличением температуры флуктуации увеличиваются (2) С увеличением давления флуктуации уменьшаются Анализ района α2-α3 белка Nip7 α2 α3 Спираль α3 P.Abyssi P.Abyssi 0,1_300 0,1_373 50_300 50_373 100_300 100_373 30 40 50 60 70 ·ǀ····ǀ····ǀ····ǀ····ǀ····ǀ····ǀ····ǀ····ǀ· FCVVEGKYRDVYAVNEEVWKIIEDINMRPYSLGTFVGTIRVDE EEEEESSSEEEEE**HHHHHHTTTS***GGGT*EEEEEEEE*T EEEEESSSEEEEE**HHHHHHTTTS***GGGS*EEEEEEEE*T EEEEESSSEEEEE**HHHHTTTTTS***GGGS*EEEEEEEE*T EEEEESSSEEEEE**HHHHTTTTTS***GGGS*EEEEEEEE*T EEEEESSSEEEEE**HHHHTTTTTS***GGGS*EEEEEEEE*T EEEEESSSEEEEE**HHHHHHTTT****GGGS*EEEEEEEE*T EEEEESSSEEEEE**HHHHTTTTTS***GGGS*EEEEEEEE*T 30 40 50 60 70 ·ǀ····ǀ····ǀ····ǀ····ǀ····ǀ····ǀ····ǀ····ǀ· P.FuriosusFAIVEGKYRDVYAVNNEVWKIIEDLTVRPFALGTFVGMIKVDE P.FuriosusEEEEESSSEEEEE**HHHHHHHHHS***GGGT*EEEEEEEE*T 0,1_300 EEEEESSSEEEEE**HHHHHHTTTS***GGGS*EEEEEEEE*T 0,1_373 EEEEESSSEEEEE**HHHHTTTTTS****GGT*EEEEEEEE*T 50_300 EEEEESSSEEEEE**HHHHHHTTTS***GGGS*EEEEEEEE*T 50_373 EEEEESSSEEEEE**HHHHTTTTTS***GGG*SEEEEEEEE*T 100_300 EEEEESSSEEEEE**HHHHHHTTTS***GGGS*EEEEEEEE*T 100_373 EEEEESSSEEEEE**HHHHTTTTTS***GGG**EEEEEEEE*T Спираль α2 Красным цветом отмечены спирали α2 и α3. Сиреневым – аминокислоты, для которых вероятность участия в белок-белковых взаимодействиях > 50% по результатам работы сервера SPPIDER (http://sppider.cchmc.org/) (1) Наиболее подвижный район и наиболее вариабельный по вторичной структуре в N-терминальном домене (2) Высокая вероятность белок-белкового взаимодействия => функционально важный район. Чувствительность параметра RMSF моделей NIP7-ABY/NIP7-FUR к температуре и давлению Чувствительность к давлению Spi= Среднее(RMSFi при P50) Среднее(RMSFi при P=0.1) Spi=1 означает, что флуктуации остатка i не подвержены влиянию повышения давления Треугольными маркерами указаны значимые различия по результатам двухфакторного дисперсионного анализа Температура значимо влияет на флуктуации для 151 остатка NIP7-ABY и для 154 остатков NIP7-FUR Давление значимо влияет на флуктуации для 10 остатков NIP7-ABY и для 32 остатков NIP7-FUR Сравнение флуктуаций N- и С-терминальных доменов белка Nip7 Значение RMSF для двух доменов белка Nip7 300K 373K N C N C 0,1 MПa 0,86 Å 0,92 Å 1,17 Å 1,25 Å 50 MПa 0,86 Å 0,95 Å 1,12 Å 1,17 Å 100 MПa 0,80 Å 0,93 Å 1,06 Å 1,18 Å NIP7-ABY В C-терминальном домене наблюдаются большие флуктуации, чем в N-терминальном N-терминальный домен Значение F-статистики для RMSF доменов белка Nip7 NIP7-ABY NIP7-FUR Факторы 300K 373K 300K 373K Давление, P 0,442577 4,27423 4,923909 3,683739 Тип домена, D 7,880554 10,03611 5,392409 28,91932 Взаимодействие, PxD 0,422138 0,541633 0,062591 5,049164 С-терминальный домен Возможно, большая подвижность С-терминального домена связана с его функцией – неспецифическим связыванием U- и AU- богатых участков РНК. (1) С увеличением температуры флуктуации увеличиваются (2) С увеличением давления флуктуации уменьшаются Анализ устойчивости солевых мостиков в моделях NIP7-ABY и NIP7-FUR Солевые мостики были разделены на устойчивые (присутствуют в более чем 70% структур) среднеустойчивые (между 70 и 20%) и неустойчивые (менее чем в 20%). Общее количество устойчивых и среднеустойчивых солевых мостиков: NIP7ABY – 20, NIP7-FUR – 13. Крупнейшая сеть солевых мостиков в модели NIP7-ABY, которая стабилизирует N-терминальный домен. K91 K151 E75 R37 E33 E90 R148 E23 D109 K88 E10 R4 R2 R5 E51 Единственная междоменная сеть модели NIP7-ABY. NIP7-FUR (мелководный организм) не имеет этой сети из-за аминокислотных замен. Единственная сеть, которая состоит только из РНК связывающих остатков. Эта сеть стабилизирует C-терминальный домен и активный центр белка Nip7. В модели NIP7-FUR (мелководный организм) эта сеть значительно меньше изза замены – ARG2-ILE2 => два солевых мостика не могут быть сформированы. Анализ устойчивости солевых мостиков в моделях NIP7-ABY и NIP7-FUR Мостик Наличие 10-4 75-37 37-10 все все все 148-109 все 33-4 20-17 16-12 все все P.a.&P.f. 147-113 P.a.&P.f. 33-2 131-116 51-5 76-70 2p38&P.a. все P.a.&P.f. P.a.&P.f. 147-146 P.a. 48-45 88-23 P.a.&P.f. P.a. 151-109 все 119-117 48-44 146-112 76-17 P.a. 2p38&P.a. все P.a.&P.f. Расположение α1 - α1 β6 - β4 β4 - α1 РНК связывающий РНК связывающий β3 - β1 α1 - α1 α1 - α1 РНК связывающий РНК связывающий; α6 β3 - N-конец C-конец - β9 α2 - β1 β6 - N-конец РНК связывающий C-конец α2 - α2 β7 - β2 РНК связывающий; β12 - РНК связывающий β9 - β9 α2 - α2 C-конец - α5 β6 - α1 P.abyssi P.furiosus ST F(T) Sp F(P) ST 0,94 2,74 1,04 0,83 0,99 1,06 0,52 1,11 0,91 0,99 1,04 0,16 1,14 0,99 1,18 н 0,95 0,40 1,09 0,45 0,92 0,92 1,14 0,59 2,65 3,77 0,94 0,69 0,98 1,02 0,13 0,89 0,91 1,68 1,08 0,98 0,02 0,72 3,18 н 0,98 0,01 0,99 2,07 1,93 12,23 0,94 0,49 0,98 1,25 1,50 1,03 0,03 0,88 1,20 6,59 0,84 3,42 0,83 - F(T) 1 1,89 2,87 Sp 1,01 1,00 0,88 F(P) 1 0,36 4,68 н н н 0,10 2,96 1,60 1,00 0,98 0,89 0,20 0,36 2,76 н н н 0,72 1,11 8,19 0,99 1,18 0,95 0,43 0,74 1,98 - - - 1,84 4,12 0,95 0,12 1,06 1,26 0,14 5,91 0,92 1,42 0,99 0,87 1,72 - 0,00 - 0,88 - 1,29 - 0,93 0,09 0,75 1,49 0,86 2,74 0,92 0,42 0,98 0,99 н н 0,04 0,00 н н 1,26 2,31 0,98 0,01 н н 1,01 н н 0,83 0,00 1,07 1,11 0,95 0,50 0,56 Происходит стабилизация структуры с помощью солевых мостиков при повышении P и Т Поиск мутаций, связанных с адаптацией к экстремальным условиям в белках Nip7 архей 35 организмов Четыре физиологических фенотипа: - Глубоководный организм - Мелководный организм - Термофильный организм - Мезофильный организм Анализ филогении показывает, что представители одного и того же рода обитают, преимущественно, в схожих условиях. В отношении к термофильности эта тенденция выражена в большей степени, чем в отношении глубин местообитаний. Глубоководные Мелководные Поиск позиций специфичных к температуре и давлению (SDP) Позиции специфичные к давлению 1 3 0 -1 2 -3 1.5 -4 1 0.5 0 GroupSim -2 3 0 2.5 multi-Relief GroupSim 2.5 1 -2 2 -3 1.5 -4 1 -5 -6 -7 1 10 19 28 37 46 55 64 73 82 91 100109118127136145154 multi-Relief Номер аминоксилотного остатка GroupSim -1 0.5 0 multi-Relief 3.5 Позиции специфичные к температуре 3.5 -5 -6 -7 1 10 19 28 37 46 55 64 73 82 91 100109118127136145154 multi-Relief Номер аминоксилотного остатка GroupSim Позиции считались специфическими по отношению к температуре/давлению, если: А) Z-статистика метода multi-Relief был меньше -3 Б) Индекс специфичности GroupSim был больше 0,7 Выявлено двумя методами одновременно: Позиции специфичные к давлению и температуре - 17 позиций Позиции специфичные только к температуре - 47 позиций Число позиций специфичных к температуре является более сильным эволюционным фактором, чем давление при тех условиях, при которых живут рассматриваемые организмы. Поиск позиций специфичных к температуре и давлению (SDP) Позиции специфичные к давлению (желтый цвет) Зеленый цвет - остатки для которых вероятность участия в белокбелковых взаимодействиях > 50% Синий цвет – остатки специфичные к давлению, для которых вероятность участия в белок-белковых взаимодействиях > 50% Позиции специфичные к температуре (красный цвет) Возможный регион связывания с экзосомой Зеленый цвет - остатки для которых вероятность участия в белокбелковых взаимодействиях > 50% Синий цвет – остатки специфичные к температуре, для которых вероятность участия в белокбелковых взаимодействиях > 50% Большее число SDP позиций; Меньшее число SDP позиций; расположены расположены в структурных в возможном регионе связывания с элементах; возможная роль: экзосомой; возможная роль: стабилизация стабилизация структуры. Эффект белок-белковых взаимодействий влияния температуры больше. Влияние типа белка на динамику белковой структуры Усредненное RMSF Усредненное RMSF 4,0 4,0 NIP7-ABY NIP7-FUR Значимость SDP позиции к давлению 3,5 3,0 3,5 3,0 2,5 RMSF (Å) 2,5 RMSF (Å) NIP7-ABY NIP7-FUR Значимость SDP позиции к температуре 2,0 2,0 1,5 1,5 1,0 1,0 0,5 0,5 0,0 0,0 1 12 23 34 45 56 67 78 89 100 111 122 133 144 155 Номер аминокислоты 6 SDP в значимых позициях 1 12 23 34 45 56 67 78 89 100 111 122 133 144 155 Номер аминокислоты 23 SDP в значимых позициях Повышение температуры значимо влияет на увеличение RMSF для всех без исключения аминокислотных остатков белка NIP7. Давление значимо влияет на изменение RMSF у 26 аминокислотных остатков (16%). Тип модели влияет на изменение флуктуаций для 56 (36%) аминокислотных остатков. Выводы 1. Проведенный анализ молекулярной динамики моделей белков Nip7 P.abyssi и P.furiosus продемонстрировал устойчивость их структур в пределах гидростатических давлений от 0.1 до 100 МПа при температурах 300 и 373 К. Анализ также показал, что повышение температуры приводит к увеличению флуктуаций, а увеличение давления приводит к их снижению. 2. Предложен подход для оценки влияния нескольких факторов внешней среды, а также аминокислотных замен в белках, на структурные параметры их компьютерных моделей на основе многофакторного дисперсионного анализа. Выводы 3. Анализ результатов моделирования белков Nip7 P.abyssi и P.furiosus с помощью предложенного подхода показал, что флуктуации полипептидной цепи у С-терминального (РНК-связывающего) домена белка больше, чем у чем N-терминального, в силу стабилизации последнего за счет сети солевых мостиков. На основе анализа молекулярной динамики охарактеризован район α2-α3 (позиции 49-58) белка Nip7, как наиболее подвижный участок Nтерминального домена, функция которого может быть связана с белокбелковыми взаимодействиями. 4. На основе анализа гомологичных последовательностей белка Nip7 архей, выявлены позиции, замены в которых происходят специфическим образом по отношению к температуре и давлениям в местообитаниях этих организмов. 5. На основе результатов компьютерного анализа выдвинуто предположение о важной роли солевых мостиков и аминокислотных замен в позициях специфичных к температуре и давлению в возможном механизме адаптации белков Nip7 к экстремальным условиям. Спасибо за внимание! Публикации Публикации: 1. Медведев К.Е., Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н. Изучение методами молекулярной динамики структур белков NIP7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления // Вестник Томского государственного университета. Биология № 4 (16), с136, 2011 2. Афонников Д.А., Медведев К.Е., Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Важная роль гидрофобных взаимодействий при адаптации белков к высоким давлениям // Доклады Академии Наук 438(3):412– 415, 2011 3. Медведев К.Е., Афонников Д.А. Анализ структур белков архей-пьезофилов под влиянием высокого давления с помощью компьютерных методов // Труды Томского государственного университета, сер. Биологическая. Т. 275, С. 378-380, 2011. 4. Kirill E. Medvedev, Nikolay A. Alemasov, Yuri N. Vorobjev, Elena V. Boldyreva, Nikolay A. Kolchanov, Dmitry A. Afonnikov. Molecular dynamics simulations of the Nip7 proteins from the marine deep- and shallow-water Pyrococcus species // BMC Structural Biology 2014 (отправлена в печать). Тезисы на конференциях 1. XLVIII Международная студенческая конференция «Студент и научно-технический прогресс», Новосибирск, 10 – 14 апреля 2010 г., с.4, устный доклад 2. Первая Всероссийская молодёжная научная конференция, посвящённая 125-летию биологических исследований в Томском государственном университете «Фундаментальные и прикладные аспекты современной биологии», Томск, 6 – 9 октября 2010г., с.132, устный доклад. 3. Русско-Индийский семинар "Предсказательная биология, интегративный анализ и методы", 15-19 ноября 2010г., Чандигар, Индия, http://www.bionet.nsc.ru/meeting/SBGI_2010/, с. 8-9, устный доклад. 4. Международная Московская Конференция Вычислительной Молекулярной Биологии (MCCMB11), Москва, 2011г., с. 227-228, постер. 5. Третья школа молодых ученых "Биоинформатика и системная биология", Новосибирск, 2011г., устный доклад. 6. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика, 14-17 ноября 2011, Новосибирск, c. 175, постер. 7. II международная научно практическая конференция Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине: геномика, протеомика, биоинформатика, 14-17 ноября 2011, Новосибирск, c. 114, устный доклад. Тезисы на конференциях 8. Восьмая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции Генома и Структурной/Системной Биологии (BGRS/SB’2012), Новосибирск, 2012г., с. 203, постер. 9. IV Международная конференция «Математическая биология и биоинформатика» (ICMBB-2012), Пущино, 2012г., с. 147-148, устный доклад. 10. Пятая Международная школа молодых ученых «Системная Биология и Биоинформатика» (SBB2013), Новосибирск, 2013г., с. 34, устный доклад. 11. Международная Московская Конференция Вычислительной Молекулярной Биологии (MCCMB2013), Москва, 2013г., постер. 12. Девятая Международная Конференция по Биоинформатике Регуляции Генома и Структурной/Системной Биологии (BGRS\SB-2014), Новосибирск, 2014г., с. 105, устный доклад. Методы GROMACS 4.5.3 (Van der Spoel et al, 2005): - Минимизация энергии в вакууме. - Ячейка моделирования с ребром 20 нм, содержащая молекулы воды модели SPCE. - Уравновешение зарядов. - Минимизации энергии с растворителем (2 000 шагов). - При температуре 300 K делалось два подготовительных этапа при заданных значениях давления/температуры по 200 пс каждый с постепенным снятием ограничений; при температуре 373 K, количество подготовительных этапов – девять, с постепенным увеличением температуры на 8К на каждом этапе. Давление в системе было заданно постоянное. - Алгоритм LINCS - Поле amber99sb-ildn (Berhanu and Hansmann, 2012). - Электростатические взаимодействия - Partial Mesh Ewald (PME) - Продолжительность моделирования 40 нс.
