Билеты вступительного экзамена в аспирантуру по

ФЕДЕРАЛЬНОЕ АГЕНСТВО НАУЧНЫХ ОРГАНИЗАЦИЙ
РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК
ФЕДЕРАЛЬНОЕ
ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАУКИ
ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ
РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК
Билеты вступительного экзамена в
аспирантуру по специальности 03.01.03
–«Молекулярная биология»
Санкт-Петербург
2015
Билет №1
1.
Химия
нуклеиновых
основания, N- гликозиды,
кислот:
гетероциклические
азотистые
нуклеотиды. Фосфодиэфирная связь.
Особенности нуклеотидного состава ДНК и РНК.
Вторичная
и
третичная структура ДНК. Правило Чаргаффа и закон Уотсона-Крика.
Семейства вторичных структур ДНК. Денатурация ДНК. Вторичная и
третичная структура РНК. Денатурация РНК.
2. Шапероны. Семейства белков теплового шока.
Hsp70 - циклы
денатурации-ренатурации участков белка. Белок Hsp60. Агрегация
белков, механизмы агрегации и нейродегенеративные заболевания
Билет №2
1. Прямая репарация ДНК. Фотореактивация. Фотолиаза. АР-сайты.
2.
Сущность
сплайсинга
пре-мРНК
и
реакции
сплайсинга
с
биохимической точки зрения. Понятие гетерогенной ядерной РНК.
Понятия «экзон» и
«интрон». Особенности молекулярного строения
интронов. Редактирование мРНК.
Билет №3
1. Эксцизионная репарация неспаренных оснований ДНК про- и
эукариот. Ферменты эксцизионной репарации.
2. Геном митохондрий. Односубъединичные РНК-полимеразы. РНКполимераза митохондрий.
Эволюционная гипотеза возникновения
односубъединичных РНК-полимераз.
Билет №4
1. Хроматин. Гистоны и негистоновые белки хроматина. Структурная
организация нуклеосомы: белковый состав,
фрагменты ДНК. Три уровня
коровый и линкерный
организации хроматина.
2. Эксцизионная репарации УФ-повреждений и пиримидиновые
димеры.
Синдром
Коккейна,
пигментной
трихотиодистрофии. Сопряженность процессов
ксеродермы
и
транскрипции
и
эксцизионной репарации.
Билет №5
1. Процессинг (кэпирование) 5 -конца пре-мРНК: основные события
и
молекулярные компоненты. Процессинг 3 -конца пре- мРНК:
эндонуклеолитическое расщепление и
полиаденилирование.
Особенности процессинга 3 -конца пре-мРНК гистонов.
2.
Инициация
инициации
трансляции
у
прокариот.
трансляции, роль
формилметионин. Факторы
Механизм
корректной
последовательностей
инициации,
мРНК,
их
функция.
Билет №6
1. Регуляция экспрессии генов на уровне хроматина. Модификации
гистонов.
Гистоновый
код.
АТР-зависимые
комплексы
ремоделирования хроматина.
2. Малые ядерные РНК сплайсинга. Метаболизм (биогенез) мяРНП
на
примере U1 и U6 мяРНК. Сборка мяРНП.
Билет №7
1. Множественные формы ДНК-зависимых РНК-полимераз эукариот.
Гены классов I, II, III. Факторы транскрипции, содержащие ТАТА-бокс
связывающий белок. Структура и функция ТАТА-бокс связывающего
белка
в
инициации
2.Последовательность
транскрипции
событий,
функционирующему белку.
генов
ведущих
классов
от
I,
II,
III.
ДНК
к
Билет №8.
1. Репликация ДНК. Инициация репликации. Элонгация репликации.
Репликация и клеточный цикл. Семейство ДНК-полимераз.
2. Сущность сплайсинга. Биохимические реакции при «классическом»
сплайсинге. Сплайсосома. Молекулярный состав и порядок сборки
сплайсосом.
Билет №9
1.SOS-ответ
на
повреждение
ДНК
у
E.coli.
Экспрессия генов SOS-регулона.
2. Генетический код.
Общие понятия, проблема необходимости
перевода кода нуклеотидов в последовательность аминокислот.
Вырожденность
генетического
кода в митохондриях и
кода.
некоторых
геномом. Особые случаи при
Вариации
организмах
трансляции
-
генетического
с
маленьким
кодирование
селеноцистеина, сдвиг рамки, шунтирование, транс-трансляция.
Билет №10
1. Пострепликативная репарация ДНК. Глобальный клеточный ответ
на повреждение ДНК и его регуляция.
2. тРНК - структура, антикодон, правила нестрогого соответствия в
последней позиции кодона. Аминоацил-тРНК-синтетазы. Механизм
селективного узнавания тРНК. Термодинамические
ограничения
селективности одностадийной реакции и пути их преодоления.
Билет №11.
1. Гены класса III. РНК-полимераза III. Промоторы генов класса III.
Факторы транскрипции, инициация и терминация транскрипции.
Реинициация.
2. Молекулярные основы чекпойнт-ответа клетки на повреждения ДНК.
Билет №12
1. Альтернативный сплайсинг: сущность, варианты, биологическое
значение и регуляция. Сплайсинг транспортных РНК.
2. Репрессорная регуляция транскрипции прокариот. Негативная и
позитивная
регуляция лактозного оперона. Регуляция биосинтеза
аминокислот на примере триптофанового оперона.
Билет №13
1. Кластеры интерхроматиновых гранул: строение, молекулярный
состав,
функции.
Тельце
Кахала:
особенности
строения
и
молекулярного состава в разных типах клеток. Основные функции.
Структурные комплексы телец Кахала
и
кластеров
интерхроматиновых гранул в ооцитах.
2. Рибосомы – структура, белковый и нуклеиновый состав. Синтез
рРНК и
тРНК и посттранскрипционные модификации, их роль.
Рибосомы эубактерий и рибосомы эукариот, сходство и отличия.
Билет №14
1. Активная деградация белков и ее роль
в регуляции ДНК-
метаболизма. Убиквитинорование белков. Протеасомы 20S и 26S, их
строение
и роль в активной деградации белков. Ограниченный
протеасомный протеолиз. Протеасомы в презентации антигена.
2.
Структура рибосомных генов. Промоторные последовательности
рибосомных генов.
РНК-полимераза I. Транкрипционные факторы
генов класса I. Формирования преинициирующего комплекса РНКполимеразыI.
Билет №15
1. Гены класса II. Промоторные последовательности, минимальный
промотор, РНК-полимераза II, С-терминальный домен самой крупной
субъединицы. Базальные транскрипционные факторы генов класса II.
Транскрипционные факторы инициации РНК-полимеразы II.Этапы
формирования
преинициирующего
комплекса
генов
класса
II.
Инициация транскрипции.
2.Элонгация
трансляции.
Направление
трансляции.
Последовательность стадий - связывание аминоацил-тРНК в А-сайте,
транспептидация,
транслокация.
Факторы
транслокации
и
транспептидации.
Билет №16
1. Типы рекомбинации и их роль в жизни клетки и организма. Белки
гомологичной рекомбинации про- и эукариот.
2. Ядерно-цитоплазматический транспорт: ядерная пора, импортины и
экспортины, сигналы импорта и экспорта, направленность транспорта.
Билет №17.
1. Полный цикл транскрипции на примере прокариот. ДНК-зависимая
РНК- полимераза
E.coli.
Промоторные
Семейство σ - факторов и инициация.
Rho- независимая и Rho- зависимая
последовательности.
Элонгация транскрипции.
терминация транскрипции.
2. Репарация двунитевых разрывов ДНК.
Билет №18
1. Ядерные домены, содержащие пре-мРНК и факторы процессинга
пре- мРНК.
2. Фолдинг белков. Первичная, вторичная , третичная структура,
доменная организация белков.
S-S связи, четвертичная структура.
Проблемы фолдинга - энергия активации,
Фолдинг и эволюционный отбор.
гидрофобные области.
Билет №19
1. Инициация
мРНК .
трансляции у эукариот. Роль последовательностей
Факторы инициации и их роль в корректной инициации.
Вирусные IRES-последовательности
для
особой
инициации
с
внутренних сайтов на мРНК.
2. Малые ядерные РНК сплайсинга. U7 мяРНК: строение, функции и
внутриядерная локализация. Биогенез U1 и U7 мяРНК
Билет №20
1. Отдельный аппарат транскрипции-трансляции и особые рибосомы в
митохондриях и
хлоропластах. Посттрансляционная сортировка и
транслокация белков в митохондрии и хлоропласты - пути и
транслокаторы.
2. Промоторы генов прокариот. Последовательность Прибнова,
консенсусные или канонические
последовательности промоторов.
Ассиметрия промотора, сила промотора. Понятие о транскриптоне и
опероне Полный цикл транскрипции.