KEGG

Функции
Метаболические пути
KEGG
Д.А. Равчеев
(7 апреля 2009 г.)
Факультет Биоинженерии и Биоинформатики,
2 курс, весенний семестр
KEGG
KEGG
Объединяет информацию
 Геномную
гены и белки, отношение ортологичности
 Химическую
лиганды, малые молекулы, ферменты
 Биологическую (системную)
метаболические пути, другие биологические процессы
Включает 19 баз данных
KEGG: базы данных
Systems
information
KEGG PATHWAY
KEGG BRITE
KEGG MODULE
KEGG DISEAS
Pathway maps
Functional hierarchies
Pathway modules
Diseases
Genomic
information
KEGG ORTHOLOGY
KEGG GENOME
KEGG GENES
KEGG DGENES
KEGG EGENES
KEGG VGENOME
KEGG VGENES
KEGG OGENES
KEGG SSDB
KEGG orthology (KO) groups
KEGG organisms
Genes in high-quality genomes
Genes in draft genomes
Genes as EST contigs
Viral genomes (to be fully integrated)
Genes in viral genomes (to be fully integrated)
Genes in organelle genomes (to be fully integrated)
Sequence similarities and best hit relations
Chemical
information
KEGG COMPOUND
KEGG DRUG
KEGG GLYCAN
KEGG ENZYME
KEGG REACTION
KEGG RPAIR
Metabolites and other chemical compounds
Drugs
Glycans
Enzymes
Enzymatic reactions
Reactant pairs and chemical transformations
KEGG: система идентификаторов
KEGG PATHWAY
KEGG GENOME
KEGG GENES
KEGG ENZYME
KEGG COMPOUND
KEGG REACTION
KEGG ORTHOLOGY
KEGG GLYCAN
KEGG RPAIR
KEGG BRITE
KEGG DRUG
KEGG MODULE
KEGG DISEASE
map number
organism code (T number)
locus_tag/NCBI GeneID
EC number
C number
R number
K number
G number
A number
br number
D number
M number
H number
С00047 - лизин
K04527 – инсулиновый рецептор
hsa5210 – путь возникновения рака простаты
KEGG: геномы
KEGG GENOME (KEGG Organisms)
Эукариоты: 107
Бактреии: 804
Археи: 56
Система идентификации: трех-четырехбуквенный код
hsa – Homo sapiens
ath – Arabidopsis thaliana
eco – Escherichia coli K-12 MG1655
ece – Escherichia coli O157 EDL933
hin – Haemophilus influenzae Rd KW20
mja – Methanococcus jannaschii
KEGG: гены
KEGG GENES
4,314,643 генов из эукариот, бактерий и архей
KEGG ORTHOLOGY
11,813 ортологичных групп генов
KEGG DGENES – гены из черновых (“draft”) геномов
KEGG EGENES – белки, реконструированные из EST
KEGG VGENEOME – вирусные геномы
KEGG VGENES – гены из вирусных геномов
KEGG OGENES – гены из геномов органелл
KEGG: химическая информация
KEGG COMPOUND – 15,413 метаболитов и других веществ
KEGG DRUG – 8,872 лекарств (только разрешенные на
территории США и Японии)
KEGG GLYCAN – 10,969 гликанов
KEGG ENZYME – 5,050 ферментов
KEGG REACTION – 7,830 реакций
KEGG: биологические процессы
KEGG PATHWAY
91,564 пути на основе 345 «reference pathways»
Reference pathway
Homo sapiens
KEGG: пример метаболической карты
Задания
1. Найти описания двух веществ, субстрата и продукта.
2. Найти метаболический путь, в котором возможно
превращение субстрата в продукт, раскрасить вещества и
ферменты (с раскрашиванием ферментов могут возникнуть
трудности – придется подумать)
3. Описать цепочку реакций для превращения субстрата в
продукт.
4. Исследовать полученную цепочку реакций в других
организмах
Киото