biotech-2011-11-epigenetic_regulation_of_human_development_0

advertisement
Эпигенетическая регуляция
процессов развития
Основная догма молекулярной биологии:
ДНК ------ РНК ------- БЕЛОК
Генотип----------------фенотип
ДНК ответственна за хранение, передачу и
реализацию наследственной информации
Доимплантационное
развитие человека
День 1.
Стадия зиготы
День 2.
Эмбрион в
стадии
дробления 4
бластомера
День 3.
Эмбрион на
стадии
дробления 8
клеток.
День 4. Морула.
3
День 5. Бластоциста
Классификация стволовых клеток человека в соответствии с
потенциалом к дифференцировке (Filip et al., 2004)
Типы стволовых
клеток человека
Тотипотентные
клетки
Плюрипотентные
клетки
Пролиферирующие
клетки
дифференцированны
х тканей взрослого
организма
Способность к
дифференцировке
Все эмбриональные и экстраэмбриональные ткани
Все типы клеток эмбриона
Способны
Мульти дифференцировать
потентные
ся в нескольких
направлениях.
Способны
Стволовые клетки в
организме человека
• Оплодотворённый
ооцит
• Бластомеры 2 – 8
клеточной стадии.
• Эмбриональные
стволовые клетки
• Первичные половые
клетки
• Клетки эмбриональных
карцином
•
•
•
•
•
•
•
•
Гемопоэтические
Мышечные
Нервной ткани
Кожи
Эндотелия
Кишечника
Миокарда
Мезенхимные
стволовые клетки
• Волосяного фолликула
Разные судьбы, функции, морфология,
«способности» клеток при
одинаковом генотипе
Эпигенетическое наследование
В более общем смысле, предметом эпигенетики являются
явления, связанные с развитием различных фенотипов клеток
или организмов на основе одного генотипа.
В более узком смысле эпигенетика - раздел генетики, который
изучает наследуемые изменения активности генов во время
развития организма или деления клеток.
Эпигенетическое наследование - наследование паттерна
экспрессии генов.
ДВА ВИДА ИНФОРМАЦИИ
В ГЕНОМЕ
Генетическая – закодированная в ДНК
программа создания живого организма
Эпигенетическая (Динамическая) –
как, где и когда должна быть реализована
генетическая информация.
Каждый вид информации обеспечен
своими системами:
Кодирования
Хранения
Передачи
Изменения
генетические
• Необратимы (мутации)
• Изменения первичной
структуры ДНК
• Стабильно наследуемые
эпигенетические
• Обратимы
• Не затрагивают изменений
первичной структуры ДНК
• Бывают долговременные и
кратковременные
Эпигенетическая регуляция - наследственные
и ненаследственные изменения в экспрессии
конкретного гена без каких-либо
соответствующих структурных изменений в
его нуклеотидной последовательности.
Эпигеном - это совокупность всех эпигенетических маркеров,
обусловливающих экспрессию генов в данной клетке.
Явления импринтинга, эффекта положения, особенности
структурно-функциональной организации хроматина
определенных хромосомных локусов, влияющих на
экспрессию генов, и РНК-интерференция классифицируются
как эпигенетические.
Уровни эпигенетической регуляции
1. ДНК (геном)
метилирование,
повторяющиеся последовательности,
мутации отдаленных регуляторных
элементов, транспозиции
генетического материала
2. РНК (транскриптом)
регуляторные мотивы пре-мРНК,
антисмысловые РНК,
нетранслирующиеся РНК,
микро РНК,
духцепочечные РНК
3. Белки (протеом)
метилирование/деметилирование
лизина 4, 9 и 27 гистона Н3,
ацетилирование/деацетилирование
гистонов
Метилирование ДНК
Модификации гистонов
Метилирование ДНК и
связанные с ним процессы
Схема метилирования и
деметилирования цитозина
Репрессия транскрипции посредством метилирования ДНК
Взаимосвязь между метилированием цитозина в
молекуле ДНК и ацетилированием гистонов
Механизмы инактивации гена в результате
метилирования промоторной области
1. Метильные группы нарушают ДНК-белковые
взаимодействия, выступая в большую бороздку ДНК
и препятствуя связыванию специфических
транскрипционных факторов.
2. Метилированные районы ДНК специфически
связывают транскрипционные репрессоры.
3. Метилирование ДНК влияет на структуру хроматина.
Аналитические методы анализа
метилирования
1. Метилчувствительная ПЦР (NotI, EagI, SacII, HpaII, HhaI)
аналитическая чувствительность - 1: 2000
2. Метилспецифическая ПЦР
Трансформация цитозина в урацил бисульфитом Na
аналитическая чувствительность - 1: 1000
3. MethylLight – метилспецифическая ПЦР в реальном времени
аналитическая чувствительность - 1: 10000
4. Метилспецифическое секвенирование
5. Биологические микрочипы
Метилирование ДНК в клетке контролирует все (!)
генетические процессы, в том числе такие как :
Транскрипция (клеточная дифференцировка)
Репликация
Рекомбинация
Репарация
Транспозиция генов
Инактивация Х-хромосомы (половая
дифференцировка)
Биологическая специфичность метилирования ДНК:
•
•
•
•
•
Видовая (штаммовая)
Тканевая (клеточная)
Органоидная (ядро, митохондрии, пластиды)
Внутримолекулярная (островки метилирования, повторы)
Возрастная
Метилирование ДНК у растений и животных регулируется (контролируется)
гормонами:
у растений - фитогормоны (ауксины и др.), у животных - кортикостероидные
гормоны (гидрокортизон) и др.
Резкое искажение метилирования ДНК:
• отсутствие метильных доноров  (рак, гепатома)
•
суперметилирование ДНК  РАК
• полное выключение (knockout) ДНК-метилазного гена  остановка
развития, апоптоз, смерть (без метилирования ДНК жизни нет!)
Метилирование ДНК изменяется:
- при грибковых инфекциях у растений (вилт хлопчатника);
- при прорастании семян и в связи с градиентом цветения
- в нейронах при формировании памяти (метилирование ДНК мозга как
показатель участия генома в механизмах индивидуально приобретенной
памяти)
- под воздействием гормонов и антиоксидантов (контролируется гормонально,
блокирует связывание ДНК с гидрокортизон-рецепторными комплексами)
Активирование генов путем уменьшения статуса их метилирования
Природное:
- репликация ДНК
- выстригание остатков m5C c репарацией цепей
- прямое деметилирование остатков m5C.
Искусственное: - условия недостаточности метильных групп
- ингибиторы ДНК-метилаз (SAH, 5-азацитидин)
Ферменты, осуществляющие метилирование ДНК
– метилтрансферазы (Dnmt)
Allis C.D., Jenuwein T., 2007
PCNA – домен взаимодействия с PCNA
NLS – сигнал ядерной локализации
RTF – домен, мишенью которого является центр репликации
CXXC – цистеин-богатый домен
BAH – домен, гомологичный бромодомену
PWWP – домен, содержащий высококонсервативный мотив «пролин-триптофан-триптофан-пролин»
ATRX – ATRX – подобный цистеинбогатый участок, содержащий C2-C2 цинковый палец и атипичный
PHD-домен
De novo метилирование и
сохранение характера
метилирования ДНК
Высокометилированые последовательности:
•Сателлитная ДНК
•Повторяющиеся элементы (в т.ч. транспозоны и их инертные формы)
•Уникальная межгенная ДНК
•Экзоны генов
CpG – островки
-неметилированные участки длиной 1 kb
- в 5`-концах 60% промоторов активных генов
Что защищает их от метилирования?
- они защищены белками
- постоянная работа деметилаз
- нетипичный состав оснований
- транскрипция в раннем эмбриогенезе требует отсутствия метилирования ДНК
в этих местах
Синдром Ретта ( RTT, OMIM 312750)
•описано в 1966 году
•встречается преимущественно у девочек
•регрессия развития
•аутизм
•стереотипные движения рук
Основная причина – мутации МеСР2 (главный компонент
метилцитозин связывающего комплекса)
синдром ICF (иммунодефицит, хромосомная
нестабильность, аномалии лицевого черепа)
(ICF, OMIM 242860)
Причина - мутации в гене DMNT3B
(метилтрансфераза de novo).
Гетерохроматиновые районы хромосом 1, 9 и
16 неметелированны, вследствие чего
растянуты и имеют ветвистую структуру
Заболевания, связанные с нарушением процесса
ремоделирования хроматина
Ген
Функция
Фенотипические
проявления
Заболевания
человека
ДНК-метилтрансфераза
1 мыши (Dnmt1)
Поддержание статуса
метилирования ДНК
Гибель эмбриона мыши,
потеря импринтинга,
инактивация Х-хромосомы
-
ДНК-метилтрансфераза
1О мыши (Dnmt1о)
Ооцит-специфическое
сохранение меток
импринтинга на стадии
8-кл. зародыша
Гибель эмбриона, потеря
импринтинга
-
ДНК-метилтрансфераза
3А мыши (Dnmt3а)
Метилирование ДНК
de novo
Гибель на 4 недели жизни,
нарушение
сперматогенеза
-
ДНК-метилтрансфераза
3В мыши (Dnmt3В)
Метилирование ДНК
de novo
Эмбриолеталь,
иммунодефицит, лицевые
аномалии,
деметилироапние и
нестабильность
прицентромерного
гетерохроматина 1,9 и 16
хромосом
Синдром ICF
Ген
Функция
Фенотипические
проявления
Заболевания
человека
МетилCpG-связывающий
белок (MECP2)
Распознавание сайта
метилирования ДНК
Гибель зародышей мужского
пола, умственная отсталость,
аутизм, стереотипное
движение рук
Синдром Ретта
Х-сцепленная хеликаза
SNF2 семейства (ATRX)
Часть белкового
комплекса,
участвующего в
репрессии
хроматина
Тяжелая умственная
отсталость у ммальчиков,
микроцефалия, альфаталассемия, лицевые,
скелетныеи др. аномалии
развития
Синдром άталассемии/Хсцепленной
умственной
отсталости
Белок 1, подсемейство Аподобных, SWI/SNFсвязанный актинзависимый регулятор
хроматина
Часть белкового
комплекса,
участвующего в
ремоделированиихр
оматина
Спондилоэпифизарная
дисплазия, Т-клеточный
иммунодефицит, дисфункция
почек
Костноиммунная
дисплазия, тип
Шимке
Рибосомная S6 киназа
(RSK2)
Фосфорилирование
гистоновых белков
Умственная отсталость,
макроцефалия, отставание в
росте, лицевые и скелетные
аномалии
Синдром КоффинаЛаури
Геномный импринтинг - эпигенетический
механизм регуляции
экспрессии гомологичных генов в процессе развития организма в зависимости
от родительского происхождения гена, хромосомы или генома.
Эпигенотип (импринт) - совокупность модификаций, которые по-разному
маркируют родительские аллели и обеспечивают моноаллельный характер
экспрессии импринтированных генов на хромосомах отцовского или
материнского происхождения.
Импринтированный
ген
-
ген,
который
дифференциально
экспрессируется в зависимости от материнского или отцовского
происхождения.
Импринтированные
гены
в
диплоидной
клетке
млекопитающих обычно экспрессируются только с одного аллеля.
Геномный импринтинг (ГИ) – дифференциальная
модификация отцовского и материнского
генетического материала в процессе созревания
гамет, следствием чего являются различия в
экспрессии родительских аллелей как в процессе
раннего эмбриогенеза, так и взрослых особей
Частичный пузырный занос
Андрогенез
(мужской
партеногенез) диплоидный,
хромосомы
только
отцовского
происхождения
10 н.б.
Гиногенез
(женский
партеногенез)
диплоидный,
хромосомы
женского
происхождения
Характерные черты импринтированных генов
1. Кластеризация.
Общие черты кластеров:
1) гены распределены на достаточно большом расстоянии;
2) наличие в кластере генов, экспрессирующихся только с
отцовской или материнской хромосомы;
3) наличие генов, которые продуцируют не кодирующую РНК.
2. Консервативность импринтинга.
Характер импринтинга генов H19, IGF2, p57KIP и SNRPN идентичен у
человека и мыши.
3. Асинхронность репликации ДНК импринтированных генов.
Импринтированные гены имеют асинхронную репликацию, показанную в
кластерах импринтированных генов с использованием гибридизации in situ. Но
временной характер репликации может варьировать в различных клетках,
подобно мозаичному эффекту положения.
4. Онтогенетическая и тканевая регуляция импринтинга.
KvLQT1 экспрессируется с материнского аллеля во всех тканях кроме
сердца;
E6-AP - экспрессируется биаллельно во всех тканях, а в мозге - только с
материнского аллеля;
IGF2 имеет отцовскую экспрессию в большинстве тканей, но оба аллеля
экспрессируются в определенных структурах в течение развития мозга и в
зрелом состоянии. Кроме того, IGF2 в процессе развития экспрессируется с трех
различных промоторов.
5. Импринтированные гены кодируют как белки, так и только РНК.
H19 кодирует РНК, аккумулирующуюся в больших количествах в течение
развития фетальных тканей мезодермального и эндодермального
происхождения.
XIST. Транскрипция гена с инактивированной отцовской Х-хромосомы в
экстраэмбриональных тканях заставляет предполагать регуляторную роль
импринтированной РНК.
IPW, PAR-SN, PAR1 и PAR5 экспрессируются с отцовской хромосомы и дают
только РНК.
Целый ряд заболеваний по характеру наследования и
проявлениям может возникать вследствие импринтинга.
Синдром Вильямса с тяжелыми проявлениями - делеция 7q11.23 материнской
хромосомы;
Болезнь Гиршпрунга - мутация гена RET (10q11.2) материнского происхождения;
НФ 2 с тяжелым течением - мутация гене SCH (22q12) материнского
происхождения;
Шизофрения в более тяжелых формах наследуется по отцовской линии;
Синдром де Ланге (3q26) может быть связан с материнским импринтингом;
Семейная гипертрофическая кардиомиопатия в основном передается по
материнской линии;
Spina bifida в два раза чаще передается матерями, чем отцами;
Псориаз проявляется в более тяжелой форме, если наследуется от отца;
Синдром Туретта и поликистоз почек проявляются раньше и в более тяжелых
формах, если наследуются от матери;
Эпилепсия в более тяжелой форме наследуется от матери.
однородительская дисомия (ОРД=UPD) – наличие
у потомков в кариотипе фрагментов или целых
хромосом одного (материнского или отцовского)
происхождения
47 типов ОРД
-44 типа ОРД по 22 аутосомам
материнская (mat) и отцовская (pat)
-3 типа по половым хромосомам
UPDХmat, UPDXpat, UPDXYpat
Гетеродисомия – наследование потомком двух разных гомологов
от одного родителя
Изодисомия – наследование двух репликационных копий одной из
хромосом
Нерасхождение хромосом в мейозе
Механизмы формирования ОРД
ОРД по целым хромосомам или их фрагментам выявлены при
анализе наследственной патологии и у человека.
материнская ОРД по хромосоме 2 => признаки дисэмбриогенеза и отставание в
развитии;
отцовская ОРД по длинному плечу хромосомы 6(q23 - q24) => неонатальный
диабет;
материнская ОРД по короткому плечу хромосомы 7 (GRB10) => синдром
Сильвера – Рассела;
материнская ОРД по хромосоме 14 => гипотония, черепно-лицевые аномалии,
акромикрия, сколиоз, задержка физического,
моторного и умственного развития;
отцовская ОРД по хромосоме 14 => сильная умственная отсталость и скелетномышечные аномалии;
материнская ОРД по хромосоме 16 => малый вес при рождении и врожденные
аномалии;
отцовская ОРД по длинному плечу хромосомы 20 (GNAS1) =>
псевдогипопаратироидизм
Залетаев Д.В.
ВОЗМОЖНЫЕ ВАРИАНТЫ
ОДНОРОДИТЕЛЬСКОЙ
ДИСОМИИ У ЧЕЛОВЕКА
Общие свойства импринтированных
генов
•
•
•
•
•
•
Располагаются кластерами (11р15; 15q11-13)
Асинхронность репликации
Временная и пространственная регуляция
экспрессии
Консерватизм ортологичных импритированных генов
Кодируют белки и РНК, которые не транслируются
Схема локуса 15q11-q13
Синдром Прадера-Вилли
(PWS, OMIM 176270)
•описан в 1956г.
•неонатальная гипотония
•ожирение
•умственная отсталость
•лицевые дисморфии
•гипогонадизм
46 XX или ХУ, 15р1 : 12000-15000
Синдром Ангельмана
(AS, OMIM 105830)
•описан в 1965г.
•умственная отсталость
•отсутствие речи
•нарушения сна
•необычный смех
•«кукольные» стереотипные движения
46 XX или XY, 15р−
1 : 10 000—20 000
Биопсия хориона или плаценты
Аутосомная трисомия
(полная или мозаичная форма)
Кордоцентез
Получение образцов крови от родителей
для цитогенетического и ДНК-анализа
УЗИ 2 уровня
Нормальный кариотип
и фенотип у плода
Анеуплоидия
Тестирование на ОРД
ОРД исключена.
Плацентарный мозаицизм
ОРД по хромосомам,
для которых исключены
“болезни импринтинга”
Пролонгирование
беременности
УЗИ с допплерометрией
Профилактика ФПН и
акушерских осложнений
ОРД у плода
ОРД по хромосомам,
для которых установлены
“болезни импринтинга”
Прерывание
беременности
2005
бластоциста
Одноклеточный эмбрион
мышь
человек
Мужской и женский пронуклеусы не отличаются по размеру. Исследовали 59 зигот. Только в
половине (30) наблюдалось деметилировние одного пронуклеуса и интенсивное метилирование
другого. В остальных зиготах – одинаковая интенсивность сигнала
Алгоритм исследования
2
1
Получение
видеоизображения,
идентификация
хромосом
Приготовление
препаратов и их QFH
окрашивание
Получение
видеоизображения
тех же метафазных
пластинок
4
Иммунофлуоресцентное
окрашивание
препаратов с помощью
АТ-5-МеС
3
1-клеточная стадия развития
эмбриона человека
5-MeC
QFH
сперматозоиды
6 часов
репликация
5-MeC
метилированная
хроматида
недометилированная
хроматида
QFH
Метафазная пластинка
яйцеклетки
гипометилированная
хроматида
QFH
1-клеточная стадия развития эмбриона
человека
5-MeC
Метафазные пластинки из
трех пронуклеусов перед
первым митотическим
делением
QFH
5-MeC
Совмещенная
кариограмма метафазных
хромосом из лимфоцита
взрослого индивида
(столбец слева) и
триплоидного
одноклеточного эмбриона
человека (столбец справа),
цифрами обозначены
номера хромосом
Метафазные хромосомы из лимфоцита и 1-клеточного эмбриона
2-клеточная стадия развития эмбриона
человека
Совмещенные кариограммы метафазных хромосом из
бластомеров двух 2-клеточных эмбрионов человека
5-MeC
QFH
Механизмы
деметилирования
Пассивное
деметилированиезависимое от
репликации
метилированная
хроматида
недометилированная
хроматида
расхождение
хроматид
гипометилированная
хроматида
репликация
в отсутствие
метилазной
активности
Два
бластомера
зигота
активное
деметилирование
пассивное
деметилирование
репликация
в отсутствие
метилазной
активности
Пассивное деметилирование
расхождение
хроматид
репликация в
отсутствие метилазной
активности
репликация в
отсутствие
метилазной
активности
5-6 клеточная стадия развития эмбриона человека
Совмещенные кариограммы метафазных хромосом из
двух бластомеров 5-клеточного эмбриона человека,
цифрами обозначены номера хромосом
QFH
5-MeC
Схема митотической сегрегации хромосом с различным
статусом метилирования хроматид
Возможные варианты
расхождения хроматид
Бластомер 2клеточного
эмбриона
репликация
1)
и
и
2)
и
и
3)
и
и
4)
и
и
метилированная
хроматида
недометилированная
хроматида
гипометилированная
хроматида
6 клеток
7 клеток
8 клеток
Совмещенные
кариограммы
метафазных
хромосом из
бластомеров 6, 7 и 8
клеточных эмбрионов
человека
Совмещенная кариограмма метафазных
хромосом из бластомера 8-клеточного
эмбриона человека
QFH
5-MeC
8 кл. М-сегментация
Сопоставление сегментной
локализации
5-метилцитозинобогащенной
ДНК (хромосома слева) и
G-исчерченности (хромосома
справа). Различные оттенки
зеленого, белый и красный
отражают интенсивность
флуоресценции, оцененную в
баллах.
Статус метилирования
приценторомерного гетерохроматина
хромосом 1,9,16 из бластомеров
эмбрионов человека
QFH-сегментация и распределение 5-MеC на метафазных
хромосомах из ФГА-стимулированных лимфоцитов
Совмещенная кариограмма
Гомологичные
хромосомы (QFH)
Гомологичные
хромосомы
(AТ-5МеС)
Посттрансляционные
модификации гистонов
Структура нуклеосомы
2 х Н3
2 х Н4
2 х Н2А
2 х Н2В
Механизм эффекта модификаций гистонов описан
тремя моделями:
Ацетилирование и деацетилирование гистонов
•ацетилирование связано с транскрипцией
•белки, осуществляющие ацетилирование - гистоновые ацетилтрансферазы
(НАТ)
•белки, осуществляющие деацетилирование – гистоновые деацетилазы
(HDAC)
Модель модификации гистонов:
ДНК-связывающиеся активаторы привлекают НАТ для ацетилирования
нуклеосомных гистонов, а репрессоры привлекают HDAC для
деацетилирования гистонов. Эти события приводят к изменению структуры
нуклеосом и активации или репрессии транскрипции соответственно.
НАТ – белки, которые могут ацетилировать лизиновые остатки всех четырех
коровых гистонов, но различные ферменты обладают отличающейся
специфичностью к выбору субстрата, хотя каждый белок редко имеет
специфичность только к одному сайту.
Первое основное семейство НАТ – GNAT (Gcn5 related acetyltransferase) –
основным субстратом которых является гистон Н3.
Второе основное семейство НАТ – MYST – в качестве основного субстратаН4.
Третье семейство – CBP/p300 – ацетилируют Н3 и Н4 и являются самыми
неспецифическими.
HDAC, удаляющих ацетильные группы, большое количество.
Они входят в три каталитических группы: Type I, Type II и Type III (или Sir2родственные белки – требуют наличие кофактора NAD)
Фосфорилирование гистонов
Увеличение экспрессии генов коррелирует с фосфорилированием
остатка серина в 10м положении гистона Н3 (Н3S10).
Обнаружены много киназ, для которых этот сайт является мишенью, включая
Msk1/2 дрозофилы и его гомолог Rsk2 у млекопитающих, и SNF1 у S.cerevisiae.
фосфорилирование определенных остатков связано с конденсацией
хромосом в течение как митоза, так и мейоза
Метилирование гистонов
Метилируются
-Лизин (моно-, ди- и триметилирование)
-Агринин (моно- и диметилирование)
Эффекты метилирования:
-Репрессия транскрипции
-Активация транскрипции
Метилирование лизинов
Осуществляют лизиновые метилтрансферазы - НКМТ
SET-домен
Кофактор - S-аденозил-L-метионин
6 наиболее хорошо описанных сайтов метилирования:
на гистоне Н3 (К4, К9, К27, К36, К79)
на гистоне Н4 (К20)
Деметлирование лизинов
LSD1 удаляет метильные группы с Н3К4
JHDM1 – H3K36me1 и me2, JHDM2A – H3K9m1 и me2,
JHDM3A – H3K36me3, JMJD2A – H3K9me3.
Метилирование Н3К4.
Связано с эухроматином и активными или потенциально активными генами.
Осуществляет метилтрансфераза Set1.
РНК полимераза II, PAF-комлекс необходимы для установления Н3К4.
Метилирование Н3К36.
Необходимо для элонгации транскрипции
Белок Set2 – метилтрансфераза, способная метилировать Н3К36.
Подавляет внутреннюю инициацию.
Репрессор индуцибельных генов
Метилирование Н3К79.
Связано с кодирующими регионами активных генов
Фермент, который метилирует Н3К79 – hDOTIL
Метилирование Н3К9
Метилирует Н3К9 – метилтрансфераза SUV39H1 (гомолог Su(var)3-9)
Участвует в формировании прицентромерного гетерохроматина (SUV39H и
НР1)
Метилирование Н3К27
Это репрессирующая модификация, обнаруженная в 3х различных
местах:
•Генах эухроматина, где есть PREs (Polycomb response elements) у
дрозофилы
•В прицентроменом гетерохроматине
•В неактивной Х хромосоме млекопитающих
метилирование производит EZH2 (гомолог E(Z))
Метилирование Н4К20
H4K20me2 и H4K20me3 есть в прицентромерном гетерохроматине
Метилтрансферазы – SUV-20H1 и SUV-20H2.
H4K20me осуществляется PR-Set7 и вовлечено в процессы репарации и
митоз
Метилирование аргининов
Метилирование аргинина вовлечено как в активацию - PRMT1 – H4R3,
PRMT4/CARM1 – H3R2, H3R17, H3R26, - так и в репрессию транскрипции - PRMT5 H3R8 и H4R3
Деиминирование аргининов
PAD14 превращает аргинин в цитруллин
Убиквитинирование/деубиквитинирование и
Сумоилирование
Н2ВК123ub1 осуществляется Rad6/Bre1 (RNF20/RNF40+Ubc46 – у человека)
и активирует транскрипцию.
H2AK119ub1 – репрессия транскрипции у млекопитающих и осуществляется
группой Polycomb – Bmi1/Ring1A.
Сумоилирование описано как репрессивная модификация.
Действует двумя механизмами:
•Сумоилированный гистон напрямую блокирует лизиновые субстраты
•Сумоилирование гистонов привлекает гистоновые деацетилазы
•Привлечение репрессоров, связывающихся с ДНК.
Роль в транскрипции
Группа 1
ацетилирование
фосфорилирование
метилирование
Группа 2
убиквитинирование
сумоилирование
активация
активация
активация
репрессия
активация
репрессия
репрессия
Сайты
модифицирования
Н3 (К9, К14, К18, К56)
Н4 (К5, К8, К12, К16)
Н2А (?)
Н2В (К6, К7, К16, К17)
Н3 (S10)
Н3 (К4, К36, К79)
Н3 (К9, К27)
Н4 (К20)
Н2В (К123)
Н2А (К119)
Н3 (?)
Н4 (К5, К8, К12, К 16)
Н2А (К126)
Н2В (К6, К7, К16, К17)
Группа 1 – небольшие химические модификации, группа 2 – большие химические модификации.
Компенсация дозы
генов
Основные особенности:
•Процесс инактивации Х хромосомы контролируется развитием.
2. Инактивация Х хромосомы включает в себя различные уровни
эпигенетической регуляции.
Высокий уровень Н3К27me3 требуется Хi в раннем развитии, но не в соматических
клетках;
CpG-метилирование необходимо только на поздних стадиях
3. Некоторые гены избегают инактивации Х хромосомы.
4. Х-инактивация контролируется центром инактивации Xic.
центр инактивации – Xic
некодирующая РНК Xist (X inactive specific transcript)
некодирующая РНК Tsix
Ключевой регион, регулирующий инактивацию Х хромосомы обозначен
зеленым. Фланкирующие гены – серым.
Xite и DXPas34 –регуляторы экспрессии Tsix.
Download