Панель для исследования рака толстой кишки и рака легких Ion

Реклама
Панель для исследования рака толстой кишки и рака легких
Ion AmpliSeq™ Colon and Lung Cancer Research Panel v2 и
панель для исследования химерных транскриптов при раке
легких Ion AmpliSeq™ RNA Fusion Lung Cancer Research Panel
Теперь процедура секвенирования и анализа данных адаптирована
как для ДНК, так и для РНК
Две новых панели для исследования рака легких,
разработанные ведущими учеными из консорциума
OncoNetwork, обеспечат быстрое получение результатов
при минимальном исходном количестве образца.
Консорциум OncoNetwork охватывает двенадцать
институтов по всему миру, имеющих многолетний опыт
адаптации технологии NGS для передовых
исследований рака легких и толстой кишки.
Требуя всего лишь 10 нг ДНК или РНК, процедура
секвенирования Ion Torrent™ позволяет получать
больше результатов при минимальном исходном
количестве образца:
•Небольшие требования по количеству ДНК или РНК
•Уменьшение числа образцов, не допускаемых до
анализа из-за недостаточного количества
материала
Мы представляем усовершенствованную панель
•Меньшее число неудавшихся анализов по причине
для исследования рака толстой кишки и легких Ion
недостаточного количества исходного материала
™
AmpliSeq Colon and Lung Cancer Research Panel v2 и
первую в своем роде панель для исследования рака •Помогает уменьшить число повторных анализов
легких Ion AmpliSeq™ RNA Fusion Lung Cancer
•Менее жесткие требования к уровню гетерогенности
Research Panel для анализа химерных РНКтканей (не более 5% опухолевых клеток)
транскриптов. По сравнению с такими методами, как
кПЦР, FISH или секвенирование по Сэнгеру, метод
NGS позволяет выявлять значительно большее
количество мутаций и химерных транскриптов в
образце. Это достигается при помощи технологии
Ion AmpliSeq ™, которая обеспечивает широкие
возможности мультиплексирования при работе с
небольшими образцами опухолей, таких как
фиксированные формалином парафинизированные
образцы (FFPE) или архивные образцы, полученные
мотодом тонкоигольной аспирационной биопсии.
При работе на секвенаторе Ion PGM ™ с
использованием программного обеспечения
Ion Reporter™ вся процедура секвенирования
Ion Torrent™ занимает 24-48 часов (Рис. 1)
и обладает следующими преимуществами:
•Ускорение последующих этапов эксперимента
——Меньше времени тратится на ожидание
•Дифференцированный уровень обслуживания
——Предоставляет результат быстрее по сравнению
с альтернативными методами
<< Благодаря этим двум панелям, мы,
наконец, обладаем инструментом,
позволяющим выявлять основные
мутации, связанные с раком легких,
используя архивные препараты
опухолей с ограниченным
количеством материала.
>>
Благодаря нашей специализированной и опытной
команде технической поддержки, применение
техноглогии секвенирования Ion Torrent ™
обладает следующими преимуществами:
•Меньшее время на проведение исследования
——Персонализированное обслуживание для
соответствия уникальным потребностям
Вашей лаборатории
——Выверенные процедуры и протоколы для
секвенирования и анализа результатов
•Компетентность в области секвенирования
——Широкая база знаний в области секвенирования,
от секвенирования нового поколения до
секвенирования по Сэнгеру
——Пользователи, имеющие опыт работы с
технологией высокопроизводительного
секвенирования
Доктор Никола Норман, доктор медицинских наук,
заведующий лабораторией
Лаборатория фармакогеномики
Онкологический научный центр Mercogliano, Авеллино
Процедура анализа ДНК
Ion AmpliSeq™
Colon and Lung Cancer
Research Panel v2
Ion PGM™
Sequencer
Ion Reporter™
Software
Создание библиотеки
и подготовка матрицы
Высокопроизводительное
секвенирование
Анализ и
выявление мутаций
Процедура анализа РНК
Образец
опухоли
Ion AmpliSeq™
RNA Lung Fusion
Research Panel
Ion PGM™
Sequencer
Ion Reporter™
Software
Создание библиотеки
и подготовка матрицы
Высокопроизводительное
секвенирование
Анализ и выявление
химерных транскриптов
О Т О Б РА З Ц А Д О Р Е З У Л ЬТАТА З А 2 4 - 4 8 Ч А С О В
Рис. 1. Секвенирование Ion Torrent ™ для параллельного анализа ДНК и РНК позволяет выявить однонуклеотидные замены,
а также инсерции/делеции при анализе ДНК; химерные транскрипты и данные по экспрессии генов при анализе РНК.
Панель для исследования рака толстой кишки и легких
Ion AmpliSeq™ Colon and Lung Cancer Research Panel v2
Панель для исследования рака толстой кишки и
легких Ion AmpliSeq™ Colon and Lung Cancer Research
Panel v2 (Таблица 1, Рис. 2) содержит единый пул
праймеров для амплификации «горячих точек» и
других целевых участков 22 генов, ассоциированных
с раком толстой кишки и легких. Помимо этого,
панель теперь включает в себя три дополнительных
ампликона, покрывающих известные целевые
участки для генов NRAS и ALK:
•Мутации 4-го экзона гена NRAS (p.117, p.146)
Эти известные редкие мутации крайне важны для
исследований рака толстой кишки и легких. Первую
версию данной панели, Ion AmpliSeq™ Colon and
Lung Cancer Panel, испытывали и верифицировали
на 155 уникальных фиксированных формалином
парафинизированных образцах в консорциуме
OncoNetwork. Новая версия панели Ion AmpliSeq™
Colon and Lung Cancer Research Panel v2 готова к
использованию и оптимизирована для последующего
анализа данных с помощью программного обеспечения
Torrent Suite™ и Ion Reporter™.
•Мутации в гене ALK (G1269A, p.S1206Y)
Таблица 1. Панель Ion AmpliSeq™ Colon and Lung Cancer Research Panel v2.
Тип образца
Фиксированные формалином парафинизированные образцы (FFPE)
Задача
Обнаружение соматических мутаций
Гены
KRAS, EGFR, BRAF, PIK3CA, AKT1, ERBB2, PTEN, NRAS, STK11, MAP2K1, ALK, DDR2,
CTNNB1, MET, TP53, SMAD4, FBX7, FGFR3, NOTCH1, ERBB4, FGFR1, FGFR2
Пары праймеров и длина
ампликона
92 пары праймеров в едином пуле
Необходимое количество
ДНК
10 нг
Наблюдаемая
эффективность
Доля ампликонов с покрытием целевых участков 500X: >95%
92 ампликона со средней длиной 162 п.н.
Средняя однородность покрытия: 95%
Среднее количество прочтений, покрывающих целевые участки: 98%
Мультиплексирование
2 образца на чип Ion 314™ с кратностью покрытия не меньше 500X
8 образцов на чип Ion 314™ с кратностью покрытия не меньше 500X
100,000
10,000
1,000
100
10
Покрытие (логарифмическое преобразование)
16 образцов на чип Ion 314™ с кратностью покрытия не меньше 500X
100,000
10,000
G12A
G12A
1,000
100
10
G12A
G12A
G12A
G12A
G12A
G13D
G12A
G13D
G13D
G13D
G13D
G13D
G13D
G13D
1
Ампликоны
1
Рис. 2. Значительная однородность покрытия, которую демонстрирует панель Ion AmpliSeq™ Colon and Lung Cancer Research Panel v2 при тестировании с
помощью контролей AcroMetrix® KRAS FFPE Process Controls (артикул 950450) в четырех повторностях для 8 образцов на чипе Ion 316™ v2.
Панель для исследования химерных РНК при раке легких
Ion AmpliSeq™ RNA Fusion Lung Cancer Research Panel
Мишенями для панели Ion AmpliSeq™ RNA Fusion
Lung Cancer Research Panel служат более 70
химерных транскриптов, ассоциированных с
раком легких. В дополнение к ним мишенями
также являются основные семейства химерных
генов (Таблица 2). Панель также включает пять
генов положительного контроля.
Дополнительные характеристики панели
Ion AmpliSeq™ RNA Fusion Lung Cancer Research
Panel включают:
Используя новое программное обеспечение
Ion Reporter™ v4.2 Вы сможете быстро и легко
обнаруживать известные и новые химерные
гены. Благодаря изменяемым параметрам
анализа и возможности визуализации
теплокарт нескольких образцов, программа
Ion Reporter™ упрощает настройку алгоритма
анализа химерных генов и позволяет
сравнивать результаты по многим образцам
одновременно.
•Специально подобранные праймеры для
амплификации химерных генов ALK, ROS1, RET и
NTRK1, обнаруженных консорциумом OncoNetwork
в архивных FFPE-образцах с помощью FISH,
иммуногистохимии или кПЦР.
•Контроль качества РНК за счет мишеней для анализа
экспрессии генов <<домашнего хозяйства>>
•Праймеры для исследования экспрессии 5’ и 3’
гена ALK, как индикатора транслокации
Таблица 2. Панель Ion AmpliSeq™ RNA Fusion Lung Cancer Research Panel.
Тип образца
Фиксированные формалином парафинизированные образцы (FFPE)
Задача
Обнаружение соматических мутаций
Гены
Химерные транскрипты ALK, RET, ROS1 и NTRK1 в дополнение к мишеням,
разработанным для детектирования 5’ и 3’ экспрессии гена ALK
Пары праймеров и длина
ампликона
83 пары уникальных праймеров в едином пуле
Стартовое кол-во РНК
10 нг тотальной РНК
Наблюдаемая
эффективность
Детектирование химерных транскриптов вплоть до 1% от общей РНК при
Рекомендуемое
мультиплексирование
16 образцов на чип Ion 318™ при количестве прочтений области интереса не
менее 20000 раз на библиотеку.
85 ампликонов со средней длиной 136 п.н.
разведении клеточной линии
Чтобы узнать больше о представленных панелях, посетите сайт
lifetechnologies.com/ngspanels или свяжитесь с нашим специалистом
*Членами консорциума OncoNetwork являются следующие ученые:
Pierre Laurent-Puig1, Cecily Vaughn2, Ludovic Lacroix3, Marjolijn Ligtenberg4, Bastiaan Tops 4, Christoph Noppen5, Henriette Kurth5,
Nicola Normanno6, Aldo Scarpa7, Ian Cree8, Orla Sheils9, Harriet Feilotter10, José Carlos Machado11, Jose Costa11, Kazuto Nishio12
1 Université Paris Descartes, Paris, France
2 ARUP- Institute for Clinical and Experimental
Pathology, Utah, USA
3 Institut Gustave Roussy, Paris, France
4 Radboud University Nijmegen Medical Centre,
The Netherlands
5 VIOLLIER AG, Basel, Switzerland
6 Centro Ricerche Oncologiche Mercogliano, Avellino, Italy
7 ARC-NET University of Verona, Italy
8 Warwick University Medical School, United Kingdom
9 Trinity College Dublin, Ireland
10 Queen’s University, Ontario Canada
11IPATIMUP Medical Faculty of Porto, Portugal
12Faculty of Medicine, Kinki University, Osaka, Japan
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures. © 2014 Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved.
All trademarks are the property of Thermo Fisher Scientific and its subsidiaries unless otherwise specified. CO29356 1114
Скачать