форма отчета за первый блок

Уважаемые студенты первого курса!
Зачет за первый блок второго семестра по курсу биоинформатики вы сможете
получить, если до указанной ниже даты преподаватели смогут обнаружить на
вашем веб-сайте страницы с отчетом о проделанной работе.
Группа
I
II
III
Дата сдачи
14 марта 2005
21 марта 2005
16 марта 2005
Содержание веб-страниц с отчетом о проделанной работе
1. Страница term2.html
Это главная страница для отчетов за второй семестр. На главной странице
вашего веб-сайта должна появится ссылка на эту страницу.
Название страницы – “Второй семестр”
 Ссылка на страницу sw_prot.html с названием “Банки данных Swiss-Prot и
UniProt”
 ссылка на страницу blosum.html с названием “Матрицы весов
аминокислотных замен”
2. Страница sw_prot.html
Название страницы – “Банки данных Swiss-Prot и UniProt”
Подзаголовок 1 - “Данные банка Swiss-Prot о белке <название вашего белка>”
 Таблица с описанием данных о вашем белке, созданная вами на занятии №1
 Ссылка на документ банка данных Swiss-Prot с описанием вашего белка.
Подзаголовок 2 - “Результаты поиска в БД UniProt белков с тем же кратким
описанием (DE), что и у белка <название вашего белка>”
 Текст с названием поисковой системы, с помощью которой производился
поиск и ссылка на главную страницу этой системы.
 Таблица с описанием результатов поиска белков с таким же кратким
описанием, как и у вашего белка в трех таксонах: Археи, Бактерии,
Эукариоты. Таблица должна быть представлена в следующем виде:
Таксон
Запрос
Количество найденных
документов
3. Страница blosum.html
Название страницы – “Матрицы весов аминокислотных замен”
Подзаголовок 1 – “Множественное выравнивание блока из базы данных
BLOCKS, отвечающего белку <название вашего белка>”
 Описание блока: идентификатор, количество последовательностей, ширина
блока.
 Ссылка на веб-страницу блока.
 Изображение множественного выравнивания блока. Степень
консервативности колонок должна быть отображена цветом в соответствии
с 4 уровнями консервативности: более 80% идентичности, более 60%
идентичности, более 40% идентичности, ниже 40% идентичности.
 Пояснение к выравниванию с описанием того, какой цвет отвечает какому
уровню консервативности.
Подзаголовок 2 – “Веса аминокислотных замен”

Заголовок таблицы – “Вычисление весов аминокислотных замен на основе
множественного выравнивания блока <идентификатор блока> из базы
данных BLOCKS”
 Таблица со значениями для трех пар аминокислот, которая должна иметь
вид:
Пара
n
p
q
q
s
аминокислот

Подпись к таблице с расшифровкой указанных величин

Заголовок таблицы – “Вычисление весов аминокислотных замен на основе
множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS”
Таблица со значениями для трех пар аминокислот и подпись к таблице как в
предыдущем случае.



Заголовок таблицы - “Сравнение весов аминокислотных замен”
Таблица со значениями весов аминокислотных замен для трех пар
аминокислот и трех источников значений весов в виде:
Пара
Блок <идентификатор
200 блоков
BLOSUM62
аминокислот
блока>

Текст, поясняющий значения весов аминокислотных замен, указанных в
таблице. Должны быть обсуждены значения весов замен для разных пар
аминокислот по данным матрицы BLOSUM62. Должно присутствовать
обсуждение совпадений или отличий ваших вычислений от матрицы
BLOSUM62.
Напоминания и рекомендации к выполнению зачетного задания

В таблице с описанием данные банка Swiss-Prot о вашем белке будьте
внимательны: в строке “Внутренний уникальный постоянный идентификатор
документа” соответствует метке AC, а “Стандартное имя последовательности”
метке ID

При раскраске множественного выравнивания вашего блока пользуйтесь
программой GeneDoc. Для импорта выравнивания сохраните сначала его в
отдельном файле в FASTA формате. Для этого на веб-странице банка данных
BLOCKS, содержащей описание вашего блока, используйте ссылку “Re-format”.
В появившейся текстовой области оставьте только один, выбранный вами блок.
Из выпадающего меню выберите формат “Fasta” и нажмите кнопку “Re-format”
Способ оценки зачетного задания
Максимальное количество баллов за это зачетное задание – 30 баллов.




За общее оформление – 3 балла
За страницу sw_prot.html – 7 баллов
За первую часть страницы blosum.html (множественное выравнивание блока) –
5 баллов
За вторую часть страницы blosum.html (веса аминокислотных замен) – 15
баллов