МИНОБРНАУКИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ АВТОНОМНОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ПРОФЕССИОНАЛЬНОГО ОБРАЗОВАНИЯ «ЮЖНЫЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ ФАКУЛЬТЕТ БИОЛОГИЧЕСКИХ НАУК УТВЕРЖДАЮ Декан ______________ Паршин В. Г. "_30_"_января_ 2012 г. Рабочая программа дисциплины БИОХИМИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ЭУБАКТЕРИЙ И АРХЕЙ по специальности 03.01.04 - биохимия по отрасли биологические науки присуждаемая учёная степень кандидат биологических наук Форма обучения Очная, заочная Ростов-на-Дону 2012 1. Цели освоения дисциплины. Дисциплина «Биохимические особенности эубактерий и архей» посвящена изучению специфических метаболических путей бактерий и архей, а также изучению особенностей информационных процессов данных групп организмов. Целями освоения дисциплины (модуля) «Биохимические особенности эубактерий и архей» являются: формирование системных знаний о различных биохимических аспектах жизни бактерий и архей и перспективах их биотехнологического применения. Формирование умений давать характеристику метаболизма эубактерий в сравнении с эукариями и археями. 2. Место дисциплины в структуре ООП бакалавриата . Дисциплина составным «Биохимические звеном в особенности эубактерий структурно–логической и архей» схеме является подготовки высококвалифицированных аспирантов-биологов, владеющих знаниями в области биоорганической и биологической химии, генетики, молекулярной биологии, микробиологии и биотехнологии, и способных решать как вопросы подготовки учащихся в свете современных биологических знаний, так и практические задачи экономики страны. «Биохимические особенности эубактерий и архей» представляет собой дисциплину, входящую в учебном плане в блок ФД.А.В2 – факультативные курсы. Аспиранты обучаются по этой дисциплине на 2-м году обучения аспирантуры. Изучение материалов курса основано на знаниях, полученных в системе наук, составляющих современную физико–химическую биологию (органическая и биоорганическая химии, физическая и коллоидная химии, биологическая химия, генетика, молекулярная биология, микробиология и биотехнология), а также клеточной биологии, вирусологии. Требования к входным знаниям: 1. Строение прокариотной и эукариотной клеток. 2. Пути катаболизма глюкозы. 3. Механизмы синтеза АТФ. 4. Принцип полимеразной цепной реакции. 5. Репликация ДНК у эубактерий и эукариот. 6. Форма, строение и состав рибосом у эубактерий и эукариот. 7. Клеточный цикл. 3. Знания, умения и навыки, формируемые в результате освоения дисциплины В результате освоения дисциплины аспирант должен: Знать: 1. Многообразие путей метаболизма эубактерий. 2. Механизмы ассимиляции одноуглеродных субстратов. 3. Особые типы микробного питания (хемотрофия и литотрофия). 4. Особенности информационных процессов у архей. 5. Особенности энергетического метаболизма архей. 6. Архейный клеточный цикл. Уметь: 1. Обосновать взаимосвязь энергетических и конструктивных процессов. 2. Оценить энергетическую эффективность брожения и дыхания. 3. Использовать практической данные о метаболическом многообразии эубактерий для деятельности. 4. Давать сравнительную характеристику метаболизма архей, эубактерий и эукариот. 5. Приводить примеры представителей различных систематических групп архей. 6. Составлять схемы метаболических путей архей. 4. Структура и содержание факультативного курса «Биохимические особенности эубактерий и архей». Общая трудоемкость дисциплины составляет 3 зачетные единицы, 108 часов, 1 1.1 1.2 1.3 Содержание модуля дисциплины Применяемые образовательные технологии Виды учебной работы, Формы включая самостоятельную работутекущего контроля студентов и трудоемкость (в часах)успеваемости (по неделям семестра) Аудиторная Всего Форма часов (трудоЛаб. промежуточной СРС емкость) Лекц раб/ аттестации (по Пр семестрам) Неделя семестра № Год обучения лекционных - 14 часов, СРС - 94 часа, форма отчётности – зачёт. Модуль 1. Биохимические особенности эубактерий Общая схема 15 2 13 Лекция с разбокатаболизма. Энергером конкретной 2 1 ситуации тика прокариот. Окисление органических и неорганических соединений Фотосинтез эубактерий Проблемная лекция Проблемная лекция 8 2 15 2 - 13 УО-1 –собеседование ПР-4 –реферат 16 2 - 14 УО-1 –собеседование ПР-4 –реферат 2 2 3 УО-1 –собеседование ПР-2 – письменный отчет 1.4 2 2.1 Первичный и вторичный метаболизм. 16 2 - УО-1 –собеседование ПР-2 – письменный отчет 14 4 Модуль 2. Биохимические особенности архей 2 Информационные 15 2 13 Лекция5 процессы у архей визуализация 2.2 Энергетический метаболизм архей. Пути расщепления углеводов. 2.3 Аэробиоз и другие способы дыхания у архей. 5 2 Проблемная лекция 2 Проблемная лекция УО-1 –собеседование ПР-4 –реферат 16 2 - 14 УО-1 –собеседование ПР-2 – письменный отчет 15 2 - 13 УО-1 –собеседование УО-2 – коллоквиум 6 Лекциявизуализация 2 7 Коллоквиумконсультация УО-3 – устный зачёт Рубежный контроль Итого 108 14 - 94 Содержание дисциплины. Модуль 1. Биохимические особенности эубактерий. Использование микроорганизмами Внеклеточное переваривание. Синтез и полимерных органических субстратов. секреция экзоферментов, физиологическая роль в клетке. Индуцибельные и конститутивные ферменты. Внутриклеточные запасные полимеры. Белки как субстраты для роста микроорганизмов. Метаболизм бактерий Метаболическое микроорганизмов разнообразие Основы прокариот. биоэнергетики Общая схема микроорганизмов, катаболизма у взаимосвязь энергетических и конструктивных процессов. Энергоснабжение прокариот. Механизмы фосфорилирования. Энергетические процессы у микроорганизмов Анаэробный энергетический метаболизм. Брожение – анаэробный окислительновосстановительный процесс. Пути катаболизма гексоз (гликолиз, схема ЭнтнераДудорова, фосфокетолазный путь, путь бифидобактерий). Бактериальные брожения: спиртовое, молочнокислое, маслянокислое и ацетоно-бутиловое, смешанное и бутандиоловое, пропионовокислое и янтарнокислое и др. Дыхание. Функции кислорода в метаболизме прокариот. Схема дыхания, цикл трикарбоновых кислот. Цепи переносчиков электронов. Прямой и обратный перенос электронов. Расщепление сахаров в пентозофосфатном цикле. Метилглиоксалевый шунт. Аэробное и анаэробное дыхание. Кислородный стресс. Образование токсичных форм кислорода при аэробном метаболизме и способы их нейтрализации. Неполные окисления. Окисление неорганических соединений хемолитотрофами. Разнообразие хемолитотрофов: серные, нитрифицирующие, водородоокисляющие, карбокситрофные, железо- и марганец-окисляющие бактерии. Использование света прокариотами. Фотосинтез: оксигенный, аноксигенный. Фотосинтез галобактерий. Биосинтетические процессы у микроорганизмов: ассимиляция углерода, метаболизм азота, метаболизм серы. Биосинтез аминокислот, липидов, углеводов, синтез полимеров. Первичный и вторичный метаболизм. Первичные и вторичные метаболиты. Физиологическая роль вторичных метаболитов. Трофофаза и идиофаза. Пути образования антибиотиков, механизмы регуляции и функции в природных экосистемах. Пировиноградная кислота – как центральный метаболит углеводного, липидного и белкового обмена. Кометаболизм. Разложение ксенобиотиков. Регуляция метаболизма у бактерий. Основные способы регуляции микробного метаболизма. Регуляция синтеза ферментов путем индукции и репрессии: индукция ферментов, катаболитная репрессия, репрессия конечным продуктом, синтез ферментов центральных метаболических путей. Регуляция активности ферментов: ингибирование по типу обратной связи, свойства аллостерических ферментов, аллостерическая регуляция центральных метаболических путей, ковалентная модификация ферментов. Модуль 2. Биохимические особенности архей. Информационные процессы у архей. Особенности процесса репликация ДНК. Репарация повреждений ДНК: ДНК- репарирующие хеликазы и белки, участвующие в кроссинговере, и их паралоги. Транскрипция ДНК: инициация и элонгация транскрипции у архей. Регуляция транскрипции. Трансляция. Форма, строение и состав архейных рибосом. Ингибиторы синтеза белка. Структура и функции архейных шаперонов. Белки архейного клеточного цикла. Энергетический метаболизм. Пути расщепления углеводов. Сахаролитические археи. Архейные варианты пути Эмбдена-Мейергофа-Парнаса. Модифицированный путь Энтнера-Дудорова у архей. Превращение пентоз археями. Эволюционные аспекты архейных гликолитических путей. Аэробиоз и другие способы дыхания у архей. Организация архейных дыхательных цепей. Мембранные хинонредуктазы, мембраноинтегральные хинолокисляющие комплексы, мобильные электронные переносчики, гемы и металл-белки. Эффективность архейной электронтранспортной цепи. 5. Образовательные технологии. В ходе освоения студентами дисциплины «Биохимические особенности эубактерий и архей» используются традиционные и инновационные виды образовательных технологий: 1. Лекция-визуализация. В ходе лекции студент преобразовывает устную и письменную информацию в визуальную форму, выделяя при этом наиболее значимые и существенные элементы. На лекции используются схемы, рисунки, чертежи, слайдыпрезентации, к подготовке которых привлекаются обучающиеся. Проведение лекции проводится в виде связного развернутого комментирования подготовленных наглядных пособий. 2. Проблемная лекция. В ходе проблемной лекции знания вводятся как «неизвестное», которое необходимо «открыть». Проблемная лекция начинается с вопросов, с постановки проблемы, которую в ходе изложения материала необходимо решить. При этом выдвигаемая проблема не имеет однотипного решения, готовой схемы нет. Данный тип лекции строится таким образом, что деятельность студента по ее усвоению приближается к поисковой, исследовательской. В ходе лекции происходит диалог преподавателя и студентов. 3. Коллоквиум-консультация, при котором до 50% времени отводится для ответов на вопросы студентов. Удельный вес занятий, проводимых в активных и интерактивных формах, составляет 70% от общего числа аудиторных занятий. 6. Оценочные средства для текущего контроля успеваемости, промежуточной аттестации по итогам освоения дисциплины и учебно-методическое обеспечение самостоятельной работы студентов. В ходе освоения учащимся дисциплины «Биохимические особенности эубактерий и архей» используются следующие оценочные средства (таблица применяемых оценочных средств): Таблица применяемых оценочных средств № Оценочные средства 1 УО-1 2 УО-2 3 УО -3 4 ПР-2 5 ПР-4 1. Проверка выполнения домашнего задания в виде устного собеседования (УО-1). 2. Проведение коллоквиума по освоенной теме (УО-2) 3. Устный зачет (УО-3) 4. Письменный отчёт о домашней контрольной работе, в которой имеются контрольные вопросы и контрольные задания (составление и заполнение таблиц и графиков) (ПР-2). Написание реферата по предложенной теме (ПР-4) 5. Контрольные вопросы по темам, предусматривающие письменный ответ или контрольную работу: внеклеточное переваривание, значение процесса роль экзоферментов энергетика катаболических процессов окисление минеральных соединений механизмы транспорта веществ в клетку энергоснабжение транспортных процессов пути катаболизма гексоз (биохимическая схема, энергетический выход) дыхание: биохимия и энергетика процесса анаэробное дыхание механизмы бактериального фотосинтеза типы фосфорилирования регуляция метаболизма первичный и вторичный метаболизм Репарация повреждений ДНК у архей: ДНК-репарирующие хеликазы и белки, участвующие в кроссинговере, и их паралоги. Строение и состав архейных рибосом.. Архейные шапероны. Белки архейного клеточного цикла. Модифицированный путь Энтнера-Дудорова у архей. Архейные варианты пути Эмбдена-Мейергофо-Парнаса. Список рефератов: 1. Особые пути катаболизма глюкозы 2. Брожение – как уникальный тип метаболизма прокариот 3. Энергетика брожения и дыхания 4. Пурпурные, зеленые и гелиобактерии 5. Механизм фотосинтеза галобактерий 6. Регуляция микробного метаболизма 7. Биосинтетические процессы у прокариот 8. Кометаболизм 9. Кислородный стресс 10. Особенности процесса репликация ДНК у архей. 11. Аэробиоз и другие способы дыхания у архей. 12. Транскрипция ДНК: инициация и элонгация транскрипции у архей. 13. Эволюционные аспекты архейных гликолитических путей. 14. Сложность и эффективность архейной электронтранспортной цепи. 7 Учебно-методическое и информационное обеспечение дисциплины (модуля) «Биохимические особенности эубактерий и архей» Для проведения дисциплины «Биохимические особенности эубактерий и архей» аспирант обеспечен всей необходимой учебно-методической литературой и доступом к программному обеспечению и интернет-ресурсам. Вся необходимая учебно-методическая литература имеется в библиотеке студенческого абонемента, зональной научной библиотеке, библиотеке кафедры и преподавателя дисциплины. Доступ к интернет-ресурсам осуществляется через интернет-класс факультета, зональной научной библиотеки и локальной компьютерной сети университета. а) основная литература: 1. Воробьева Л.И. Стрессоры, стрессы и выживаемость бактерий // Прикл. биохимия и микробиология.- 2004.- Т.40. – С.261-269. 2. Воробьева Л.Н. Археи. – М., ИКЦ «Академкнига», 2007. – 447с. 3. Глик Б., Пастернак Дж. Молекулярная биотехнология. – М.: Мир, 2002. – 565с. 4. Готтшалк Г. Метаболизм бактерий. – М.: Мир, 1982. – 310 с. 5. Гусев М.В., Минеева Л.А. Микробиология.: Учебник для студентов биологических специальностей вузов.- 7-е изд. М.: Издательский центр «Академия», 2007. – 464 с. 6. Заварзин Г.А. Становление биосферы. // Микробиология. 1997. –Т.66. – С.720-734. 7. Метаболизм микроорганизмов: Учебн. Пособие /Под ред. Н.С.Егорова. – М.: Изд-во Моск. Ун-та., 1986. – 256 с. 8. Наумова Н.Б. Археи в «неэкстремальных экосистемах» // Успехи совр. биологии. 2003. Т.123. – С.16-23. 9. Нетрусов А.И., Котова И.Б. Микробиология: учебник для студ. Высш. учеб. заведений. – М.: Издательский центр «Академия», 2006. – 352 с. 10. Пиневич А.В. Микробиология. Биология прокариотов. Т.1. – С.-Петерб. гос. ун-т, 2006. - 346с. 11. Современная микробиология: Прокариоты: В 2-х томах. Т.1./Под ред. Й. Ленгелера, Г. Древса, Г. Шлегеля. – М.: Мир, 2005. – 656 с. 12. Современная микробиология: Прокариоты: В 2-х томах. Т.2./Под ред. Й. Ленгелера, Г. Древса, Г. Шлегеля. – М.: Мир, 2005. – 496 с. б) дополнительная литература: 1. Метлина А.Л. Жгутики бактерий и архей как органеллы подвижности прокариот. // Биохимия. 2004. – Т.69. – С.1477-1488. 2. Пожарская В.О., Райкис Б.Н., Казиев А.Х. Общая микробиология с вирусологией и иммунологией (в графическом изображении): Учебное пособие.- М.: «Триада-Х», 2008. – 352 с. 3. Прозоров А.А. Геном бактериальной клетки. // Организация генома. – М.: Наука. 1989. – С.4-21. 4. Скулачев В.П Эволюция биологических механизмов запасания энергии: в кн. Современное естествознание. Молекулярные основы биологических процессов. – М.: Магистр-Пресс, 2000. – Т.8. – С.228-245. 5. Спирин А.С. Происхождение, возможные формы существования и размеры первозданных особей. // Палеонтологический журнал. -2005.- №4. – С.25-32. в) программное обеспечение и Интернет-ресурсы 1. http: // elementy.ru / Новости / 430461 2. http://elementy.ru/news/430807 3. http://www.ng.ru/science/2008-09-24/15_micro.html 8 Материально-техническое обеспечение дисциплины (модуля) «Биохимические особенности эубактерий и архей» При проведении дисциплины «Биохимические особенности эубактерий и архей» учащиеся обеспечены всей необходимой материально-технической базой, в частности, лекционной оборудованием аудиторией с мультимедийным демонстрации презентаций и иллюстративного презентационным для материала и аудиторией для семинарских занятий. Авторы: доцент., к.б.н. Полякова А.В., доцент., к.б.н. Илюшкина Л.Н. Рецензент: к.б.н., ст.н.с. РНИИМП Гапон М.Н. Программа одобрена на заседании Учёного совета факультета биологических наук ЮФУ от 30 января 2012 года, протокол № 5. Краткая аннотация дисциплины «Биохимические особенности эубактерий и архей» Дисциплина «Биохимические особенности эубактерий и архей» относится в блок ФД.А.В2 – факультативные курсы. Дисциплина «Биохимические особенности эубактерий и архей» изучает многообразие метаболических путей прокариот, биоэнергетику и разнообразие процессов катаболизма, специфических метаболических путей бактерий и архей, а также особенностей информационных процессов данных групп организмов, механизмы регуляции микробного метаболизма, Целями освоения дисциплины (модуля) «Биохимические особенности эубактерий и архей» являются: формирование системных знаний о различных биохимических аспектах жизни бактерий и архей и перспективах их биотехнологического применения. Общая трудоемкость дисциплины составляет 3 зачетные единицы, 108 часов, лекционных - 14 часов, СРС - 94 часа, форма отчётности – зачёт.