по следующей ссылке - Главный ботанический сад им. Н.В

Приложение
Расписание занятий
по дисциплине «Статистические методы анализа данных: Анализ данных в ботанике»
Преподаватель: доктор биологических наук, профессор И.А. Шанцер
Форма контроля (для аспирантов ГБС РАН) -зачет
№ п/п
№
занятия
Дата
Время
1
1
16.03.16
16:00
2
2
18.03.16
16:00
3
3
23.03.16
16:00
Аудитория
Тема занятия
Объекты исследования, признаки и выборки.
Объект: особь, клон, рамета/генета, сорт, популяция, вид, таксон
Признаки: морфологические; биохимические; молекулярногенетические. Кодировка признаков и составление объект-признаковых
№ 39
матриц. Выборка: размер, репрезентативность, рандомизация; выборка
(Библиотека и генеральная совокупность; распределение выборки, нормальное
ГБС РАН) распределение и отклонения от него; критерии статистической
достоверности; статистические ошибки I и II рода. Методы
исследования: наблюдение и эксперимент. Первичная оценка данных с
помощью диаграмм.
Статистические тесты и одномерный анализ.
№ 95
Среднее значение и дисперсия. Параметрические и непараметрические
(Музей им. тесты: Стьюдента, Хи-квадрат, Вилкоксона. Дисперсионный анализ
Н.В.
(ANOVA). Post-hoc тесты Тьюки. Коэффициенты корреляции и
Цицина)
детерминации. Дискриминантный анализ. Программы PAST и
Statistica.
№ 95
Многомерный анализ данных.
(Музей им. Кластерный анализ. Измерение сходства. Матрицы расстояний.
Н.В.
Коэффициенты сходства и дистанции. Основные алгоритмы
Цицина)
кластеризации. Топология дендрограммы и оценка ее устойчивости.
4
5
6
4
5
6
30.03.16
01.04.16
06.04.16
16:00
16:00
16:00
№ 95
(Музей им.
Н.В.
Цицина)
7
08.04.16
16:00
8
8
13.04.16
16:00
10
9
10
15.04.16
20.04.20
16
№ 95
(Музей им.
Н.В.
Цицина)
№ 95
(Музей им.
Н.В.
Цицина)
7
9
№ 95
(Музей им.
Н.В.
Цицина)
16:00
16:00
№ 95
(Музей им.
Н.В.
Цицина)
№ 95
(Музей им.
Н.В.
Цицина)
№ 95
(Музей им.
Н.В.
Цицина)
Многомерный анализ данных.
Ординация методами главных компонент, главных координат и
неметрического многомерного шкалирования.
Молекулярно-генетические данные.
Извлечение ДНК из растительных тканей. Полимеразная цепная
реакция (ПЦР). Фрагментный анализ и первичная структура ДНК.
Использование молекулярно-генетических данных для изучения
растений: идентификация таксонов, индивидуальных растений,
изменений в структуре генома.
Кладистический анализ.
Принципы и основные термины кладистики. Методы максимальной
экономии и максимального правдоподобия. Топология кладограммы и
оптимизация признаков. Внешняя группа и укоренение кладограммы.
Методы оценки устойчивости топологии кладограмм.
Деревья и сети.
Алгоритмы построения сетей. Сети гаплотипов и сплитграфы.
Использование сетей в филогенетических и популяционногенетических исследованиях.
Некоторые представления о генетике популяций.
Популяционно-генетические параметры. Закон Харди-Вайнберга,
дрейф и отбор. Теория нейтральности. Коэффициенты инбридинга
Фишера. Анализ молекулярной дисперсии (AMOVA). Метод Байеса.
Коалесценция и филогеография.
Использование молекулярно-генетических данных для реконструкции
истории видов и популяций.
Лекция 10. (дополнительная, не имеющая отношения к статистике, но
важная). Основные правила ботанической номенклатуры.