Краткая инструкция участника летней суперкомпьютерной

Краткая инструкция участника летней суперкомпьютерной академии
Сайт академии МГУ: http://academy.hpc-russia.ru
Суперкомпьютер Regatta
Общие сведения:
• Учетная запись имеет вид edu-acad13-XXX, где XXX персональный трехзначный номер
участника.
• Доступ осуществляется по логину/паролю
• Адрес вычислительной системы для ssh доступа: regatta.cs.msu.su
Доступ к вычислительной системе:
Windows:
• Используйте программу putty для доступа к терминалу вычислительной системе.
• Используйте программу winscp для передачи файлов на суперкомпьютер или с него.
Linux:
• Используйте команду ssh <ваш_логин>@regatta.cs.msu.su
например ssh [email protected]
• Используйте команду scp для передачи данных на суперкомпьютер или с него.
например scp aaa.txt [email protected]:./
Компиляция:
• Компиляция производится на интерфейсной машине.
• Компиляторы для программ MPI — mpicc, mpicxx, xlc, xlcxx...
• Пример MPI программы компиляции: mpicc hello.c -o hello
• Пример компиляции программы с OpenMP: xlc_r -qsmp=omp hello.c -o hello
Запуск
• Запуск производится через систему очередей (задача ставится в очередь и ожидает
требуемых ресурсов) c помощью команды mpisubmit для программ MPI
mpisubmit -n <кол-во процессоров> -w 15:00 <ваша программа> <параметры>
команда ompsubmit для программ OpenMP
ompsubmit -n <кол-во процессоров> -w 15:00 <ваша программа> <параметры>
• Простейший вариант запуска: mpisubmit -n1 -w 15:00 <ваша программа> <параметры>
стандартный вывод будет направлен в файл <ваша программа>.<номер задачи>.out,
ошибки в .err
Дополнительная информация: http://wiki.cs.msu.ru/Main/RegattaInstructions
Техническая поддержка: сайт http://support.cs.msu.su
Краткая инструкция участника летней суперкомпьютерной академии
Сайт академии МГУ: http://academy.hpc-russia.ru
Суперкомпьютер BlueGene /P
Общие сведения:
• Учетная запись имеет вид edu-acad13-XXX, где XXX персональный трехзначный номер
участника.
• Доступ осуществляется по логину/паролю
• Адрес вычислительной системы для ssh доступа: 10.6.7.50
• Для доступа необходимо использовать VPN
Доступ к вычислительной системе:
Windows:
• Используйте программу putty для доступа к терминалу вычислительной системе.
• Используйте программу winscp для передачи файлов на суперкомпьютер или с него.
Linux:
• Используйте команду ssh <ваш_логин>@10.6.7.50
например ssh [email protected]
• Используйте команду scp для передачи данных на суперкомпьютер или с него.
например scp aaa.txt [email protected]:./
Компиляция:
• Компиляция производится на интерфейсной машине.
• Компиляторы для программ MPI — mpicc, mpicxx, mpixlc, mpixlcxx
• Пример MPI программы компиляции: mpicc hello.c -o hello
• Пример компиляции программы с OpenMP: mpicc -qsmp=omp hello.c -o hello
Запуск
• Запуск производится через систему очередей (задача ставится в очередь и ожидает
требуемых ресурсов) c помощью команды mpisubmit.bg
mpisubmit.bg -n <кол-во процессоров> -w 15:00 <ваша программа> <параметры>
• Простейший вариант запуска: mpisubmit.bg -n1 -w 15:00 <ваша программа> <параметры>
стандартный вывод будет направлен в файл <ваша программа>.<номер задачи>.out,
ошибки в .err
Дополнительная информация: http://hpc.cs.msu.su
Техническая поддержка: сайт http://support.cs.msu.su
Краткая инструкция участника летней суперкомпьютерной академии
Сайт академии МГУ: http://academy.hpc-russia.ru
Суперкомпьютер Ломоносов
Общие сведения:
• Учетная запись имеет вид edu-acad13-*, где * персональный логин участника.
• Доступ осуществляется по вашему ключу, открытую часть которого вы добавили в
интерфейс http://users.parallel.ru. Если при создании ключа вы указали passphrase
(пароль), то он потребуется в момент подключения. Данный пароль нельзя восстановить,
в случае утери придется создать новый ключ.
• Адрес вычислительной системы для ssh доступа: lomonosov.parallel.ru
Доступ к вычислительной системе:
Windows:
• Используйте программу putty для доступа к терминалу вычислительной системе.
• Используйте программу winscp для передачи файлов на суперкомпьютер или с него.
Linux:
• Используйте команду ssh -i <путь/к/ключу> <ваш_логин>@lomonosov.parallel.ru
например ssh -i .ssh/id_rsa [email protected]
• Используйте команду scp для передачи данных на суперкомпьютер или с него.
например scp -i .ssh/id_rsa /etc/passwd [email protected]:./_scratch/
Компиляция:
• Компиляция производится на специальном вычислительном узле. Для доступа к нему
выполните команду: ssh compiler
• После захода на узел выполните команду: module load intel/13.1.0 impi/4.1.0 cuda
(это настроит переменные окружения на использование icc, Intel MPI)
• Вычислительные узлы видят только директорию ~/_scratch, храните все ваши
исполняемые файлы там (иерархическая система хранения http://parallel.ru/node/7756)
• Компиляторы для программ MPI — mpicc, mpicxx, mpif90
• Компилятор CUDA программ — nvcc
• Пример MPI программы компиляции: mpicc testmpi.c -o hello
• Пример компиляции программы с OpenMP: mpicc -openmp testopenmp.c -o hello
Запуск
• Запуск производится через систему очередей (задача ставится в очередь и ожидает
требуемых ресурсов) c помощью команды sbatch.
sbatch -p <имя очереди> -n<кол-во процессоров> <тип mpi> <ваша программа> <параметры>
• Запускаются только исполняемые файлы, находящиеся в директории ~/_scratch/ ...
• Простейший вариант запуска: sbatch -p test -n1 impi <ваша программа> <параметры>
impi — указание Intel MPI, если выбрали openmpi, то нужно указывать ompi
стандартный вывод будет направлен в файл slurm-<номер задачи>.out, ошибки в .err
• Интерактивный запуск: srun -p test -n1 <ваша программа> <параметры>
блокирует терминал на время выполнения, стандартный вывод идёт в терминал.
Дополнительная информация: http://parallel.ru/cluster
Техническая поддержка: [email protected]
Краткая инструкция компиляции и запуска:
Regatta:
• MPI
•
mpicc testmpi.c -o testmpi
mpisubmit -n 1 -w 15:00 testmpi
• OpenMP
• xlc -qsmp=omp testopenmp.c -o testomp
ompsubmit -n1 -w 15:00 testomp
BlueGene /P
• MPI
• mpixlc testmpit -o testmpi
mpisubmit.bg -n 1 -w 15:00 testmpit
• MPI+OpenMP
• mpixlc_r -qsmp=omp testopenmp -o testomp
mpisubmit.bg -n 1 -m smp -w 15:00 testomp
Lomonosov
• MPI
• ssh compiler
module load intel/13.1.0 impi/4.1.0
mpicc testmpi.c -o testmpi
sbatch -p test -n 1 impi testmpi
• MPI+OpenMP
• ssh compiler
module load intel/13.1.0 impi/4.1.0
mpicc -openmp testopenmp.c -o testomp
sbatch -p test -N 1 --ntasks-per-node=1 impi testmpi
• CUDA
• module load intel/13.1.0 impi/4.1.0 cuda
nvcc testcuda.c -o testcuda
sbatch -p gputest -n 1 testcuda