Моделирование взаимодействия фермент-лигандного комплекса у входа в

реклама
Моделирование взаимодействия фермент-лигандного комплекса у входа в
канал, ведущий в активный центр АХЭ
Аюпов Рустам Хасанович
Научные руководители: Акберова Н.И. к.б.н. доцент, Тарасов Д.С. к.б.н.
Казанский Федеральный Университет
Введения
Молекулярное моделирование используется для предсказания
поведения молекул относительно друг друга. В данной работе моделируется
взаимодействие ацетилхолинэстеразы (АХЭ) и лиганда из класса
производных пиридоксина. Предполагается, что лиганд ингибирует действие
фермента посредством образования ковалентной связи с аминокислотным
остатком Ser203 [1]. В предыдущих исследованиях [2] было показано, что в
активном центре фермента лиганд нековалентно взаимодействует с АХЭ, при
этом не исключается и ковалентное взаимодействие. Так же была показана
роль окружения каталитической триады активного центра фермента во
взаимодействии с лигандом [3]. В настоящем исследовании выясняется
вопрос взаимодействия лиганда с аминокислотными остатками,
находящимися у входа в канал, ведущий в активный центр АХЭ.
Объекты и методы
В работе использовали структуру АХЭ - 2JEY, полученную из Protein
Data Bank (PDB). Структура была очищена от молекул не белкового
происхождения (молекулы, которые способствовали кристаллизации
фермента) с помощью программы VMD.
Модель структуры лиганда была построена с помощью программы
Avogadro и оптимизирована в программном пакете PC GAMESS (Fire fly).
Первоначальное положение лиганда у входа в канал активного центра было
получено с помощью программы AutoDock.
Динамика фермент-лигандного комплекса проводилась в программе
NAMD 2.8 с использованием силового поля Amber 99.
Получение топологии молекулы
Топология молекулы — это набор определенных параметров (углы, длины
связи, заряды), характерных для конкретной структуры, состоящей из
определенных атомов и групп атомов. Данная процедура проводилась в
AMBER 99.
Основные этапы работы в Amber99:
– работа со структурой белка
– работа со структурой лиганда и его помещение в структуру белка
– добавление молекул воды в окружение белка
Условия динамики
Динамика проводилась с использованием периодических граничных условий,
шаг интегрирования 2 фс, температура моделируемой системы 300 К. Запись
траектории проводилась в течение 2 нс на каждом 800 шаге динамики.
Размер ячейки составил 105*75*150 ангстрем. Перед динамикой структура
комплекса была минимизирована методом градиентного спуска в течение 200
шагов. Порог отрезания потенциала равен 10 ангстрем. Связи с атомами
водорода были зафиксированы, что вело к сокращению времени динамики.
Статические
взаимодействия
между
периодическими
образами
рассчитывались методом суммации Эвальда (PME).
Результаты и обсуждение
Первоначальное положение лиганда (рис.1.1) на поверхности фермента
около входа в канал активного центра, полученное в ходе докинга,
показывает наличие стэкинг взаимодействия с аминокислотным остатком
Trp286. Такая позиция лиганда энергетически выгодна, но его ориентация не
способствует прохождению в канал активного центра. Тем не менее
коорднаты атомов лиганда в этой позиции были выбраны как начальные для
проведения динамики, чтобы выяснить - сможет ли лиганд удержаться в этом
положении или его положение изменится.
Результаты динамики показали, что первоначальное положение
лиганда нестабильно (рис.1.2,1.3). В ходе межмолекулярного взаимодействия
происходит расхождение (отталкивание) лиганда и бокового радикала
аминокислотного остатка Trp86. При этом видимого перемещения лиганда к
каналу активного центра не происходит.
Анализируя полученные в ходе динамики результаты, надо исходить из
результатов докинга. Если структура лиганда при докинге будет расположена
близко к входу в канал, то она может образовать связи с аминокислотными
остатками, служащими "воротами" канала. При этом возможно два варианта
ориентации структуры лиганда, выгодной для проникновения в канал.
Первый, ориентация лиганда должна быть такой, чтобы его
карбамоилированный радикал был направлен в сторону канала. В этом
случае лиганду не надо разворачиваться внутри канала или полости
активного центра, чтобы провзаимодействовать с аминокислотным остатком
Ser203. Второй вариант, молекула должна быть ориентирована
противоположно, то есть карбамоилированный радикал должен быть
ориентирован «от канала». В этом случае, ароматические аминокислоты
канала будут взаимодействовать с ароматическим кольцом лиганда,
«помогая» ему проходить канал.
Рис. 1 Молекулярная динамика фермент-лигандного комплекса.
1.1 – первоначальное положение лиганда (обозначен зелеными шарами)
относительно фермента (весь белок показан в виде спиралей серого цвета,
аминокислотные остатки канала и активного центра показаны в виде
поверхности) при закрытом канале; 1.2 – положение лиганда при открытом
канале; 1.3 – взгляд внутрь канала (светло-фиолетовым обозначен
аминокислотный остаток Ser203); 1.4 – аминокислотные остатки - «ворота»
канала в активный центр и лиганд (черные пунктирные линии — между
атомами образующими «ворота», зеленые пунктирные линии — между
атомом азота лиганда и реперными точками для анализа передвижения
лиганда в динамике).
Рис.2 Изменение расстояний между атомами в ходе динамики
На рис.2 показана динамика изменения расстояний между атомами.
Если пренебречь первыми 50 шагами динамики, то видим, что расстояния
колеблются максимум в диапазоне 2 ангстрем. Синим и оранжевым линиями
показаны изменения между атомами смыкающими «ворота» канала (на
рис.1.4 — черные пунктирные линии). Наибольшие расстояние между
атомами аминокислот Ser286(O) – Asp74(OD2) и составляет 14,49 Å
(ангстрем), в среднем 12,89 Å. Расстояние между Tyr334(O) – Trp279(CH2)
достигает 7,55 Å, в среднем 6,18 Å. Для анализа изменения положения
лиганда были взяты реперные точки (рис.1.4 — зеленые пунктирные линии,
рис.2 — желтые, зеленые, коричневые линии) атомы аминокислотных
остатков «ворот» канала и атом азота лиганда (N1). В ходе динамике, после
стабилизации структур, лиганд(N1) не значительно приблизился к
Trp289(CZ2) с 8 до 7 Å в среднем, а максимально до 6,2 Å; по отношению к
точкам Ser286(O) и Tyr334(O) он показал соответствующие значения:
начальное 8,9 Å и 8,6 Å, среднее 7,8 Å и 7,7 Å, максимально отдалился на
9,17 Å и 9,06 Å, максимально приблизился на 6,7 Å и 7,1 Å. Колебания
«ворот» Ser286(O) – Asp74(OD2) x Tyr334(O) – Trp279(CH2) в среднем
составило 12,89 x 6,18 Å, максимальное значение в определенный момент
13,89 x 7,18 Å. Стоит отметить, что при проведении динамики без лиганда у
входа в канал параметры «ворот» максимально колебались в пределах
8.95×10.48 Å, параметры лиганда при этом составляют 8,36 × 9,02 Å.
Заключение
Проведенное исследование показало, что положение лиганда на
поверхности фермента в ходе динамики полностью зависит от выбранного
положения лиганда в ходе докинга. Анализ динамики подтвердил
возможность проникновения лиганда в канал активного центра. Однако, для
проведения соответствующего удачного эксперимента, нужно будет
подобрать начальное выгодное положение лиганда.
Литература
1. Стрельник, А. Д. Диссертация на соискание ученой степени кандидата
химических наук. Синтез и биологическая активность некоторых
производных пиридоксина. Казань. 2010 год. 128 с.
2. Аюпов, Р.Х., Акберова Н.И., Тарасов Д.С.. Докинг производных
пиридоксина в активном центре холинэстераз. // Учен. зап. Казан. ун-та. Сер.
Естеств. Науки – 2011. – Т. 153, кн. 3. – С. 107-118.
3. Аюпов, Р.Х., Акберова Н.И., Тарасов Д.С. Взаимодействие производного
пиридоксина с активным центром ацетилхолинэстеразы // Учен. зап. Казан.
ун-та. Сер. Естеств. науки - 2012.- Т. 154, кн. 2. – С. 234-246.
Скачать