генетическая дифференциация гольцов (род salvelinus)

Реклама
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ, 2012, том 52, № 4, с. 489–499
УДК 597.553.2.575.17
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ГОЛЬЦОВ (РОД SALVELINUS)
ИЗ ОЗЕРА КРОНОЦКОЕ НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА
МИТОХОНДРИАЛЬНОЙ ДНК
© 2012 г. А. Л. Сенчукова, С. Д. Павлов, М. Н. Мельникова, Н. С. Мюге*,**
Московский государственный университет
*Всероссийский научноисследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии – ВНИРО, Москва
**Институт биологии развития РАН – ИБР РАН, Москва
Еmail: [email protected]
Поступила в редакцию 24.11.2011 г.
Определена последовательность участка Dloop митохондриальной ДНК длиной 558 п.н. для 224 экз.
и последовательность гена цитохрома b длиной 1015 п.н. для 212 образцов гольцов (род Salvelinus)
озёрно"речной системы Кроноцкое. На объединённой последовательности длиной 1573 п.н. (1–558 п.н.
Dloop и 559–1573 п.н. цитохрома b) выявлены 39 вариабельных сайтов и 43 разных гаплотипа. Про"
ведена оценка применимости вариабельности митохондриального генома для дифференциации
симпатрично обитающих разных форм гольцов озёрно"речной системы Кроноцкое.
Ключевые слова: Salvelinus malma, митохондриальная ДНК, микроэволюция, видообразование.
Кроноцкое озеро – самый большой пресно"
водный водоём Камчатки. Оно расположено на
территории Кроноцкого заповедника, благодаря
чему сохранило свою природную экосистему и
представляет значительный научный интерес.
Ихтиофауна озера долгое время формирова"
лась в условиях изоляции, в видовом отношении
небогата. Здесь обитают жилая форма нерки On
corhynchus nerka – кокани и гольцы (род Salveli
nus). Гольцы образуют в оз. Кроноцкое сложную
популяционную структуру и представляют боль"
шой интерес для изучения процессов формообра"
зования и механизмов микроэволюции (Викторов"
ский, 1978; Савваитова, 1989; Салменкова и др.,
2005; Радченко и др., 2006; Ostberg et al., 2009).
По мнению разных авторов, в озере обитают от
трёх до пяти разных форм гольцов (Викторов"
ский, 1978; Савваитова, 1989; Глубоковский,
1995; Черешнев и др., 2002; Павлов и др., 2003,
2012). Выделяют носатого (голец Шмидта), длин"
ноголового, белого гольцов, речную мальму и
карликового гольца. Таксономический статус
гольцов Кроноцкого озера до сих пор остаётся
дискуссионным.
Генетические исследования гольцов из оз. Кро"
ноцкое начаты сравнительно недавно (Салменко"
ва и др., 2005; Радченко и др., 2006; Ostberg et al.,
2009; Павлов и др., 2012). Выявлено, что на фоне
общей генетической неоднородности и различ"
ного уровня обособленности форм по маркёрам
ядерной ДНК данных об изменчивости митохон"
дриального генома у гольцов из этого водоёма всё
7 ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
ещё недостаточно, чтобы судить об их происхож"
дении и дивергенции друг от друга.
Цель нашей работы – дифференциация форм
гольцов озёрно"речной системы Кроноцкое на
основе анализа вариабельности участка Dloop и
гена цитохрома b (Сyt b) митохондриальной ДНК
(мтДНК).
МАТЕРИАЛ И МЕТОДИКА
Материал собран сотрудниками кафедры их"
тиологии МГУ в 2003, 2004 и 2010 гг. Для генети"
ческого анализа отобраны гольцы пяти разных
форм: носатый, белый, карликовый гольцы, реч"
ная мальма (из притоков озера) и длинноголовый
голец. Выборки некоторых форм были собраны в
разных локальностях озера, но, учитывая цели и
задачи работы, а также ограниченность материа"
ла, были объединены в пределах одной формы.
Выборки носатого и длинноголового гольцов
представлены сборами 2003 и 2010 гг. В качестве
аутгруппы использовали выборки проходной
мальмы Salvelinus malma из р. Кроноцкая сборов
2004 и 2010 гг. Места сбора выборок и их обозна"
чения приводятся на рис. 1 и в табл. 1.
Всего исследовали 239 экз. гольцов, после се"
квенирования нечитаемые последовательности
были исключены из анализа. Для участка Dloop
получено 224 последовательности ДНК, для Cyt b –
212. Статистической обработке результатов были
подвергнуты образцы, которые имели обе после"
довательности (Dloop и Cyt b), – всего 196 экз.
490
СЕНЧУКОВА и др.
1, 5, 6
3, 6
7, 10–12
оз. Кроноцкое
3
5
р. Кроноцкая,
нижнее течение
3
1–7
10–12
8, 9, 13
р. Кроноцкая
Рис. 1. Места сбора материала; 1–13 – номера выборок (см. в табл. 1).
ДНК выделяли стандартным солевым методом
(Aljanabi, Martinez, 1997). Реакцию амплифика"
ции проводили в объёме 15 мкл: 1.5 мкл 10× ПЦР"
буфер (Sileks, Россия), 2.5 мМ MgCl2, 0.6 мМ
dNTP, по 2 пМ каждого праймера, 100 нг ДНК и
1 единицу Hot Taq ДНК"полимеразы (Sileks). Для
амплификации участка Dloop мтДНК использо"
вали олигонуклеотидные праймеры HN20 GTGT"
TATGCTTTAGTTAAGC и Tpro2 ACCCTTA"
ACTCCCAAAGC (Brunner et al., 2001), для ампли"
фикации гена Cyt b – праймеры L14795 TAATG"
GCCAACCTCCGAAAA и H15844 AGCTAC"
TAGGGCAGGCTCATT (Радченко, 2003). Для се"
квенирования участка Dloop использовали
праймер Tpro2, для секвенирования гена Cyt b –
оба праймера (L14795 и H15844). Секвенирование
проводили на автоматическом секвенаторе ABI
3100 с использованием набора для секвенирова"
ния BigDye v.1.1.
Обработку продуктов секвенирования и мно"
жественное выравнивание осуществляли в пакете
программы DNAStar (Lasergene Inc.). Для пред"
ставления филогенетических отношений между
гаплотипами использовали метод максимальной
экономии (Templeton et al., 1992), реализованный
в программе TCS (Clement et al., 2000); статисти"
ческий и филогенетический анализы проводили в
программах Mega 5.05 (Tamura et al., 2011) и Arle"
quin 3.5 (Excoffier, Lischer, 2010).
Для сравнительного анализа по гену Cyt b кро"
ноцких гольцов и выборок из разных популяций
северной мальмы использовали данные GenBank.
Сравнительный материал включает следующие
выборки гольцов из ранее опубликованных работ
(Радченко, 2004; Радченко и др., 2006): выборка
разных форм гольцов из оз. Кроноцкое, 2003 г.
(носатый голец: DQ298792, DQ298788; длинного"
ловый голец: DQ298803, DQ298798, DQ298797,
DQ298805, DQ298793; белый голец: DQ298802,
DQ298789, DQ298790, DQ298791; проходная
мальма из р. Кроноцкая: DQ298804, DQ298794); а
также выборки гольцов Камчатки (DQ298801), Чу"
котки (DQ298796, DQ298799, AY286028, DQ298800,
DQ298806, AY286036, AY286037, AY286039), Охото"
морья (AY286029, DQ298795, AY286034), Таймыра
(AY286023, AY286024, AY286025), Финляндии
(AY286021), Забайкалья (AY286026), бассейна
р. Колыма (AY286040, AY286041, AY286043,
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ГОЛЬЦОВ
491
Таблица 1. Выборки и формы гольцов рода Salvelinus, включенные в исследование
Исследованные участки мтДНК
Выборки
1
2
3
4
5
6
7
8
9
Всего
10*
11*
12*
13*
Форма (год сбора)
Место сбора
Носатый голец (2003)
Носатый голец (2010)
Белый голец (2003)
Карликовый голец (2003)
Речная мальма (2003)
Длинноголовый голец (2003)
Длинноголовый голец (2010)
Проходная мальма (2010)
Проходная мальма (2004)
оз. Кроноцкое
То же
»
»
»
»
»
р. Кроноцкая
То же
Носатый голец (2003)
Белый голец (2003)
Длинноголовый голец (2003)
Проходная мальма (2003)
оз. Кроноцкое
То же
»
р. Кроноцкая
Число
образцов
Dloop
Cyt b
28
22
57
4
37
14
9
39
29
239
27
21
51
4
32
13
8
39
29
224
25
18
51
4
33
14
9
34
24
212
2
4
5
2
Dloop
и Cyt b
24
17
45
4
28
13
8
30
24
196
Примечание: * даны по: Радченко и др., 2006.
AY286044). В качестве реперного вида был исполь"
зован образец кунджи S. leucomaenis (AY286045).
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Определена последовательность контрольного
региона (Dloop) мтДНК длиной 558 п.н. для 224 экз.
и последовательность гена Cyt b длиной 1015 п.н.
для 212 образцов гольцов озёрно"речной системы
Кроноцкое. Последовательности нуклеотидов,
полученные в данной работе, депонированы в
GenBank (JN868278–JN868713).
На участке Dloop мтДНК выявлены восемь ва"
риабельных сайтов (1.4% от всех сайтов) и 11 раз"
ных гаплотипов. Частота нуклеотидов: A =
= 30.95%, T = 31.91%, C = 20.96% и G = 16.19%:
трансверсии на участке Dloop мт ДНК не обнару"
жены.
На участке митохондриального гена Cyt b вы"
явлены 32 вариабельных сайта (3% от всех сайтов)
и 33 разных гаплотипа. Частота нуклеотидов: А =
= 24.08%, G = 15.81%, T = 29.08%, C = 31.03%; со"
отношение транзиций к трансверсиям – 3.78.
В общий филогенетический анализ вошли
только образцы 196 экз., имеющие обе последова"
тельности – Dloop и Cyt b. По объединённой по"
следовательности длиной 1573 п.н. (1–558 п.н.
Dloop и 559–1573 п.н. Cyt b) выявлены 39 вариа"
бельных сайтов и 43 разных гаплотипа (табл. 2, 3).
При сравнении выборок одной формы, со"
бранных в разные годы, по FST"критерию неболь"
шие, но достоверные различия обнаружили носа"
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
тый голец (0.18807, p < 0.01) и проходная мальма
(0.08516, p < 0.01). Для проходной мальмы эти раз"
личия можно объяснить гетерогенностью выбо"
рок, взятых в разные годы, что характерно для
анадромных рыб с высоким хомингом. Что каса"
ется носатого гольца, то эти различия обусловле"
ны, главным образом, присутствием гаплотипа
H2 (9 экз. из 27) в выборке 2003 г. при отсутствии
этого гаплотипа в выборке 2010 г. Следует отме"
тить, что в 2003 г. подавляющее число рыб с этим
гаплотипом было отловлено в районе р. Листвен"
ничная (7 особей из 9), а в 2010 г. сборы в этом
районе не проводили. Таким образом, различия
между выборками по гаплотипу H2 скорее всего
обусловлены разными районами вылова и воз"
можной гетерогенностью распределения гапло"
типов внутри озера. В то же время высокий пока"
затель встречаемости гаплотипов H11 и H39 в
обеих выборках свидетельствует о генетическом
сходстве рыб, выловленных в разные годы.
Для выборок, представляющих все анализиру"
емые формы, уровень попарной межвыборочной
дифференциации в величинах FST варьирует от
0.00425 до 0.46268 (табл. 4). Наибольший уровень
отличий (0.46268) наблюдается между длинного"
ловым и карликовым гольцами, наименьший
(0.00425) – между речной мальмой и носатым
гольцом. Отличия по FST между белым и носатым
гольцами, а также отличия длинноголового голь"
ца и проходной мальмы от других популяций по"
казывают высокий уровень достоверности (p <
< 0.01). Общий уровень дифференциации среди
7*
H1
H2
H3
H4
H5
H6
H7
H8
H9
H10
H11
H12
H13
H14
H15
H16
H17
H18
H19
H20
H21
H22
H23
H24
H25
H26
Гап"
лотипы
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
A
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
A
A
A
A
A
A
A
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
A
A
A
A
A
A
A
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
G
G
G
G
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
A
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
A
.
A
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
A
.
A
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
7 6 1 8 5 6 4 6 0 7 5 9 4 9 2 6 0 9 0 4 4 9 3 4 7 0 6 2 4 7 4 1 3 1 0 7 5 4 0 7 9 2 7 1 9 5 0 8 9 4 8 7
1 3 8 0 3 4 2 7 7 8 1 5 7 1 2 9 0 0 4 5 9 9 0 4 4 8 8 9 0 1 7 8 8 0 1 1 4 7 8 8 9 7 7 8 8 9 9 1 1 2 4 5
2 2 2 3 5 6 6 7 7 7 8 8 8 9 9 9 9 9 9 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 4 5 5 5 5 5
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Номер позиции в объединённом выравнивании участка Dloop и гена Cyt b
Таблица 2. Вариабельные сайты в объединённой последовательности (1–558 п.н. Dloop, 559–1573 п.н. Сyt b) у разных форм гольцов рода Salvelinus из
озёрно"речной системы Кроноцкое
492
СЕНЧУКОВА и др.
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
2 2 2 3 5 6 6 7 7 7 8 8 8 9 9 9 9 9 9 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 4 5 5 5 5 5
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Номер позиции в объединённом выравнивании участка Dloop и гена Cyt b
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
.
.
.
.
.
.
.
H37
H38
H39
H40
H41
H42
H43
H44
H45
H46
H47
H48
H49
H50
T
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
T
T
T
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
.
.
.
A
A
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
A
A
A
A
A
A
.
.
.
A
A
A
.
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
C
C
C
C
C
C
.
.
.
C
C
C
.
C
C
C
C
C
C
C
C
C
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
T
T
T
T
T
T
.
.
.
T
T
T
.
T
T
T
T
T
T
T
T
T
T
A
A
A
A
A
A
A
.
.
.
A
A
A
.
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
C
C
C
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
. .
A
. .
. .
. .
. .
. .
. .
. .
. .
Примечание: гаплотипы Н44–Н50 приводятся по данным Радченко с соавторами (2006) только для гена Cyt b.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
C
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
G
G
G
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
A
A
A
A
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
A
.
.
.
.
.
.
T
T
T
T
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
T
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
7 6 1 8 5 6 4 6 0 7 5 9 4 9 2 6 0 9 0 4 4 9 3 4 7 0 6 2 4 7 4 1 3 1 0 7 5 4 0 7 9 2 7 1 9 5 0 8 9 4 8 7
1 3 8 0 3 4 2 7 7 8 1 5 7 1 2 9 0 0 4 5 9 9 0 4 4 8 8 9 0 1 7 8 8 0 1 1 4 7 8 8 9 7 7 8 8 9 9 1 1 2 4 5
H27
H28
H29
H30
H31
H32
H33
H34
H35
H36
Гап"
лотипы
Таблица 2. Окончание
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ГОЛЬЦОВ
493
494
СЕНЧУКОВА и др.
Таблица 3. Встречаемость гаплотипов у разных форм гольцов рода Salvelinus из озёрно"речной системы Кроноцкое
H24
H25
H23
1
H22
20
H21
H20
H18
H17
H16
H15
H14
H13
H19
1
1
1
1
1
3
2
3
1
1
1
2
1
2
1
1
2
1
1
1
1
1
2
1
4
3
8
H50
12 3
5
1 28 1
1
2*
1*
H49
1
H48
1
3
3
H12
H11
H10
H9
H8
1
2
10
3
4
3
33
3
4
H47
1
1
H46
12
1
1
H43
1
1
2
H42
1
3
2
4
3
5
3
H41
1
H7
H6
3
H40
1
1
3
1
2
1
4
1
1
7
1
1
4
7
1
1
4
1
2
3
1
1
1
1
1
16
1
1
1
1
1
1
1
1
4
1
1
H45
1
1
H39
H38
H37
H36
H35
H34
H33
H32
H31
H29
H28
H27
H30
4
3
2
1
2
1
H44
1
2
3
4
5
6
7
8
9
Всего:
10
11
12
13
1
Гаплотипы
H26
Выбор"
ки
H5
1
1
9
2
1
1
3
5
1
4
5
7
1
6
1
7
1
8
1
9
1
Всего: 18 11 1
10
1*
11
12
13
H4
H3
H2
Гаплотипы
H1
Выбор"
ки
1
1
1
1
2
1
Примечание. Номер выборки соответствует таковому в табл. 1; выборки 10–13 (по: Радченко и др., 2006) даны только для гена Cyt b;
* обозначен только первый гаплотип из нескольких идентичных (идентичные гаплотипы приведены на рис. 3) по участку гена Сyt b (559–1573
п.н.), но разных по участку Dloop (1–558 п.н.).
всех выборок составляет 0.134; значение молеку"
лярной дисперсии (AMOVA) между популяциями –
13.44%, а внутри популяций – 86.56%.
Генетические дистанции (Tamura, Nei, 1993)
показывают очень низкий уровень отличий среди
форм – 0.00225–0.00339 (табл. 4). Наименьший
уровень различий выявлен между длинноголо"
вым гольцом и проходной формой мальмы, наи"
больший (0.00339) – между носатым и карлико"
вым гольцами.
Филогенетические отношения между исследу"
емыми формами гольцов озёрно"речной системы
Кроноцкое представлены на рис. 2. Видно, что
гольцы Кроноцкого озера несут четыре массовых
гаплотипа (H1, H11, H19, H39), причём каждый
из них имеет и проходная форма мальмы из
р. Кроноцкая. От каждого массового гаплотипа
отходит небольшое число гаплотипов (в основ"
ном это единичные особи, но есть и гаплотипы –
Н6, Н12, – которые содержат 11–12 экз.), отлича"
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ГОЛЬЦОВ
495
Таблица 4. Оценки попарной генетической дифференциации по участку Dloop мтДНК и гену Cyt b между фор"
мами гольцов рода Salvelinus из озёрно"речной системы Кроноцкое
Выборка
Выборка
Форма
1+2
1, 2
3
4
5
6, 7
8, 9
Носатый голец
Белый голец
Карликовый голец
Речная мальма
Длинноголовый голец
Проходная мальма
0.09629*
0.02750
0.00425
0.16526*
0.16984*
3
4
5
6+7
8+9
0.00315
0.00339
0.00318
0.00315
0.00286
0.00319
0.00263
0.00240
0.00331
0.00258
0.00321
0.00261
0.00327
0.00306
0.00225
0.06170
0.03686
0.24206*
0.11678*
0.06072
0.46268*
0.17174*
0.20033*
0.16327*
0.26433*
Примечание. Ниже диагонали – FST, выше диагонали – генетические дистанции (Tamura, Nei, 1993); номер выборки соот"
ветствует таковому в табл. 1; * значения FST достоверны при р < 0.01.
ющихся на одну–две мутации. Часть экземпляров
проходной формы мальмы представлены в массо"
вых гаплотипах гольцов Кроноцкого озера,
остальные образуют отдельную сеть, не перекры"
вающуюся с озёрными формами.
Длинноголовый голец в выборках 2003 и 2010 гг.
имеет наименьшее число гаплотипов (Н1, Н11,
Н12, Н19). Столь низкое генетическое разнообра"
зие этой формы гольца делает его наиболее
обособленным от остальных форм.
Анализируя полученную сеть гаплотипов (рис. 2),
можно предположить, что проходная форма
мальмы из р. Кроноцкая является предковой по
отношению к остальным озёрным формам, так
как обладает всеми массовыми гаплотипами
озёрных форм. Скорее всего, озёрные формы, по"
лучив от проходной мальмы исходные гаплотипы,
в условиях изоляции начали формировать новые,
отличающиеся на одну–две, мутации от исходных,
но не встречающиеся у проходной формы. Можно
предположить, что четыре массовых гаплотипа
гольцов Кроноцкого озера присутствовали в во"
доёме на момент образования. Это говорит в
пользу эффекта основателя при изоляции пред"
ковой популяции кроноцких гольцов и её исход"
но небольшой численности.
Существуют две основные гипотезы образова"
ния разных форм гольцов Кроноцкого озера. Ги"
потеза, выдвинутая Викторовским (1978), пред"
полагает три последовательные инвазии, давшие
начало соответственно длинноголовому, носато"
му и белому гольцам. По мнению Савваитовой
(1989), все гольцы Кроноцкого озера имеют одно"
го общего предка, а становление форм произо"
шло уже внутри озера.
Кроноцкое озеро образовалось в конце позд"
него плейстоцена (Шанцер, Мелекесцев, 1967)
примерно 12–14 тыс. лет назад. Принято, что
средняя скорость нуклеотидных замен в мтДНК
составляет 2–4% за млн лет (Brown et al., 1979),
однако в условиях озёр подобные процессы могут
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
протекать быстрее. Показано, что для популяций
мизид (Mysidae), заселявших постледниковые
озёра Скандинавии и проходивших через значи"
тельный рост численности при заселении ново"
образовавшихся озёр, скорость накопления мута"
ций может достигать 0.27% за 10 тыс. лет (Audzi"
jonyte, Vainola, 2006). Эти показатели примерно
соответствуют скорости образования новых гап"
лотипов в исследуемой озёрно"речной системе, и
мы предполагаем изоляцию гольцов в озере, при"
мерно равной возрасту водоёма. Дополнительные
крупные инвазии проходной мальмы в озеро,
скорее всего, не происходили.
Проводимые ранее исследования митохондри"
ального генома гольцов Кроноцкого озера показали
его незначительную дивергенцию на уровне озёр"
ных форм. Так, в 2005 г. были опубликованы резуль"
таты крупного исследования генетического разно"
образия гольцов Кроноцкого озера – анализ алло"
зимных и микросателлитных локусов, миогенов, а
также анализ с помощью метода случайных прай"
меров (RAPD) и рестрикционный анализ двух
сегментов мтДНК (Салменкова и др., 2005). Из
всех исследованных маркёров генетическая диф"
ференциация между формами кроноцких гольцов
была найдена только по аллозимным (FST = 0.120)
и микросателлитным (FST = 0.217) локусам. Про"
ведённый авторами рестрикционный анализ двух
участков мтДНК общей длиной 2537 п.н. (сегмен"
та ATPase/ND4L, включающего шесть генов, и
сегмента гена Сyt b) выявил изменчивость только
по второму сегменту. Среди четырёх форм голь"
цов Кроноцкого озера было найдено два гаплоти"
па (более частый соответствует гаплотипу север"
ной мальмы (Радченко, 2002), а более редкий ра"
нее был отмечен только у чукотских популяций
(Радченко, 2002)), и качественные различия меж"
ду формами не выявлены.
При исследовании изменчивости гена Сyt b
(Радченко и др., 2006) была показана генетиче"
ская неоднородность гольцов озера Кроноцкое
496
СЕНЧУКОВА и др.
H18
H17
H15
H2
H12
H16
H3
H14
H13
H1
H11
H32
H4
H10
H33
H5
H31
H7
H34
H20
H30
H29
H6
H8
H24
H38
H27
H37
H36
H9
H35
H28
H25
H26
H21
H39
H19
H22
H40
H23
H41
H42
H43
Рис. 2. Филогенетическая сеть гаплотипов участка Dloop мтДНК и гена Сyt b гольцов рода Salvelinus из озёрно"речной
системы Кроноцкое, построенная с помощью TCS"алгоритма. Размер кружков и секторов пропорционален частоте
встречаемости гаплотипов; H1–H43 – гаплотипы (см. в табл. 2, 3). Гольцы: (
) – носатый (1, 2), (
) – белый (3),
(
) – карликовый (4), (
) – длинноголовый (6, 7); мальмы: (
по этому маркёру. Выявлены 11 гаплотипов, кото"
рые принадлежат к двум линиям мтДНК (две
группы гаплотипов), обнаруженным ранее с по"
мощью рестрикционного анализа (Салменкова
и др., 2005). Авторы предполагают, что возраст
возникновения этих линий (400 тыс. лет) значи"
тельно превышает возраст возникновения озера
Кроноцкое, и считают, что озеро заселила пред"
ковая форма, несущая обе эти линии. Получен"
ное значение уровня дивергенции гена Сyt b среди
кроноцких гольцов (0.48%) примерно равно уров"
ню дивергенции среди гаплотипов северной
мальмы из других регионов. К сожалению, авто"
ры располагали выборкой лишь в 13 экз. кроноц"
ких гольцов и не смогли провести сопоставление
выявленной генетической вариабельности с фе"
нетическим разделением на формы.
) – речная (5), (
) – проходная (8, 9).
В нашей работе, исследовав гораздо больший
объём материала, мы также выявили две линии
мтДНК по гену Сyt b. Первую линию имеют 149 экз.
(гаплотипы Н11–Н43), вторую – 47 экз. (гапло"
типы H1–H9), гаплотип Н10, выявленный у трёх
особей проходной формы мальмы из р. Кроноц"
кая, не входит ни в первую, ни во вторую группу
гаплотипов. (табл. 2, 3; рис. 2). Принадлежности
этих линий к той или иной форме гольцов Кро"
ноцкого озера мы, как и предыдущие исследова"
тели (Радченко и др., 2006), не выявили. Поэтому,
учитывая собственные и литературные данные
(Салменкова и др., 2005; Радченко и др., 2006), мы
не можем рассматривать несколько линий мито"
хондриального генома современных форм кро"
ноцких гольцов как факт, указывающий на их ал"
лопатрическое происхождение.
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ГОЛЬЦОВ
497
> 340 S. leuconaenis
> 737 chu
> 775 chu
> 602, 603
650, 660
> 734 chu
> 586, 588, 593
H36 H37 H38
> 592.736
H46
> 490 kam
> 216 chu
H50 H45
H44
H5
H27
H48 H14
H49
H12
> 630 och
H35
> 729 och
> 110 chu
H3
H17
H10
> 234 chu
H13
H15
H30
H28
> 279 och
H29, 31,
H1, 4, 7 > 103 chu 33, 34
H2
H11, 16,
24, 26
H18
> 197 och
H25
H42
H6, 8
H32
H41
H9
H22
H19, 20
H39
H40
H23
H43
H21
Рис. 3. Филогенетическая сеть гаплотипов гена Сyt b гольцов рода Salvelinus из озёрно"речной системы Кроноцкое, по"
строенная с помощью TCS"алгоритма. 490kam, 103chu, 110chu, 197chu, 216chu, 234chu, 734chu, 737chu, 775 chu, 592,
736, 586, 588, 593, 630och, 729och, 279och, 602, 603, 650, 660, 340 – номера образцов по: Радченко, 2004; Радченко и др.
2006; гаплотипы Н1,4,7; Н6,8 и т.д. различаются только по участку Dloop мтДНК (1–558 п.н.), по гену Cyt b (559–1573 п.н.)
имеют идентичные гаплотипы.
Носатый голец: (
) – 2003 (1), (
карликовый голец, 2003 (4) – (
) – 2010 (2), (
) – 2003 (11); белый голец: (
); речная мальма, 2003 (5) – (
); длинноголовый голец: (
(7), (
) – 2003 (13); проходная мальма: (
) – 2003 (8), (
) – 2010 (9), (
Радченко и др. 2006 – (
); ост. обозначения см. на рис. 2.
Филогенетические отношения по гену Сyt b
между кроноцкими гольцами и разными популя"
циями северной мальмы (Радченко, 2004; Рад"
ченко и др., 2006) представлены на рис. 3. На по"
лученной филогенетической сети гаплотипов по
гену Сyt b (рис. 3) видно, что пять из 11 исследо"
ванных ранее гольцов Кроноцкого озера имеют
идентичные с выявленными нами гаплотипы
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
) – 2003 (3), (
) – 2003 (12);
) – 2003 (6), (
) – 2010
) – 2003 (14); образцы из: Радченко, 2004;
(Н1,4,7; Н12; Н18, Н19,20). Остальные находятся
в том же диапазоне мутаций (одна–две единицы),
которые мы наблюдаем у большинства кроноц"
ких гольцов. Два образца проходной мальмы из р.
Кроноцкая (H49, H50) несут гаплотипы, отлича"
ющиеся на две мутации от массовых гаплотипов
озёрных форм. Один образец длинноголового
гольца (DQ298798; Н46) показал высокий уровень
498
СЕНЧУКОВА и др.
отличий (четыре мутации) от ближайшего гаплоти"
па в озере, и можно предположить, что этот гапло"
тип является ошибкой секвенирования.
Отношения кроноцких гольцов с остальными
выборками на ареале демонстрируют сходный
уровень различий с показанным ранее (Радченко
и др., 2006) и в целом подтверждают мнение об их
принадлежности к камчатской группе северной
мальмы. При этом 1 экз. камчатской мальмы
(рис. 3–490 kam) из ручья Вилючинский имеет га"
плотип (Н27), выявленный у кроноцких гольцов
(у речной мальмы 2003 г. и проходной мальмы
2004 г.), и два образца чукотской мальмы (216chu,
234chu) из р. Марич также имеют гаплотипы
(Н1,4,7; Н14), выявленные нами у кроноцких
гольцов.
Остберг с соавторами (Ostberg et al., 2009), ис"
пользуя для рестрикционного анализа мтДНК 33
рестриктазы, выявили 15 гаплотипов (11 среди
пяти форм гольцов Кроноцкого озера) на участке
общей длиной 723 п.н., включающем Dloop,
ND2, ND3/ND4, ND5/ND6. Общий уровень ди"
вергенции среди форм гольцов, по мнению авто"
ров, оказался довольно низким. Уровень попар"
ной межвыборочной дифференциации в величи"
нах FST варьирует от 0.002 до 0.691. Общий
уровень FST = 0.106, что достаточно близко к полу"
ченному нами (FST = 0.134), несмотря на разные
методы. При этом было показано отличие длин"
ноголового гольца от остальных форм и выдвину"
то предположение о том, что гольцы Кроноцкого
озера имеют две предковые формы. Одна дала на"
чало мальме, носатому, белому и карликовому
гольцам, а другая – длинноголовому гольцу. На"
ши данные также указывают на относительную
обособленность длинноголового гольца (табл. 3)
от остальных гольцов озера, но предполагают его
дивергенцию от общей с ними предковой формы
(рис. 2).
Для генетической идентификации карликово"
го гольца по мтДНК Павлов и др. (2012) исполь"
зовали четыре рестриктазы. По трём дивергенция
среди пяти форм не выявлена, по одной обнару"
жен уникальный гаплотип у карликового гольца
(одна из четырёх особей в выборке 2003 г.). Полу"
ченные нами данные по последовательности изу"
ченных митохондриальных генов не позволяют
сделать однозначный вывод о генетической
обособленности карликовой формы, поскольку
гаплотипы не формируют родственные кластеры
(рис. 2). Следует отметить, что наша выборка так"
же состояла лишь из 4 экз., отловленных в 2003 г.
Выявленный уникальный гаплотип у карликово"
го гольца (Павлов и др., 2012) в нашем исследова"
нии тоже является уникальным (табл. 2, 3; Н29),
но лишь среди озёрных форм. В 2010 г. этот же га"
плотип был выявлен у проходной мальмы из
р. Кроноцкая (табл. 2, 3; рис. 2).
Таким образом, обобщая собственные и лите"
ратурные данные по митохондриальному геному
гольцов озёрно"речной системы Кроноцкое, у
нас нет оснований говорить о происхождении ка"
ких"либо озёрных форм вследствие нескольких
независимых вселений. Наиболее вероятно мо"
нофилетическое происхождение всех форм голь"
цов Кроноцкого озера от общей небольшой попу"
ляции, существовавшей в реке на момент форми"
рования озера. Результаты наших исследований
кроноцких гольцов позволяют заключить, что вари"
абельность митохондриального генома эффективна
лишь для выяснения происхождения и направлен"
ности дивергенции форм гольцов Кроноцкого озе"
ра, но не имеет достаточной мощности для проведе"
ния популяционно"генетических работ с гольцами
внутри этой озёрно"речной системы. Для решения
подобных задач, вероятно, следует использовать
маркёры ядерной ДНК.
БЛАГОДАРНОСТИ
Авторы глубоко признательны сотрудникам
Кроноцкого государственного природного био"
сферного заповедника за организацию и помощь
в сборе материала; Карлу Остбергу (C. Ostberg,
USGS USA), а также Г.Н. Маркевичу, К.В. Кузищи"
ну, М.А. Груздевой, А.М. Малютиной, Е.А. Пивова"
рову (МГУ) за помощь в сборе материала;
М.К. Глубоковскому (ВНИРО) за организацию и
поддержку лабораторных работ.
Работа поддержана Российским фондом фун"
даментальных исследований (проекты № 11"04"
00778"а, 11"04"02056"а), грантом “Ведущие науч"
ные школы” (НШ"2104.2008.4) и Федеральным
агентством по науке и инновациям (госконтрак"
ты 02.740.11.0461, 14.740.11.0633, 14.740.11.0165
15, П1298).
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
Викторовский Р.М. 1978. Механизмы видообразования
у гольцов Кроноцкого озера. М.: Наука, 112 с.
Глубоковский М.К. 1995. Эволюционная биология ло"
сосевых рыб. М.: Наука, 343 с.
Павлов С.Д., Репин М.Ю., Пивоваров Е.А. 2003. Популя"
ционное разнообразие гольцов (р. Salvelinus) оз. Кро"
ноцкое. Морфобиологические особенности // Матер.
IV Науч. конф. “Сохранение биоразнообразия Кам"
чатки и прилегающих морей”. С. 257–261.
Павлов С.Д., Пивоваров Е.А., Остберг К.О. 2012. Карли"
ковый голец – новая форма гольцов (род Salvelinus)
Кроноцкого озера // ДАН. Т. 442. № 2. С. 1–4.
Радченко О.А. 2002. Генетическая дифференциация се"
верной и южной форм мальмы по данным рестрикци"
онного анализа митохондриальной ДНК // Генетика.
Т. 38. № 4. С. 421–428.
Радченко О.А. 2003. Изменчивость митохондриальной
ДНК гольцов рода Salvelinus: Автореф. … дис. канд.
биол. наук. Магадан: ИБПС ДВО РАН, 24 с.
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ГОЛЬЦОВ
Радченко О.А. 2004. Изменчивость нуклеотидных по"
следовательностей гена цитохрома b митохондриаль"
ной ДНК гольцов рода Salvelinus // Генетика. Т. 40.
№ 3. С. 322–333.
Радченко О.А., Салменкова Е.А., Омельченко В.Т. 2006.
Анализ изменчивости гена цитохрома b у симпатрич"
ных гольцов Кроноцкого озера (Камчатская область) //
Генетика. Т. 42. № 2. С. 233–243.
Савваитова К.А. 1989. Арктические гольцы. М.: Агро"
промиздат, 224 с.
Салменкова Е.А., Омельченко В.Т., Радченко О.А. и др.
2005. Генетическая дивергенция гольцов рода Salveli
nus Кроноцкого озера (полуостров Камчатка) // Гене"
тика. Т. 41. № 8. С. 1096–1107.
Черешнев И.А., Волобуев В.В., Шестаков А.В.,
Фролов С.В. 2002. Лососевидные рыбы Севера"Востока
России. Владивосток: Дальнаука, 496 с.
Шанцер А.Е., Мелекесцев И.В. 1967. Особенности древ"
ней и новейшей тектоники района Кроноцкого озера,
состав и строение слагающих его молодых вулканоген"
ных толщ. Петропавловск"Камчатский: Архив ИВ
АН СССР ДВНЦ. № 37. 12 с.
Aljanabi S.M., Martinez I. 1997. Universal and rapid salt"
extraction of high quality genomic DNA for PCR"based
technicues // Nucl. Acids Res. V. 25(20). P. 4692–4693.
Audzijonyte A., Vainola R. 2006. Phylogeographic analyses
of a circumarctic coastal and a boreal lacustrine mysid crus"
tacean, and evidence of fast postglacial mtDNA rates //
Mol. Ecol. V. 15. P. 3287–3301.
ВОПРОСЫ ИХТИОЛОГИИ
том 52
№4
2012
499
Brown W.M., George M., Jr., Wilson A.C. 1979. Rapid evo"
lution of mitochondrial DNA // Proc. Nat. Acad. Sci.
USA. V. 76. P. 1967–1971.
Brunner P.C., Douglas M.R., Osinov A.G. et al. 2001. Hol"
arctic phylogeography of arctic charr (Salvelinus alpinus L.)
inferred from mitochondrial DNA sequences // Evolution.
V. 55. № 3. P. 573–586.
Clement M., Posada D., Crandall K.A. 2000. TCS: a com"
puter program to estimate gene genealogies // Mol. Ecol.
V. 9. P. 1657–1659.
Excoffier L., Lischer H.E.L. 2010. Arlequin suite ver 3.5: a
new series of programs to perform population genetics anal"
yses under Linux and Windows // Mol. Ecol. Res. V. 10.
P. 564–567.
Ostberg C.O., Pavlov S.D., Hauser L.2009. Evolutionary re"
lationships among sympatric life history forms of dolly
varden inhabiting the landlocked Kronotsky Lake, Kam"
chatka, and neighboring anadromous population // Trans.
Amer. Fish. Soc. V. 138. P. 1–14.
Tamura K., Nei M. 1993. Estimation of the number of nu"
cleotide substitutions in the control region of mitochondrial
DNA in humans and chimpanzees // Mol. Biol. Evol. V. 10.
P. 512–526.
Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. 2011. MEGA5:
Molecular evolutionary genetics analysis using maximum
likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimo"
ny methods // Ibid. V. 28. P. 2731–2739.
Templeton A.R., Crandall K.A., Sing C.F. 1992. A cladistic
analysis of phenotypic associations with haplotypes inferred
from restriction endonuclease mapping and DNA sequence
data. III. Cladogram estimation // Genetics. V. 132.
P. 619–633.
Скачать