Вкладыш для набора реагентов «АмплиСенс® Yersinia

ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора
ВКЛАДЫШ
ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора
ВКЛАДЫШ
®
К набору реагентов «АмплиСенс WNV-FL»
«ПЦР-комплект» вариант FRT
Формат FRT Форма 1: REF R-V53(RG,iQ,Mx)
Формат FRT Форма 1: REF R-V53(RG,iQ,Mx)
Приборы роторного типа (Rotor-Gene 3000, Rotor-Gene 6000, Rotor-Gene Q и др.)
Настройки для приборов
Threshold/
Порог
Канал
FAM/Green
JOE/Yellow
0,03
0,03
More Settings/Outlier Removal/Устранение
выбросов
5%
5%
®
К набору реагентов «АмплиСенс WNV-FL»
«ПЦР-комплект» вариант FRT
Slope Correct/
Коррект.
уклона
включена
включена
Eliminate
Cycles before/Исключ
ить циклы
5
5
Приборы роторного типа (Rotor-Gene 3000, Rotor-Gene 6000, Rotor-Gene Q и др.)
Настройки для приборов
Calibrate / Gain
Optimisation…
/ Опт.уровня
сигн
от 5Fl до 10Fl
от 5Fl до 10Fl
Threshold/
Порог
Канал
FAM/Green
JOE/Yellow
0,03
0,03
More Settings/Outlier Removal/Устранение
выбросов
5%
5%
Slope Correct/
Коррект.
уклона
включена
включена
Eliminate
Cycles before/Исключ
ить циклы
5
5
Calibrate / Gain
Optimisation…
/ Опт.уровня
сигн
от 5Fl до 10Fl
от 5Fl до 10Fl
Примечание – в том случае, если кривые флуоресценции по каналам FAM/Green и JOE/Yellow не соответствуют
экспоненциальному росту, установить значение порога отрицательных проб (NTC threshold/Порог Фона - ПФ)
равным 10 %.
Примечание – в том случае, если кривые флуоресценции по каналам FAM/Green и JOE/Yellow не соответствуют
экспоненциальному росту, установить значение порога отрицательных проб (NTC threshold/Порог Фона - ПФ)
равным 10 %.
Приборы планшетного типа (iCycler iQ, iQ5, Mx3000P и др.)
Настройки для приборов
Приборы планшетного типа (iCycler iQ, iQ5, Mx3000P и др.)
Настройки для приборов
iCycler iQ,
iQ5
Mх3000P
При анализе результатов амплификации по каждому из каналов установить следующие параметры: в меню Base Line Cycles выбрать User Defined, Select all, Edit Range и задать Start
Cycle = 2, Ending Cycle = 10. В меню Crossing Threshold выбрать User Defined, задать
Threshold Position для канала FAM/FAM-490 – 50, для канала JOE/HEX/JOE-530 – 200.
1.В меню Plate Setup задать параметры измерения флуоресценции. Для этого выбрать все
ячейки, в которых установлены исследуемые пробирки с ПЦР-смесью-1-FRT WNV и в опции
Collect fluorescence data отметить флуорофоры FAM, JOE.
2. В блоке Treshold fluorescence для каждого из каналов установить значение пороговой
линии на таком уровне, чтобы кривые флюоресценции носили линейный характер: для канала
FAM рекомендуется выбрать уровень пороговой линии равный 150, для канала JOE/HEX –
500. В норме пороговая линия должна пересекать только сигмообразные кривые накопления
сигнала положительных образцов и контролей и не пересекать базовую линию. В случае если
это не так, необходимо повысить уровень порога.
Граничные значения порогового цикла Ct
iCycler iQ,
iQ5
Mх3000P
При анализе результатов амплификации по каждому из каналов установить следующие параметры: в меню Base Line Cycles выбрать User Defined, Select all, Edit Range и задать Start
Cycle = 2, Ending Cycle = 10. В меню Crossing Threshold выбрать User Defined, задать
Threshold Position для канала FAM/FAM-490 – 50, для канала JOE/HEX/JOE-530 – 200.
1.В меню Plate Setup задать параметры измерения флуоресценции. Для этого выбрать все
ячейки, в которых установлены исследуемые пробирки с ПЦР-смесью-1-FRT WNV и в опции
Collect fluorescence data отметить флуорофоры FAM, JOE.
2. В блоке Treshold fluorescence для каждого из каналов установить значение пороговой
линии на таком уровне, чтобы кривые флюоресценции носили линейный характер: для канала
FAM рекомендуется выбрать уровень пороговой линии равный 150, для канала JOE/HEX –
500. В норме пороговая линия должна пересекать только сигмообразные кривые накопления
сигнала положительных образцов и контролей и не пересекать базовую линию. В случае если
это не так, необходимо повысить уровень порога.
Граничные значения порогового цикла Ct
Прибор
Образец
ОК
ПК
К+
Исследуемые
образцы
Rotor-Gene 3000/6000/Q
FAM/Green
JOE/Yellow
Детекция ВКО
Детекция WNV
< 28
< 28
< 30
< 28
< 28
< 28 (для сыворотки и
iCycler iQ, iQ5, Mx3000P
FAM/FAM-490
JOE/HEX/JOE-530
Детекция ВКО
Детекция WNV
< 31
< 31
< 33
< 31
< 31
< 31 (для сыворотки и
плазмы крови, СМЖ),
< 31 (для гомогенатов
комаров, клещей, внутренних органов, мочи)
плазмы крови, СМЖ),
< 33 (для гомогенатов
комаров, клещей, внутренних органов, мочи)
< 38
< 39
Образец
ОК
ПК
К+
Исследуемые
образцы
Прибор
Rotor-Gene 3000/6000/Q
iCycler iQ, iQ5, Mx3000P
FAM/Green
JOE/Yellow
FAM/FAM-490
JOE/HEX/JOE-530
Детекция ВКО
Детекция WNV
Детекция ВКО
Детекция WNV
< 28
< 31
< 28
< 30
< 31
< 33
< 28
< 28
< 31
< 31
< 28 (для сыворотки и
< 31 (для сыворотки и
плазмы крови, СМЖ),
< 31 (для гомогенатов
комаров, клещей, внутренних органов, мочи)
< 38
плазмы крови, СМЖ),
< 33 (для гомогенатов
комаров, клещей, внутренних органов, мочи)
< 39