Форматы АТF

Ôîðìàòû ATF-ôàéëîâ
Ñîäåðæàíèå
1
GenePix Results (.GPR)
1
2
GenePix Array List (.GAL)
5
3
Spot (.Spot)
6
1
GenePix Results (.GPR)
GPR-ôàéë îïèñûâàåò ðåçóëüòàò ãèáðèäèçàöèè ìèêðîìàòðèöû è ïðåäñòàâëÿåò èç ñåáÿ òåêñòîâûé ôàéë,
ñîñòîÿùèé èç äâóõ ÷àñòåé çàãîëîâêà è òàáëèöû ñ äàííûìè. Ôàéë ñîîòâåòñòâóåò ñïåöèôèêàöèè ATF
(Axon Text File), ýòî çíà÷èò, ÷òî îí ñîäåðæèò òîëüêî òåêñòîâûå äàííûå, ðàçäåë¼ííûå òàáóëÿöèåé. ATFôàéëû ïîääåðæèâàþòñÿ áîëüøèíñòâîì òàáëè÷íûõ ïðîöåññîðîâ, íàïðèìåð Microsoft Excel.
Ïåðâûì â GPR-ôàéëå èä¼ò çàãîëîâîê, ñîäåðæàùèé ðàçìåðû ïèêñåëÿ îòñêàíèðîâàííîãî èçîáðàæåíèÿ,
äëèíû âîëí ëàçåðíîãî èçëó÷åíèÿ, òåìïåðàòóðó ñêàíåðà, ìîùíîñòü ëàçåðà è ÷óâñòâèòåëüíîñòü ôîòîóìíîæèòåëÿ ïðè ñêàíèðîâàíèè, ìåòîä è êîýôôèöèåíòû íîðìàëèçàöèè (åñëè îíà ïðîèçâîäèëàñü ïðè àíàëèçå
èçîáðàæåíèÿ) è òàê äàëåå. Äàëåå ñëåäóåò òàáëèöà ñ äàííûìè î ãèáðèäèçàöèè ïî êàæäîìó ñïîòó (èçîáðàæåíèþ ñãèáðèäèçèðîâàâøåãî çîíäà). Ñòîëáöû ýòîé òàáëèöû îïèñûâàþò îïðåäåë¼ííûå õàðàêòåðèñòèêè
ñïîòîâ: ïîëîæåíèå íà ìèêðîìàòðèöå (ñåêòîð, ñòðîêà, ñòîëáåö, xy-êîîðäèíàòû); èìÿ è îïèñàíèå ãåíà, îòíîñÿùåãîñÿ ê çîíäó, ïðåäñòàâëåííîì íà èçîáðàæåíèè äàííûì ñïîòîì; äèàìåòð òî÷êè; ñðåäíÿÿ è ìåäèàííàÿ
èíòåíñèâíîñòü òî÷êè äëÿ îáîèõ äëèí âîëí; ñðåäíÿÿ è ìåäèàííàÿ ôîíîâàÿ èíòåíñèâíîñòè (ôîíîâûé øóì)
òàêæå äëÿ îáîèõ äëèí âîëí; îòíîøåíèå èíòåíñèâíîñòåé (êàê ñðåäíèõ, òàê è ìåäèàííûõ) ñ âû÷åòîì ñîîòâåòñòâóþùèõ ôîíîâûõ èíòåíñèâíîñòåé; ñòîëáåö Flags, õàðàêòåðèçóþùèé êà÷åñòâî ñïîòà, à òàêæå äðóãèå
äàííûå. Ñòðîêè òàáëèöû ñîîòâåòñòâóþò ñïîòàì èçîáðàæåíèÿ ìèêðîìàòðèöû.
Ïîñòðî÷íîå îïèñàíèå çàãîëîâêà GPR-ôàéëà:
ATF 1.0
Ôîðìàò è âåðñèÿ ôàéëà.
Ïåðâîå ÷èñëî êîëè÷åñòâî çàïèñåé â çàãîëîâêå,
29 48
âòîðîå êîëè÷åñòâî ñòîëáöîâ â òàáëèöå ñ äàííûìè, êîòîðàÿ
ñëåäóåò çà çàãîëîâêîì.
"Type=GenePix Results 3"
Òèï ATF-ôàéëà.
"DateTime=2002/02/09 17:15:48"
Äàòà è âðåìÿ ïîëó÷åíèÿ èçîáðàæåíèÿ.
"Settings=C:\Genepix\Genepix.gps"
Ôàéë íàñòðîåê, èñïîëüçîâàííûõ ïðè àíàëèçå.
"GalFile=C:\Genepix\Demo.gal"
GAL-ôàéë ñ îïèñàíèåì ñòðóêòóðû ìèêðîìàòðèöû.
"PixelSize=10"
Ðàçìåð ïèêñåëÿ èçîáðàæåíèÿ â ìêì.
"Wavelengths=635 532"
Äëèíû âîëí ëàçåðíîãî èçëó÷åíèÿ â íì.
Èìÿ è ïóòü ñîîòâåòñòâóþùèõ TIFF-ôàéëîâ. TIFF-ôàéë ìîæåò
âêëþ÷àòü â ñåáÿ íåñêîëüêî èçîáðàæåíèé (ìóëüòèñòðàíè÷íûé
"ImageFiles=C:\Genepix\demo.tif 0
C:\Genepix\GenePix.tif 1"
TIFF-ôàéë). Ïàðàìåòðû 0 è 1 ïîêàçûâàþò íîìåðà êàêèõ
èçîáðàæåíèé (ñòðàíèö) â TIFF-ôàéëå ñëåäóåò èñïîëüçîâàòü.
Ïåðâûì èä¼ò èçîáðàæåíèå ïî ïåðâîìó êàíàëó: 0 èçîáðàæåíèå
èç ôàéëà demo.tif. Âòîðûì ïî âòîðîìó êàíàëó:
1 èçîáðàæåíèå èç ôàéëà GenePix.tif.
"NormalizationMethod=None"
Ìåòîä íîðìèðîâêè, åñëè èñïîëüçîâàëàñü.
"NormalizationFactors=1 1"
Êîýôôèöèåíòû íîðìèðîâêè ïî êàæäîìó êàíàëó.
"JpegImage=C:\Genepix\demo.jpg"
Èìÿ è ïóòü ñîîòâåòñòâóþùèõ JPEG-ôàéëîâ.
Ìåòîä ðàñ÷¼òà ñòàíäàðòíîãî îòêëîíåíèÿ ñîãëàñíî íàñòðîéêàì
"StdDev=Type 1"
îïöèé.
Ôîðìóëà äëÿ ðàñ÷¼òà îòíîøåíèÿ èçîáðàæåíèé, ïîêàçûâàþùàÿ
"RatioFormulation=W1/W2
äàííûå êàêîãî èç èçîáðàæåíèé ïîäñòàâëÿþòñÿ â ÷èñëèòåëü, à
(635/532)"
êàêîãî â çíàìåíàòåëü.
"Barcode=00331"
Øòðèõêîä, ïðî÷èòàííûé ñ èçîáðàæåíèÿ.
"BackgroundSubtraction=
Ìåòîä âû÷èòàíèÿ ôîíîâîé èíòåíñèâíîñòè ñîãëàñíî
LocalFeature"
íàñòðîéêàì îïöèé.
"ImageOrigin=0, 0"
Íà÷àëî êîîðäèíàò èçîáðàæåíèÿ.
"JpegOrigin=390, 4320"
Íà÷àëî êîîðäèíàò ðåçóëüòèðóþùåãî JPEG èçîáðàæåíèÿ.
Âåðñèÿ ÏÎ GenePix Pro, èñïîëüçîâàííîãî ïðè ñîçäàíèè ôàéëà
"Creator=GenePix 4.1.1.4"
ðåçóëüòàòîâ.
"Scanner=GenePix 4000B
Òèï è ñåðèéíûé íîìåð ñêàíåðà.
[ñåðèéíûé íîìåð]"
"FocusPosition=0"
Ïîëîæåíèå ôîêóñà â ìêí ïðè ñêàíèðîâàíèè èçîáðàæåíèÿ.
"Temperature=19.6127"
Òåìïåðàòóðà ñêàíåðà â ãðàäóñàõ Öåëüñèÿ.
Êîëè÷åñòâî ïðîõîäîâ êàæäîé ñòðîêè ïèêñåëåé (îò 1 äî 3).
"LinesAveraged=1"
Èñïîëüçóåòñÿ ïðè ìàëûõ èíòåíñèâíîñòÿõ ñâå÷åíèÿ äëÿ
óìåíüøåíèÿ øóìà äåòåêòîðà.
"Comment=hyb 2673"
Êîììåíòàðèé ïîëüçîâàòåëÿ ê ôàéëó.
"PMTGain=500 600"
×óâñòâèòåëüíîñòü ôîòîóìíîæèòåëÿ ïðè ñêàíèðîâàíèè.
Ìîùíîñòü ëàçåðà â ïðîöåíòàõ îò ìàêñèìàëüíîé äëÿ êàæäîãî
"ScanPower=100 100"
êàíàëà.
"LaserPower=1 1"
Ïèòàíèå êàæäîãî ëàçåðà â âîëüòàõ.
Âðåìÿ ëàçåðà âî âêëþ÷åííîì ñîñòîÿíèè â ìèíóòàõ ïðè
"LaserOnTime=5 5"
ñêàíèðîâàíèè ïî êàæäîìó êàíàëó.
"Filters=<Empty> <Empty>"
Ýìèññèîííûå ôèëüòðû, èñïîëüçîâàííûå ïðè ñêàíèðîâàíèè.
"ScanRegion=100,100,2000,2000"
Êîîðäèíàòû îáëàñòè ñêàíèðîâàíèÿ â ïèêñåëÿõ.
"Supplier=Ïðîèçâîäèòåëü"
Ïîëå èç çàãîëîâêà GAL-ôàéëà ñ èìåíåì ïðîèçâîäèòåëÿ
ìèêðîìàòðèöû (ñì. 2).
Äàííûå GPR-ôàéëà ñëåäóþò çà çàãîëîâêîì. Îíè óïîðÿäî÷åíû â òàáëèöó: ñòðîêè ñîîòâåòñòâóþò ñïîòàì
èçîáðàæåíèÿ ìèêðîìàòðèöû, à ñòîëáöû ðàçëè÷íûì õàðàêòåðèñòèêàì ýòèõ ñïîòîâ. Îïèñàíèå ñòîëáöîâ
òàáëèöû äàííûõ:
"Block"
Íîìåð áëîêà, íà êîòîðîì íàõîäèòñÿ ñïîò. Áëîêè ìèêðîìàòðèöû íóìåðóþòñÿ
ñëåâà-íàïðàâî, ñíèçó-ââåðõ (ñì. 2).
"Column"
Íîìåð ñòîëáöà â áëîêå, ãäå íàõîäèòñÿ ñïîò.
"Row"
Íîìåð ñòðîêè â áëîêå, ãäå íàõîäèòñÿ ñïîò.
Èìÿ çîíäà, èçîáðàæåíèåì êîòîðîãî ÿâëÿåòñÿ äàííûé ñïîò. Íå áîëåå 40
"Name"
ñèìâîëîâ â GenePix Pro 4.0 è áîëåå ðàííèõ âåðñèÿõ è áåç îãðàíè÷åíèé
íà÷èíàÿ ñ GenePix Pro 4.1.
Óíèêàëüíûé èäåíòèôèêàòîð çîíäà (êðàòêîå èìÿ). Íå áîëåå 40 ñèìâîëîâ â
"ID"
GenePix Pro 4.0 è áîëåå ðàííèõ âåðñèÿõ è áåç îãðàíè÷åíèé íà÷èíàÿ ñ
GenePix Pro 4.1.
"X"
XY-êîîðäèíàòû öåíòðà ñïîòà â ìêì. Íà÷àëî êîîðäèíàò ëåâûé âåðõíèé
"Y"
óãîë èçîáðàæåíèÿ.
"Dia."
Äèàìåòð ñïîòà â ìêì.
"F635 Median"
Ìåäèàííàÿ èíòåíñèâíîñòü ïèêñåëåé ñïîòà íà äëèíå âîëíû ëàçåðà 635 íì.
"F635 Mean"
"F635 SD"
"F635 CV"
Ñðåäíÿÿ èíòåíñèâíîñòü ïèêñåëåé íà äëèíå âîëíû ëàçåðà 635 íì.
Ñòàíäàðòíîå îòêëîíåíèå èíòåíñèâíîñòåé ïèêñåëåé íà äëèíå âîëíû ëàçåðà
635 íì.
Êîýôôèöèåíò âàðèàöèè èíòåíñèâíîñòåé ïèêñåëåé íà äëèíå âîëíû ëàçåðà
635 íì.
Ôîíîâîå çíà÷åíèå èíòåíñèâíîñòè ñïîòà íà äëèíå âîëíû ëàçåðà 635 íì,
èñïîëüçóåìîå GenePix Pro ïðè âû÷èñëåíèÿõ ïðîèçâîäíûõ çíà÷åíèé (â
ïåðâûõ âåðñèÿõ GPR ôîðìàòà "B532" = B635 Median, òî åñòü ïðè ðàñ÷¼òàõ
"B635"
âû÷èòàëàñü ìåäèàííàÿ ôîíîâàÿ èíòåíñèâíîñòü). Ýòîò ñòîëáåö íåîáõîäèì,
òàê êàê â GenePix Pro 5.0 åñòü ðàçíûå ìåòîäû âû÷èòàíèÿ ôîíîâîé
èíòåíñèâíîñòè: ãëîáàëüíûé è ïî îòðèöàòåëüíûì êîíòðîëüíûì çîíäàì. Åñëè
íå âûáðàí ëîêàëüíûé ìåòîä ("BackgroundSubtraction6=LocalFeature"), òî
B635 áóäåò îòëè÷àòüñÿ îò B635 Median.
"B635 Median"
Ìåäèàííàÿ ôîíîâàÿ èíòåíñèâíîñòü ïèêñåëåé íà äëèíå âîëíû ëàçåðà 635 íì.
"B635 Mean"
Ñðåäíÿÿ ôîíîâàÿ èíòåíñèâíîñòü ïèêñåëåé íà äëèíå âîëíû ëàçåðà 635 íì.
"B635 SD"
"B635 CV"
Ñòàíäàðòíîå îòêëîíåíèå ôîíîâûõ èíòåíñèâíîñòåé ïèêñåëåé íà äëèíå âîëíû
ëàçåðà 635 íì.
Êîýôôèöèåíò âàðèàöèè ôîíîâûõ èíòåíñèâíîñòåé ïèêñåëåé íà äëèíå âîëíû
ëàçåðà 635 íì.
Ïðîöåíò ïèêñåëåé ñ èíòåíñèâíîñòüþ áîëåå ÷åì íà îäíî ñòàíäàðòíîå
"% > B635+1SD"
îòêëîíåíèå áîëüøåé ôîíîâîé èíòåíñèâíîñòè ïèêñåëåé íà äëèíå âîëíû
ëàçåðà 635 íì.
Ïðîöåíò ïèêñåëåé ñ èíòåíñèâíîñòüþ áîëåå ÷åì íà äâà ñòàíäàðòíûõ
"% > B635+2SD"
îòêëîíåíèÿ áîëüøåé ôîíîâîé èíòåíñèâíîñòè ïèêñåëåé íà äëèíå âîëíû
ëàçåðà 635 íì.
"F635 % Sat."
"F635 Total Intensity"
Ïðîöåíò íàñûùåííûõ ïèêñåëåé (ñ ìàêñèìàëüíîé èíòåíñèâíîñòüþ) íà äëèíå
âîëíû ëàçåðà 635 íì.
Ñóììà èíòåíñèâíîñòåé âñåõ ïèêñåëåé ñïîòà íà äëèíå âîëíû ëàçåðà 635 íì.
Ñîîòíîøåíèå ñèãíàë-øóì:
F 635 M ean − B635
B635 SD
"SNR 635"
"F635 Median - B635"
"F635 Mean - B635"
Ìåäèàííàÿ èíòåíñèâíîñòü ñïîòà íà äëèíå âîëíû 635 íì ñ âû÷åòîì ôîíîâîé
èíòåíñèâíîñòè.
Ñðåäíÿÿ èíòåíñèâíîñòü ñïîòà íà äëèíå âîëíû 635 íì ñ âû÷åòîì ôîíîâîé
èíòåíñèâíîñòè.
"F532 Median"
"F532 Mean"
"F532 SD"
"F532 CV"
"B532"
"B532 Median"
"B532 Mean"
"B532 SD"
Âåëè÷èíû, àíàëîãè÷íûå ïðåäûäóùèì, âû÷èñëåííûå äëÿ âòîðîãî êàíàëà
"B532 CV"
(äëèíà âîëíû ëàçåðà 532 íì).
"% > B532+1SD"
"% > B532+2SD"
"F532 % Sat."
"F532 Total Intensity"
"SNR 532
"F532 Median - B532"
"F532 Mean - B532"
Îòíîøåíèå ìåäèàííûõ èíòåíñèâíîñòåé c âû÷åòîì ôîíîâûõ èíòåíñèâíîñòåé:
"Ratio of Medians
F 635 M edian − B635
F 532 M edian − B532
(635/532)"
Îòíîøåíèå ñðåäíèõ èíòåíñèâíîñòåé c âû÷åòîì ôîíîâûõ èíòåíñèâíîñòåé:
"Ratio of Means
F 635 M ean − B635
F 532 M ean − B532
(635/532)"
Ìåäèàíà ïîïèêñåëüíûõ îòíîøåíèé èíòåíñèâíîñòåé ñ âû÷åòîì ôîíîâûõ
èíòåíñèâíîñòåé:
"Median of Ratios
N
M edian
(635/532)"
F 635k − B635
F 532k − B532
k=1
Ãåîìåòðè÷åñêîå ñðåäíåå ïîïèêñåëüíûõ îòíîøåíèé èíòåíñèâíîñòåé ñ âû÷åòîì
ôîíîâûõ èíòåíñèâíîñòåé:
v
u
u N
u Y F 635 − B635
N
k
µ= u
t
F 532k − B532
"Mean of Ratios
(635/532)"
k=1
Ãåîìåòðè÷åñêîå ñòàíäàðòíîå îòêëîíåíèå îòíîøåíèé èíòåíñèâíîñòåé
ïèêñåëåé:
"Ratios SD (635/532)"
Ratios SD
=
v

u N
2
uX 635k −B635
u

ln F
u

F 532k −B532 − ln µ
t k=1


exp 


N




Ðåãðåññèîííîå îòíîøåíèå êàæäîãî ïèêñåëÿ â êðóãëîé îáëàñòè ñ öåíòðîì,
"Rgn Ratio (635/532)"
ñîâïàäàþùèì ñ öåíòðîì ñïîòà, è äèàìåòðîì, ðàâíûì óäâîåííîìó äèàìåòðó
ñïîòà.
"Rgn R2 (635/532)"
Êîýôôèöèåíò îïðåäåëåíèÿ äëÿ äàííîãî ðåãðåñèîííîãî çíà÷åíèÿ.
"F Pixels"
Îáùåå ÷èñëî ïèêñåëåé.
"B Pixels"
Îáùåå ÷èñëî ôîíîâûõ ïèêñåëåé.
Öèðêóëÿðíîñòü ñòåïåíü áëèçîñòè ôîðìû ñïîòà ê êðóãëîé: 100 èäåàëüíî
êðóãëàÿ, 0 àáñîëþòíî íåêðóãëàÿ. Êâàäðàòíûå ñïîòû èìåþò
"Circularity"
öèðêóëÿðíîñòü 79. Ðàññ÷èòûâàåòñÿ ñ èñïîëüçîâàíèåì ìåòðèêè, îñíîâàííîé
íà âàðèàöèè ðàññòîÿíèé îò êàæäîãî ãðàíè÷íîãî ïèêñåëÿ ñïîòà äî öåíòðà
ìàññ ýòîãî ñïîòà.
"Sum of Medians
(635/532)"
"Sum of Means (635/532)"
Ñóììà ìåäèàííûõ èíòåíñèâíîñòåé ñ âû÷åòîì ôîíîâûõ èíòåíñèâíîñòåé.
Ñóììà ñðåäíèõ èíòåíñèâíîñòåé ñ âû÷åòîì ôîíîâûõ èíòåíñèâíîñòåé.
Ëîãàðèôì ïî îñíîâàíèþ 2 îò îòíîøåíèÿ ìåäèàííûõ èíòåíñèâíîñòåé:
"Log Ratio (635/532)"
"Flags"
"Normalize"
"Autoag"
2
log2 (Ratio of M edians(635/532)) = log2
F 635 M edian − B635
F 532 M edian − B532
Êà÷åñòâî ñïîòà: 100 èäåàëüíî êà÷åñòâåííûé ñïîò, 0 àáñîëþòíî
íåêà÷åñòâåííûé ñïîò.
Ñòàòóñ íîðìèðîâêè ñïîòà: 1 íîðìèðîâàí, 0 íåíîðìèðîâàí.
Áûë ëè ñïîòó ïðèñâîåí ôëàã èç äèàëîãîâîãî îêíà Flag Features. Ïðèìåíèìî
òîëüêî ê õîðîøèì è ïëîõèì ôëàãàì.
GenePix Array List (.GAL)
GAL-ôàéë îïèñûâàåò ðàñïîëîæåíèå çîíäîâ íà ìèêðîìàòðèöå. Îí î÷åíü ïîõîæ íà GPR-ôàéë.  ÷àñòíîñòè,
GAL-ôàéë òàêæå ÿâëÿåòñÿ ðàçíîâèäíîñòüþ ATF-ôàéëà, è îí òîæå ñîñòîèò èç çàãîëîâêà è òàáëèöû ñ
äàííûìè. Çàãîëîâîê GAL-ôàéëà ñîäåðæèò îáùóþ èíôîðìàöèþ î ìèêðîìàòðèöå. Ïîñëå çàãîëîâêà ñëåäóåò
òàáëèöà ñ äàííûìè, îïèñûâàþùàÿ ðàçìåùåíèå è íàçâàíèå çîíäîâ ìèêðîìàòðèöû.
Ïîñòðî÷íîå îïèñàíèå çàãîëîâêà GAL-ôàéëà. Îáÿçàòåëüíûå ïîëÿ óêàçàíû, âñå îñòàëüíûå ïîëÿ íåîáÿçàòåëüíû:
ATF 1.0
Îáÿçàòåëüíîå ïîëå. Ôîðìàò è âåðñèÿ ôàéëà.
Îáÿçàòåëüíîå ïîëå. Ïåðâîå ÷èñëî êîëè÷åñòâî çàïèñåé â
8 5
çàãîëîâêå, âòîðîå êîëè÷åñòâî ñòîëáöîâ â òàáëèöå ñ äàííûìè,
êîòîðàÿ ñëåäóåò çà çàãîëîâêîì.
"Type=GenePix Array List v1.0"
Îáÿçàòåëüíîå ïîëå. Òèï ôàéëà.
"BlockCount=4"
×èñëî áëîêîâ, îïèñàííûõ â ôàéëå.
"BlockType=0"
Òèï îïèñàííûõ áëîêîâ: 0 - ïðÿìîóãîëüíûå,
1 - orange-packing #1, 2 - orange-packing #2.
"URL=..."
URL-ññûëêà, êàê ïðàâèëî, íà áàçó äàííûõ â Èíòåðíåò.
"Supplier=Ïðîèçâîäèòåëü"
Êîìïàíèÿ-ïðîèçâîäèòåëü.
"ArrayerSoftwareName=Printer Robot User
Ïðèëîæåíèå-ñïîòòåð, ïîä óïðàâëåíèåì êîòîðîãî áûëè
Interface"
íàíåñåíû çîíäû íà ìèêðîìàòðèöó.
"ArrayerSoftwareVersion=1.1"
Âåðñèÿ ïðèëîæåíèÿ-ñïîòòåðà.
"ArrayName= MouseApoptosisProteins
4000"
"ArrayRevision=2.7"
"SlideBarcode=abc0011, abc0012, abc0013"
Èìÿ ìèêðîìàòðèöû.
Âåðñèÿ ìèêðîìàòðèöû.
Øòðèõêîäû ïîääåðæèâàåìûå GAL-ôàéëîì, èñïîëüçóåìûå äëÿ
øòðèõêîä-àâòîìàòèçàöèè.
Îïèñàíèå áëîêà ñ íîìåðîì N. xOrigin è yOrigin êîîðäèíàòû
ëåâîãî âåðõíåãî óãëà áëîêà â ìêì (íà÷àëî êîîðäèíàò ëåâûé
"BlockN=xOrigin, yOrigin, xFeatures,
âåðõíèé óãîë ìèêðîìàòðèöû); xFeatures ÷èñëî ñòîëáöîâ ñ
xSpacing, yFeatures, ySpacing"
çîíäàìè; xSpacing ðàññòîÿíèå ìåæäó ñòîëáöàìè â ìêì;
yFeatures ÷èñëî ñòðîê ñ çîíäàìè; ySpacing ðàññòîÿíèå
ìåæäó ñòðîêàìè â ìêì.
Çàãîëîâî÷íàÿ çàïèñü ïîëüçîâàòåëÿ. Ïåðåäà¼òñÿ íà âõîä
"Ïîëüçîâàòåëüñêîå ïîëå"
GenePix Pro è âêëþ÷àåòñÿ â GPR-ôàéë ðåçóëüòàòîâ.
Áëîêè ìèêðîìàòðèöû íóìåðóþòñÿ ñëåâà-íàïðàâî, ñíèçó-ââåðõ:
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
Äàííûå GAL-ôàéëà ñëåäóþò çà çàãîëîâêîì. Îíè óïîðÿäî÷åíû â òàáëèöó: ñòðîêè ñîîòâåòñòâóþò çîíäàì ìèêðîìàòðèöû, à ñòîëáöû îïèñûâàþò ïîëîæåíèå çîíäîâ è èõ íàçâàíèå. Îïèñàíèå ñòîëáöîâ òàáëèöû
äàííûõ:
"Block"
Íîìåð áëîêà, íà êîòîðîì íàõîäèòñÿ çîíä. Îáÿçàòåëüíûé ñòîëáåö.
"Column"
Íîìåð ñòîëáöà â áëîêå, ãäå íàõîäèòñÿ çîíä. Îáÿçàòåëüíûé ñòîëáåö.
"Row"
Íîìåð ñòðîêè â áëîêå, ãäå íàõîäèòñÿ çîíä. Îáÿçàòåëüíûé ñòîëáåö.
"Name"
Èìÿ çîíäà. Íå áîëåå 40 ñèìâîëîâ â GenePix Pro 4.0 è áîëåå ðàííèõ âåðñèÿõ è áåç
îãðàíè÷åíèé íà÷èíàÿ ñ GenePix Pro 4.1. Îáÿçàòåëüíûé ñòîëáåö.
Óíèêàëüíûé èäåíòèôèêàòîð çîíäà (êðàòêîå èìÿ). Íå áîëåå 40 ñèìâîëîâ â
"ID"
GenePix Pro 4.0 è áîëåå ðàííèõ âåðñèÿõ è áåç îãðàíè÷åíèé íà÷èíàÿ ñ
GenePix Pro 4.1. Îáÿçàòåëüíûé ñòîëáåö.
"User Dened"
3
Ñòîëáåö ñ èíôîðìàöèåé ïîëüçîâàòåëÿ.
Spot (.Spot)
Spot ýòî îäèí èç R-ïàêåòîâ ïî îáðàáîòêå èçîáðàæåíèé ìèêðîìàòðèö (äîñòóïåí íà www.hca-vision.com/
product_spot). Â ýòîì ïàêåòå åñòü ôóíêöèÿ spotresults, êîòîðàÿ ïðîâîäèò àíàëèç èçîáðàæåíèÿ. Ðåçóëüòàò
ðàáîòû ýòîé ôóíêöèè òàáëèöà çíà÷åíèé, ñòðîêè êîòîðîé ñîîòâåòñòâóþò ñïîòàì èçîáðàæåíèÿ, à ñòîëáöû õàðàêòåðèñòèêàì ýòèõ ñïîòîâ. Äàííûå ìîãóò ñîõðàíåíû â ôàéë â òåêñòîâîì âèäå ñ òàáóëÿöèîííûì
ðàçäåëåíèåì (÷òîáû ñîîòâåòñòâîâàòü ñïåöèôèêàöèè ATF). Òàêîé Spot-ôàéë íå ñîäåðæèò çàãîëîâêà, îí
ñîäåðæèò òîëüêî òàáëèöó äàííûõ. Îïèñàíèå ñòîëáöîâ òàáëèöû äàííûõ:
indexs
Èíäåêñ (íîìåð) ñïîòà.
grid_r
Èíäåêñ ñòðîêè áëîêà (ëåâûé âåðõíèé óãîë), â êîòîðîì íàõîäèòñÿ ñïîò.
grid_c
Èíäåêñ ñòîëáöà áëîêà (ëåâûé âåðõíèé óãîë), â êîòîðîì íàõîäèòñÿ ñïîò.
spot_r
Èíäåêñ ñòðîêè ñïîòà â áëîêå, â êîòîðîì íàõîäèòñÿ ýòîò ñïîò.
spot_c
Èíäåêñ ñòðîëáöà ñïîòà â áëîêå, â êîòîðîì íàõîäèòñÿ ýòîò ñïîò.
area
Ïèêñåëüíàÿ ïëîùàäü ñïîòà ÷èñëî ïèêñåëåé â ñåãìåíòèðîâàííîì ñïîòå.
Gmean
Ñðåäíÿÿ èíòåíñèâíîñòü ïèêñåëåé ñïîòà ïî çåë¼íîìó êàíàëó.
Gmedian
Ìåäèàííàÿ èíòåíñèâíîñòü ïèêñåëåé ñïîòà ïî çåë¼íîìó êàíàëó.
GIQR
Ìåæêâàðòèëüíûé äèàïàçîí ëîãàðèôìîâ îò èíòåíñèâíîñòåé ïèêñåëåé ñïîòà ïî
çåë¼íîìó êàíàëó.
bgGmean
Ñðåäíÿÿ ôîíîâàÿ èíòåíñèâíîñòü ïèêñåëåé ïî çåë¼íîìó êàíàëó.
bgGmedian
Ìåäèàííàÿ ôîíîâàÿ èíòåíñèâíîñòü ïèêñåëåé ïî çåë¼íîìó êàíàëó.
bgGSD
Ìåæêâàðòèëüíûé äèàïàçîí ëîãàðèôìîâ îò ôîíîâûõ èíòåíñèâíîñòåé ïèêñåëåé
ïî çåë¼íîìó êàíàëó.
Ìåäèàíà ñðåäè ìåäèàííûõ çíà÷åíèé èíòåíñèâíîñòåé ïèêñåëåé â 4 ñîñåäíèõ
valleyG
äîëèíàõ ïî çåë¼íîìó êàíàëó. Äîëèíà ýòî êâàäðàòíàÿ îáëàñòü ìåæäó
ñïîòàìè.
Rmean
Rmedian
RIQR
bgRmean
Õàðàêòåðèñòèêè, àíàëîãè÷íûå ïðåäûäóùèì, äëÿ êðàñíîãî êàíàëà.
bgRmedian
bgRSD
valleyR
Âåëè÷èíà ìîðôîëîãè÷åñêîãî îòêðûòèÿ (morphological opening) ïî çåë¼íîìó
êàíàëó â íîìèíàëüíîì öåíòðå ñïîòà. Ïðè ðàñ÷¼òå îòêðûòèé è ýððîçèé
morphG
èñïîëüçóåòñÿ ïðÿìîóãîëüíûé ñòðóêòóðíûé ýëåìåíò (structuring element) ñ
äëèíàìè ñòîðîí, ðàâíûìè óäâîåííûì ñðåäíèì ìåæñïîòîâûì ðàññòîÿíèÿì ïî
ãîðèçîíòàëè è âåðòèêàëè.
morphG.erode
morphG.close.open
Âåëè÷èíà ìîðôîëîãè÷åñêîé ýððîçèè (morphological erosion) ïî çåë¼íîìó êàíàëó
â íîìèíàëüíîì öåíòðå ñïîòà.
Âåëè÷èíà ìîðôîëîãè÷åñêîãî çàêðûòèÿ (morphological closing), ñîïðîâîæäàåìîãî
ìîðôîëîãè÷åñêèì îòêðûòèåì, ïî çåë¼íîìó êàíàëó â íîìèíàëüíîì öåíòðå ñïîòà.
morphR
morphR.erode
Õàðàêòåðèñòèêè, àíàëîãè÷íûå ïðåäûäóùèì, äëÿ êðàñíîãî êàíàëà.
morphR.close.open
Ëîãàðèôì ïî îñíîâàíèþ 2 îò îòíîøåíèÿ èíòåíñèâíîñòåé
logratio
R
G , ñêîððåêòèðîâàííûé
R
Gmedian äëÿ çíà÷åíèÿ
morphR
äëÿ ôîíîâîé èíòåíñèâíîñòè.
èíòåíñèâíîñòè ñïîòà è
G
ñ ó÷¼òîì ôîíîâîé èíòåíñèâíîñòè ñ èñïîëüçîâàíèåì
Ïåðèìåòð ñïîòà êîëè÷åñòâî ãðàíè÷íûõ ïèêñåëåé ñïîòà, ò.å. òàêèõ, êîòîðûå
perimeter
ñîñåäñòâóþò ñ êàêèì-ëèáî ïèêñåëåì, íàõîäÿùèìñÿ çà ïðåäåëàìè ñïîòà. Ïðè ýòîì
ðàññìàòðèâàþòñÿ äèàãîíàëüíûå ñîñåäè, ò.å. ïèêñåëü ìîæåò èìåòü äî 8 ñîñåäåé.
circularity
Öèðêóëÿðíîñòü ñòåïåíü áëèçîñòè ôîðìû ñïîòà ê êðóãëîé:
äëÿ èäåàëüíî êðóãëûõ ñïîòîâ è áîëüøå 1 äëÿ âñåõ äðóãèõ ôîðì.
Îöåíêà êà÷åñòâà ñïîòà ôëàã, ðàâíûé 1, åñëè
badspot
area·4π
perimeter 2 . Ðàâíà 1
area > H · V ,
ãäå
H
è
V
ñðåäíèå
ìåæñïîòîâûå ðàññòîÿíèÿ ïî ãîðèçîíòàëè è âåðòèêàëè, è ðàâíûé 0 â ïðîòèâíîì
ñëó÷àå.