Приложение

Приложение
к инструкции по применению набора реагентов для детекции
генетических полиморфизмов методом пиросеквенирования с
применением системы генетического анализа серии PyroMark
«АмплиСенс Пироскрин»
«BRCA-скрин»
Профиль генетического исследования
«Рак молочной железы и/или яичников»
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 1 из 12
Комплект реагентов «BRCA-скрин» – комплект реагентов для амплификации и
пиросеквенирования – включает:
Реактив
Описание
Локус
Объем,
(мутация)
мл
BRCA1
0,275
(185delAG)
BRCA1
0,275
(300T>G (C61G))
BRCA1
0,275
(2080delA)
BRCA1
0,275
(4153delA)
BRCA1
0,275
(5382insC)
BRCA2
0,275
(6174delT)
Прозрачная
бесцветная жидкость
Прозрачная
ПЦР-смесь-1 B1-61
бесцветная жидкость
Прозрачная
ПЦР-смесь-1 B1-7A
бесцветная жидкость
Прозрачная
ПЦР-смесь-1 B1-A
бесцветная жидкость
Прозрачная
ПЦР-смесь-1 B1-C
бесцветная жидкость
Прозрачная
ПЦР-смесь-1 B2-T
бесцветная жидкость
Прозрачная
Полимераза (TaqF)
–
бесцветная жидкость
Прозрачная
2,5х ПЦР-буфер blue
жидкость синего
–
цвета
Минеральное масло для Бесцветная вязкая
ПЦР
жидкость
Праймер для
Прозрачная
BRCA1
секвенирования B1-AG-S бесцветная жидкость
(185delAG)
Праймер для
Прозрачная
BRCA1
секвенирования B1-61-S бесцветная жидкость (300T>G (C61G))
Праймер для
Прозрачная
BRCA1
секвенирования B1-7A-S бесцветная жидкость
(2080delA)
Праймер для
Прозрачная
BRCA1
секвенирования B1-A-S
бесцветная жидкость
(4153delA)
Праймер для
Прозрачная
BRCA1
секвенирования B1-C-S
бесцветная жидкость
(5382insC)
Праймер для
Прозрачная
BRCA2
секвенирования B2-T-S
бесцветная жидкость
ПЦР-смесь-1 B1-AG
Кол-во
1 пробирка
1 пробирка
1 пробирка
1 пробирка
1 пробирка
1 пробирка
0,03
6 пробирок
0,6
6 пробирок
4,0
2 флакона
0,33
5 пробирок
0,33
5 пробирок
0,33
5 пробирок
0,33
5 пробирок
0,33
5 пробирок
0,33
5 пробирок
Комплект реагентов рассчитан на проведение 55 реакций пиросеквенирования для
каждого исследуемого генетического локуса.
К комплекту реагентов прилагается следующий реагент:
Реактив
ОКО
Описание
Прозрачная бесцветная
жидкость
Объем, мл
Кол-во
1,2
1 пробирка
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 2 из 12
Анализируемые мутации
Локус
Продукт
Мутация
rs
Последовательность
для анализа
Анализ
Аллель риска
BRCA1
Breast cancer gene 1
185delAG
rs80357713
T[CT]AAGATTTTCTGC
обратный
delAG
BRCA1
Breast cancer gene 1
300T>G (C61G)
rs28897672
T/GGTCCTTTATGTA
прямой
G
BRCA1
Breast cancer gene 1
2080delA
rs80357522
[T]CTTTATCTCT
обратный
delA
BRCA1
Breast cancer gene 1
4153delA
rs80357711
GA[A]GAAAGAGGA
прямой
delA
BRCA1
Breast cancer gene 1
5382insC
rs80357906
[G]ATTCTCTTG
обратный
insC
BRCA2
Breast cancer gene 2
6174delT
rs80359550
[A]CTTGCTGTG
обратный
delT
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 3 из 12
Схемы ожидаемых результатов
Локус: BRCA1, мутация 185delAG
Генотип: AG/AG (аллель риска не выявлен)
Генотип: AG/delAG (аллель риска выявлен)
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 4 из 12
Локус: BRCA1, мутация 300T>G (C61G)
Генотип: TT (аллель риска не выявлен)
Генотип: TG (аллель риска выявлен)
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 5 из 12
Локус: BRCA1, мутация 2080delA
Генотип: A/A (аллель риска не выявлен)
Генотип: A/delA (аллель риска выявлен)
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 6 из 12
Локус: BRCA1, мутация 4153delA
Генотип: A/A (аллель риска не выявлен)
Генотип: A/delA (аллель риска выявлен)
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 7 из 12
Локус: BRCA1, мутация 5382insC
Генотип: аллель риска 5382insC не выявлен
Генотип: аллель риска 5382insC выявлен
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 8 из 12
Локус: BRCA2, мутация 6174delT
Генотип: TT (аллель риска не выявлен)
Генотип: T/delT (аллель риска выявлен)
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 9 из 12
Примеры результатов
Локус: BRCA1, мутация 185delAG
B5: TCTAAGATTTTC
400
300
200
100
0
E
S
G
T
C
T
A
G
5
Генотип: AG/AG (аллель риска не выявлен)
Локус: BRCA1, мутация 300T>G (C61G)
C8: T/ GGTCCTTTATGTAA
G: 0%
T: 100%
600
500
400
300
200
100
0
E
S
C
T
G
T
C
T
A
T
5
Генотип: T/T (аллель риска не выявлен)
Локус: BRCA1, мутация 2080delA
B5: TCTTTATC
600
500
400
300
200
100
0
E
S
G
T
C
T
A
T
5
Генотип: A/A (аллель риска не выявлен)
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 10 из 12
Локус: BRCA1, мутация 4153delA
A7: GAAGAAAGAGGA
800
600
400
200
0
E
S
C
G
A
G
A
G
5
Генотип: A/A (аллель риска не выявлен)
Локус: BRCA1, мутация 5382insC
C5: GATTCTCTTG
500
400
300
200
100
0
E
S
C
G
A
T
C
T
5
Генотип: -/C (аллель риска 5382insC выявлен)
Локус: BRCA2, мутация 6174delT
C5: ACTTGCTGT
300
250
200
150
100
50
0
E
S
G
A
C
T
G
C
5
Генотип: T/T (аллель риска не выявлен)
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 11 из 12
Лист вносимых изменений
Редакция
Место внесения
изменений
Титульный лист
Состав
10.05.11
ZD
Табл.
Анализируемые
мутации
Схемы ожидаемых
результатов
Примеры
результатов
Таблица состава
14.07.11
VV
02.08.11
VV
10.08.11
VV
24.08.11
VV
Таблица
«Анализируемые
мутации»
Название набора
реагентов
Схемы ожидаемых
результатов
Примеры
результатов
Табл.
Анализируемые
мутации
Титульная
страница
Нижний
колонтитул
Суть вносимых изменений
Добавлено краткое название приложения – «BRCAскрин»
Название комплекта реагентов «ПЦР-комплект»
исправлено на «BRCA-скрин»
Объем и количество реагентов ПЦР-смесь-1 изменено
с 0,005 мл – 55 пробирок на 0,275 мл – 1 пробирка
Из названия ПЦР-смеси-1 удалено R
Информация о том, что ПЦР-смесь-1 раскапана под
воск удалена
Реагент ПЦР-смесь-2-blue заменен на 2,5х ПЦРбуфер blue
Добавлен реагент полимераза (TaqF) (0,03 мл –
6 пробирок)
Добавлен столбец «Описание»
Изменено название таблицы: «Анализируемые
мутации» вместо «Анализируемые полиморфизмы»
Изменена последовательность для анализа для
локуса BRCA2: ACTTGCTGT вместо CACTTGCTGTG
Изменены рисунки для локуса: BRCA2, мутация
6174delT
Изменены рисунки для локуса: BRCA1, мутация
4153delA; локуса: BRCA1, мутация 5382insC; и локуса:
BRCA2, мутация 6174delT
Название столбца «Локус (полиморфизм)» заменено
на «Локус (мутация)»
Внесены rs-номера для детектируемых мутаций
Название набора «Пироскрин» изменено на
«АмплиСенс® Пироскрин»
Изменены рисунки для локуса: BRCA2, мутация
6174delT
Изменены рисунки, уточнены обозначения генотипов
Продлены сиквенсы
Добавлен символ, обозначающий «изделие для in
vitro диагностики»
«Кат. №» и «дата изменения» заменены на
соответствующие символы
Форма 9: REF PMQ-005-50-F / VER 24.08.11 /стр. 12 из 12