Федеральная целевая программа

14.607.21.0068
<Номер постера>
Федеральная целевая программа
«Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического
комплекса России на 2014—2020 годы»
Науки о жизни
Тема: «Разработка панели биомаркеров злокачественной трансформации предстательной железы
для проведения ранней неинвазивной диагностики заболевания»
Соглашение 14.607.21.0068
на период 2014 - 2016 гг.
Руководитель проекта: Говорун В.М., ио генерального
директора ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России
Получатель субсидии: Федеральное государственное бюджетное учреждение «Федеральный научно-клинический центр
физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства»
Цели и задачи проекта
Цель: Создать аналитическую тест-систему на основе статических (геномных) и динамических (метилированные ДНК, пул некодирующих РНК, экзомы и
протеомы) биомаркеров для диагностики или типирования онкологических заболеваний.
Задачи проекта:
1.Проведение исследования биологических образцов методами масштабного параллельного секвенирования, проведение транскрипционного профилирования, оценка
эпигенетического статуса и масс-спектрометрическое исследование пула пептидов в образцах биоматериала пациентов с верифицированным диагнозом рак простаты,
аденома, а так же группы контроля.
2.Определение статистически значимой комбинации биомаркеров рака простаты на основании проведенных исследований.
3.Разработка набора реагентов КРП1 для выделения ДНК и РНК из мочи пациентов с верифицированным диагнозами – аденома и рак простаты, и образцов группы
контроля.
4.Разработка набора реагентов МРП4 для проведения исследовательских испытаний по выявлению биомаркеров рака простаты.
Ожидаемые результаты проекта
Проект
Мировой проект TCGA консорциума ICGC
Секвенирование 200 пар экзомов рак-норма
Оценка эпигенетического статуса 50 пар образцов
Направление анализа Доноры из
биоматериала
США
Доноры из
Канады
Доноры из
Великобритании
Определение пула петидов 50 пар образов
Соматические мутации 256
124
31
Транскриптомное профилирование и оценка дифф. экспрессии 50 пар образцов
Эпигенетический статус 358
0
0
Диагностическая тест-система (расч. чувствительность и специфичность не менее
Экспрессия РНК
375
0
0
0,90 и 0,80, соответственно)
Протеом
159
0
0
Перспективы практического использования
Потенциальными потребителями результата являются лечебно-
Использовании более специфичного теста позволит существенно снизить
профилактические учреждения, проводящие диагностический скриннинг
частоту ненужных биопсий, что в свою очередь снизит издержки на
мужчин пожилого возраста на рак предстательной железы.
систему здравоохранения для выполнения данной процедуры, а так же
Однако в связи с низкой специфичностью существующих скриннинговых
частоту осложнений после неё.
решений (AUC для PSAобщ и PSAсв составляет 0,53 и 0,65, соответственно)
онкоурология испытывает потребность в более специфичных тестах,
особенно для пациентов с PSAобщ в диапазоне 1-10 нг\мл.
Результаты исследовательской работы, полученные в 2015 г.
Проведено полноэкзомное секвенирование 8 образцов ткани простаты пациентов с диагнозом
Проведено метиломное профилирование 24 образцов рак-не рак тканей простаты пациентов с
аденома, 24 образцов ткани простаты пациентов с диагнозом рак простаты, 2 образцов
диагнозом рак простаты
группы контроля.
Среднее покрытие отсеквенированных
образцов – 87
Средняя длина прочтения – 154
Среднее количество прочтения на экзом
~ 37 млн
Проведена отработка методов полнотранскриптомного секвенирования, отсеквенировано 10
Проведена оптимизация методов месс-спектрометрическое профилирование, выполнено
образцов пациентов с диагнозом рак простаты и аденома.
профилирование 25 образцов пациентов
Партнеры проекта
Индустриальный (или международный) партнёр
Общество с ограниченной ответственностью Лаборатория
«Литех»
Основная сфера деятельности - лабораторная и клиническая
диагностика, разработка тест-систем
14.607.21.0068
Соисполнитель (-и):
Кафедра урологии и андрологии Факультета фундаментальной
медицины МГУ им. М.В. Ломоносова – сбор образцов биобанка
Кафедра урологии МГМСУ (зав. кафедрой Пушкарь Д.Ю.) сбор образцов биобанка, клиническая экспертиза
<Номер постера>