Классификация бактериальных серин

ЗАХАРЕВИЧ Н.В., ОСОЛОДКИН Д.И., АРТАМОНОВА И.И., ПАЛЮЛИН В.А., ЗЕФИРОВ Н.С.,
ДАНИЛЕНКО В.Н.
ИОГен, МГУ, Москва, Россия
КЛАССИФИКАЦИЯ БАКТЕРИАЛЬНЫХ СЕРИН-ТРЕОНИНОВЫХ ПРОТЕИНКИНАЗ
ЭУКАРИОТИЧЕСКОГО ТИПА – БИОМИШЕНЕЙ ДЛЯ СОЗДАНИЯ НОВЫХ ЛЕКАРСТВ
Цель: построение классификации и моделирование структуры бактериальных серин-треониновых
протеинкиназ (СТПК) эукариотического типа.
Материалы и методы: аминокислотные последовательности СТПК Mycobacterium tuberculosis, а
также бактерий родов Bifidobacterium и Streptomyces были извлечены из базы данных GenBank. Для
построения аминокислотного выравнивания использовали ClustalW 2.0.12. Построение
филогенетического дерева проводилось с помощью программы MEGA 4.1. Моделирование белковых
структур осуществляли с помощью программы Modeller 9v7.
Результаты:
построено
выравнивание
и
филогенетическое
дерево
аминокислотных
последовательностей 61 бактериальной СТПК, отобранной по критерию максимального
разнообразия. Путем анализа выравнивания и сопоставления с кристаллической структурой
протеинкиназы PknB Mycobacterium tuberculosis выявлены 9 классов киназ, отличающихся набором
аминокислотных остатков, расположенных в области связывания АТФ. Для типичных
представителей каждого класса построены модели пространственной структуры. Проведён анализ
возможности создания селективных ингибиторов для СТПК представителей каждого класса.
Выводы: проведена классификация бактериальных серин-треониновых протеинкиназ; построены
модели типичных представителей каждого класса.