Приложение

Приложение
к инструкции по применению набора реагентов для детекции
генетических полиморфизмов методом пиросеквенирования с
применением системы генетического анализа серии PyroMark
«АмплиСенс Пироскрин»
«ОСТЕО-скрин»
Профиль генетического исследования
«Остеопороз»
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 1 из 11
Комплект реагентов «ОСТЕО-скрин» – комплект реагентов для амплификации и
пиросеквенирования – включает:
Реактив
ПЦР-смесь-1 ОСТ-1
ПЦР-смесь-1 ОСТ-2
ПЦР-смесь-1 ОСТ-3
ПЦР-смесь-1 ОСТ-4
ПЦР-смесь-1 ОСТ-5
ПЦР-смесь-1 ОСТ-6
Полимераза (TaqF)
2,5х ПЦР-буфер blue
Минеральное масло для
ПЦР
Праймер для
секвенирования ОСТ-1-S
Праймер для
секвенирования ОСТ-2-S
Праймер для
секвенирования ОСТ-3-S
Праймер для
секвенирования ОСТ-4-S
Праймер для
секвенирования ОСТ-5-S
Праймер для
секвенирования ОСТ-6-S
Описание
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная жидкость
синего цвета
Бесцветная вязкая
жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
бесцветная жидкость
Объем,
мл
Кол-во
0,275
1 пробирка
0,275
1 пробирка
0,275
1 пробирка
0,275
1 пробирка
0,275
1 пробирка
0,275
1 пробирка
–
0,03
6 пробирок
–
0,6
6 пробирок
–
4,0
2 флакона
0,33
5 пробирок
0,33
5 пробирок
0,33
5 пробирок
0,33
5 пробирок
0,33
5 пробирок
0,33
5 пробирок
Локус
(полиморфизм)
COL1A1
(2046G>T)
ESR1
(T>C PvuII)
ESR1
(A>G XbaI)
LCT
(-13910C>T)
LRP5
(A1330V C>T)
VDR
(G>A (BsmI))
COL1A1
(2046G>T)
ESR1
(T>C PvuII)
ESR1
(A>G XbaI)
LCT
(-13910C>T)
LRP5
(A1330V C>T)
VDR
(G>A (BsmI))
Комплект реагентов рассчитан на проведение 55 реакций пиросеквенирования для
каждого исследуемого генетического локуса.
К комплекту реагентов прилагается следующий реагент:
Реактив
ОКО
Описание
Прозрачная
бесцветная
жидкость
Объем, мл
Кол-во
1,2
1 пробирка
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 2 из 11
Анализируемые полиморфизмы
Локус
Продукт
Полиморфизм
rs
Последовательность
для анализа
Анализ
Варианты
генотипа
GG
GT
TT
TT
TC
CC
AA
AG
GG
CC
CT
TT
COL1A1
Коллаген тип 1
IVS1 2046G>T
rs1800012
C/ACATTCCCTGGGCAG
обратный
ESR1
Эстрогеновый
рецептор
T>C (PvuII)
rs2234693
T/CGTTTTATGCTTT
прямой
ESR1
Эстрогеновый
рецептор
A>G (XbaI)
rs9340799
TCC/TAGACCACA
обратный
Лактаза
-13910C>T
rs4988235
G/ACTACATTA
обратный
LRP5
Рецептор к
липопротенинам
низкой
плотности
A1330V C>T
rs3736228
CA/GCCTCGTCT
обратный
CC
CT
TT
VDR
Рецептор к
витамину D
G>A (BsmI)
rs1544410
TGCA/GCATTCCCA
прямой
GG
GA
AA
LCT
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 3 из 11
СХЕМЫ ОЖИДАЕМЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ
Локус: COL1A1, полиморфизм IVS1 2046G>T
Генотип: GG
Генотип: GT
Генотип: TT
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 4 из 11
Локус: ESR1, полиморфизм T>C (PvuII)
Генотип: TT
Генотип: CT
Генотип: CC
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 5 из 11
Локус: ESR1, полиморфизм A>G (XbaI)
Генотип: AA
Генотип: AG
Генотип: GG
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 6 из 11
Локус: LCT, полиморфизм -13910C>T
Генотип: CC
Генотип: CT
Генотип: TT
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 7 из 11
Локус: LRP5, полиморфизм A1330V C>T
Генотип СС
Генотип СТ
Генотип ТТ
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 8 из 11
Локус: VDR, полиморфизм G>A (BsmI)
Генотип: GG
Генотип: GA
Генотип: AA
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 9 из 11
ПРИМЕРЫ РЕЗУЛЬТАТОВ
Локус: COL1A1, полиморфизм IVS1 2046G>T
A2: C/ ACATTCCCTGGGCAG
A: 57%
C : 43%
350
300
250
200
150
100
50
0
E
S
G
A
C
A
T
C
T
G
5
Генотип: GT
Локус: ESR1, полиморфизм T>C (PvuII)
B2: T/ CGTTTTATGCTTT
C : 47%
T: 53%
800
600
400
200
0
E
S
G
C
T
G
T
T
A
T
G
5
C
10
Генотип: TC
Локус: ESR1, полиморфизм A>G (XbaI)
C7: TCC/ TAGACCA
C : 42%
T: 58%
350
300
250
200
150
100
50
0
E
S
G
T
C
T
A
G
A
C
5
Генотип: AG
Локус: LCT, полиморфизм -13910C>T
A4: G/ ACTACATTA
A: 49%
G: 51%
125
100
75
50
25
0
E
S
C
A
G
C
T
A
C
A
5
Генотип: CT
Локус: LRP5, полиморфизм A1330V C>T
B3: CA/ GCCTCGTCT
A: 54%
G: 46%
300
200
100
0
E
S
T
C
A
G
C
T
C
G
5
Генотип: CT
Локус: VDR, полиморфизм G>A (BsmI)
C2: TGCA/ GCATTCCCA
A: 50%
G: 50%
150
125
100
75
50
25
0
E
S
G
Генотип: GA
T
G
T
C
5
A
G
C
A
T
10
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 10 из 11
Лист вносимых изменений
Редакция
Место внесения
изменений
Суть вносимых изменений
Титульный лист
10.05.11
LA
Состав
Нижний колонтитул
02.08.11
VV
25.08.11
VV
Название набора
реагентов
Титульная страница
Нижний колонтитул
Добавлено краткое название приложения –
«ОСТЕО-скрин»
Название комплекта реагентов «ПЦРкомплект» исправлено на «ОСТЕО-скрин»
Объем и количество реагентов ПЦР-смесь-1
изменено с 0,005 мл – 55 пробирок на 0,275
мл – 1 пробирка
Из названия ПЦР-смеси-1 удалено R
Информация о том, что ПЦР-смесь-1
раскапана под воск удалена
Реагент ПЦР-смесь-2-blue заменен на 2,5х
ПЦР-буфер blue
Добавлен реагент полимераза (TaqF) (0,03
мл – 6 пробирок)
Добавлен столбец «Описание»
Изменен кат. номер: PMQ-008-50-F вместо
PMQ-008-R0,5 и PMQ-008-R0,2
Название набора «Пироскрин» изменено на
«АмплиСенс® Пироскрин»
Добавлен символ, обозначающий «изделие
для in vitro диагностики»
«Кат. №» и «дата изменения» заменены на
соответствующие символы
Форма 10: REF PMQ-008-50-F / VER 25.08.11 / стр. 11 из 11