Лиганд

Лиганд
молекула или ион, связанная с центральным ионом. Химическое вещество, которое гдето привязывается; например сигма- лиганд - связывается с сигма - рецепторами.
Лиганды могут быть и антагонистами и агонистами (или ни тем, ни другим).
Получено с
http://ru.wiktionary.org/wiki/%D0%9B%D0%B8%D0%B3%D0%B0%D0%BD%D0%B4
Cписок аминокислотных остатков цепи А, контактирующих с ДНК:
С ДНК в белке (цепь А) контактируют следующие аминокислоты:
THR4, LYS5, LYS24, LYS45, SER47,GLY48, ASN51, ARG55, LYS57, ARG60, PRO61, ARG63,
PRO65, LYS66, ILE71, ILE73, ARG76, ARG82, GLY84, GLN85, LYS86, LYS88.
Предположить взаимодействие между молекулами можно, если расстояние между ними не
больше 4.5 Å, но так как взаимодействие между ДНК и цепью А белка осуществляется только
за счет водородных связей, то расстояние снижается до 3.5 Å.
Замена аминокислотного остатка белка, которая может привести к потере способности
связывания цепи А с ДНК:
В задании требуется заменить 1 остаток, но так как зона контакта очень обширная, то, скорее
всего, такая замена не приведет к потере способности связывания белка с ДНК. Поэтому я
предложу замену нескольких аминокислотных остатков.
Молекула ДНК заряжена отрицательно, т.к. в ней содержится большое количество остатков
фосфорной кислоты.
Поэтому, чтобы нарушить механизм связывания белка с ДНК, нужно заменить положительно
заряженные остатки аминокислот на отрицательно заряженные.
В этом случае взаимодействующие молекулы будут отталкиваться друг от друга.
По рисунку видно, что наиболее сильное взаимодействие там, где обведено белым кругом
(точнее, замкнутой кривой. Так как я обводила от руки, то "что выросло, то выросло":))..).
Поэтому, если заменить все остатки в этой области (LYS57, LYS66, ARG60, ARG63, ARG76,
PRO61, PRO65, ILE71, ILE73) и все положительно заряженные остатки вне ее (LYS5, LYS24,
LYS45, LYS86, LYS88, ARG55, ARG82) на, допустим, аспарагиновую кислоту, то с большой
вероятностью возможность взаимодействия будет потеряна.
Замена аминокислотного остатка белка, контактирующего с ДНК, но тем не менее,
предположительно, мало влияющая на способность связывания с ней:
Замена любого из остатков THR4, GLN85, SER47, GLY48, GLY84, ASN51, например GLY48 на
ALA48 не приведет к существенному изменению способности к связыванию, так как оба
остатка нейтральны и несильно отличаются по размеру.