Задания (практикум 7)

Задания (практикум 7)
Скопируйте в свою рабочую директорию (H:/Term3/Practices/Practice7/) файл res.doc из
директории P:/y03/TERM3/Practices/Pr_7. Это будет ваш файл отчета.
1. Банк данных EMBL
Внесите в файл отчета дату и номер последнего релиза EMBL. Составьте список
разделов банка EMBL с указанием числа записей в каждом разделе последнего
релиза и заполните соответствующую таблицу 1. Для таксономических разделов
приведите их русские названия.
2. Поля документа EMBL
В документе SwissProt, описывающем ваш белок, найдите все ссылки на банк
EMBL. Скачайте документ EMBL, соответствующий одной из ссылок
(произвольной). Убедитесь, что в этом документе действительно содержится
описание вашего гена. Изучите этот документ и заполните таблицу 2.
3. Положение гена
Получите документ EMBL с идентификационным номером AP000502.
Схематично изобразите экзон-интронную структуру гена "C2" (изобразите
только первый и последний экзон). Если описание положения гена содержит
особенности, то опишите их.
Примеры:
ген на прямой цепи
ген на комплементарной цепи
--[100..300]--...--[600..900]--->
<-[100..300]--...--[600..900]----
4.* Таблица особенностей (Feature table) документа EMBL, описывающего
лактозный оперон E. coli
1. Найдите и сохраните в файле lac_operon_ecoli.embl документ EMBL,
описывающий лактозный оперон (идентификационный номер J01636).
2. Составьте и внесите в файл отчета схему лактозного оперона, в которой
должны быть отражены названия генов, порядок их следования, расстояния
между генами (в парах оснований), положение промотора, положение
операторов — участков связывания регуляторных белков LacI и CAP (CRP).
3. Входит ли репрессор лактозного оперона в его состав, т.е. закодирован ли в
той же мРНК или в другой? Ответ занесите в отчет.
4. Для каждого гена следует указать
a. длину (включая стоп-кодон)
b. инициаторный кодон
c. первый аминокислотный остаток белка
d. стоп-кодон
* - Аналог этого упражнения будет предложен для выполнения в зачетном
задании