Выбран фрагмент множественного выравнивания длиною 30 аминокислотных остатков: LAGMIGSFIA LVGMIGSFIA FVGMIATFIY FLGMIVSFVV FLGMIVSFVV FLGMIVSFVV LVGIVVTCIQ FLVVIISLIF FLAIIISLFI FFGIIITWIA RSFDDDIDYW RTFDDDIDYW RTFDQDVDYW RSYDRDVDYY RSYDRDVDYY RSYDRDVDYY HSYNDDVDYY KSIDENTEYT NSLNEDTEYT RSFNTNTEYY VPAEEVKRIE VPADEVERIE VPAAEVERIE VPAKEVEEIE VPAKEVEEIE VPAKEVEEIE VEVEEIKAIE VSVKEIESIE ISAEEIKKIE ITPKEIKEIE По множественному выравниванию составлен паттерн: [LF]-{PYCMRHW}-[GVA]-[MIV]-[IV]-X-[ST]-X-[IVF]-X(2)-[ST]-X-[DN]-X-[DN]-[IVT][DE]-Y-[WYT]-[VI]-X-[AVP]-X-E-[VI]-[EK]-X-I-E В двух последовательностях (CYOB_BUCAI и CYOB_BUCAP) найден мотив, удовлетворяющий данному паттерну. Что удивительно, но не одна последовательность из выравнивания не найдена. Но зато найдены последовательности с похожим на CYOB_ECOLI названием. Возможно это связано с тем, что PROSITE ищет их только в Swiss-Protе, тогда как я искал ортологи по nr. Известные сайты и мотивы в белке CYOB_ECOLI Идентификатор Идентификатор документа документа PROSITE с описанием (AC) мотива PS50855 PDOC00074 PS00077 PDOC00074 PS00008 PDOC00008 PS00006 PDOC00006 PS00001 PS00005 PDOC00001 PDOC00005 Название мотива Профиль Цитохром оксидаза субъединица 1 Подпись Геммедная оксидаза каталитическая субъединица, медь Б связывающий регион Сайт Nмиристилировани я Сайт Казеин киназа II фосфорилировани я Сайт Nгликолизации Сайт Протеин киназа Ц фосфорилировани Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Насколько подпись специфична ? Сколько мотивов нашлось в белке? профиль нет не написано 1 паттерн [YWG] [LIVFYWTA](2) - [VGS] - H [LNP] - x - V x(44,47) - H - H специфична 1 паттерн Gнеспецифич 12 {EDRKHPFYW} на -x(2)-[STAGCN]{P} [ST]-x(2)-[DE] неспецифич 5 паттерн на паттерн N-{P}-[ST]-{P} неспецифич 3 на паттерн [ST]-x-[RK] неспецифич 3 на PS00009 PDOC00009 я Сайт амидации паттерн x-G-[RK]-[RK] неспецифич 1 на PS00004 PS00007 PS00003 PDOC00004 PDOC00007 PDOC00003 Сайт cAMP- и cGMP-зависимых протеин киназ фосфорилировани я Сайт Тирозин киназа фосфорилировани я Сайт Тирозин сульфатирования паттерн [RK](2)-x-[ST] неспецифич 1 на паттерн правило [RK]-x(2,3)[DE]-x(2,3)-Y неспецифич 1 нет неспецифич 2 на на