Поиск консервативных аминокислотных остатков для белка

Поиск консервативных
аминокислотных остатков для белка
альфа-кристаллина позвоночных
Выступающий: Н.Г.Шиляев
Руководитель: д.ф.-м.н. О.В.Галзитская
Институт белка РАН
16th May, 2015
Nikita Shilyaev
1 / 12
Альфа-кристаллины
Nikita Shilyaev
2 / 12
План работы
1. Извлечь из баз данных белковые последовательности
альфа-кристаллинов
I
I
Очистка и структурирование данных, выравнивание
Поиск консервативных остатков
2. Анализ аминокислотного состава
I
Учет и внутри- и межклассовый анализ аминокислотного состава
3. Сопоставление профиля консервативности с вторичной
структурой
4. Поиск неструктурированных и амилоидогенных участков
Nikita Shilyaev
3 / 12
Nikita Shilyaev
4 / 12
Результаты
Nikita Shilyaev
5 / 12
Функционально-консервативные остатки и известная
вторичная структура цепи A
Nikita Shilyaev
6 / 12
Общий профиль структурированности цепи A 129
видов
Nikita Shilyaev
7 / 12
Общий профиль амилоидогенных участков цепи A 129
видов
Nikita Shilyaev
8 / 12
Сопоставление профилей цепи А
Nikita Shilyaev
9 / 12
Сопоставление профилей цепи B
Nikita Shilyaev
10 / 12
Содержание фенилаланина и тирозина в
альфа-кристаллинах
Nikita Shilyaev
11 / 12
Симбатное изменение содержания аргинина в
альфа-кристаллинах
Nikita Shilyaev
12 / 12
Результаты работы
I
Найдены консервативные аминокислотные остатки
I
Обнаружена корреляция консервативных участков со
структурированными участками цепи
I
Предсказаны амилоидогенные участки альфа-кристаллинов
I
Содержание ароматических аминокислот выше средного по
протеомам сохраняется во всех классах позвоночных
I
В экспериментально установленных структурах центральной
части цепи, ароматические остатки приходятся на участки
бета-структуры
I
Некоторые аминокислоты изменяют свое содержание симбатно
в цепях a и b альфа-кристаллинов по классам
Nikita Shilyaev
13 / 12
Спасибо за внимание!
Nikita Shilyaev
14 / 12