SureScan

SureScan
ДНК-МИКРОЧИПЫ
СКАНЕР
Платформа для ДНК-микроэррей: исследования и диагностика
Новый сканер SureScan является основой комплексного решения Agilent
Technologies для проведения гибридизационного анализа геномов на
микрочипах, включающее наборы реактивов для подготовки образцов,
микрочипы, оборудование для гибридизации и программное
обеспечение для обработки данных.
Флуоресцентный сканер SureScan Microarray Scanner предназначен для
быстрого, высококачественного, автоматизированного сканирования
микро-чипов ДНК, напечатанных на слайдах стандартного формата 1×3
дюйма. Сканер обеспечивает максимальную точность измерений в
оптическом диапазоне наиболее популярных при изучении нуклеиновых
кислот красителей (Cy3, Cy5, Alexa 647, 555 и 660). Способность
детектировать одновременно флуоресценцию двух красителей дает
возможность проведения двухцветного анализа микрочипов.
Автофокус сканера подстраивается около 1 миллиона раз в течение
одного скана, фокусируясь на каждом пикселе, позволяет различать
самые малые изменения контура поверхности, обеспечивая
минимальный фоновый сигнал и максимальную чувствительность, а также
автоматическую коррек-тировку неровностей стекла и других подобных
причин возникновения артефактов. Разрешение сканирования – 2
микрона. Чувствительность сканера – 0,01 хромофора на квадратный
микрон.
Динамический автофокус
Постоянно подстраивающийся во время
сканирования автофокус нивелирует неровности
стекла слайда и позволяет получить изображение с
максимальной чувствительностью и четкостью
Вспомогательное оборудование и реактивы
Непревзойденные показатели чувствительности и разрешения
сканирования нового SureScan Microarray Scanner позволяют получать
максимум биологической информации даже из одной точки данных или
одного эксперимента. Сканер снабжен автозагрузчиком на 24 слайда с
возмож-ностью непрерывного добавления слайдов во время работы
сканера. Результатом сканирования является псевдоаналоговое
изображение микрочипа (имидж).
Программное обеспечение Feature Extraction преобразует полученные
изо-бражения в количественные численные показатели, которые
анализируются или подвергаются дальнейшей обработке в программных
пакетах Agilent CytoGenomics, Agilent Genomic Workbench или GeneSpring
GX – специали-зированных средствах визуализации и оценки
генетической информации для различных типов исследований или
медицинской диагностики.
Гибридизационная
печь
Полный набор реактивов для выделения
нуклеиновых кислот, проверки их целостности и
качества, мечения и гибридизации.
Гибридизационные печи и камеры, держатели
слайдов.
Микрочипы
Микрочипы представляют собой стеклянные слайды, содержащие десятки тысяч
фрагментов ДНК, так называемых «проб». При производстве микрочипов Agilent
Technologies использует запатентованную технологию SurePrint, позволяющую печатать
путем непосредственного синтеза олигонуклеотидов на стекле до 1 миллиона высококачественных 60-мерных проб ДНК на одном слайде. Способность создавать
микрочипы с высокой плотностью проб дает возможность размещать до 8 чипов на
одном слайде и, соответственно, анализировать до 8 образцов, что значительно
снижает стоимость одного анализа. Большое разнообразие микрочипов Agilent
позволяет использовать для работы широкий спектр молекулярно-биологических
методов: анализ экспрессии генов (GE), сравнительная геномная гибридизация (CGH),
профилирование микроРНК, иммуно-преципитация хроматина (ChIP-on-Chip), анализ
метилирования ДНК.
С помощью бесплатного веб-приложения Agilent eArray, содержащего базу данных
порядка 28 млн. олигонуклеотидных последовательностей Вы можете создать и заказать
индивидуальный чип с собственным составом проб, идеально соответствующий вашим
задачам.
https://earray.chem.agilent.com
GE
Экспрессия генов (Gene Expression)
Чипы для анализа экспрессии генов (GE) Содержание проб сфокусировано на известных кодирующих последовательностях геномов (экзонах).
Предназначены для проведения исследования транскрипции генов в масштабе целого генома и альтернативного сплайсинга отдельных генов. Доступны
чипы на геном человека и порядка 30 различных модельных объектов (мышь, крыса, лосось, дрозофила, арабидопсис, томат, дрожжи, E.coli и т.д.).
Сравнительная геномная гибридизация (Comparative genomic hybridization)
CGH
Чипы для сравнительной геномной гибридизации (oligo aCGH) Платформа Agilent для олиго-CGH на микрочипах предназначена для быстрого и полного
скрининга генома на предмет хромосомных аббераций в течение одного эксперимента. Она не требует приготовления препаратов метафазных хромосом
из исследуемой ткани, а, следовательно, не зависит от процесса культивирования клеток и связанных с ним артефактов и дает информацию о
хромосомном наборе in vivo. Олиго-CGH на микрочипах Agilent не зависит от источника исследуемого материала и может быть успешно выполнена с
малым количеством тестируемой ДНК. Кроме того, для анализа может быть использован архивный материал в виде заключенных в парафин или
зафиксированных в формалине образцов тканей.
Дополнительно предлагаются специальные форматы микрочипов для анализа CNV (вариаций числа копий) и SNP (однонуклеотидного полиморфизма) с
возможностью детекции UPD (однородительской дисомии) и LOH (потери гетерозиготности). Универсальность набора проб на микрочипах Agilent для CGH
позволяет использовать их для различных типов приложений, таких как молекулярная онкология, изучение вариаций числа копий ДНК, постнатальная
диагностика задержки развития и умственной отсталости, пренатальная диагностика хромосомных аномалий, предимплантационная диагностика
анеуплоидий и микроделеций, проверка геномной «чистоты» клеточных линий, например, стволовых клеток.
miRNAs
МикроРНК
Чипы для анализа микроРНК (miRNAs) Новое приложение на основе микрочипов, сочетает в себе уникальный метод прямого мечения микроРНК,
инновационный дизайн проб и высокопроизводительную технологию их синтеза SurePrint. Данный тип чипов предназначен для профилирования
экспрессии микроРНК и исследования их роли в регуляции генов человека и ряда модельных организмов. Приложение содержит все реактивы,
необходимые для мечения и гибридизации, простые экспериментальные протоколы и постоянно обновляющуюся базу последовательностей микроРНК для
дизайна проб.
Иммунопреципитация хроматина на чипах (Сhromatin immunoprecipitation)
ChIP-on-Chip
Иммунопреципитация хроматина на чипах (ChIP-on-Chip) Сочетание методов иммунопреципитации хроматина in vivo и гибридизации на микрочипе для
установления точного местоположения сайта связывания белка с ДНК. Технология позволяет получать развернутые и достоверные профили ДНК-белкового
связывания и использования промоторов в масштабе целого генома человека и ряда модельных организмов. Может быть использована для решения
следующих задач: выявление роли ДНК-белковых взаимодействий в процессах транскрипции, репликации, модификации и репарации; выяснение
способов действия и потенциальной терапевтической активности веществ по отношению к целевым генам, связанным с заболеваниями, а также
обнаружение возможных вторичных эффектов; идентификация, оценка и мониторинг биомаркеров, ответственных за события ДНК-белкового связывания,
которые могут служить в качестве биопроб или токсикологических индикаторов для токсикогеномики.
CH3
Метилирование ДНК (DNA Methylation)
Чипы для анализа метилирования ДНК Предназначены для проведения всеобъемлющего, полногеномного анализа характера метилирования ДНК и
установления взаимосвязи этого процесса с такими явлениями, как геномный импринтинг, замолкание (сайленсинг) генов, стабильность хроматина,
раковые заболевания. Содержание проб на этих микрочипах сфокусировано на так называемых «СрG-островках» и промоторных областях.
Более подробную информацию о продуктах, производимых Agilent Technologies для исследований в
области геномики можно получить на сайте genomics.agilent.com, а также обратившись к
официальному представителю Agilent Technologies в Республике Казахстан ТОО“DICOSTA
TECHNOLOGIES LTD”
тел./факс: +7 (727) 258-20-20;
e-mail: [email protected];
WEB: www.dicosta.kz.