Поверхность контакта

Алгоритмы обработки пространственных структур макромолекул
Поверхность макромолекул
Гидрофобное ядро
Выделение доменов
С.А.Спирин, 13.11.2012
I. Поверхность белковой
молекулы
Миоглобин свиньи (1MNO)
Поверхность РНК-зависимой
РНК-полимеразы полиовируса
Product RNA
Fingers
Template RNA
Thumb
Palm
NTP
Зачем нужна поверхность как
отдельный объект?
• Для вычисления площади поверхности.
Площадь поверхности контакта двух молекул позволяет оценить их
взаимодействие и, следовательно, стабильность комплекса.
• Для визуализации на поверхности
электростатического потенциала, гидрофобных
областей и других характеристик.
Помогает предсказывать области белка, взаимодействующие с
другими молекулами, проверять корректность моделей.
• Для выявления полостей, каналов в белке,
карманов и т.п.
Зачем нужна поверхность как
отдельный объект?
(продолжение)
• Для выявления остатков, экспонированных на
поверхности белка.
Следовательно, доступных для воды, ионов, лигандов.
• Для поиска сходных областей поверхности.
Если в одном белке область важна для взаимодействия с другой
молекулой, то для похожей области в другом белке можно
предсказать подобное же взаимодействие.
• Для много другого (расчет энергии сольватации,
симуляция молекулярной динамики, докинг, …)
Три поверхности
макромолекулы
• ван-дер-ваальсова поверхность (VdW)
• поверхность, доступная для растворителя (SAS)
• поверхность Конноли
Что такое “поверхность”?
Ван-дерваальсова
поверхность
(схема)
Ван-дер-Ваальсовы радиусы (Å) для
атомов некоторых элементов
(по Ли и Ричардсу)
S 1,80
P 1,80
O 1,52
N 1,55
C 1,70
H 1,20
(в литературе можно найти и другие значения)
1MNO: миоглобин свиньи, натуральная модель
(spacefill); видны сквозные просветы
В геометрии поверхность тела – это
граница между ним и внешней средой
В микромире “твердых тел” не бывает!
Нужно указывать для каких частиц
непроницаема молекула – нейтрино?
фотонов? электронов? протонов? других
молекул (каких)?
Поверхность фонтана (!?)
Концепция поверхности белка
(Lee, Richards, JMB 1971)
1. Ван-дер-Ваальсова поверхность
2. Поверхность, доступная для
растворителя (воды)
(SAS, solvent accessible surface)
SAS — это поверхность области
допустимых положений центров молекул
воды
VdW поверхность и поверхность,
доступная для воды
Поверхность, доступная для воды,
определяется аналогично VdW поверхности,
но для условных радиусов (вместо ван-дерваальсовых):
усл. радиус = VdW радиус + радиус
молекулы воды (1,4 Å)
Поэтому “для математика” поверхности VdW и SAS
одинаковы (строятся по одному правилу)
Поверхность, доступная для воды, используется,
например, для того, чтобы показать, какие
аминокислотные остатки чаще экспонированы –
доступны для воды.
SAS не всегда применима, так как «раздувает»
молекулу.
Например, при контакте двух белков их SAS пересекаются:
SAS 1
SAS 2
Белок 2
Белок 1
3. Молекулярная поверхность
(MS, moleculare surface или Connolly surface)
(Richards, 1977; Connolly, 1983)
Поверхность контакта
(contact surface) – зеленая
Дополнительная
поверхность (reentrant
surface) – синяя
Три поверхности молекулы:
- ван-дер-Ваальсова (vdWS)
- доступная для воды (SAS)
- поверхность молекулы (MS) или поверхность
Конолли (Conolly surface)
Поверхность молекулы
(Connolly surface)
• Делится на две части:
– поверхность контакта с водой;
– дополнительная поверхность.
• Поверхность контакта образована точками ван-дерваальсовых сфер атомов белка, которых может
коснуться ван-дер-ваальсова сфера молекулы воды
• Дополнительная поверхность образована
поверхностью молекул воды, касающихся белка в двух
или трех точках
Молекулярная поверхность
состоит из кусков трёх видов:
•
•
•
кусок “выпуклой”
сферы (жёлтая)
кусок “вогнутой” сферы
(синяя)
тороидальная часть
(зеленая)
Все куски соединяются
гладким образом – без
углов
Тороидальная поверхность заметается
подвижным шариком (H2O), который вращается
между двумя фиксированными шарами (CH3),
все время касаясь обоих
H2O
CH3
CH3
H2O
Вогнутая сфера получается в том случае,
когда шар H2O касается одновременно трёх
атомов белка
Точки касания
CH3
CH3 H2O
CH3
Основные алгоритмы построения
поверхности и вычисления её
площади
• Приближённые аналитические методы
(Richards&Lee, 1971; Wodak and Janin, 1980)
• Представление поверхности точками
(Shrake&Rupley, 1973; Connolly, 1983)
• Точные аналитические методы
(Gibson&Scheraga, 1987; Richmond, 1984)
Метод срезов Ли – Ричардса
для вычисления площади SAS
• Структура режется на «ломтики»
фиксированной толщины
• Для каждого «ломтика» находятся
круги от «срезов» атомов
• Вычисляется длина границы
• Умножается на толщину дольки
• Берется сумма по всем срезам
Молекулярная поверхность:
“Connolly dot surface algorithm”
• Контактная поверхность
– на поверхности каждой VdW сферы
атома белка строится равномерная сеть
точек;
– для каждой точки проверяется, что
молекула воды, касающаяся этой точки,
не пересекается с белком;
– если пересекается, то точка удаляется.
Продолжение
• Дополнительная поверхность – тороидальная
– Каждая пара соседних атомов определяет тороидальную
поверхность между ними
– На этой поверхности строится равномерная сеть точек
– Далее – как для контактной поверхности
• Дополнительная поверхность – сферическая
– Каждая тройка соседних атомов определяет сферическую
дополнительную поверхность – ван-дер-ваальсову
поверхность молекулы воды, касающейся этих атомов
– Если эта молекула воды не пересекается с белком, то на
подходящей части этой поверхности строится равномерная
сеть точек
Продолжение
• Оставшиеся точки представляют
поверхность молекулы белка
• Их число пропорционально площади
поверхности. На этих точках может быть
построена триангуляция поверхности для
визуализации (или более точного подсчета
площади)
Аналитический метод определения
площади поверхности S
(Kratky, 1981)
• Площадь SA ван-дер-ваальсовой сферы атома A равна 4πr2
• Нужно найти площадь (SA)0 области, не попадающей внутрь
сфер других атомов; тогда S=∑A(SA)0
• Для двух пересекающихся сфер площадь области на первой
сфере, попадающей внутрь второй, вычисляется (в зависимости
от радиусов и расстояния между центрами)
• Примерно так же может быть вычислена площадь более
сложных пересечений и, следовательно, (SA)0
Поверхность контакта двух молекул
AиB
• Scont = (S(A) + S(B) – S(AB))/2
S – площадь молекулярной
поверхности или же SAS белка
Вклад взаимодействия макромолекул (или частей макромолекул) в
энергию системы примерно пропорционален площади,
«скрывающейся» при взаимодействии.
Экспонированность
аминокислотного остатка белка
• Для каждого остатка считается площадь,
выходящая на молекулярную поверхность
(дополнительная площадь делится между
соседями)
• Эта площадь сравнивается с максимально
возможной – при полностью раскрытой
боковой цепи остатка того же типа в
составе трипептида Gly – X – Gly
• Вычисляется процент экспонированности
Экспонированность боковой цепи Leu
(похожие графики у Val, Ile, Met)
Accessibility of Leu side chain (square A)
80,%
Frequency(%)
70,%
Integral (%)
Frequency
60,%
50,%
40,%
30,%
20,%
10,%
0,%
0
2
4
6
8
10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 42 44 46 48 50
90% Leu экспонированы на 38% или менее
Max=48Å2
Экспонированность боковой цепи Lys
(похожие графики у Arg, Gln, Glu, Asn, Asp)
100,%
Max=55Å2
90,%
80,%
Frequency(%)
Integral (%)
Frequency
70,%
60,%
50,%
40,%
30,%
20,%
10,%
0,%
0
2
4
6
8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 42 44 46 48 50 52 54 56 58
Accessibility of Lys side chain (square A)
90% Lys экспонированы на 76% или менее
Экспонированность боковой цепи Trp
(похожие графики у Tyr, His, Phe, Pro)
100,%
Max=72Å2
90,%
80,%
Frequency(%)
Integral (%)
Frequency
70,%
60,%
50,%
40,%
30,%
20,%
10,%
0,%
0
4
8
12
16
20
24
28
32
36
40
44
48
52
56
60
64
68
Accessibility of Trp side chain (square A)
90% Trp экспонированы на 36% или менее
72
Экспонированность боковой цепи Cys
100,%
Max=37Å2
90,%
Frequency(%)
80,%
Integral (%)
Frequency
70,%
60,%
50,%
40,%
30,%
20,%
10,%
0,%
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
20
22
24
26
28
30
32
34
36
Accessibility of Cys side chain (square A)
90% Cys экспонированы на 22% или менее
38
Ссылки
“Molecular Surfaces: A Review”, by Michael L. Connolly
http://www.netsci.org/Science/Compchem/feature14.html
II. Гидрофобные кластеры в
структурах белков
Гидрофобный эффект
Межмолекулярный уровень
Неполярные молекулы в полярном
растворителе (воде) стремятся агрегировать
так, чтобы минимизировать поверхность
контакта с растворителем
Неполярные молекулы
(зелёные) в полярном
растворителе (оранжевый)
Гидрофобный эффект
(наивное объяснение)
«Поверхностное натяжение» вытягивает воду из
области между двумя гидрофобными поверхностями
вакуум
Вот что случается с гидрофобными субъектами,
которые не пожелали
объединиться в
гидрофильном окружении

Пабло Пикассо
Гидрофобный эффект в белках
(и других макромолекулах)
Внутримолекулярный уровень
Неполярные атомные группы (CH3 и др.)
белка стремятся собраться внутри
молекулы, чтобы минимизировать контакт с
полярными группами и полярным
растворителем (водой)
4Ǻ срез структуры белка
Зелёные шарики =
неполярные группы
Красные = атомы кислорода
Синие = атомы азота
Белые = углерод, связанный
с полярным атомом
Атомы водорода не показаны
Гидрофобный эффект в
белках
• Т.н. гидрофобное ядро дает существенный
вклад в стабильность глобулы
большинства белков
• Гидрофобные “ядрышки” могут служить
зародышами в процессе правильной
укладки полипептидной цепи
• Гидрофобный эффект важен для белокбелкового взаимодействия,
взаимодействия белок-ДНК и других
межмолекулярных взаимодействий
Как измерять гидрофобный
эффект in silico?
Для межмолекулярного
взаимодействия
Расчет площади поверхности (SAS), скрытой
при взаимодействии, отражает вклад
гидрофобного эффекта
– это только число ( Å2), нет описания
деталей!
Симуляция молекулярной динамики,
конечно, отражает гидрофобный эффект…
… но не локализует его. Кроме того, это
вычислительно дорогая процедура.
Подходы к локализации гидрофобного
эффекта в белках и макромолекулярных
комплексах
•
•
•
•
•
•
•
Kannan & Vishveshwara, 1999
Tsai & Nussinov, 1997
Swindells, 1995
Zehfus, 1995
Heringa & Argos, 1991
Plochocka et al., 1988
Наша группа: Alexeevski et al,. 2003
Swindells: группировка гидрофобно
взаимодействующих неэкспонированных
остатков
• Отбираются остатки, которые
– Слабо экспонированы (<7%)
– Принадлежат спиралям или тяжам
– Более 75% контактов их атомов с другими атомами
классифицируются как гидрофобные
Контактом считается сближение “тяжелых” атомов
на сумму ван-дер-ваальсовых радиусов + 1Å
Гидрофобным контактом считается контакт атомов
углерода
Два остатка из отобранных считаются
взаимодействующими гидрофобно, если число
гидрофобных межатомных контактов превосходит
число иных межатомных контактов.
Строится граф:
• Вершина – отобранный остаток
• Ребро соединяет вершины, если
соответствующие остатки гидрофобно
взаимодействуют
• Связные компоненты графа, содержащие
5 или более остатков, называются
гидрофобными ядрами
Граф гидрофобных контактов
(пример)
Zehfus: компактные группы боковых
цепей остатков
• Вводится мера Z компактности набора остатков
(отношение SAS к минимальной возможной
поверхности)
• Выращиваются группы путем наращивания
остаток за остатком (жадным алгоритмом)
• С помощью Z-score (который здесь назван ζ) по
статистике кластеров из данного числа остатков
выбираются наиболее компактные группы.
• Часто они состоят, в основном, из гидрофобных
остатков
Кластеры неполярных атомных групп
Alexeevski et al
• Элементарной единицей служат
неполярные атомные группы (CH3 и т.п.)
вместо аминокислотных остатков
• Алгоритм основан на делении целого, а
не на наращивании из элементов
В чем задача:
• Для данной структуры найти области
пространства, заполненные только
или преимущественно неполярными
группами
Неполярные группы в белках:
•
•
•
•
—CH3
—CH2—
—CH<
—SH, —S —
не связанные ковалентно с полярными
(N и O) атомами
Назовем такие группы ‘NP-атомами’
“Гидрофобная область” в
структуре (NP-область):
• NP-область заполнена преимущественно
NP-атомами
• Каждый NP-атом в области имеет
несколько гидрофобных контактов с
другими NP-атомами из той же области
• Гидрофобное взаимодействие между
разными NP-областями слабое
Конфигурация HF-атомов на плоскости
и что хотим в ней найти
Шаги алгоритма (k,l)-разрезов
•
•
•
•
Создание графа NP-атомов
Нахождение всех (k,l)-разрезов графа
Удаление всех (k,l)-разрезов из графа
Нахождение кластеров, т.е. связных
компонент полученного графа
Граф контактов NP-атомов
• Вершина – один NP-атом
• Ребро соединяет два атома, если они
контактируют
Два типа ребер
• Ковалентные связи и, более обще, пары атомов
на фиксированном расстоянии в силу
форсмажора – стереохимических ограничений
• Гидрофобные контакты
C
C
C
Критерии контакта
m
d
d d0 ,
(d0 – порог, 4,5–5,4Ǻ)
m m0
(m0=d0/2)
Что такое (k,l)-разрез графа?
• Определение: (k,l)-разрез графа – это k
ребер, образующих связный подграф G
такой , что l-реберная окрестность
подграфа G после удаления его ребер
распадается на две или более связных
компоненты
Подграф G1 (красные
ребра) является
(2,1)-разрезом
G1
Подграф G2 (красные
ребра) не является
(2,1)-разрезом
G2
Clusters
Graph
(1,1)-cuts
(2,1)-cut
Nonpolar
ofafter
nonpolar
(red
(red
(1,1)-cutting
(2,1)-cutting
atoms
edges)
edges)
atoms
Cluster 4
Cluster 11’
Cluster
Cluster 3
Cluster 2
Cluster 1’’
Программа ‘ClusterDetector’ (CluD)
http://mouse.belozersky.msu.ru/npidb/cgi-bin/hftri.pl
(реализованы k=l=1)
Пример результата программы CluD
Each HF cluster is also presented as a list of atoms (.xls), rasmol script and
whole cluster parameters (center of gravity, ellipsoid half-axis, etc.)
III. Домены белков
Что такое “домен”?
Три определения:
• По функции (функциональный домен)
• По сравнению последовательностей
(эволюционный домен)
• По структуре (структурный домен)
Функциональный домен
(биохимия/биоинженерия)
Минимальная часть полипептидной цепи,
которая:
•
•
может автономно свернуться в правильную,
нативную структуру
сохраняет (in vitro) как минимум одну из
активностей полного белка
Derbyshire et al., PNAS, 94, 11466-11471(1997)“Genetic
definition of a protein-splicing domain: Functional mini-inteins
support structure predictions and a model for intein evolution”
(http://www.pnas.org/cgi/content/full/94/21/11466)
Рекомбиназа A из Mycobacterium tuberculosis (790 а.о.) содержит
интеин (440 а.о.), белок, обладающий способностью автономно
вырезаться из полипептидной цепи белка-предшественника
(явление белкового сплайсинга). Это – первая активность
интеина.
экстеин 1
интеин
экстеин 1
экстеин 2
экстеин 2
интеин
Этот интеин обладает также эндонуклеазной
активностью (вторая активность).
По сходству последовательности этого белка с
последовательностями других, более изученных
интеинов, в т.ч. интеина с расшифрованной РСА
структурой (1VDE),
была высказана гипотеза о том, что за две разные
активности отвечают разные домены.
При этом за белковый сплайсинг отвечает
домен, который составлен из N-концевого и
C-концевого участков полипептидной цепи
Для проверки гипотезы авторы
создали 21 конструкт генов
интеина, в которых удалены
разные внутренние участки
полипептидной цепи.
Конструкты были встроены в ген
другого белка
(тимидилатсинтазы, TS) и
экспрессировались в E.coli
Активность проверялась по
наличию нативного белка TS (без
вставки интеина)
Результат: белковый сплайсинг
сохранялся в тех случаях, когда
удаленный участок не затрагивал первые
96 и последние 35 а.о.
Вывод авторов: функциональный домен
автономного белкового сплайсинга
состоит из остатков 1–96 и 406–440
(всего 131 из полных 440)
Структура гомологичного белка PI-SceI – хоминг
эндонуклеазы из дрожжей (PDB код 1VDE)
Интеин
1–181,
416–454
Эндонуклеаза
186–405
Гидрофобные ядра доменов
Последовательность интеина консервативна.
Об этом свидетельствуют доменные архитектуры трех
белков из разных грибов, описанные в Pfam
Доменная структура полноразмерного белка PI-SceI
Фрагмент, для которого решена структура
Доменная структура белка VMA1
Доменная структура белка TFP1
(аннотирован по сходству)
Эволюционный домен
(биоинформатика: последовательности)
Достаточно длинный участок полипептидной
цепи, который:
•
•
эволюционно консервативен — существуют
достоверно сходные участки в других белках
замечен в перемешивании доменов (domain
shuffling),
то есть имеются примеры белков, где есть достоверно сходные
с ним участки, но есть также несходные между собой (но
эволюционно консервативные) участки
Белки, содержащие два эволюционных домена: гомеодомен
и OAR домен (N-концевые участки не показаны)
Гомеодомены активно перемешивались в
эволюции.
Об этом можно судить по 65(!) различным
доменным архитектурам гомеобелков,
представленным в банке Pfam
Гомеодомен
Парный домен и гомеодомен
Lim домены и гомеодомен
Гомеодомен, продолженный
лейциновой молнией
POU домен и гомеодомен
Два гомеодомена
PBX-домен и гомеодомен
Структурный домен
(биоинформатика 3D структур)
Обособленная в пространстве часть
молекулы белка
Пример
Транскрипционный
фактор – пуриновый
репрессор из E.coli
(PDB код 1WET)
Пуриновый репрессор
димеризуется ….
гуанин
… связывает две
молекулы гуанина, после
чего связывается с ДНК.
Сайт связывания –
палиндром.
Весь комплекс обладает
симметрией 2-го порядка.
ACGAAAACGT TTTCGT
Регуляторный домен
Очевидно выделяется
домен, связанный с
остальным белком гибким
линкером.
ДНК-связывающий
домен
То, что обычно называется
регуляторным доменом –
это один структурный
домен или два?
Если судить по
гидрофобным ядрам, то
два… Но обособлены
они гораздо слабее.
Структурный домен
(биоинформатика: 3D структуры)
Обособленная в пространстве часть
белка, его структурная единица,
имеющая:
•
•
сравнительно мало контактов с другими
частями белка
собственное гидрофобное ядро
Домен белка XXX
(жизнь)
Часть белка, названная доменом:
• Субъективизм
• Образность
• Традиция
В полимеразах обычно выделяют три
домена: fingers, palm, thumb
Product RNA
Fingers
Template RNA
Thumb
NTP
Palm
Три определения доменов
часто дают похожие
результаты!
Но не всегда…
«Парный» (“Paired”) домен
из транскрипционного
фактора PAX5 человека
(PDB 1K78) – очевидно, два
структурных домена
19–81
91–142
82–90
Эволюционный домен (PAX в Pfam)
включает оба структурных домена
(126 а.о.)
Последовательности PAX/prd доменов
консервативны по всей длине
Забавно, что полипептидные цепи обоих
структурных доменов имеют общую
топологию
(- одинаковое число спиралей,
- одинаковые межспиральные взаимодействия,
- одинаковый порядок следования спиралей
вдоль цепи;
* минорные элементы вторичной структуры не в
счет!)
N-концевой структурный домен парного домена
хорошо совмещается с C-концевым
Синий – N-концевой
Зеленый – C-концевой
Совмещение – по двум
спиралям, всего по 14
C атомам
Rmsd = 0.5 Å
Но достоверного сходства последовательностей не наблюдается
Два структурных домена парного домена
одинаково расположены на ДНК
Структурные домены
Алгоритмы детектирования
На чем основаны методы
• Домен имеет собственное гидрофобное
ядро (пример: алгоритм DETECTIVE
Swindells, 1995)
• Домен – это часть белка, внутри которой
много контактов аминокислотных
остатков, а между доменами – мало
контактов (пример: алгоритм DOMAK,
Siddiqui&Barton, 1995)
Siddiqui&Barton, 1995:
DOMAK
Сверху – вниз, от целого – к части!
• Предпосылки: домен состоит из одного
или двух непрерывных участков
полипептидной цепи
• Число контактов между остатками
внутри домена больше, чем число
междоменных контактов
Формализация
• Два остатка контактируют, если расстояние
между ними меньше 5Å
• Если белок разбит на две части, A и B, то
определяется индекс разделенности:
SplitValue=(intA/extAB)∙(intB/extAB)
intA – число пар контактирующих остатков из A;
intB – число пар контактирующих остатков из B;
extAB – число пар контактирующих остатков,
один из A, а другой – из B
Пример. Структура 1CD4. Часть A: N-конец полипептидной
цепи до остатка i; часть B – от (i+1) до C-конца
График зависимости
индекса разделенности
от номера граничного
остатка
Деление по остатку 97 (пик на графике)
В алгоритме DOMAK проверяются
следующие разделения на части A и B
(1)
(2)
(3)
Алгоритм
• К полной цепи применяются методы 1 и 2. Выбирается
разделение с лучшим индексом
• К полученным двум доменам применяется та же
процедура. В случае, когда домен состоит из двух
сегментов, применяется также метод 3.
• Алгоритм останавливается в зависимости от пороговых
значений:
– MDS – минимальный размер домена (в числе остатков)
– MSS – минимальный размер сегмента
• Отдельная процедура предусмотрена для сегментов,
длина которых между MDS и MSS
• Найденные домены проверяются на “компактность”;
некомпактные – сливаются в один
Swindells, 1995
DETECTIVE
Снизу – вверх, наращивание частей!
Предпосылка: каждый домен имеет свое гидрофобное ядро.
Этапы:
1. выявление гидрофобных ядер в структуре
2. «натягивание» доменов на гидрофобные ядра
Гидрофобные ядра – еще не домены!
Для получения доменов применяется
многоходовая процедура чистки-слияния
Алгоритм демонстрируется на примере (см. рис.)
(1) найдено 3 кластера – 1-й, 2-й и 3-й
(2) остатки, окруженные “чужими” вычищаются
(3) кластеры, включающие меньше пяти остатков, вычищаются
(4) заливка некластеризованных остатков
(5–6) оставшиеся некластеризованные остатки присоединяются
по контактам к кластерам предыдущего шага
(7–8) опять прочистка, заливка и присоединение хвостов
Методы выделения доменов
(из обзора Veretnik & Shindyalov, 2005)
Большинство методов основано на
принципах, близких к DOMAK
Сравнение методов
Нужен “benchmark” (стандарт, мерило)
Есть специально посвящённые этому работы.
В качестве правильных доменов принимаются
домены, независимо и одинаково выделенные
несколькими экспертами.
Критерии сравнения:
• процент белковых цепей, для которых все домены выделены правильно
Эта величина зависит от критерия правильности (при каком проценте совпадения
выделенного и правильного домена они считаются одинаковыми?);
• средний процент совпадения выделенного домена с ближайшим
правильным;
•…
Сравнение методов (по книге
“Structural bioinformatics”, 2009)
Сравнение методов (по обзору Veretnik & Shindyalov)
Figure 3. Benchmarking of automatic domain assignment methods.
(A) Performance of DomainParser, PDP and PUU on consensus-based benchmark of 374
structures, (B) evaluating tendency to partition domains into non-contiguous fragments.
Классификации структурных
доменов
• SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/)
– ручная детекция доменов
– 4 основных уровня классификации (класс, укладка,
суперсемейство, семейство)
• CATH (http://www.cathdb.info/)
– полуавтоматическая детекция доменов
– 4 основных уровня классификации (класс,
архитектура, топология, суперсемейство)
Об этом будет отдельная лекция