Методы кристаллоструктурных исследований Уточнение разупорядочения. Использование ограничений. Виды разупорядочения Беспорядок замещения (одна и та же позиция в нескольких элементарных ячейках занята разными типами атомов). Позиционное разупорядочение (один атом занимает несколько положений в элементарной ячейке, бывает статическим и динамическим). Mess (беспорядок, путаница, каша) (например, молекулы растворителя в полостях в жидком или аморфном состоянии). Как распознать разупорядочение? Довольно высокие значения параметров Uij после анизотропного уточнения. Запись в .lst – файле: Как обнаружить другие возможные ориентации молекулярных фрагментов или целых молекул? - Из остаточной электронной плотности. - Из .lst-файла. - Уточнить факторы заселенности позиций для основного варианта. После этого обнаружение других возможных позиций будет более легким. Ограничения на геометрию Расстояния между атомами Углы между атомами DFIX s d atomnames DANG s d atomnames DFIX 0.02 1.54 C1 C2 DANG 0.02 1.54 C1 C2 DFIX 1.54 C1 C2 DFIX 1.54 C1 C2 s = 0.02 Å по умолчанию s = 0.04 Å по умолчанию Ограничения на геометрию Выравнивает расстояния в парах атомов SADI s atomnames SADI C1 C2 C7 C8 s = 0.02 Å по умолчанию Располагает атомы в плоскости FLAT s atomnames FLAT C1 C2 C3 C4 C5 C6 FLAT C1 > C6 s = 0.1 Å3 по умолчанию Ограничения на геометрию Команда SAME создает ограничения SADI для того, чтобы выровнять фрагменты молекулы. SAME C3 C4 C5 C6 C7 C2 C3 > C7 C2 C2 …. C3 …. C4 …. C5 …. C6 …. C7 …. s = 0.02 Å для по умолчанию для расстояний 1-2 s = 0.04 Å для по умолчанию для расстояний 1-3 (углы) Ограничения на тепловые параметры DELU SIMU ISOR Ограничения на тепловые параметры DELU s1 s2 atomnames s1 = s2 = 0.01 Å2 по умолчанию SIMU s st dmax atomnames s = 0.04 Å2 st = 0.08 Å2 dmax = 1.7 Å по умолчанию ISOR s st dmax atomnames Как уточнять разупорядоченные молекулы? Разупорядочение относительно общей позиции. Новое значение FVAR! Рекомендованные ограничения: SIMU, DELU, EADP SADI или SAME Разупорядочение циклопентадиенильного кольца относительно общей позиции Разупорядочение ДМСО относительно трех положений