tezis - Конференции СФУ

УДК 577.325.3
ВЫЯВЛЕНИЕ СВЯЗИ МЕЖДУ СТРУКТУРОЙ И
ТАКСОНОМИЕЙ ГЕНОМОВ ХЛОРОПЛАСТОВ
А.И. Чернышова
Институт Фундаментальной Биологии и Биотехнологии
Сибирский Федеральный Университет
Научный руководитель — доктор физ-мат наук М. Г. Садовский.
В современной биологии изучение связи между структурой
биологических макромолекул и их функцией является одной
из главных проблем. Рассматривалась связь между структурой
и таксономией носителей геномов на примере хлоропластов.
Под структурой в данной работе понимается частотный
словарь толщины 3 символьной последовательности.
Частотный словарь представляет собой список всех троек
идущих подряд символов с указанием их частот — в нашем
случае всего бывает 64 триплета.
Под таксономией понимается классификация организмов
по их морфологическому признаку. Она определялась по
морфологическим признакам, которые в свою очередь,
определяются нуклеарным геномом.
Существуют линейный и нелинейный методы изучения
кластеризации. В настоящей работе использовался линейный
метод или метод динамических ядер.
Построение кластеризации делалось последовательно от 2
до 8 классов. В группу устойчиво "наследуемых" при
переходе к классификации с меньшим числом классов
входили 1) Bangiales, Eustigmatales; 2) Myrtales, Poales; 3)
Mamiellales; 4) Pinales; 5) Asterales, Caryophyllales,
Malpighiales, Liliales, Rosales, Malvales; 6) Euglena,
Asparagales, Ginkgoales, Myrtales, Magnoliales, Ericales,
Proteales, Lamiales, Vitales, Pinales, Solanales; 7) Fabales.
Выявленная связь является сильным доказательством
синхронизации эволюции двух генетических систем,
поскольку нуклеарный геном и геном
непосредственно друг с другом не связаны.
хлоропласта
Список литературы
[1] A.Varriale. DNA Methylation, Epigenetics, and Evolution in
Vertebrates: Facts and Challenges. Int. J. Evol. Biol.,
2014:ID475981, 2014.
[2] X.Liu, H.Diao, N.Nishi. Applied chemistry of natural DNA.
Chem. Soc. Rev., 37(12):2745–2757, 2008.
[3] R.S´anchez and R.Grau. An algebraic hypothesis about the
primeval genetic code architecture. Mathematical Biosciences,
221:60–76, 2009.
[4] Н.А. Зайцева, Ю.А. Путинцева, М.Г. Садовский. К
проблеме связи структуры и систематики на при- мере
митохондриальных геномов. Труды X Межд. ФАМконференции, Красноярск, изд-во СФУ, (Под ред. О.Ю.
Воробьёва):152–156, 2011.
[5] A.N. Gorban and A.Yu. Zinovyev. Visualization of data by
method of elastic maps and its applications in genomics,
economics and sociology. IHES Preprint, 2001.
[6] A.N. Gorban and A.Yu. Zinovyev. Elastic principal graphs and
manifolds and their practical applications. Computing, 75(4):359–
379, 2005.