анализ in silico структурной основы функциональных различий

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http://meme.sdsc.edu/meme/website/intro.html).
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ch.embnet.org/software/COILS_form.html). Q-"-.#1"@: I'"'&- ),&- – 28, )*1-8>&@# – =)
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Caenorhabditis elegans (Ce), "-*1#&'; Arabidopsis thaliana (At), &-*#,).)4) Drosophila melanogaster (Dm),
"@[email protected] Danio rerio (Dr) ' .8#,)='1-C3'A – [email protected]' Mus musculus (Mm), *)2-,' Canis lupus familiaris (Cf),
[email protected],- Bos taurus (Bt), !#8)7#,- Homo sapiens (Hs).
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Arabidopsis thaliana, Caenorhabditis elegans,
Drosophila melanogaster (STAG1 Dm) ' "@[email protected]
Danio rerio (STAG1 Dr). F").# 1)4), 7 =")1#).-A %")?)<'[email protected] ' "@[email protected] [email protected] )2&-"/$'8' '?)<)"[email protected] SA, )18'!&@# )1 *).-1'!#*,'A (*.. 1-28.), '
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H2)?&-!#&'# 2#8,-
ID 2#8,(NCBI)
S. cerevisiae
SCC3 Sc
EDN61467
S. pombe
SCC3 Sp
o13816
S. pombe
REC11 Sp
C. elegans
A. thaliana
H2P#,1
9&&)1-D'; NCBI
M/2P#%'&'D- ,)4#?'&)7)4) ,).=8#,*-
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(-.'&),'*8)1&@#
)*1-1,')
1150
M/2P#%'&'D- ,)4#?'&- psc3 (4).)8)4 SCC3)
962
AAC49663
Rec11
923
SCC3 Ce
NP_506193
SCC %")$$#+ (*/2P#%'&'D- .'1)1'!#*,)4) ,)&%#&*'&-), !8#& *#.#+*17- 4).)8)4)7
(scc-3)
1096
SCC3 At
NP_566119
SCC3 (2#8), 3 ,)4#?'' *#*1"'&*,'A A").-1'%)
1098
D. melanogaster
STAG1 Dm
CAA74654
J%#"&@+ 2#8), SA
1116
D. melanogaster
STAG2 Dm NP_001097473 M1").-8'&-2 CG13916-PB, '?)<)".- B
949
D. melanogaster
STAG3 Dm
NP_477268
M1").-8'& CG3423-PA
1127
D. rerio
STAG1 Dr
XP_692120
Q"#%*,-?-&&@+: =)A)$'+ &- *1").-8>&@+
-&1'4#& 1
1266
D. rerio
STAG2 Dr
XP_686812
Q"#%*,-?-&&@+: =)A)$'+ &- *1").-8>&@+
-&1'4#& 2, '?)<)".- 2
1269
D. rerio
STAG3 Dr
CAQ13493
5)[email protected]+ 2#8),, =)A)$'+ &- *1").-8>&@+
-&1'4#& 1 =)?7)&)!&@A (STAG1)
1251
M. musculus
STAG1 Mm
NP_033308
M1").-8>&@+ -&1'4#& 1
1258
M. musculus
STAG2 Mm
CAM20006
M1").-8>&@+ -&1'4#& 2
1268
M. musculus
STAG3 Mm
CAA06669
stag3
1240
C. lupus familiaris
STAG1 Cf
XP_542794
Q"#%*,-?-&&@+: =)A)$'+ &- *1").-8>&@+
-&1'4#& 1, '?)<)".- 1
1258
C. lupus familiaris
STAG2 Cf
XP_549232
Q"#%*,-?-&&@+: =)A)$'+ &- *1").-8>&@+
-&1'4#& 2, '?)<)".- 2
1268
C. lupus familiaris
STAG3 Cf
XP_546960
Q"#%*,-?-&&@+: =)A)$'+ &- *1").-8>&@+
-&1'4#& 3
1234
B. taurus
STAG1 Bt
XP_612779
Q"#%*,-?-&&@+: =)A)$'+ &- ;%#"&@+
2#8), SA-1, &#=)8&@+
546
B. taurus
STAG2 Bt
B. taurus
STAG3 Bt
XP_593416
Q"#%*,-?-&&@+: =)A)$'+ &- *1").-8>&@+
-&1'4#& 3
1240
H. sapiens
STAG1 Hs
NP_005853
M1").-8>&@+ -&1'4#& 1
1258
H. sapiens
STAG2 Hs
CAI40991
M1").-8>&@+ -&1'4#& 2
1268
H. sapiens
STAG3 Hs
CAB59367
M1").-8>&@+ -&1'4#& 3 (STAG3)
1225
XP_001249706 Q"#%*,-?-&&@+: =)A)$'+ &- *1").-8>&@+
-&1'4#& 2, '?)<)".- 1
1268
100
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IN SILICO ANALYSIS OF THE STRUCTURAL BASE OF FUNCTIONAL
DIFFERENCES BETWEEN SOMATIC AND MEIOTIC FORMS
OF COHESINS SCC3/SA/STAG
T.M. Grishaeva, S.Ya. Dadashev, Yu.F. Bogdanov
Vavilov Institute of General Genetics, RAS, Moscow, Russia,
e-mail: [email protected]
Summary
We performed the Þrst bioinformatical comparison of components of the cohesin complex in 10 eukaryotic
species conventionally used as model organisms for studying the molecular bases of mitosis and meiosis. Cohesin
proteins connect sister chromatids after DNA replication. They are partially different in somatic cells (SCC3, SA1/2,
STAG1/2) and generative cells (REC11, STAG3), which undergo mitosis and meiosis, respectively. Cohesins play
a signiÞcant role in the difference between these division types.
Both somatic forms of mammalian stromalins, STAG1 and STAG2, differ from one another and from their
meiotic paralog, STAG3, in all parameters studied, particularly, in secondary structure. To be able to perform
additional functions in meiosis, cohesin STAG3 proteins acquire speciÞc structural features at their N- and C-ends,
and this is their difference from meiotic REC8 cohesins formerly studied by us.
Key words: eukaryotes, meiosis, SCC3/SA/STAG cohesin proteins, conserved motifs, in silico study.
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