Изучение изменения экспрессии генов при дифференцировке

Изучениеизмененияэкспрессии
геновпри
дифференцировкенейронов
Смирнов Д. Д., Скоморохова Е.Б.
Руководитель:
МедведеваЮ.,
ЦентрБиоинженерииРАН,Москва
2015
Цель
Определитьтипичныепрофилиэкспрессиигенов
эпигенетическихрегуляторовприклеточной
дифференцировкеивыявитьразличиявпаттернах
экспрессиигеноввнормальныхклеткахиклеткахс
дополнительнойкопиейплеча21хромосомы
Задачи
Iэтап
•  ИзучениеработыTcGSAметода,реализованноговR
какпакетTcGSA
•  Подготовкаданныхпоэкспрессиигеновдля
использованиявпроекте
IIэтап
1.  Определениепаттерновкоэкспрессииизвестных
группэпигенетическихрегуляторов–
СкомороховаЕ.Б.
2.  Изучениесистемыметилирования/
деметилированияДНКвнормеипатологии–
СмирновД.Д.
Используемые в работе базы данных
Временныеряды
экспрессиигенов
придифференцировке
нейронов
fantom.gsc.riken.jp/
СиндромДауна
DNMT3L
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=DNMT3L
Используемые в работе базы данных
Функциональные
группы
эпигенетических
регуляторов,
комплексы
epifactors.autosome.ru
ТсGSA
• h"ps://cran.r-project.org/web/packages/TcGSA/index.html
Принциппримененияметода
Данные по экспрессии
Подбор генных сетов
TcGSA
Внутри генного сета происходит
группировка по динамике экспрессии
Графики и списки генных сетов
Генный сет – совокупность генов, взаимосвязанных по их биологической
функции
Обзорфункций
•  clustTrend-Кластеризуетдинамикугеновподоминантнымтенденциям
•  mulmest.TcGSA-ВычисляетP-valueкоэффициентовправдоподобия
•  plot.TcGSA-Строиткартуинтенсивностидлягенныхсетов
•  plot1GS-Строитграфикдляопределенногогенногосета
•  plotPat.1GS-Строитграфикдляопределенногогенногонабора,cстратификацией
образцов
•  plotPat.TcGSA-Строиткартуинтенсивностигенныхсетовдлякаждогопациента
•  pval_simu-ВычисляетP-valueсмоделируемымнулевымраспределения
•  signifLRT.TcGSA-Выявляетзначительныегенныесеты
•  summary.TcGSA-ПодводититогиработыTcGSA
•  TcGSA.LR-Вычисляеткоэффициентыправдоподобиядлягенныхсетов
TcGSA.LR
Метод,позволяющийопределитьгенныесетысо
значительнымиизменениямивдинамикеэкспрессии
•  Вычисляеткоэффициентыправдоподобиядля
генныхсетов
•  Оцениваетдинамикуэкспрессиивгенныхсетах
черезсмешанныемодели.
plot1GS
Эта функция строит график изменения экспрессии гена во времени в
определенном генном наборе.
Исходные данные
Данные после TcGSA.LR
clustTrendиplot.TcGSA
ФункцияclustTrendгруппируетгенывгенныхсетахпоразличнымдоминирующим
тенденциямдинамикиихэкспрессии.
Функцияplot.TcGSAстроиткартуинтенсивностидлягенныхсетов.