Исследование горизонтального переноса пластидных генов у растений и водорослей Mухина В. С. ИОГен РАН [email protected] Аннотация Современные водоросли и растения содержат в своих клетках пластиды. Это ДНК-содержащие органеллы эндосимбиотического происхождения, необходимые для фотосинтеза. Цианобактерии, предки пластид, вступили в симбиоз с эукариотами в протерозое и с тех пор в процессе коэволюции их геном сильно редуцировался. Часть его была полностью утрачена, а часть перенесена в ядерный геном. Целью данной работы является поиск и анализ генов пластидного происхождения в растениях и водорослях из разных таксонов. 1. Введение Симбиоз предков водорослей и цианобактерий, из которых сформировались современные пластиды, произошел в раннем или среднем протерозое [1,2]. Существует несколько гипотез относительно того, когда произошел симбиоз и какой из порядков цианобактерий оказался предковым для пластид. По одной из версий он произошел еще до расхождения цианобактерий на отдельные клады [3] , а по другим оценкам он произошел значительно позже от цианобактерий порядка Nostocales [4] или Chroococcales [1]. В процессе эволюции симбионтная цианобактерия сильно редуцировалась и утратила большинство генов, а из оставшихся генов часть перешла в ядерный геном хозяина. В итоге количество кодирующих белки генов в современных пластидах колеблется от 15 до 273, что в среднем в 10-20 раз меньше, чем в их цианобактериальных предках. В пластидах остались только самые необходимые элементы: гены домашнего хозяйства (репликации, трансляции, транскрипции) и гены, связанные с фотосинтезом. Остальные гены, необходимые для функционирования пластид перешли в геном хозяина. По некоторым оценкам, около 14% белков растений и 191 водорослей могут иметь цианобактериальное происхождение [3]. Настоящее исследование посвящено поиску белков цианобактериального происхождения, закодированных в пластомах и ядерных геномах водорослей и растений и сравнению их с ортологами из современных цианобактерий. 2. Материалы и методы В работе были использованы кластеры белков ортологов для 41 штамма цианобактерий. Для каждого кластера при помощи пакета программ HMMER [5] были построены скрытые марковские модели и проведен поиск ортологов в протеомах 10 растений и водорослей. Для контроля аналогичный поиск проводился для 6 протеомов безпластидных организмов (грибов и животных). Если белок растения и водоросли находился кластером лучше, чем контрольные белки, для него проводили поиск ортологов в протеомах всех архей, бактерий и беспластидных эукариот, представленных в базе Uniprot (uniprot.org). В том случае, когда ближайший ортолог принадлежал цианобактерии, ген растения считали перешедшим в ядро из пластиды. Для построения филогенетических деревьев для каждого кластера цианобактериальных ортологов и соостветствующих им белков эукариот использовались программы Muscle [6], PhyML [7], TreeDyn [8]. 3. Результаты и обсуждение Для 2926 и кластеров из 12068 были найдены соответствующие им ортологи в протеомах растений и/или водорослей. 879 из них содержали белки, унаследованные от цианобактерий. Для A.thaliana и O. sativa было найдено 486 и 479 таких белков соответственно. Для них и их цианобактериальных ортологов были построены филогенетические деревья: в 44% случаев искомые белки формировали сестринскую к остальным цианобактериям кладу. В остальных случаях они либо образовывали сестринскую кладу к кладе Nostocales+Oscillatoriales+Chroococcales (39%), либо лежали внутри этих клад (5% - Prochlorales, 7% – Nostocales+Oscillatoriales, 6% - Chroococcales). Это может говорить о том, что симбиоз цианобактерий и предков водорослей произошел до разделения цианобактерий на отдельные клады. В дальнейшем в работе предполагается исследовать частоту горизонтального переноса генов из пластид в ядерный геном у других таксонов водорослей, получивших пластиды при помощи вторичного и третичного симбиозов. References [1] Falcón, L. I., Magallón, S., & Castillo, A., Dating the cyanobacterial ancestor of the chloroplast, The ISME journal, 4.6 (2010), 777-783. [2] Reyes-Prieto, A., Weber, A. P., & Bhattacharya, D., The origin and establishment of the plastid in algae and plants, Annu. Rev. Genet., 41 (2007), 147-168. [3] Criscuolo A., Gribaldo S., Large-scale phylogenomic analyses indicate a deep origin of primary plastids within Cyanobacteria, Mol. Biol. Evol., 28.11 (2011), 3019-3032. [4] O. Deusch, G. Landan, M. Roettger, N. Gruenheit, K.V. Kowallik et al., Genes of cyanobacterial origin in plant nuclear genomes point to a heterocyst-forming plastid ancestor, Mol. Biol. Evol. 25 (2008), 748–61. [5] R. D. Finn, J. Clements, S. R. Eddy, HMMER web server: interactive sequence similarity searching, Nucleic acids research 39.suppl 2 (2011): W29-W37. [6] Guindon, Stéphane, et al., New algorithms and methods to estimate maximum-likelihood phylogenies: assessing the performance of PhyML 3.0., Systematic biology 59.3 (2010), 307-321. [7] Edgar, Robert C., MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput, Nucleic acids research 32.5 (2004), 1792-1797. [8] Chevenet, François, et al., TreeDyn: towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees, BMC bioinformatics 7.1 (2006), 439. 192