Определение частоты встречаемости полиморфизма

УДК 575.224.22
Определение частоты встречаемости полиморфизма rs17244841 гена HMGR в
сибирской популяции.
Котловский М.Ю., Оседко А.В., Оседко О.Я., Покровский А.А., Котловская О.С.,
Якименко А.В., Курдояк Е.В., Котловский Ю.В.
Научный руководитель д-р мед. наук Дыгай А.М.
Федеральное государственное бюджетное научное учреждение
«Научно-исследовательский институт фармакологии и регенеративной медицины
имени Е.Д. Гольдберга»
Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального
образования «Красноярский государственный медицинский университет имени
профессора В.Ф.Войно-Ясенецкого» Министерства здравоохранения Российской
Федерации
3-гидрокси-3-метилглютарил-кофермент А редуктаза (HMG-CoA reductase, 3hydroxy-3-methyl-glutaryl-CoA reductase, HMGR, HMGCR) — фермент, катализирующий
синтез мевалоновой кислоты, лимитирующую стадию метаболического пути синтеза
холестерина и других изопреноидов. Данный фермент является мишенью лекарств,
снижающих уровень холестерина - статинов. Ген HMGCR находится на хромосоме 5
q13.3–q14 [1], состоит из 20 экзонов, кодирует белок, состоящий из 888 аминокислот.
Полиморфизм гена HMGCR rs17244841, также известный как SNP 12, расположен в
гене HMG-CoA. Вариации аллелей данного полиморфизма в гене HMGCR могут
повлиять на результаты терапии статинами.
Целью нашей работы являлось определение частоты встречаемости генотипов
полиморфизма rs17244841 гена HMGR в группе относительно здоровых людей и в
опытной группе, проанализировать полученные результаты на соответствие
распределению Харди-Вайнберга.
В данной работе реализован подход определения однонуклеотидного
полиморфизма rs17244841 гена HMGR, в основе которого лежит проведение реакций
минисеквенирования с последующей масс-спектрометрией продуктов реакций
(матричная
лазерная
десорбционно-ионизационная
масс-спектрометрия
на
времяпролетном масс-спектрометре (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation Time Of
Flight Mass-Spectrometry, MALDI-TOF MS)).
В качестве клинического материала использовалась венозная кровь, взятая в
стерильные пластиковые пробирки с добавлением антикоагулянта – EDTA. Для
выделения ДНК был использован фенол-хлороформовый метод экстракции.
Для контроля были отобраны относительно здоровые лица в количестве 177
человек (108 женщин, 69 мужчины), проживающие в городе Красноярске. Средний
возраст женщин составлял 51,1±0,6, мужчин – 48,5±0,7 лет. Критериями включения
для данной группы являлись: возраст – от 40 лет, отсутствие ИБС, отсутствие
выраженных острых и хронических заболеваний в момент обострения, отсутствие
тяжелых хронических заболеваний. Критериями исключения являлись: наличие ИБС,
острые заболевания, хронические заболевания в стадии обострения, наличие сахарного
диабета, нарушения липидного обмена, тяжелые нарушения функции печени и почек,
артериальная гипертензия 3 степени.
В качестве больных ИБС было отобрано 147 человека (64 женщины, 83
мужчин). Средний возраст женщин данной группы составлял 63,3±1,2, мужчин57,9±0,9 лет. Критериями включения для данной группы являлись: возраст - от 40 лет,
пол - мужчины и женщины, верифицированный диагноз ИБС, наличие дислипидемии,
добровольное информированное согласие на участие в исследовании. Критериями
1
исключения пациентов из исследования являлись: ИМ, прогрессирующая стенокардия,
острое нарушение мозгового кровообращения, тромбоэмболия легочной артерии менее
чем за 6 месяцев до обследования, стенокардия напряжения 3-4 функционального
класса, тяжелые нарушения функции печени и почек, острые и хронические
заболевания в стадии обострения, гипотиреоидизм, порфирия, миопатия, повышенная
активность ферментов аспартатаминотрансферазы (АСТ) и аланинаминотрансферазы
(АЛТ) более 3 верхних пределов норм и злоупотребление алкоголем.
Для каждого SNP проводили проверку на отклонение от ожидаемых
результатов по Харди-Вайнбергу, оценка проводилось по критерию хи-квадрат с
помощью онлайн калькулятора (http://www.oege.org/software/hwe-mr-calc.shtml).
Частоты генотипов при χ2 <3.84 соответствуют равновесию Харди-Вайнберга.
Таблица 1. Распределение генотипов полиморфизма rs17244841.
Ожидаемые по
rs17244841
Наблюдаемые
Харди-Вайнбергу
Аллель Аллель
Генотип Кол-во
Частота
%
Частота
%
P*
A
T
AA
306
612
0
306
94,44 306,25
94,52
AT
18
18
18
18
5,56
17,50
5,40
TT
0
0
0
0
0,00
0,25
0,08
Всего
324
630
18
324
100,00 324,00 100,00
0,6071
Частота
0,97
0,03
χ2= 0.26
*P – уровень значимости
При проведении анализа данных полиморфизма rs17244841 гена HMGR в
общей группе людей (опыт+контроль, 324 человека), мутантных гомозигот обнаружено
не было, что обусловлено низкой частотой встречаемости в популяциях. В группе из
324 человек 306 человек имели генотип AA, что составляло 94,4%. С гетерозиготным
вариантом AT было выявлено 18 человек, что составило 5,5% от общей группы.
Распределение генотипов данного полиморфизма соответствовало закону ХардиВайнберга. Ожидаемые результаты по Харди-Вайнбергу для гомозиготы АА были
94,5% и для гетерозиготного варианта АТ – 5,4%. Полученные частоты распределения
соответствуют данным, полученным в других исследованиях [3]. Частоты аллелей,
генотипы и уровень значимости полиморфизма rs17244841 представлены в таблице 1.
Полученные данные будут использоваться нами в дальнейшей работе по
изучению эффективности терапии статинами.
Список использованных источников:
Lindgren V., Luskey K.L. Human genes involved in cholesterol metabolism:
chromosomal mapping of the loci for the low density lipoprotein receptor and 3-hydroxy3-methylglutaryl-coenzyme A reductase with cDNA probes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.
1985. Vol. 82. P. 8567–8571.
2. Xu N1, Taylor KD, Azziz R, Goodarzi MO. Variants in the HMG-CoA reductase
(HMGCR) gene influence component phenotypes in polycystic ovary syndrome. // Fertil
Steril. 2010 Jun;94(1):255-60.e1-2.
3. Krauss RM, Mangravite LM, Smith JD. Variation in the 3-hydroxyl-3-methylglutaryl
coenzyme a reductase gene is associated with racial differences in low-density lipoprotein
cholesterol response to simvastatin treatment. // Circulation. 2008 Mar 25;117(12):153744.
1.
2