Кликич Е. Н. Обзор функциональных возможностей программы

Обзор функциональных
возможностей
Vector NTI
Подготовил: Кликич Евгений Николаевич,
студент 4 курса.
Введение

Vector NTI Suite – это удобный набор
программных инструментов,
предназначенных главным образом для
анализа последовательностей.
Введение

Vector NTI разработан для
специалистов в области молекулярной
биологии и позволяют изучать,
визуализировать, манипулировать,
конструировать биологические
молекулы, а также хранить и
предоставлять доступ к информации об
этих молекулах.
С помощью Vector NTI можно:





Осуществлять поиск в базе данных молекул и
энзимов;
Разрабатывать стратегию рекомбинации и
соответствующие протоколы;
Симулировать гель-электрофорез, анализировать
результаты эксперимента;
Анализировать и манипулировать ДНК, РНК и
белковыми молекулами;
Создавать или импортировать молекулы, энзимы,
олигонуклеотиды, добавлять описание и
дополнительную информацию;
Некоторые функциональные
возможности Vector NTI
Подбор праймеров и ПЦР
 Симулятор гель-электрофореза
 Конструирование молекул

Интерфейс Vector NTI
Область
специфического
инструментария
Строка меню
Область текста
(эта область
содержит текстовую
информацию
проделанной
работе)
Графическая
область
Панель
последовательностей
Инструменты Vector NTI
и Интернет

Средства Vector NTI помогают
сформировать информационный запрос
и адресовать его некоторым публичным
WWW-серверам, также можно
организовывать поиск информации с
помощью системы BLAST,
анализировать и выравнивать
последовательности.
Инструменты Vector NTI
и Интернет
Vector NTI откроет в Webбраузере форму запроса,
сформированную для
BLAST Search сервера. Эта
форма – шлюз между
Vector NTI и BLAST Search
сервером, она содержит
опции, позволяющие нам
настроить различные
параметры поиска в BLAST.
Инструменты Vector NTI
и Интернет
Сервер уведомит
нас о постановке
нашего запроса в
очередь и
предложит
некоторое время
подождать.
Инструменты Vector NTI
и Интернет
По истечении
времени, указанного в
ответе сервера
необходимо нажать на
клавишу Format.
Откроется новая
страница с описанием
молекулы в формате
GenBank.
Инструменты Vector NTI
и Интернет
Далее загружаем результаты поиска в программу Vector NTI
В результате в Vector
NTI откроется уже
знакомое нам
Display window с
информацией о
новой молекуле.
Конструирование молекул

Конструирование молекулы DNA
выполняется по следующей схеме:
 Выбор
и описание фрагментов молекулы;
 Создание списка фрагментов,
описывающего целевую молекулу (Goal
Molecule Definition List);
 Вызов соответствующего инструмента и
собственно конструирование молекулы.
Конструирование молекул
Описание молекулы может быть
импортировано из GenBank, EMBL, FASTA;
 Для описания молекулы может быть
использована последовательность из
какого-либо текстового файла;
 Молекула может быть разработана по
правилам встроенной в Vector NTI базы
биологических знаний.

Конструирование молекул
Конкретный пример:

Сформулируем задачу
Наша задача – создать новую молекулу
на базе клонирования гена
устойчивости к тетрациклину из
pBR322 в pUC19, используя сайты
рестрикции EcoRI и AvaI в pBR322,
EcoRI и SmaI в pUC19.