Анализ конформационных изменений днк при

САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ
На правах рукописи
Морозова Елена Васильевна
АНАЛИЗ КОНФОРМАЦИОННЫХ ИЗМЕНЕНИЙ ДНК ПРИ
КОМПЛЕКСООБРАЗОВАНИИ С КООРДИНАЦИОННЫМИ
СОЕДИНЕНИЯМИ МЕТАЛЛОВ ПЛАТИНОВОЙ ГРУППЫ
Специальность 02.00.06 – высокомолекулярные соединения
АВТОРЕФЕРАТ
Диссертации на соискание ученой степени
кандидата физико-математических наук
Санкт - Петербург 2012
www.sp-department.ru
Работа выполнена на Кафедре молекулярной биофизики Физического факультета
Санкт-Петербургского государственного университета.
Научный руководитель:
доктор физ. – мат. наук, проф.
Касьяненко Нина Анатольевна
Официальные оппоненты:
доктор физ.- мат. наук, проф.
Цветков Николай Викторович
(кафедра физики полимеров, СПбГУ)
доктор физ. – мат. наук, с.н.с.
Нечипуренко Юрий Дмитриевич
(институт Молекулярной биологии им.
В.А. Энгельгардта РАН)
Ведущая организация:
Институт высокомолекулярных соединений РАН
Защита диссертации состоится 13 декабря 2012 г. В ___ часов на заседании совета
Д212.232.33 по защите докторских и кандидатских диссертаций при СанктПетербургском государственном университете по адресу: 198504, СПб, г.
Петродворец, ул. Ульяновская д. 1, конференц-зал.
С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Санкт-Петербургского
государственного университета.
Отзывы на автореферат в двух экземплярах, заверенных печатью, просим
направлять по вышеуказанному адресу ученому секретарю диссертационного
совета.
Автореферат разослан _______________ 2012 г.
Ученый секретарь диссертационного совета, профессор
2
www.sp-department.ru
А.В. Лезов.
ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ
Актуальность темы исследования. Создание новых противоопухолевых
препаратов является важной и актуальной задачей, так как все существующие в
настоящее время лекарственные средства, применяемые в химиотерапии опухолей,
обладают низкой избирательностью, высокой токсичностью и, соответственно,
оказывают неблагоприятное воздействие на организм. Несмотря на развитие
представлений о биохимии раковой клетки и выявление роли различных факторов
в канцерогенезе (например, белков-супрессоров опухоли, микро-РНК и др.),
традиционные лекарственные формы, направленные на блокирование деления
клетки через связывание с ядерной ДНК являются основой химиотерапии при
лечении практически всех форм злокачественных новообразований.
Среди
противоопухолевых
препаратов
на
основе
координационных
соединений металлов платиновой группы до настоящего времени наиболее
эффективным остается цисплатин (цис-дихлордиамминплатина (II), цис-ДДП), —
первое из испытанных в 70-е гг. соединений этого класса. Хотя цисплатин активно
применяется для лечения опухолей шеи, яичников и др., серьезные побочные
эффекты существенно затрудняют его клиническое использование. В связи с этим
направленный синтез альтернативных лекарственных препаратов, сохраняющих
высокую эффективность цисплатина в сочетании с выраженной селективностью по
отношению к опухолевым клеткам и меньшей токсичностью, является весьма
актуальной проблемой. Наряду с модификацией платиновых комплексов путем
введения
различных
лигандов
в
первую
координационную
сферу
комплексообразователя, синтезируются соединения и на основе других металлов.
Например, хорошую эффективность показывают различные соединения палладия.
Рутениевые комплексы привлекают внимание в связи с меньшей токсичностью по
сравнению с другими потенциальными противоопухолевыми агентами из числа
координационных
соединений
металлов.
Они
обладают
октаэдрической
структурой (а не плоской, как цис-ДДП) и воздействуют на ДНК иначе.
Известно, что молекула ДНК является основной мишенью для цисплатина и
других препаратов на основе платины (например, карбоплатина, оксалиплатина).
3
www.sp-department.ru
Изучение взаимодействия молекулы ДНК в растворе с координационными
соединениями металлов, представляющими интерес для противоопухолевой
терапии, позволяет понять молекулярный механизм действия новых препаратов и
может служить предварительным тестом на их возможную противоопухолевую
активность. Таким образом, изучение модельных систем — растворов ДНК с
потенциальными противоопухолевыми препаратами можно использовать для
первоначального отбора
активных лекарственных форм.
Сказанное
выше
определяет актуальность выполненных в работе исследований, направленных на
изучение
молекулярного
механизма
биологического
действия
новых
координационных соединений металлов.
Научно-практическая значимость работы. Изучаемые в данной работе
соединения представляют интерес в качестве потенциальных лекарственных
препаратов,
часть
которых
уже
прошла
предварительные
биологические
испытания. Полученные в работе данные могут способствовать направленному
изменению химической структуры известных соединений, синтезу новых и дать
информацию о дальнейшем
направлении синтеза
для
разработки новых
противоопухолевых препаратов этого класса.
Целью диссертационной работы являлось изучение комплексообразования
молекулы ДНК в растворе с рядом координационных соединений палладия и
рутения для выявления молекулярных моделей их взаимодействия.
В работе решаются следующие задачи:
1.
Изучается роль лигандов внешней координационной сферы палладия и их
влияние на процесс связывания соединений с молекулой ДНК в растворе.
2.
Анализируется влияние ионной силы раствора на характер взаимодействия
ДНК с изучаемыми координационными соединениями.
3.
Рассмотрено радиопротекторное действие одного из соединений палладия
(эфазола) на уровне модельных систем.
4.
Проводится
сравнение
конформационных
изменений
ДНК
при
взаимодействии с координационными соединениями платины и палладия,
имеющими сходное строение.
4
www.sp-department.ru
5.
Выполнено комплексное исследование комплексообразования ДНК с
координационными соединениями рутения, содержащими антибиотики в
координационной сфере, и их компонентами.
6.
Анализируются
конформационные
изменения
молекулы
ДНК,
индуцируемые связыванием различных координационных соединений,
методом прямого наблюдения - атомной силовой микроскопии.
Научная новизна работы. В работе исследуются новые координационные
соединения на основе рутения и палладия, синтезированные в Университете г.
Любляны (Словения) и Институте общей и неорганической химии имени Н.С.
Курнакова РАН соответственно. Впервые проводится всесторонний анализ
комплексообразования координационных соединений с ДНК в зависимости от
природы комплексообразующего иона и типа лигандов в координационной сфере
комплексных ионов палладия и рутения методами атомной силовой микроскопии,
вискозиметрии, кругового дихроизма. Проведено сравнение способов связывания
ДНК с соединениями палладия и платины аналогичного состава
Личный вклад автора заключается в непосредственном проведении
экспериментов, в обработке полученных данных, участии в обсуждении
результатов и подготовке публикаций по теме исследований.
Апробация работы. Результаты работы докладывались и обсуждались на
конференциях: 2nd International Conference on Biochemistry and Medical Chemistry
(BIOMEDCH '11), Cambridge, UK, 2011; 38th International conference on coordination
chemistry, Jerusalem, Israel, 2008; XIV Симпозиум по межмолекулярному
взаимодействию и конформациям молекул, 2008 г. Челябинск; 6th International
symposium Molecular Order and Mobility in Polymer Systems, S-Pb, 2008; IV СанктПетербургская конференция молодых ученых «Современные проблемы науки о
полимерах», СПб: ИВС РАН, 2008 г.
Структура и объем диссертации. Диссертация состоит из введения,
четырех глав, заключения и списка цитируемой литературы. Работа изложена на
216 страницах, содержит 106 рисунков, 1 таблицу. Список цитируемой литературы
состоит из 151 наименования.
5
www.sp-department.ru
СОДЕРЖАНИЕ ДИССЕРТАЦИИ
Во введении сформулированы цели и задачи исследования, обоснована
актуальность, научная новизна и практическая значимость работы.
Глава 1 содержит описание структуры ДНК и обзор литературы по теме
диссертации. Рассматриваются возможные модели связывания координационных
соединений с ДНК, анализируются экспериментальные данные, полученные при
исследовании их взаимодействия в растворе. В частности, рассмотрены данные о
взаимодействии
наиболее
эффективного
препарата
этого
класса
цис-
дихлордиамминплатинны (цис-ДДП) с молекулой ДНК и ее противопухолевые
свойства
в
сравнении
с
результатами
исследований
альтернативных
противоопухолевых препаратов на основе других металлов.
Главе 2 содержит краткое описание основ используемых в работе методов
исследования
(низкоградиентной
визкозиметрии,
динамического
двойного
лучепреломления, атомной силовой микроскопии (АСМ), УФ спектрофотометрии,
кругового дихроизма (КД), флуоресценции, гель-электрофореза) и характеристику
материалов.
Использовали
(молекулярная
масса
препараты
М=8∙106 Да
фирмы
”Sigma”:
определялась
тимусную
ДНК
вискозиметрически),
координационные соединения палладия (K2[PdCl4], [PdEnCl2], транс-[Pd(NH3)2Cl2]),
морфодон, эфазол), синтезированные в Институте общей и неорганической химии
им. Н. С. Курнакова РАН в группе д.х.н. Ефименко И.А., платины (цис-ДДП,
транс-ДДП), предоставленные к.х.н. Яковлевым (Санкт-Петербургская химикофармацевтическая академия) и рутения, синтезированные в группе профессора И.
Турела на Химическом факультете Университета г. Любляны, Словения (рис. 1).
Глава 3 посвящена исследованию взаимодействия ДНК с соединениями
палладия. Показано, что процесс акватации ацидокомплексов палладия —
K2[PdCl4], морфодона и эфазола протекает в зависимости от типа лиганда внешней
координационной сферы и ионной силы раствора. Например, 1-фенил-2-метиламинопропанол
обеспечивает
большую
стабильность
тетраацидокомпекса
палладия [PdCl4]2–, чем морфолин. К концу вторых суток после растворения (рис.
6
www.sp-department.ru
2) происходит почти полное замещение ионов хлора в координационной сфере
палладия с образованием его аква-гидроксо-форм в 0,005 M NaCl.
10
11
12
13
Рис. 1. Структура изучаемых в работе соединений палладия – морфодон и эфазол (1) с
соответствующими лигандами — морфолин (2), 1-фенил-2-метил-аминопропанол (3), PdEnCl2
(4), K2PdCl4 (5), транс-[Pd (NH3)2Cl2] (6), платины – транс-ДДП (7), цис-ДДП (8), PtEnCl2 (9),
рутения – [(η6-p-cymene)RuCl(O,O-oflo)] (Ru-oflo) (10) и его лиганды (11), [Ru(η6-cymene)Cl(O,Onalidixicato)] (Ru-Nal) (12) и его лиганд налидиксовая кислота (Nal-Na) (13)
Рис. 2. Временные изменения спектров поглощения морфодона и эфазола в 0,005 M NaCl
7
www.sp-department.ru
Спектральные свойства конечного продукта — палладированной ДНК не зависят
от состава используемых ацидокомплексов палладия (рис. 3), что указывает на
взаимодействие с ДНК продуктов их акватации, например, [Pd(H2O)4]2+.
Рис. 3. Зависимость амплитуды (а) и сдвига положительного максимума (б) спектров КД ДНК с
морфодоном (спектр слева на врезке, белые значки) и K2[PdBr4] (черные значки) от С препарата.
Такой же результат получен и другими методами: уменьшение специфической
вязкости раствора ДНК и ее оптической анизотропии, электрофоретическая
подвижность ДНК в комплексе с используемыми соединениями палладия
одинаковы (рис. 4), что подтверждает высказанное предположение. На АСМ
изображениях таких комплексов видны структуры типа «бусинок на нити»
(возможно, из-за появления внутримолекулярных сшивок в ДНК), а при больших
концентрациях соединений видны компактные структуры около 100 нм (рис.5).
Проведено изучение на молекулярном уровне радиопротекторных свойств эфазола,
отмеченных при проведении биологических испытаний. При гамма-облучении
растворов ДНК дозой 15 Крад происходила ее фрагментация из-за двойных
разрывов. Присутствие эфазола заметно уменьшало действие облучения (рис. 6).
а)
б)
в)
Рис. 4. Относительное изменение специфической вязкости растворов (а) и оптической
анизотропии ДНК (б) в зависимости от С препаратов; в)- электрофореграмма комплексов.
8
www.sp-department.ru
Рис. 5. АСМ
изображения (1х1 мкм)
линеаризованной (а) и
кольцевой (д) ДНК
pFL44 / EcoRI и ее
комплексов c
соединениями палладия:
С(K2[PdCl4]) = 6∙10–7 М
(б), С(эфазола) = 7,5∙10–
7
(в), и 0,5∙10–4 М(ж);
С(мофодона) = 6∙10–7 М
(г, e) и 0,25∙10–4 М (з),).
Для проверки роли входящего в состав эфазола эфедрина проводили контрольный
эксперимент (рис.6, г и д), который продемонстрировал его радиопротекторные
свойства. Показано, что эфедрин не связывается с ДНК в условиях эксперимента.
а)
б)
в)
г)
д)
Рис. 6. АСМ изображенимя (1х1мкм) ДНК до (а) и после (б-д) гамма облучения в аэробных
условиях при комнатной температуре без добавок (б), в присутствии эфезола, С= 7∙10–6 М) (в).
(в) и эфедрина, С=7∙10–6 М (г) и 7∙10–5 М (д). Использовали источник γ-излучения — 60Co, с
мощностью дозы 20 Гр/мин и энергиями квантов 1.332 Мэв (ПИЯФ им. Б. П. Константинова).
Дозиметрия осуществлялась с помощью ферросульфатного метода.
Анализ взаимодействия ДНК с платиновыми и палладиевыми соединениями
одинаковой структуры показал, что соединения в цис конформации воздействуют
на
макромолекулу одинаково,
отличным
от транс-изомеров образом,
но
концентрация палладиевых соединений при этом на порядок меньше (рис.7).
Отсюда следует, что модель взаимодействия с ДНК для палладиевых и платиновых
соединений одна – их координация по N7 гуанина (для транс- и цис-конформаций).
Объем клубка ДНК уменьшается при связывании, как это видно из данных
вискозиметрии (рис. 8) и АСМ изображений (рис. 9). При больших концентрациях
соединений происходит компактизация ДНК с образованием дискретных структур
размером около 100 нм, как это наблюдалось для эфазола и морфодона (рис. 5).
9
www.sp-department.ru
Рис.
7.
Сверху:
Зависимость
амплитуды
положительных
максимумов
спектров КД ДНК от
концентрации трансPd(NH3)2Cl2,
цисPdEnCl2, K2[PdCl4],
цис-ДДП и PtEnCl2 в
растворе
в
5 mМ NaCl. Снизу:
Зависимость E260(P)
от
концентрации
цис-PdEnCl2, трансPd(NH3)2Cl2,
цисДДП, транс-ДДП
Рис.
8.
Относительное
изменение
специфической вязкости ДНК в комплексе с
исследуемыми соединениями цис-ДДП, трансДДП, [PtEnCl2], [PdEnCl2], транс-[PdCl2(NH3)2]
Рис. 9. АСМ изображения ДНК в
комплексе с исследуемыми соединениями:
а) ДНК 7,5·10–5 %, б) ДНК+цис-ДДП
(2·10–4 М), в) ДНК+PdEnCl2 (1·10–6 M), г)
ДНК+K2PdCl4 (1.2·10–6 M), д) ДНК+транс[PdCl2(NH3)2] (2.5·10–6 M) e) ДНК+PdEnCl2
(1·10–5 M); 1х1 мкм.
10
www.sp-department.ru
В главе 4 рассмотрено взаимодействие ДНК с соединениями рутения,
содержащими антибиотики: офлоксацин (oflo) и налидиксовую кислоту (Nal), —
Ru-oflo и Ru-Nal соответственно. На рисунке 10 представлены результаты
сравнения разных способов разбавления комплексов. Так как для формирования
координационной связи в растворе ДНК необходимо время более 4 часов при
комнатной температуре и более 8 часов при температуре хранения образцов (4оС),
все измерения проводили на следующие сутки после приготовления систем.
Готовый комплекс Ru-ДНК в 0.005 M NaCl разбавляли раствором NaCl (отношение
С(Ru)/С(ДНК) сохранялось постоянным) или раствором с исходной С(Ru), которая
т.о. не менялась при концентрационных исследованиях. Для неравновесного
связывания (образования координационной связи) оба способа приводят к одному
результату (равновесие в системе не успевает измениться в процессе измерений),
для равновесного связывания экстраполяция к С(ДНК) = 0 приводит к разным
значениям измеряемых параметров (состояние системы меняется). Результат
вискозиметрических исследований для Ru-Nal и данные метода АСМ для Ru-oflo
показали, что оба соединения не формируют координационной связи при
взаимодействии с ДНК (реализуется равновесное связывание).
Рис. 10. Слева: Концентрационная зависимость приведенной вязкости растворов для ДНК в
комплексе с Ru-Nal при двух способах разбавления исходного комплекса: черные значкирастворитель - 0,005 М NaCl, белые — раствор Ru-Nal, C = 1,45∙10-4 М. Справа: АСМ
изображения (3х3 мкм) свободной ДНК (а), исходного комплекса ДНК Ru-oflo: (С(ДНК) =
0,00035%, С(Ru) = 2∙10 –4 М) (б); после разбавления раствором Ru-oflo с той же С(Ru), (С(ДНК) =
0,00007% (в) и разбавления 5 mМ NaCl (С(ДНК) = 0,00007% С(Ru-oflo) = 0,5∙10 –4 М) (в).
11
www.sp-department.ru
Лиганды рутениевых соединений oflo и Nal-Na в свободном состоянии также
взаимодействуют с ДНК, хотя и не вызывают заметных структурных изменений
макромолекулы (см., например, результаты вискозиметрических исследований и
АСМ изображения, приведенные на рис. 11). Ru-cym вызывает компактизацию
ДНК (в работе проанализирована компактизация ДНК, вызванная связыванием с
различными
соединениями).
При
взаимодействии
ДНК
с
рутениевыми
соединениями наблюдается индуцированный круговой дихроизм на полосе
поглощения Ru-cym (рис. 12), что позволяет провести оценку количества мест
связывания Ru-oflo и Ru-Nal на ДНК (см., например, результаты анализа ИКД с Ruoflo при взаимодействии с ДНК, рис.13).
Для
соединения
Ru-Nal
имеется
разрешенная
полоса
поглощения,
не
перекрывающаяся со спектром поглощения ДНК. В связи с этим было выполнено
спектрофотометрическое титрование (рис. 14). В первый день измерений,
проведенных
сразу
после
приготовления
растворов,
отчетливо
видна
изобестическая точка, свидетельствующая о существовании двух форм соединения
в системах — свободном и связанном с ДНК. Проведенный анализ позволил
оценить константу связывания, которая равна K = (7,2 ± 1,2)∙104 M–1 — результат
получен на основании трех титрований. Во второй день изобестическая точка
пропадает.
Можно
предположить,
что
с
течением
времени
происходит
формирование другого типа комплекса соединения с ДНК, связанного с
изменением координационной сферы рутения. При этом, однако, не образуется его
координационной связи с макромолекулой. Для второго дня измерений константу
связывания
из рассмотренных данных оценить невозможно. В первый день
реализуется равновесное связывание соединения с ДНК, а исчезновение
изобестической точки во втророй день свидетельствует о появлении иного типа
связывания. После комплексообразования Ru-oflo с ДНК позиция N7 гуанина
остается свободной (об этом свидетельствуют результаты протонирования ДНК в
комплексе). Вместе с тем, между Ru-oflo и цис-ДДП (которая образует
координационную связь по N7 гуанина) наблюдается конкуренция за место
12
www.sp-department.ru
связывания на макромолекуле,
Таким
образом,
используемые
чего не происходит в случае Ru-Nal (рис. 15).
в работе
соединения
рутения
по-разному
взаимодействуют с ДНК. Связывание зависит от лиганда, входящего в
координационную сферу рутения. Для Ru-oflo расположение соединения на ДНК
закрывает доступ иным препаратам к группе N7 гуанина, которая, однако, остается
свободной для протонов (рис.16). Ru-Nal не препятствует связыванию цис-ДДП с
N7 гуанина. Соединения взаимодействуют по фосфатным группам, а их лиганды
располагаются в большой (Ru-oflo) или малой (Ru-Nal) бороздках ДНК.
Рис. 11. Сверху:АСМ изображения ДНК в комплексе
с Ru-oflo (а), oflo (б), Ru-cym (в) (С = 5∙10 –5 М).
Размер изображений 1,5х1,5 мкм. Снизу:
относительное изменение специфической вязкости
растворов, содержащих комплексы ДНК с Ru-oflo,
oflo и Ru-cym в зависимости от концентрации
соединений. С(ДНК) = 0,008%.
Рис. 12. Сверху — КД спектры
растворов свободной ДНК и в комплексе
с Ru-oflo, oflo и Ru-cym. C(ДНК) =
0,0043%, C(Ru-oflo) = 2,1∙10 –5 M, C(Rucym) = 8∙10 –5 M, C(oflo) = 2,2∙10 –5 M.
Сннизу — спектры поглощения Ru-oflo,
oflo и Ru-cym.
13
www.sp-department.ru

8
6
6
4
4
2
2
0
0
-2
, нм
320
360
400
440

 315 нм
 357 нм
 400 нм
n = 0,34
-2
480
r
0,1
1
10
Рис. 13. Слева: ИКД растворов ДНК в комплексе с Ru-oflo при разных концентрациях ДНК. (Ruoflo) = 1,2∙10 –5 М. Справа: Значение ИКД на трех длинах волн в зависимости от r, где r —
отношение полной концентрации Ru-oflo в растворе к полной концентрации ДНК(bp).
Рис. 14. Результат спектрофотометрического титрования, проведенного в день приготовления
систем (а) и после суток хранения при 4оС (б). С[Ru-Nal] = 3∙10-5 M. (1) C(ДНК) = 0%; (2) С(ДНК)
= 0,0004 %; (3) С(ДНК) = 0,0009 %; (4) С(ДНК) = 0,0016 %; (5) С(ДНК) = 0,003 %; (6) С(ДНК) =
0,006 %; (7) С(ДНК) = 0,008 %; (8) С(ДНК) = 0,01 %; (9) С(ДНК) = 0,013 %; (10) С(ДНК) = 0,016
%; (11) С(ДНК) = 0,0208 %; (12) раствор ДНК без комплекса рутения С(ДНК) = 0,0208 %.
Рис. 15. КД спектр свободной ДНК (1), ДНК + цис-ДДП (2), ДНК
+ Ru (3), (ДНК + цис-ДДП)+ Ru (4) и (ДНК + Ru)+цис-ДДП (5) в
0,005 M NaCl. C(ДНК) = 1,5∙10 –5 M (bp)/7,5∙10 –5 M (bp), C(цисДДП) = 5∙10 –5 M, C(Ru-oflo) = 2,4∙10 –5 M, C(Ru-Nal) = 5∙10 –5 M.
14
www.sp-department.ru
Рис. 16. Модель
связывания Ru-oflo с
ДНК (выполнена
Рамазановым Р.)
Заключение содержит ВЫВОДЫ:
1.Показано, что процесс акватации изучаемых соединений зависит от ионной силы
раствора и типа лиганда внешней координационной сферы (в частности, 1фенил-2-метил-аминопропанол
обеспечивает
большую
стабильность
тетраацидокомпекса палладия, чем морфолин).
2.Главную роль при взаимодействии тетра-ацидо-комплексов палладия с ДНК
играет комплексный ион в акватированной форме, лиганды из внешней
координационной сферы палладия не принимают участия во взаимодействии с
ДНК. Взаимодействие с ДНК (связывание с группой N7 гуанина) стабилизирует
состояние координационной сферы комплексных ионов.
3.Комплексный
ион
типа
[Pd(H2O)4]2+
провоцирует
формирование
внутримолекулярных сшивок ДНК, сопровождающее появлением структур типа
«бусинок на нити». Большие концентрации ацидокомплексов палладия
провоцируют образование компактных структур размерами порядка 100 нм.
4.Эфазол
и
его
лиганд
1-фенил-2-метил-аминопропанол
проявляют
радиопротекторные свойства.
5.Показано, что вне зависимости от комплексного иона соединения в цис
конформации воздействуют на ДНК сходно и отличным от соответствующих
транс-изомеров образом, однако концентрации платиновых и палладиевых
соединений при этом отличаются на порядок
6.Показано, что Ru-oflo связывается с фосфатными группами ДНК, офлоксацин в
его составе располагается в большой бороздке макромолекулы. Связывание
сопровождается «поджиманием» молекулярного клубка в растворе.
7.Несмотря на то, что позиция N7 гуанина остается свободной после
комплексообразования Ru-oflo с ДНК, наблюдается конкуренция за место
связывания на макромолекуле между Ru-oflo и цис-ДДП, чего не происходит в
случае Ru-Nal Координационной связи ни Ru-oflo, ни Ru-Nal с ДНК не образуют.
8.Лиганды рутениевых соединений — офлоксацин и соль налидиксовой кислоты
связываются с ДНК, практически не вызывая структурных изменений
макромолекулы;
Ru-cym вызывает сильную компактизацию ДНК в
значительной степени за счет электростатического взаимодействия
9.Предложены модели взаимодействия изучаемых соединений с ДНК.
Основные результаты диссертации опубликованы в работах:
1. Y. Zakrevskyy, A. Kopyshev, N. Lomadze, E. Morozova, L. Lysyakova, N. Kasyanenko, S.
Santer DNA compaction by azobenzene-containing surfactant // Physical Review E Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, 2011. — Vol. 84, — № Issue 2. — P.
021909-1 - 021909-9
2. Kasyanenko N.A., Morozova E.V., Efimenko I.A.; Study of DNA interaction with 1-phenyl15
www.sp-department.ru
2-methyl-aminopropanol containing Palladium compound which reveal radiomodifying and
immunostimulatory activity. // Book “Recent Researches in Modern Medicine”, 2011, pp. 3742.
3. Turel I., Kljun J., Perdih F., Morozova E., Bakulev V., Kasyanenko N., Byl Jo Ann W.,
Osheroff N. First Ruthenium Organometallic Complex of Antibacterial Agent Ofloxacin.
Crystal Structure and Interactions with DNA // Inorganic Chemistry, 2010. — Vol. 49, — №
23. — P. 10750-10752
4. Касьяненко Н.А., Левыкина Е.В., Ерофеева О.С.*, Иванова Н.А.*, Ефименко И.А.*
Изучение влияния ацидокомплексов палладия [Ln]m[PdX4] на конформацию ДНК in
vitro // Журнал структурной химии, 2009, т. 50, №5, с. 1034 – 1044.
5. Е.В. Левыкина, Н.А. Касьяненко, И.А. Ефименко. Взаимодействие ДНК с
тетраацидокомплексом палладия с протонированными гетероциклическими лигандами
// XXIV Международная Чугаевская конференция по координационной химии, 15-19
июня 2009 г., с. 586.
6. N.A. Kasyanenko, E.V. Levykina, I.A. Efimenko*. Complexes of Palladium (II) compounds
with DNA in solution // Book of abstracts of 38th International conference on coordination
chemistry, Jerusalem, Israel, July 20 – 25, 2008, p 242.
7. Н.А. Касьяненко, Е.В. Левыкина, И.А. Ефименко*. Комплексы ДНК с
координационными соединениями палладия (II), содержащими протонированные
амины // Материалы XIV Симпозиума по межмолекулярному взаимодействию и
конформациям молекул, 15 – 21 июня 2008 г. Челябинск.
8. E.V. Levykina, I.A. Efimenko*, N.A. Kasyanenko. DNA complexes with coordination
compounds of Pd(II) and Pt(II) // Book of abstracts of 6th International symposium Molecular
Order and Mobility in Polymer Systems, S-Pb, June 2-6, 2008.
9. Левыкина Е. В. Комплексы ДНК с координационными соединениями палладия(II) и
платины(II) // Материалы IV Санкт-Петербургской конференции молодых ученых
«Современные проблемы науки о полимерах», СПб: ИВС РАН, 15 – 17 апреля 2008 г.
2-O-13-LevykinaEV.pdf
10. Левыкина Е. В.
Сравнительный
анализ
комплексообразования
ДНК
с
координационными соединениями палладия и платины в растворе. // Материалы XV
международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов»,
М: МГУ, 8 – 11 апреля 2008 г. – секция биологии, подсекция Биофизика и
биоинженерия, с. 13
11.Левыкина Е. В. Изучение комплексов ДНК с координационными соединениями
палладия (II) // Сборник трудов «Физика и прогресс», СПб: СПбГУ, 14 – 16 ноября
2007 г., с. 295 – 300.
Подписано в печать «07» ноября 2012 г. Формат 60х84/16
Бумага офсетная. Печать офсетная.
Тираж 100 экз. Заказ № …
Копировальный центр «Василеостровский»
199000, Санкт-Петербург, 6-я линия В.О., д. 29
16
www.sp-department.ru