Анализ генома и протеома бактерии Bacillus clausii

Анализ генома и протеома бактерии
штамм KSM-K16.
Bacillus clausii (lentus),
Далина Александра, студентка 1 курса, группа П1.
Введение
Латинское название: Bacillus clausii, штамм KSM-K16.







Таксономия:
Царство Bacteria
Тип Firmicutes
Отряд Bacillales
Семейство Bacillaceae
Род Bacillus
Вид Bacillus clausii (lentus)
Штамм KSM-K16
Вид бактерии под микроскопом см. в файле b_clausii.jpg [6]. Размеры бактерии: ширина 1 µm,
длина 5-10 µm [6].
Бактерия широко распространена в природе, обитает в кишечнике человека. Бактерии этого вида
могут жить на сильнощелочных средах за счет наличия в протеоме специальных протеаз [3]. А также
B.clausii является частью непатогенной микрофлоры кишечника человека [7]. Назначение пробиотиков
на основе Bacillus clausii существенно уменьшают частоту «кишечных» побочных эффектов,
возникающих после терапии антибиотиками [2].
Но она еще и полезна человеку, во-первых, в связи с использованием ее в медицине в качестве
пробиотика.
С помощью следующего запроса я нашла несколько статей, в которых есть что-то про среду
обитания бактерии: (B. clausii[TIAB] OR Bacillus clausii[TIAB.
Во многих статьях магические слова «пробиотические свойства» и «кишечник» косвенно
указывают на то, что бактерия живет в кишечнике позвоночных животных и человека. Слово «habitat»
оказалось ненужным, база данных ничего не нашла.
Геном бактерии B.clausii секвенирован для того, чтобы она приносила только пользу: дальнейшего
использования в медицине ее и ее белков и получения из этого дальнейшей коммерческой выгоды
[=Ъ].
Бактерия аэробная, грамм-положительная, как и большинство Bacilli [6]. А еще, видимо, в
промоторе, одного из генов этой бактерии обнаружен двойной РНК-регулятор [8].
Геном и протеом B.clausii
Статистические данные о геноме – в таблице 1 [4].
Таблица 1: Статистические данные о геноме B.clausii
Хромосома
или плазмида
Число пар
нуклеотидов
Число генов
Сумм. длина
генов (% длины)
хромосома
4303871
4096
86%
Сумм. длина GC состав
межгенных (%)
пром. (%)
14%
44,8
По данным с сайта http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html, число белков протеома B.clausii совпадает с
числом генов.
Самый большой белок состоит из 2870 а. о., тогда как самый маленький – из 26 а. о. (см. файл
B_clausii_chr_table.xls). Наиболее часто встречаются белки из 118–482 а.о.
Таблица 2: Распределение протеома B.clausii по категориям на основании размера (число а. о.)
Категория
Критерий
% белков протеома
Маленькие
< 118 а. о.
11%
Средние
118-750
76%
Большие
750-1000
12,5%
Очень большие
> 1000
0,5%
Мой белок TRXB_ECOLI (первый проект первого семестра) относится к белкам среднего размера (320
a.o.).
Литература
1.
2. http://www.rusmedserv.com/mycology/html/kandidoz14.htm
3. http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+[TAXONOMY:66692]+-newId и
http://www.ebi.ac.uk/2can/genomes/bacteria/Bacillus_clausii.html
4. http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.htm
5. http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=91903
6. http://www-micro.msb.le.ac.uk/video/Bacillus.html
7. http://www.russianitaly.com/forum/viewtopic.php?p=783392&sid=90044d2f194f7c63ce6a04b8249155
69. Где-то там на форуме, как показал мне Google, должна быть следующая фраза: «Помимо неё
в кишечнике живут также другие bacilli: Lattobacilli, Bacillus clausii, Enterobacters (Proteus per
es.), Klebsiella, Salmonella, Shigella ...»
8. http://elementy.ru/news/430362