Белки, ДНК, РНК

Белок
ДНК
РНК
Белок
Первичная структура –
последовательность аминокислотных
остатков
 Вторичная структура – спирали и листы
 Третичная структура – глобулярные,
фибриллярные и мембранные белки
 Четвертичная структура - >1 цепи

Аминокислоты
Пептидная связь
Геометрия связи
Main-chain:
f (N-Ca) ,
y (Ca-C’)
Карты Рамачадрана
weak
attraction
s
t
r
o
n
g
r
e
p
u
l
s
i
o
n
weak
attraction
r0(N…N)=3.1A
Глицин
GLY
Аланин
ALA
Прочие
>ALA:
g-atoms
Эксперимент
ALA, etc.
GLY only
Вторичные структуры
Спирали
H-bonds
Helices:
Right and Left
Правая альфа-спираль
Right
a-helix
Вторичные структуры на
картах Рамачадрана
Бета листы
Закручивание бета-листов
,
twisted
Закручивание бета-листов
,
twisted
-шпилька с поворотом
turn I
turn I’
turn II
-сгиб
Тройная спираль коллагена
Secondary structure transitions
We may consider
only potential energy, etc.:
E  ECOORD
M  MCOORD
S(E)  SCOORD(ECOORD )
F(E)  FCOORD , etc.
Globular proteins
Membrane
proteins
Fibrous proteins
H-bonds (NH:::OC) & hydrophobic forces
Последовательность
>purH;Escherichia coli K-12 MG1655
MQQRRPVRRALLSVSDKAGIVEFAQALSARGVELLSTGGTARLLAEKGLPVTEVSDYTGF
PEMMDGRVKTLHPKVHGGILGRRGQDDAIMEEHQIQPIDMVVVNLYPFAQTVAREGCSLE
DAVENIDIGGPTMVRSAAKNHKDVAIVVKSSDYDAIIKEMDDNEGSLTLATRFDLAIKAF
EHTAAYDSMIANYFGSMVPAYHGESKEAAGRFPRTLNLNFIKKLDMRYGENSHQQAAFYI
EENVKEASVATATQVQGKALSYNNIADTDAALECVKEFAEPACVIVKHANPCGVAIGNSI
LDAYDRAYKTDPTSAFGGIIAFNRELDAETAQAIISRQFVEVIIAPSASEEALKITAAKQ
NVRVLTCGQWGERVPGLDFKRVNGGLLVQDRDLGMVGAEELRVVTKRQPSEQELRDALFC
WKVAKFVKSNAIVYAKNNMTIGIGAGQMSRVYSAKIAGIKAADEGLEVKGSSMASDAFFP
FRDGIDAAAAAGVTCVIQPGGSIRDDEVIAAADEHGIAMLFTDMRHFRH*
>t3455;Salmonella enterica serovar Typhi Ty2
MQQRRPVRRALLSVSDKAGIIEFAQALSARGVELLSTGGTARLLAEKGLPVTEVSDYTGF
PEMMDGRVKTLHPKVHGGILGRRGQDDAIMEQHHIAPIDMVVVNLYPFAETVAREGCSLA
DAVENIDIGGPTMVRSAAKNHKDVAIVVKSSDYDAIIKEMDANEGSLTLDTRFDLAIKAF
EHTAAYDSMIANYFGSMVPAYHGESKEAAGRFPRTLNLNFIKKQDMRYGENSHQQAAFYI
EENVKEASVATAQQIQGKALSYNNIADTDAALECVKEFNEPACVIVKHANPCGVAVSTSI
LDAYDRAYKTDPTSAFGGIIAFNRELDAETAQAIISRQFVEVLIAPSASEEALKITSAKQ
NVRVLTCGQWASRVPGLDFKRVNGGLLVQDRDLGMVSEAELRVVSKRQPTEQELRDALFC
WKVAKFVKSNAIVYAKENMTIGIGAGQMSRVYSAKIAGIKAADEGLEVKGSAMASDAFFP
FRDGIDAAAAVGVSCVIQPGGSIRDDEVIAAADEHGIAMIFTDMRHFRH*
ДНК
РНК
тРНК
Последовательность