Документ 4031831

РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ
МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение
высшего профессионального образования
ТЮМЕНСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ
«УТВЕРЖДАЮ»:
Проректор по учебной работе
_______________/Волосникова Л.М./
03.01.2013 г.
МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА
Учебно-методический комплекс. Рабочая программа
для студентов специальности 020501 – Биоинженерия и биоинформатика,
очной формы обучения
«ПОДГОТОВЛЕНО К ИЗДАНИЮ»:
Автор работы _____________________________/Жигилева О.Н./
«__20____»_____02______2013 г.
Рассмотрено на заседании кафедры экологии и генетики 27 февраля 2013 г., протокол № 13.
Соответствует требованиям к содержанию, структуре и оформлению.
«РЕКОМЕНДОВАНО К ЭЛЕКТРОННОМУ ИЗДАНИЮ»:
Объем 12 стр.
Зав. кафедрой ______________________________/Пак И.В./
Рассмотрено на заседании УМК департамента биологии ИМЕНИТ 12 марта 2013 г., протокол
№6
Соответствует ФГОС ВПО и учебному плану образовательной программы.
«СОГЛАСОВАНО»:
Председатель УМК ________________________/Фролова О.В./
«СОГЛАСОВАНО»:
Директор ИБЦ_____________/Еманов А.Г./
«__23____»_____05________2013 г.
«СОГЛАСОВАНО»:
И.о. Зав. методическим отделом УМУ_____________/Поротова С.С./
«___03___»____07_________2013 г.
РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ
МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ
Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение
высшего профессионального образования
ТЮМЕНСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ
Институт математики, естественных наук и информационных технологий
Кафедра экологии и генетики
О.Н. Жигилева
МОЛЕКУЛЯРНАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА
Учебно-методический комплекс. Рабочая программа
для студентов специальности 020501 – Биоинженерия и биоинформатика,
очной формы обучения
Тюменский государственный университет
2013
2
Жигилева О.Н. Молекулярная филогенетика. Учебно-методический
комплекс. Рабочая программа для студентов специальности 020501 –
Биоинженерия и биоинформатика, очной формы обучения. Тюмень, 2013, 12
стр.
Рабочая программа составлена в соответствии с требованиями ФГОС
ВПО с учетом рекомендаций и ПрООП ВПО по направлению и профилю
подготовки.
Рабочая программа дисциплины опубликована на сайте ТюмГУ:
Молекулярная филогенетика [электронный ресурс] / Режим доступа:
http://www.umk3.utmn.ru., свободный.
Рекомендовано к изданию кафедрой экологии и генетики. Утверждено
проректором по учебной работе Тюменского государственного университета.
ОТВЕТСТВЕННЫЙ РЕДАКТОР: заведующий кафедрой экологии и
генетики, д.б.н. Пак Ирина Владимировна
© Тюменский государственный университет, 2013.
© Жигилева О.Н., 2013.
3
1. Пояснительная записка.
1.1. Цели и задачи дисциплины
Молекулярная филогенетика – один из разделов биоинформатики, новая научная
дисциплина, сформировавшаяся на стыке традиционных наук об эволюции, генетики и
математики. Она носит интегральный характер, объединяя генетику, теорию эволюции и
математические подходы. Целью преподавания дисциплины является изучение законов
изменения генетической информации в живых системах и установление родственных
отношений между формами жизни на основе математического анализа молекулярногенетических данных. В задачи курса входит формирование у студентов представления об
основных понятиях и методологии молекулярной филогенетики, развития умений
работать с базами генетических данных и проводить филогенетический анализ данных с
использованием специализированных программ.
Учебно-методический
комплекс
«Молекулярная
филогенетика»
соответствует
требованиям федерального государственного образовательного стандарта высшего
профессионального образования.
1.2. Место дисциплины в структуре ООП специалитета
Дисциплина «Молекулярная филогенетика» относится к циклу С3. Профессиональный
цикл: дисциплины по выбору. Она логически и содержательно-методически
взаимосвязана
с
дисциплинами
С3.
Профессионального
цикла
базовой
(общепрофессиональной) частью и дисциплинами С3. Вариативной части: генетикой,
биохимией, молекулярной биологией и молекулярной генетикой, биологией клетки,
экологией, теориями эволюции, геномикой и протеомикой, функциональной аннотацией
биополимеров, структурной аннотацией биополимеров, базами данных и основными
методами биоинформатики. Для успешного освоения дисциплины необходимы базовые
знания по генетике, биохимии, молекулярной биологии и молекулярной генетике,
биологии клетки, экологии, теориям эволюции, геномике и протеомике.
1.3. Компетенции выпускника ООП специалитета, формируемые в результате
освоения данной ООП ВПО.
В результате освоения ООП специалитета выпускник должен обладать следующими
компетенциями:
- способностью грамотно и самостоятельно проводить теоретическую и
экспериментальную научно-исследовательскую работу в области биоинженерии,
биоинформатики и смежных дисциплин, а также оформлять ее в письменной форме,
излагать в устной форме, и участвовать в различных формах дискуссий – ПК-1
- способностью самостоятельно приобретать с помощью информационных
технологий и использовать в практической деятельности новые знания и умения в области
биоинженерии, биоинформатики и смежных дисциплин – ПК-5
- способностью использовать основные биологические базы данных, в том числе
содержащие геномную, структурную и другую информацию, в научно-исследовательской
работе – ПК-13
- способностью проводить наблюдения, описания, идентификацию и классификацию
биологических объектов с целью формирования представлений о многообразии животного и
растительного мира, ценностной ориентации на охрану жизни и природы – ПК-22
В результате освоения дисциплины обучающийся должен:
4

Знать: основные понятия молекулярной филогенетики, эволюционные модели,
компьютерные программы для эволюционного анализа, виды и методы расчета
генетических дистанций, концепцию молекулярных часов, виды, топологию и методы
построения филогенетических деревьев, особенности применения филогенетического
анализа для решения разных задач;

Уметь: работать с базами генетических данных, проводить филогенетический
анализ данных с использованием специализированных программ;

Владеть: навыками приобретения новых знаний и способностью формировать
суждения по эволюционным проблемам, используя современные образовательные и
информационные технологии.
Компетенции
Карта компетенций дисциплины
ПК1
ПК-
Формулиров
ка
компетенци
и
Результаты
обучения в
целом
способность
ю грамотно и
самостоятель
но проводить
теоретическу
юи
эксперимент
альную
научноисследовател
ьскую работу
в области
биоинженери
и,
биоинформа
тики и
смежных
дисциплин, а
также
оформлять ее
в
письменной
форме,
излагать в
устной
форме, и
участвовать
в различных
формах
дискуссий
способность
Результаты обучения по уровням освоения
материала
минимальный
базовый
повышенный
Виды занятий
(лекции,
практические,
семинарские,
лабораторные)
Знает:
основные
требования к
содержанию
научноисследователь
ских работ,
правила
оформления
документов и
презентаций
Умеет:
грамотно и
самостоятельн
о проводить
теоретическую
работу по
заданной теме,
работать с
научными
источниками и
литературой,
оформлять
документы и
делать
презентации
правила
оформления
документов и
презентаций
текущие
ГОСТы для
оформления
научнотехнической
и опытноконструкторс
кой
документаци
и
самостоятель
ная работа
применять
ГОСТы для
оформления
научнотехнической
документаци
и, излагать в
устной форме
результаты
собственных
теоретически
х
исследований
самостоятель
ная работа
реферат,
презента
-ции и
доклады
Владеет:
навыками
представлять
результаты в
форме
презентаций и
научных
докладов,
ведения
дискуссий
Знает:
культурой
письменной
речи и
устного
выступления
навыками
представлять
результаты в
форме
презентаций
и научных
докладов,
ведения
дискуссий
самостоятель
ная работа
реферат,
презента
-ции и
доклады
основные
самостоятель
реферат
работать с
научными
источниками
и
литературой,
оформлять
документы и
делать
презентации
приемы
основные
требования к
содержанию
научноисследовател
ьских работ,
способы
оформления
ссылок на
литературные
источники
грамотно и
самостоятель
но проводить
теоретическу
ю работу по
заданной
теме,
соблюдать
основные
требования к
содержанию
и
оформлению
научных
текстов и
докладов
техническим
и приемами
по
составлению
списков
литературы,
содержания и
оформления
презентаций
и текстов
основные
5
Оценоч
ные
средства
(тесты,
творчес
кие
работы,
проекты
и др.)
реферат
5
ПК13
ПК22
ю
самостоятел
ьно
приобретать
с помощью
информацио
нных
технологий
и
использоват
ьв
практическо
й
деятельност
и новые
знания и
умения в
области
биоинженер
ии,
биоинформа
тики и
смежных
дисциплин
способность
ю
использоват
ь основные
биологическ
ие базы
данных, в
том числе
содержащие
геномную,
структурную
и другую
информаци
ю, в научноисследовате
льской
работе
способность
ю проводить
наблюдения,
описания,
идентификац
основные
поисковые
системы
и
сайты,
источники
получения
информации в
области
биоинженерии
и
биоинформати
ки
Умеет:
работать со
специальными
сайтами и
научной и
справочной
литературой с
использование
м поисковых
систем
Владеет:
способностью
вести
эффективный
поиск
информации в
сети Интернет
Знает:
основные
биологические
базы данных,
содержащие
геномную,
структурную и
другую
информацию
работы на
компьютере,
принципы
работы с
поисковыми
системами в
сети
Интернет
поисковые
системы и
сайты,
источники
получения
информации
в области
биоинженери
ии
биоинформат
ики
поисковые
системы и
сайты,
источники
получения
информации
в смежных
областях
знаний
ная работа
вести
эффективный
поиск
информации
в сети
Интернет
работать со
специальным
и сайтами и
научной и
справочной
литературой
с
использовани
ем поисковых
систем
способность
ю вести
эффективный
поиск
информации
в сети
Интернет
основные
биологически
е базы
данных,
содержащие
геномную,
структурную
и другую
информацию
анализироват
ь полученную
информацию
и
формировать
суждение по
научным и
социальным
вопросам
самостоятель
ная работа
реферат
самостоятель
ная работа
презента
-ции и
доклады
лекции
контрол
ьная
работа
Умеет:
работать с
основными
биологически
ми базами
данных
осуществлять
поиск и
доступ к
базам данных
в сети
Интернет
лабораторные
занятия
защита
лаборат
орных
работ
Владеет:
способностью
использовать
биологические
базы данных в
научноисследователь
ской работе
приемами
работы с
поисковыми
системами в
сети
Интернет
лабораторные
занятия
защита
лаборат
орных
работ,
творчес
кие
задания
Знает:
основные
понятия
молекулярной
филогенетики,
основные
понятия
молекулярной
филогенетики
навыками
представлять
результаты в
форме
презентаций
и научных
докладов
принципы
работы с
основными
базами
данных
содержащих
геномную,
структурную
и другую
информацию
работать с
использовать
основными
сведения,
биологическим полученные
и базами
из
данных
биологически
х баз данных,
в научноисследовател
ьской работе
навыками
способность
работы с
ю
основными
использовать
биологически биологически
ми базами
е базы
данных
данных в
научноисследовател
ьской работе
компьютерны особенности
е программы
применения
для
филогенетиче
эволюционно ского анализа
лекции
контрол
ьная
работа
навыками
работы на
компьютере
о наличии и
содержании
биологически
х баз данных
6
ию и
классификац
ию
биологическ
их объектов
с целью
формирован
ия
представлен
ий о
многообрази
и животного
и
растительног
о мира,
ценностной
ориентации
на охрану
жизни и
природы
закон
необратимости
биологической
эволюции, о
генетической
уникальности
индивидуумов
и видов
Умеет:
проводить
филогенетичес
кий
анализ
данных
с
использование
м
специализиров
анных
программ
Владеет:
способностью
формировать
суждения
по
эволюционным
проблемам
исходя
из
результатов
филогенетичес
кого анализа
,
эволюционны
е модели,
концепцию
молекулярны
х часов, закон
необратимост
и
биологическо
й эволюции, о
генетической
уникальности
индивидуумо
в и видов
работать с
базами
генетических
данных
методами
расчета
генетических
дистанций и
построения
филогенетиче
ских деревьев
го анализа,
виды и
методы
расчета
генетических
дистанций,
виды,
топологию и
методы
построения
филогенетиче
ских деревьев
для решения
разных задач
проводить
филогенетиче
ский анализ
данных с
использовани
ем
специализиро
ванных
программ
методологией
филогенетиче
ского анализа
с
использовани
ем
специализиро
ванных
компьютерны
х программ
применять
филогенетиче
ский анализ
для решения
разных задач
лабораторные
занятия
защита
лаборат
орных
работ
способностью
формировать
суждения по
эволюционны
м проблемам
исходя из
результатов
филогенетиче
ского анализа
лабораторные
занятия
защита
лаборат
орных
работ,
творчес
кие
задания
2. Структура и трудоемкость дисциплины.
Семестр 9. Форма промежуточной аттестации - зачет. Общая трудоемкость
дисциплины составляет 3 зачетных единицы 108 часов.
3. Тематический план.
Таблица 1.
Тематический план
1
2
3
7
4
5
Самостоятельн
ая работа
Лабораторные
занятия
Тема
Виды учебной работы
и самостоятельная
работа, в час.
Лекции
недели семестра
№
6
Итого
часов
по
теме
Из
них в
интер
актив
ной
форм
е
Итого
количес
тво
баллов
7
8
9
Модуль 1. Предмет и понятия молекулярной филогенетики
1.1.
1,2
4
2
Основные понятия молекулярной
филогенетики
1.2.
3,4
4
2
Выравнивание генетических
последовательностей
1.3.
5
2
Компьютерные программы для
эволюционного анализа
Всего
Модуль 2. Филогенетический анализ
2.1.
Генетические дистанции и
эволюционные модели
2.2.
Филогенетические деревья
2.3.
Анализ молекулярных часов
7
13
2
0-10
7
13
2
0-10
8
10
0-10
10
4
22
36
4
0-30
6,7
4
2
7
13
2
0-10
8,9
10
4
2
10
2
2
6
7
8
22
13
12
38
2
2
6
0-10
0-10
0-30
Всего
Модуль 3. Применение филогенетического анализа для решения отдельных задач
3.1.
11,
4
2
11
17
1
0-20
Анализ митохондриальной ДНК
3.2.
12
13,
14
Молекулярная эпидемиология
Всего
Итого (часов, баллов):
Из них часов в интерактивной форме
4
2
11
17
2
0-20
8
28
4
14
13
22
66
34
108
3
13
13
0-40
0 – 100
Таблица 2.
Виды и формы оценочных средств в период текущего контроля
0-5
0-5
0-10
0-5
0-5
0-10
0-10
0-5
0-5
0-5
0-15
0-5
0-5
0-30
Итого
количество
баллов
реферат
тест
контрольная
работа
Модуль 1
1.1.
1.2.
1.3.
Всего
Модуль 2
2.1.
2.2.
2.3.
Всего
Модуль 3
3.1.
3.2.
Всего
Итого
Информационные системы и
технологии
электронные
практикум
Письменные работы
№ темы
0-10
0-10
0-20
0-20
0-20
0-20
0-10
0-10
0-10
0-10
0-30
0-5
0-5
0-5
0-15
0-10
0-10
0-10
0-30
0-5
0-20
0-20
0-40
0 – 100
0-5
0-30
Таблица 3.
Планирование самостоятельной работы студентов
№
тем
ы
Виды СРС
обязательные
дополнительные
8
Неделя
семестра
Объем
часов
Кол-во
баллов
Модуль 1
1.1
1.2
1.3
Подготовка к контрольной работе
Электронный практикум
Подготовка к контрольной работе
Электронный практикум
Подготовка к тестированию
Чтение специальной
литературы
Чтение специальной
литературы
Чтение специальной
литературы
1,2
7
0-10
3,4
7
0-10
5
8
0-10
22
0-30
6,7
7
0-10
8,9
7
0-10
10
8
0-10
22
0-30
Всего по модулю 1:
Модуль 2
Подготовка к контрольной работе
Электронный практикум
2.2 Подготовка к контрольной работе
Электронный практикум
2.3 Подготовка к контрольной работе
Электронный практикум
Всего по модулю 2:
2.1
Чтение специальной
литературы
Чтение специальной
литературы
Чтение специальной
литературы
Модуль 3
3.1
3.2
Подготовка к контрольной работе
Электронный практикум
Подготовка к тестированию
Написание реферата
Чтение специальной
литературы
11,12
11
0-20
Чтение специальной
литературы
13,14
11
0-20
22
66
0-40
0-100
Всего по модулю 3:
ИТОГО:
4. Разделы дисциплины и междисциплинарные связи с обеспечиваемыми
(последующими) дисциплинами
№
п/п
1.
2.
3.
5.
Наименование
Темы
дисциплины
необходимые
для
изучения
обеспечиваемых
обеспечиваемых (последующих) дисциплин
(последующих)
1.1
1.2
1.3
2.1
2.2
2.3
3.1
3.2
дисциплин
функциональная
+
+
аннотация
биополимеров
структурная аннотация
+
+
биополимеров
базы данных и
+
+
+
+
+
+
основные методы
биоинформатики
Содержание дисциплины.
Модуль 1. Предмет и понятия молекулярной филогенетики
1.1. Основные понятия молекулярной филогенетики
Молекулярная филогенетика как наука: ее цель, задачи и место в системе наук.
Нуклеотидные и аминокислотные последовательности. Генетический код. Мутации, их
виды. Нуклеотидные замены. Транзиции, трансверсии, синонимичные и несинонимичные
замены. Нуклеотидный и аминокислотный состав. Кодон, использование кодонов.
9
Эволюция нуклеотидной последовательности. Консенсусные последовательности.
Гомологичные признаки. Конвергенция.
Естественный отбор и неодарвинизм. Закрепление мутаций в популяции. Концепция
молекулярных часов. Нейтральная теория молекулярной эволюции. Эволюционная
систематика. Эволюционный анализ.
1.2. Выравнивание генетических последовательностей
Понятие о выравнивании генетических последовательностей, его цели и принципы.
Алгоритмы выравнивания последовательностей. Принцип матрицы точек. Алгоритмы
Нидлмена-Вунша и Смита-Уотермена. Глобальное и локальное выравнивание. Принципы
динамического программирования при выравнивании последовательностей. Методы слов.
Множественное выравнивание.
1.3. Компьютерные программы для эволюционного анализа
Типы компьютерных программ. Программы для хранения и редактирования
последовательностей. Международные базы генетических данных. Программы для
выравнивания последовательностей. Программы для филогенетического анализа.
Модуль 2. Филогенетический анализ
2.1. Генетические дистанции и эволюционные модели
Генетические дистанции: наблюдаемые, истинные и расчетные. Дистанции между
нуклеотидными последовательностями и эволюционные модели. Модель ДжуксаКантора. Модель Кимуры. Модель Таджимы-Неи. Другие эволюционные модели, их
сравнительная характеристика. Гамма-дистанции. Синонимичные и несинонимичные
дистанции, их отношение. Аминокислотные дистанции, матрицы вероятностей
аминокислотных замещений. Учет делеций и отсутствующей информации.
2.2. Филогенетические деревья
Филогенетические деревья. Топология дерева. Виды деревьев.
Методы построения деревьев. Дистанционные методы, их принципы. Метод
UPGMA. Метод трансформированной дистанции. Метод минимума эволюции. Методы
связей между соседями. Метод присоединения соседей. Установление длин ветвей.
Методы анализа дискретных признаков, их принципы. Метод максимальной экономии.
Метод максимального правдоподобия. Статистическая оценка деревьев. Бутстреп-анализ.
Другие филогенетические методы, их сравнительная оценка.
Применение филогенетического анализа в таксономии. Фенетика и кладистика.
2.3. Анализ молекулярных часов
Концепция молекулярных часов. Установление и калибровка молекулярных часов.
Тест относительных скоростей эволюции. Различные подходы к установлению
10
молекулярных часов. Несоблюдение молекулярных часов, их причины и проблемы
филогенетического анализа. Анализ молекулярных часов в разных группах организмов:
высших организмов, вирусов.
Модуль 3. Применение филогенетического анализа для решения отдельных задач
3.1. Анализ митохондриальной ДНК
Митохондриальная ДНК: особенности строения, наследования и эволюции.
Особенности
эволюционного
анализа
митохондриальной
ДНК.
Концепция
митохондриальной Евы и использование анализа мтДНК при изучении происхождения
человека.
3.2. Молекулярная эпидемиология
Задачи и принципы молекулярной эпидемиологии. Установление источника
заражения. Анализ эпидемиологических сетей. Молекулярные часы в эволюции ВИЧ-1.
6. Лабораторный практикум
Модуль 1.
1.1. Работа с базами генетических данных GenBank и DDBJ.
1.2. Выравнивание последовательностей с использованием программы ClustalW.
Модуль 2.
2.1. Расчет генетических дистанций.
2.2. Построение филогенетических деревьев с использованием программы PHYLIP.
2.3. Построение филогенетических деревьев с использованием программы MEGA.
Модуль 3.
3.1. Построение сетей гаплотипов мтДНК с использованием программы Network.
3.2. Конференция «Современные проблемы филогенетики».
7. Учебно-методическое
обеспечение
самостоятельной
работы
студентов.
Оценочные средства для текущего контроля успеваемости, промежуточной
аттестации по итогам освоения дисциплины.
7.1.Задания для контрольных работ.
Контрольная работа 1.1.
Нуклеотидные и аминокислотные последовательности.
Эволюция нуклеотидной последовательности.
Консенсусные последовательности.
Концепция молекулярных часов.
Нейтральная теория молекулярной эволюции.
Эволюционная систематика.
Эволюционный анализ.
Контрольная работа 1.2.
Понятие о выравнивании генетических последовательностей, его цели и принципы.
Глобальное, локальное и множественное выравнивание.
Контрольная работа 2.1.
Генетические дистанции.
Эволюционные модели.
Дистанции между нуклеотидными последовательностями.
11
Аминокислотные дистанции.
Контрольная работа 2.2.
Филогенетические деревья.
Топология и виды филогенетических деревьев.
Методы построения деревьев.
Статистическая оценка деревьев. Бутстреп-анализ.
Применение филогенетического анализа в таксономии. Фенетика и кладистика.
Контрольная работа 2.3.
Установление и калибровка молекулярных часов.
Различные подходы к установлению молекулярных часов.
Несоблюдение молекулярных часов, их причины.
Контрольная работа 3.1.
Митохондриальная ДНК: особенности строения, наследования и эволюции.
Особенности эволюционного анализа митохондриальной ДНК.
7.2.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
19.
20.
Примерная тематика реферативных работ по модулю 3.
Особенности молекулярной эволюции вирусов.
Молекулярная эволюция рыб.
Особенности молекулярной эволюции млекопитающих.
Молекулярная эволюция человека.
Молекулярная эволюция растений.
Молекулярная эволюция домашних животных.
Молекулярная эволюция культурных растений.
Молекулярная эволюция паразитов.
Молекулярная филогенетика паразито-хозяинных отношений.
Молекулярная филогенетика и происхождение жизни.
Молекулярная филогенетика и горизонтальный перенос генетической информации.
Противоречия морфологической и молекулярной эволюции, их решение.
Неодарвинизм.
Применение молекулярного анализа в установлении центров происхождения.
Нейтральность молекулярной эволюции.
Особенности использования разных видов маркеров для реконструкции филогений.
Молекулярная систематика.
7.3.Примеры тестовых заданий:
1. Кладистика – это:
а) систематика, основанная на родственных, эволюционных отношениях
организмов;
б) способ построения филогенетических деревьев;
в) эволюционный анализ видов;
г) систематика, основанная на сравнении ДНК разных видов.
2. Филогенетическое дерево состоит из следующих частей:
а) корня, ветвей, узлов и листьев;
б) корня, ствола и почек;
в) ствола, ветвей и почек;
г) корня, ветвей, узлов и междоузлий.
3. Эволюционная модель, исходящая из того, что вероятность (частота) замены любого
нуклеотида на любой другой нуклеотид за единицу времени постоянна, называется:
а) моделью Джукса-Кантора;
б) моделью Кимуры;
в) моделью Таджимы-Неи;
г) моделью Тамуры-Неи.
12
8. Образовательные технологии.
Мультимедийные средства обучения (компьютерные презентации по всем темам курса),
проблемные и исследовательские методы (на лабораторных занятиях), метод проектов
(защита реферата), модульно-рейтинговые технологии.
Интерактивные формы: заслушивание и обсуждение докладов и презентаций по
реферативным работам в форме конференции; выполнение лабораторных работ по
группам.
9. Учебно-методическое и информационное обеспечение дисциплины.
9.1. Основная литература:
Жимулев И.Ф. Общая и молекулярная генетика: Учеб. пособие. Новосибирск: Сиб. унив.
изд-во, 2003. 479 с. (Гриф)
Леск А. Введение в биоинформатику. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. 318 с.
Сельскохозяйственная биотехнология: учеб. для студ. Вузов / ред. В. С. Шевелуха. 3-е
изд., перераб. и доп. Москва: Высшая школа, 2008. 710 с. (Гриф)
Фишер Р. Генетическая теория естественного отбора. 2011. 304 с.
9.2. Дополнительная литература:
Айала Ф. Введение в популяционную и эволюционную генетику. М.: Мир, 1984.
Айала Ф., Кайгер Дж. Современная генетика. М.: Мир, 1988. Т. 3.
Брем Г., Кройслих Х., Штранцингер. Г. Экспериментальная генетика в животноводстве:
основы методов в биотехнологии: пер. с нем. Москва, 1995. 326 с.
Вейр Б. Анализ генетических данных. М.: Мир, 1995.
Кимура М. Молекулярная эволюция: Теория нейтральности. М.: Мир, 1985.
Клаг У.С., Каммингс М.Р. Основы генетики. М.: Техносфера, 2009. 896 с.
Козлова М. С. Эволюция человека: прошлое, настоящее, будущее. Москва: Наука, 2005.
110 с.
Молекулярные основы геносистематики: сб. ст. М.: Изд-во МГУ, 1980. 268 с.
Оленев Ю.М. Проблемы молекулярной генетики: Клетка. Онтогенез. Рак. Эволюция. Л.:
Наука, 1977. 207 с.
Павлинов И.Я. Введение в современную филогенетику: кладогенетический аспект. М.:
КМК, 2005. 391 с.
Ратнер В.А. Молекулярная генетика: принципы и механизмы. Новосибирск: Наука. Сиб.
отд-ние, 1983. 256 с.
Ратнер В.А. Генетика, молекулярная кибернетика: личности и проблемы. Новосибирск:
Наука, 2002. 272 с.
Уотсон Д. Д. Молекулярная биология гена. Москва: Мир, 1978. 720 с.
Морозова О.В. Загадки архей и их фагов // Вестник ВОГиС. 2005. Т.9. С.55-66.
Ратнер В.А. Молекулярная эволюция // Соросовский образовательный журнал. 1998, №3.
с. 41-47.
Расницын А. П. Молекулярная филогенетика, морфологическая кладистика и ископаемые
// Энтомологическое обозрение, 2010 . Т. 89, № 1. С. 85-132.
Татаринов Л.П. Современные тенденции в развитии филогенетических исследований //
Вестник Российской Академии наук. 2004. Т. 74. № 6. с.515-523.
Шестаков С.В. О ранних этапах биологической эволюции с позиций геномики //
Палеонтологический журнал. 2003. № 6. С. 50-57.
9.3. Программное обеспечение и Интернет – ресурсы:
GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html
DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/
ClustalW http://www.clustal.org
PHYLIP http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
13
MEGA http://www.megasoftware.net/
Network http://www.fluxus-engineering.com/sharenet.htm
10. Технические средства и материально-техническое обеспечение дисциплины.
Дисциплина обеспечена компьютерными презентациями, составленными автором.
На факультете имеется для проведения занятий 3 мультимедийные аудитории,
специализированные лаборатории, компьютерный класс.
14
Дополнения и изменения к рабочей программе на 2014 / 2015 учебный год
В рабочую программу вносятся следующие изменения и дополнения:
12.1. Основная литература:
Марков, А.В. Рождение сложности: эволюционная биология сегодня: неожиданные
открытия и новые вопросы / А. Марков. - Москва: Астрель: CORPUS, 2013. - 527 с.
Примроуз, С. Геномика: роль в медицине [Электронный ресурс]: учеб. пособие: пер. с
англ./ С. Примроуз, Р. Тваймен. - Москва: БИНОМ. Лаборатория знаний. 2-е издание:
2014. - 276 с. Режим доступа: http://e.lanbook.com/books/element.php?pl1_id=50563 (дата
обращения 02.02.2015)
12.2. Дополнительная литература:
Инге-Вечтомов, С.Г. Генетика с основами селекции: учебник для студентов вузов/ С. Г.
Инге-Вечтомов. - 2-е изд. - Санкт-Петербург: Н - Л, 2010. - 720 с.
Молекулярно-генетические и биохимические методы в современной биологии растений:
[сб. науч. ст.]/ ред. Вл. В. Кузнецов, В. В. Кузнецов, Г. А. Романов. - Москва: БИНОМ.
Лаборатория знаний, 2012. - 487 с.
Пехов, А.П. Биология: медицинская биология, генетика и паразитология: учебник для
студентов медицинских вузов/ А. П. Пехов. - Москва: ГЭОТАР-Медиа, 2012. - 656 с.
Примроуз, С. Геномика: роль в медицине: [учеб. пособие]: пер. с англ./ С. Примроуз, Р.
Тваймен. - Москва: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2008. - 277 с.
Фишер, Р. Генетическая теория естественного отбора/ Р. Фишер. - Москва: РХД; Ижевск:
Ин-т компьютерных исследований, 2011. - 304 с.
Кимура М. Молекулярная эволюция: Теория нейтральности. М.: Мир, 1985.
Клаг У.С., Каммингс М.Р. Основы генетики. М.: Техносфера, 2009. 896 с.
Козлова М. С. Эволюция человека: прошлое, настоящее, будущее. Москва: Наука, 2005.
110 с.
Павлинов И.Я. Введение в современную филогенетику: кладогенетический аспект. М.:
КМК, 2005. 391 с.
Ратнер В.А. Молекулярная генетика: принципы и механизмы. Новосибирск: Наука. Сиб.
отд-ние, 1983. 256 с.
Ратнер В.А. Генетика, молекулярная кибернетика: личности и проблемы. Новосибирск:
Наука, 2002. 272 с.
Уотсон Д. Д. Молекулярная биология гена. Москва: Мир, 1978. 720 с.
Рабочая программа пересмотрена и одобрена на заседании кафедры экологии и
генетики, протокол № 1 от «28» августа 2014 г.
Заведующий кафедрой ___________________/___________________/
Роспись
Ф.И.О.
15