Описание - Евроген

FFPE ExtractDNA
FFPE ExtractDNA Plus
Наборы для быстрого выделения ДНК со стеклопрепаратов и
из срезов с парафиновых блоков с фиксированной формалином тканью (FFPE)
ЭкстрактДНК и ЭкстрактДНК Плюс.
Набор FFPE ExtractDNA Plus предназначен для быстрого выделения ДНК со стеклопрепаратов и из гистологических срезов, после которого следует очистка и концентрирование ДНК на колонках. Очищенные препараты ДНК не содержит белков, нуклеаз,
ингибиторов ПЦР и прочих примесей и могут использоваться для любых приложений.
Набор FFPE ExtractDNA предназначен для быстрого одноэтапного выделения ДНК со
стеклопрепаратов и из гистологических срезов без стадии дополнительной очистки
ДНК на колонках. Можно использовать для выделения ДНК мягких тканей и жидкостей
(из буккального эпителия, из слюны). Выделенная ДНК пригодна к использованию для
ПЦР и ПЦР-РВ.
Наборы предназначены только для научно-исследовательских целей.
Состав наборов
Продукт
Кат.#
Состав
Кол-во
FFPE
ExtractDNA
BM001
Раствор FFPE ExtractDNA – 10.8 мл (9 x 1.2 мл)
на 50
образцов
FFPE
ExtractDNA
Plus
BM002
Упаковка №1
Раствор FFPE ExtractDNA – 10.8 мл (9 x 1.2 мл);
Упаковка №2
Модуль для очистки ДНК на колонках:
на 50
образцов
Спин-колонки – 50 шт; собирательные пробирки –
50 шт; связывающий раствор – 50 мл;
промывочный раствор (концентрат) – 6 мл; элюирующий
раствор – 1 мл x 5 шт.
Хранение и транспортировка
раствор FFPE ExtractDNA:
–20°C ;
остальные компоненты набора: комнатная температура.
I Следует минимизировать количество циклов замораживания/размораживания раствора FFPE ExtractDNA.
Размороженный раствор может храниться при температуре +4℃ в течение 1 месяца.
Срок хранения: при соблюдении условий хранения и транспортировки – 1 год с даты производства.
www.evrogen.ru
1
Наборы могут комплектоваться расходными материалами, не входящими в основной
состав наборов:
FFPE ExtractDNA
кат. # BM001
+
Лезвия одноразовые хирургические #13
(далее – Лезвия 50 шт.)
=
Сет
кат. # BMS03
FFPE ExtractDNA
кат. # BM001
+
Лезвия 50 шт. и комплект микроцентрифужных
пробирок (на 1.5 мл 50 шт., на 0.5 мл 50 шт.)
=
Сет
кат. # BMS04
FFPE ExtractDNA Plus
кат. # BM002
+
Лезвия 50 шт.
=
Сет
кат. # BMS05
FFPE ExtractDNA Plus
кат. # BM002
+
Лезвия 50 шт. и комплект микроцентрифужных
пробирок (на 1.5 мл 50x2 шт., на 0.5 мл 50 шт.)
=
Сет
кат. # BMS06
Характеристики наборов
Сравнительные
характеристики
BM001
BM002
Принцип очистки
В один этап:
депарафинизация методом
разделения фаз, протеазная
обработка ткани, экстракция
ДНК в водный раствор;
Первый этап:
депарафинизация методом
разделения фаз, протеазная
обработка ткани, экстракция
ДНК в водный раствор;
Второй этап:
очистка и концентрирование
ДНК на колонках, элюция
ДНК в TE-буфер
Использование ДНК после ПЦР, ПЦР-РВ
очистки
ПЦР, ПЦР-РВ, любые
ферментативные реакции,
пробоподготовка к NGS
Уровень ингибирования
ПЦР
Вариабельный (зависит
от качества проводки и
фиксации ткани)
Ингибиторы отсутствуют
Ожидаемый выход ДНК
длиной 100 п.о. и выше*:
До 2000 нг
(в среднем 800 нг)
До 500 нг
(в среднем 250 нг)
Объем элюата
Около 160 мкл
От 10 до 50 мкл
Средняя концентрация
Около 5 нг/мкл
Около 25 нг/мкл
Время работы
2 часа 15 минут
(ручной труд – 10 минут)
2 часа 30 минут
(ручной труд – 25 минут)
* Для FFPE-препаратов с одного среза толщиной 6 мкм и площадью 1 см2 .
2
Принцип действия набора
Быстрая обработка гистологических срезов не предполагает отдельного этапа депарафинизации с использованием органических растворителей (ксилол и т.д.). Раствор
FFPE ExtractDNA обеспечивает условия, в которых при повышенной температуре быстро и эффективно проходит лизис зафиксированного среза, плавление парафина, удаление формальдегидных сшивок, обработка протеиназой К. Центрифугирование проводится для осаждения дебриса и отделения водной фазы, содержащей экстрагированную ДНК. Процедура позволяет одновременно обрабатывать несколько образцов.
После первого этапа очистки раствором FFPE ExtractDNA (кат. # BM001) образцы в
большинстве случаев пригодны для ПЦР-анализа.
Дополнительная очистка препаратов на колонках, включенная в набор кат. # BM002,
позволяет полностью удалить примеси ингибиторов ПЦР и одновременного сконцентрировать образцы ДНК. Этап очистки занимает 10-15 минут. Очищенная ДНК элюируется буфером ТЕ, в котором образцы могут длительно хранится. Раствор очищенной
ДНК не содержит белков, нуклеаз, ингибиторов ПЦР и прочих примесей.
Параметры выделяемой ДНК
Количество ДНК, выделяемое с одного среза зависит от плотности клеток в образце
ткани, а также от протокола фиксации, проводки и заливки образцов (см. таблицу Характеристики наборов).
ДНК, выделенная из парафиновых блоков, обычно более фрагментирована, чем выделенная из свежих образцов тканей. Степень фрагментации зависит от условий фиксации и давности хранения образца. Даже при относительно высокой концентрации
сильно фрагментированная и химически модифицированная ДНК может не амплифицироваться в ПЦР.
Для определения концентрации и качества ДНК, пригодной для проведения аналитической ПЦР рекомендуется воспользоваться наборами QuantumDNA (КвантумДНК;
кат. ## AS101, AS102, AS103, Евроген).
Последовательность этапов работы описана в инструкции "Протокол
работы для наборов FFPE ExtractDNA и FFPE ExtractDNA Plus"
www.evrogen.ru
3
Продукты и услуги компании Евроген
P – продукты
S – услуги
Молекулярная биология
Выделение и очистка нуклеиновых кислот, маркеры длин ДНК P
ПЦР, синтез кДНК и RACE P S
Клонирование ДНК P S
Нормализация кДНК P S
Учебные наборы P
Синтез олигонуклеотидов и секвенирование S
Секвенирование следующего поколения (NGS) S
Синтез генов и направленный мутагенез S
Приготовление библиотек кДНК S
Сложные сервисы S
Клеточная биология
Флуоресцентные белки P
Генетически-кодируемые сенсоры и фотосенсибилизаторы P
Антитела против флуоресцентных белков P
Временная трансфекция и создание
стабильно трансфецированных клеточных линий S
Конструирование лентивирусных частиц S
Лентивирусные конструкции для РНК-интерференции S
Молекулярная медицина
Наборы для детекции мутаций в протоонкогенах P
Услуги в области молекулярной онкологии S
Услуги в области молекулярной генетики наследственных заболеваний S
Подробную информацию о наших продуктах и сервисах можно получить на сайте
www.evrogen.ru
Техническая поддержка: [email protected]
Разработано ООО НОМОТЕК
Изготовлено ЗАО Евроген Ру
Москва 117997
ул. Миклухо-Маклая 16/10, корпус 70
(Технопарк ИБХ)
Тел.: +7 (495) 988-4083
Факс: +7 (495) 988-4085
www.evrogen.ru
[email protected]