Выявление белок-белковых взаимодействий путем анализа

Выявление белок-белковых
взаимодействий путем анализа
масс-спектрометрических данных
Поверенная Екатерина Владимировна
ФГБУ «ИБМХ» РАМН, Москва
Методы, используемые для выявления
белок-белковых взаимодействий
биоинформационные
методы
Other
Microarray
Y2H
AP-MS
90%
экспериментальные
методы
Аффинный «фишинг»
в сочетании с масс-спектрометрией (AP-MS)
prey
prey
prey
prey
bait
Global Proteome Machine Database
(GPMDB)
Метод виртуальной ко-преципитации*
1. BAIT: Белок 18-й хромосомы X
3. BAIT: Белок Y
Анализ набора данных в GPMDB
Список потенциальных партнеров
4. Взаимодействие с белком X?
2. PREYS: Белки Y, Z, …
* Zhang CC, Rogalski JC, Evans DM, Klokenbusch C, Beavis R, Kast J. In Silico
protein interaction analysis using the GPMDB, JPR 2010)
белок HIST4H4
> 50 mln experiments in GPMDB
Для человека (~ 18 тыс) –
5 596 046
Для белков хр. 18 (230) –
70 987
AP-MS (110) -
7 202
(396 850)
Потенциальные ББВ (110) –
9 903
Подтвержденные ББВ (100) –
1 197
277 белков, кодируются генами хромосомы18 >>>
В результате виртуальной ко-преципитации 100 белков имеют хотя
бы одно взаимодействие >>> суммарный интерактом – 1197 ББВ
20
белдов
Количество таргетных
25
15
10
5
0
2
2
5
5
10
10
15
15
20
20
25
25
40
40
100
100Еще
Количество ББВ
Распределение таргетных белков хромосомы 18 по количеству ББВ
полученные результаты vs STRING
Для 85 из 100 белков хромосомы 18 имеются интерактомные
данные в STRING (score> 0.7). Из них 30 белков имеют
пересечения
Ген
SEH1L
NDC80
NDUFV2
TUBB6
TTR
CYB5A
# ББВ
(GPMDB)
7
11
21
24
67
36
# ББВ
(STRING)
10
179
52
9
38
18
# общих
ББВ
7
9
17
5
9
1
%
100,0
81,8
81,0
55,6
23,7
5,6
GO enrichment
Биологический
процесс
Клеточный
компонент
Молекулярная
функция
С помощью веб-приложения GOrilla были получены аннотации (pvalue <10-5) для 64 из 74 групп ББВ (содержащих не менее 5 ББВ).
С помощью веб-приложения REMIGO была построена карта
биологических процессов для хромосомы 18 человека.
Заключение
 С помощью анализа масс-спектрометрических данных
методом виртуальной ко-преципитации для 110 из 277
белков, кодируемых генами 18-й хромосомы человека, было
выявлено 1197 ББВ.
 Полученные данные были сопоставлены с интерактомной
базой данных STRING, где пересечение составило ~ 12%, что
сопоставимо с данными пересечения STRING и базы данных
MINT.
 Для 64 интерактомных групп белков хромосомы 18,
содержащих не менее 5 ББВ, были получены GO аннотации,
по результатам которых было выявлено, хромосома 18
вовлечена в преимущественно в процессинг белка ,
клеточные процессы и биосинтеза ароматических
соединений.
Благодарности
А.В. Лисице
А.Л. Чернобровкину
Е.А. Пономаренко
М.А. Пятницкому