14.607.21.0098 <Номер постера> Федеральная целевая программа «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014—2020 годы» Науки о жизни Тема: Разработка тест-системы неинвазивной диагностики для планирования терапии рака легкого на основе высокопроизводительного секвенирования циркулирующей опухолевой ДНК. Соглашение 14.607.21.0098 на период 2014 - 2016 гг. Руководитель проекта: с.н.с. Рыкова Елена Юрьевна Получатель субсидии: Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук Цели и задачи проекта Получение значимых научных результатов и экспериментальных образцов тест-систем, позволяющих перейти к созданию новых видов диагностической продукции и предоставлению медицинским и научно-исследовательским организациям новых и эффективных средств неинвазивной онкодиагностики и молекулярно-генетического типирования опухолей. Ожидаемые результаты проекта — Коллекция биологических образцов и база данных, обеспечивающая учет коллекции и анализ ассоциий между клиническими параметрами и биомаркерами; — экспериментальный образец набора для выделения циркулирующей ДНК из плазмы и фракции циркулирующей ДНК, сорбированной на поверхности клеток крови, для дальнейшего использования в составе тест-систем; — панель биомаркеров чувствительности и приобретенной резистентности к терапии ингибиторами тирозин-киназы, как основа для разработки диагностических тест-систем для планирования таргетной терапии; — алгоритм принятия решения о назначении терапии ингибиторами тирозин-киназы на основании анализа разработанных панелей биомаркеров; — экспериментальные образцы тест-системы для неинвазивного (по анализу крови) определения чувствительности и приобретенной резистентности к таргетной терапии ингибиторами тирозин-киназы EGFR; — программное обеспечение для анализа данных таргетного секвенирования и интерпретации результата. Перспективы практического использования 1) диагностика пациентов с немелкоклеточным раком легкого для определения чувствительности к терапии препаратами ингибиторами тирозин-киназы рецептора эпидермального фактора роста. Проведение тестирования ограничено низкой доступностью опухолевого материала – до 50% больных не могут быть протестированы по этой причине. Таким образом, появление неинвазивного теста существенно увеличит объем рынка таргетной терапии ингибиторами тирозинкиназ. 2) мониторинг приобретенной резистентности к терапии препаратами эрлотиниб и гефитиниб. Несмотря на все преимущества таргетной терапии, ее принципиальным ограничением является развитие приобретенной резистентности, которая неизбежно развивается у большинства пациентов. Важной задачей является выявление резистентности еще до проявления клинических признаков прогрессии опухоли (радиологических и др.). Решение этой проблемы с помощью разрабатываемой тест-системы позволит оптимизировать терапию и повысить эффективность лечения, в чем также заинтересованы производители препаратов ингибиторов тирозинкиназ. 3) стратификация пациентов в рамках клинических испытаний и научные исследования. Около 10 ингибиторов тирозин-киназы EGFRнаходятся на разных фазах клинических испытаний, - соответствующие испытания в России потребуют использования так называемого сопутствующего биомаркера (companion biomarker) для демонстрации достаточной эффективности и выхода на рынок. Таким образом, результаты реализации проекта могут быть вовлечены в проведение клинических испытаний и сопровождать новые препараты на рынке. Результаты исследовательской работы, полученные в 2015 г. 1. Были разработаны методики выделения ДНК из плазмы крови, бронхо-альвеолярных смывов, пунктатов асцитной жидкости, биоптатов тканей легкого и цитологического материала. Разработанные методики обеспечивают выделение ДНК с выходом более 80% и сравнимы по эффективности выделения с наборами, представленными на рынке. 2. Создана база данных, обеспечивающая не только учет коллекции биологических образцов, но и способность проводить последующий анализ ассоциаций между клиническими параметрами и биомаркерами. 3. Проведено таргетное секвенирование ДНК-библиотек, полученных из образцов опухолевой ткани от пациентов с диагнозом немелкоклеточный рак легкого на приборе MiSeq (Illumina). Обнаруженные клинически-значимые соматические мутации мутации EGFR делеция в 19 экзоне вставка в 19 экзоне вставка в 20 экзоне L858R T790M амплификация гена 11 (44%) 4 (16%) 1 (4%) 1 (4%) 3 (12%) 1 (4%) 2 (8%) G12X A146X 5 (20%) 1 (4%) E545K 1 (4%) мутации KRAS мутации PIK3CA У 5-го образца была обнаружена вставка 18 нуклеотидов в 19 экзоне гена EGFR, ранее не описанная в публично доступных базах данных (COSMIC). Ранее было показано (He et al. 2011), что аналогичная вставка 6 аминокислот в 19 экзоне приводит к увеличению активности EGFR in vitro и связана с ответом на терапию ингибиторами ТК EGFR у больных НМРЛ. Партнеры проекта Индустриальный партнер: Общество с ограниченной ответственностью "Атлас” Соисполнитель: ООО “Рид-Сенс” 14.607.21.0098 <Номер постера>