сведения о соискателе стипендии

СВЕДЕНИЯ О СОИСКАТЕЛЕ СТИПЕНДИИ
1. Фамилия, имя, отчество: Смирнов Иван Витальевич
2. Дата рождения: 18.07.1982
3. ИНН: 381708139138
4. Номер страхового свидетельства обязательного пенсионного страхования: 068-219-172-75
5. Домашний адрес: 121248, Москва, Кутузовский проспект, д.2/1, кв.222
6. Контактный телефон: +79267397865
7. Аспирант или молодой ученый: Молодой учёный
8. Место работы (учебы): Федеральное государственное бюджетное учреждение науки институт
биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской
академии наук (ИНН:7728045419)
9. Должность: Старший научный сотрудник
10. Рабочий телефон: +74957273860
11. Адрес электронной почты: [email protected]
12. Код специальности, по которой получено высшее образование: 020101
13. Сведения об ученой степени:
13.1. Ученая степень: кандидат химических наук
13.2. Год присуждения ученой степени: 2008
13.3. Номер диплома ВАК: ДКН065146
13.4. Специальность: 02.00.10
13.5. Тема диссертации: СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНОЕ
ИССЛЕДОВАНИЕ
ИСКУССТВЕННОГО
БИОКАТАЛИЗАТОРА,
ПОЛУЧЕННОГО
НА
ОСНОВЕ
АНТИИДИОТИПИЧЕСКОГО АНТИТЕЛА
14. Ученое звание: старший научный сотрудник
15. Опыт выполнения работ участника конкурса и достигнутые результаты по выбранному
направлению научного исследования, подтвержденные данными за последние 3 года:
№
п/п
1
2
3
4
©
Наименование работы по
тематике конкурса
Каталитические антитела
при аутоиммунных
заболеваниях:
характеристика,
терапевтический потенциал,
селекция пептидных
ингибиторов и
терапевтических
пептидомиметиков
Искусственные ферменты
Высокоэффективная
экспрессия рекомбинатных
антител - потенциальных
терапевтических препаратов
в дрожжах Pichia pastoris
Комбинаторные библиотеки
антител как мощный
инструмент в поиске
"молекулярных автографов"
вирусных антигенов в
аутоиммунных репертуарах
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
Роль в проекте
Стоимость (млн.
руб.)
Участник
Сроки
выполнения
работы
2007 - 2010
0.5
гранты
Участник
Участник
2010 - 2012
2011 - 2012
0.9
3
гранты
гранты
Участник
2012 - 2014
0.65
гранты
СП-2477.2013.4
Источник
финансирования
1
5
6
Взаимосвязь структуры и
Участник
функции для искусственных
ферментов
Проведение поисковых
Участник
научно - исследовательских
работ по направлению «
Физико - химическая
молекулярная и клеточная
биология», по проблеме «
Иммунопротеасома как
мишень для направленного
действия низкомолекулярных
ингибиторов для разработки
новой стратегии лечения
аутоиммунных патологий»
2012 - 2013
0.5
гранты
2009 - 2011
2.5
гранты
16. Общественное признание (премии, медали, дипломы и т.п.) за последние три года:
№
Вид награды
п/п
1
Победитель программы «Участник
молодежного научно инновационного конкурса» («
УМНИК»)
Уровень награды
Год
Государственные
2010
Наименование организации,
выдавшей награду
Фонд содействия развитию малых
форм предприятий в научно технической сфере
17. Профессиональная репутация и квалификация научного руководителя (руководителя
лаборатории):
17.1. Фамилия Имя Отчество: Габибов Александр Габибович
17.2. Дата рождения: 31.08.1955
17.3. Место работы: Учреждение Российской академии наук Институт биоорганической
химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН (ИБХ)
17.4. Должность: Заведующий лабораторией
17.5. Ученая степень: доктор химических наук
17.6. Ученое звание: член-корреспондент РАН
Соискатель стипендии _______________________ / Смирнов И. В. /
Научный руководитель
(Руководитель лаборатории) _______________________ / Габибов А. Г. /
©
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
СП-2477.2013.4
2
СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ СОИСКАТЕЛЯ СТИПЕНДИИ
1. Научные публикации соискателя стипендии за предыдущие пять лет (количество): 15
1.1. Перечень наиболее значимых публикаций:
№
п/п
1
2
3
©
Авторы
Belogurov A Jr,
Smirnov I,
Ponomarenko N,
Gabibov A.
Название публикации
Вид
публикации
Antibody–antigen pair Статья
probed by combinatorial
approach and rational
design: Bringing
together structural
insights, directed
evolution, and novel
functionality
Belogurov AA Jr,
Liposome - encapsulated Статья
Stepanov AV,
peptides protect against
Smirnov IV,
experimental allergic
Melamed D, Bacon encephalitis.
A, Mamedov AE,
Boitsov VM,
Sashchenko LP,
Ponomarenko NA,
Sharanova SN,
Boyko AN, Dubina
MV, Friboulet A,
Genkin DD,
Gabibov AG.
Smirnov I,
Strategies for the
Статья
Belogurov A Jr,
selection of catalytic
Friboulet A,
antibodies against
Masson P, Gabibov organophosphorus nerve
A, Renard PY.
agents.
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
Название издания Том, страницы
FEBS Letters
Volume 586,
Issue 18, pp.
2966 - 2973
ISSN
журнала
Импакт Название
фактор
организации,
журнала
представившей
по Web of
статью для
Science
публикации
0014 - 5793
0
ИБХ РАН
Год
издания
2012
The FASEB
Journal
0892 - 6638
0
ИБХ РАН
2012
Chemico biological
interactions
0009 - 2797
0
ИБХ РАН
2012
СП-2477.2013.4
Эл.ссылка на
публикацию в
Web of Science
3
4
5
Smirnov I, Carletti
E, Kurkova I,
Nachon F, Nicolet
Y, Mitkevich VA,
Debat H, Avalle B,
Belogurov AA Jr,
Kuznetsov N,
Reshetnyak A,
Masson P,
Tonevitsky AG,
Ponomarenko N,
Makarov AA,
Friboulet A,
Tramontano A,
Gabibov A.
Gabibov AG,
Belogurov AA Jr,
Lomakin YA,
Zakharova MY,
Avakyan ME,
Dubrovskaya VV,
Smirnov IV, Ivanov
AS, Molnar AA,
Gurtsevitch VE,
Diduk SV,
Smirnova KV,
Avalle B,
Sharanova SN,
Tramontano A,
Friboulet A, Boyko
AN, Ponomarenko
NA, Tikunova NV.
©
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
Reactibodies generated
by kinetic selection
couple chemical
reactivity with favorable
protein dynamics.
Proceedings of the
National Academy
of Sciences of the
United States of
America
0027 - 8424
9.681
ИБХ РАН
2011
Combinatorial antibody Статья
library from multiple
sclerosis patients reveals
antibodies that cross react with myelin basic
protein and EBV
antigen.
The FASEB journal Volume 25, No. 0892 - 6638
12, pp. 4211 4221
5.712
ИБХ РАН
2011
СП-2477.2013.4
Volume 108,
No. 38, pp.
15954 - 15959
4
6
7
8
9
10
©
Stepanov AV,
Belogurov AA Jr,
Ponomarenko NA,
Stremovskiy OA,
Kozlov LV,
Bichucher AM,
Dmitriev SE,
Smirnov IV,
Shamborant OG,
Balabashin DS,
Sashchenko LP,
Tonevitsky AG,
Friboulet A,
Gabibov AG,
Deyev SM.
Durova OM,
Vorobiev II,
Smirnov IV,
Reshetnyak AV,
Telegin GB,
Shamborant OG,
Orlova NA, Genkin
DD, Bacon A,
Ponomarenko NA,
Friboulet A,
Gabibov AG.
Smirnov I.,
Belogurov A.,
Gabibov A.
И.Н. Куркова, И.
В. Смирнов, А.А.
Белогуров, Н.А.
Пономаренко, А.Г.
Габибов.
Design of targeted B cell Статья
killing agents.
PloS one
Strategies for induction Статья
of catalytic antibodies
toward HIV - 1
glycoprotein gp120 in
autoimmune prone mice.
Molecular
immunology
Enzyme Catalysis in
Organic Synthesis.
Wiley - VCH
Монография
Создание
Статья
каталитических
антител,
метаболизирующих
фосфорорганические
молекулы.
Kuznetsov NA,
Pre - steady - state
Статья
Kozyr AV, Dronina kinetics of interaction of
MA, Smirnov IV,
wild - type and multiple
Kaliberda EN,
drug - resistant HIV
Mikhailova AG,
protease with first and
Rumsh LD,
second generation
Fedorova OS,
inhibitory drugs.
Gabibov AG,
Kolesnikov AV.
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
1932 - 6203
4.092
ИБХ РАН
2011
Volume 47,
0161 - 5890
Issue 1, pp. 87 95
3.202
ИБХ РАН
2009
0
ИБХ РАН
2012
Биохимия
Т. 77, №10,
стр. 1139 1146.
0006 - 2979
0
ИБХ РАН
2012
Doklady.
Biochemistry and
biophysics
Volume 440,
Issue 1, pp
239 - 243
1607 - 6729
0.326
ИБХ РАН
2011
СП-2477.2013.4
5
11
12
13
©
Smirnov IV,
Carletti E, Kurkova
IN, Mitkevich V,
Belogurov AA Jr.,
Kuznetsov N,
Reshetnyak A,
Masson P,
Ponomarenko N,
Friboulet A,
Tramontano A,
Gabibov AG.
Ivan Smirnov,
Eugnie Carletti,
Inna Kurkova,
Florian Nachon,
Yvain Nicolet,
Vladimir
Mitkevich,
Hélè
ne Débat,
Bérang&#2
32;re Avalle,
Alexey Belogurov
Jr., Nikita
Kuznetsov, Andrey
Reshetnyak, Patrick
Masson, Alexander
Tonevitsky,
Smirnov IV,
Kurkova IN,
Carletti E, Masson
P, Belogurov AA Jr,
Ponomarenko NA,
Tramontano A,
Friboulet A,
Gabibov AG.
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
Antibody - encoded
Тезисы
primitive active site
доклада
mediates the conversion
of organophosphorus
compounds via covalent
catalysis.
37th FEBS
Congress.
0
ИБХ РАН
2012
Chemically selected
Тезисы
Immunoglobulin доклада
variable domain with
enzyme - like active site
poised for covalent
catalysis.
36th FEBS
Congress.
3.538
ИБХ РАН
2011
Promiscuity of binding/ Тезисы
catalysis of antibodies – доклада
antidotes toward
chemical weapons.
35th FEBS
Congress.
3.129
ИБХ РАН
2010
СП-2477.2013.4
6
14
15
Zakharov, A. V.;
Smirnov, I. V.;
Serebryakova, M.
V.; Dronina, M. A.;
Kaznacheeva, A.
V.; Kurkova, I. N.;
Belogurov, A. A.;
Friboulet, A.;
Ponomarenko, N.
A.; Gabibov, A. G.;
Bobik, T. V.
Kurkova, I. N.;
Reshetnyak, A. V.;
Durova, O. M.;
Knorre, V. D.;
Tramontano, A.;
Friboulet, A.;
Ponomarenko, N.
A.; Gabibov, A. G.;
Smirnov, I. V.
Expression of catalytic Статья
antibodies in eukaryotic
systems
MOLECULAR
BIOLOGY
Volume 45, No. 0026 - 8984
1, pp.74 - 81
0.658
ИБХ РАН
2011
Antibodies - antidotes
against
organophosphorus
compounds
DOKLADY
BIOCHEMISTRY
AND
BIOPHYSICS
Volume 425,
No. 1, pp.94 97
0.265
ИБХ РАН
2009
Статья
1607 - 6729
1.2. Результаты интеллектуальной деятельности участника конкурса:
Общее количество: 3
№
п/п
1
2
©
Наименование объекта интеллектуальной
собственности
Вид объекта
Патент Российской Федерации № 2392282 «СПОСОБ Изобретение
ОЧИСТКИ РЕКОМБИНАНТНОГО ИНТЕРФЕРОНА
- 1b»
Патент Российской Федерации № 2426787 «
Изобретение
РЕКОМБИНАНТНАЯ ПЛАЗМИДНАЯ ДНК
pET32M/mTrx - rhIL - 11, КОДИРУЮЩАЯ
ИНТЕРЛЕЙКИН - 11 ЧЕЛОВЕКА, СПОСОБ ЕЕ
ПОЛУЧЕНИЯ И ШТАММ Escherichia coli BL21
(DE3)/pET32M/mTrx - rhIL - 11 - ПРОДУЦЕНТ
РЕКОМБИНАНТНОГО ИНТЕРЛЕЙКИНА - 11»
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
СП-2477.2013.4
Дата
приоритета
Территория (страна)
06.10.2008
Российская Федерация
Охранный документ
(патент, свидетельство о
регистрации)
2392282 от 06.10.2008
18.06.2009
Российская Федерация
2426787 от 27.12.2010
Поставлен на
бухгалтерский
учет
7
3
Патент Российской Федерации № 2429008 «СПОСОБ Изобретение
ОЧИСТКИ РЕКОМБИНАНТНОГО ФАКТОРА VIIа
ЧЕЛОВЕКА»
22.09.2010
Российская Федерация
2429008 от 22.09.2010
Соискатель стипендии _______________________ / Смирнов И. В. /
Научный руководитель
(Руководитель лаборатории) _______________________ / Габибов А. Г. /
©
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
СП-2477.2013.4
8
УТВЕРЖДЕНА
Протокол заседания ученого
(научного, научно-технического)
совета организации
№ __ от "__" _________ 20__ г.
Программа научных исследований и разработок
получателя стипендии Президента Российской Федерации
1. Направление модернизации: Медицинские технологии, прежде всего диагностическое
оборудование, а также лекарственные средства
2. Тема научного исследования: Создание
новых
биокатализаторов
для нейтрализации
токсичных веществ и патогенов методами рационального дизайна и высокопроизводительной
селекции природных и синтетических комбинаторных библиотек антител и активных центров
ферментов.
3. Характер научного исследования: Фундаментальный
4. Ключевые слова и словосочетания, характеризующие тематику научного исследования:
биокатализ, клеточный дисплей, каталитические антитела, фосфорорганические токсины,
нейтрализующие антитела, ВИЧ-1, биологические антидоты
5. Коды ГРНТИ, охватываемые научным исследованием:
31.27.17 - Биологическая химия. Энзимология
34.15.27 - Молекулярная биология. Генетическая инженерия
34.43.33 - Иммунология. Антитела
6. Сроки реализации проекта: 2013 - 2015
7. Формулировка решаемой проблемы: Методы комбинаторной химии и биологии позволили
осуществить прорыв в современном дизайне лекарственных соединений и поиске биомишеней.
Комбинаторный скрининг библиотек биомолекул нашел широкое применение в современной
науке. Продукты, полученные с использованием методов дисплея библиотек нуклеиновых кислот
(аптамеры к маркерам рака и VEGF (MucagenTM)) и фагового дисплея (антитело к TNF) являются
перспективными медицинскими продуктами. Современные методы клеточного дисплея
используют линии как прокариотических, так и эукариотических клеток. Тем не менее,
необходимо подчеркнуть, что современные требования к созданию широких репертуаров
биомолекул не могут быть удовлетворены лишь библиотеками на основе прокариотических
систем, что связано с (i) проблемами правильного фолдинга сложных эукариотических белков, (ii)
отсутствием гликозилирования, что часто сопряжено с потерей функциональной активности
(бутирилхолинэстераза, ДНКаза) биокатализатора. В последние годы появилось множество
примеров удачной экспрессии антител, ферментов и других биоактивных молекул в дрожжевых
системах, это говорит об актуальности данного метода. Создание библиотек биомолекул на
поверхности дрожжевых клеток описаны и успешно применяются в научных исследованиях
(Rajpal et. al, 2005), однако комбинаторный скрининг биокатализаторов при помощи методов
дрожжевого клеточного дисплея не реализован ни в одной лаборатории мира, что свидетельствует
об уникальности предлагаемого исследования. Мы предлагаем существенно изменить системы
комбинаторного скрининга и перейти к “двумерному скринингу”, а именно скрининг
комбинаторной библиотеки антител или активного центра ферментов против библиотеки
низкомолекулярных физиологически активных соединений.
8. Цели научного исследования: Создание метода получения новых биокатализаторов на основе
©
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
СП-2477.2013.4
9
антител или ферментов методами клеточного дисплея.
9. Задачи научного исследования: Создать систему экспрессии каталитических антител и
ферментов на поверхности дрожжевой клетки. Создать библиотеки каталитических антител на
поверхности дрожжевых клеток.
Провести всесторонний анализ структуры гидролитических ферментов, определить регионы
потенциальные цели для создания комбинаторных библиотек.
Отработка метода отбора библиотек представленных на поверхности клетки с использование
высокопроизводительной системы FACS
10. Методы решения задач научного исследования: Основными методами решения задачи
являются традиционные методы генной инженерии с внедрением современных методов создания
комбинаторных библиотек. В работе будут использоваться методы клеточного дисплея и
высокопроизводительного
скрининга
FACS.
Также
будут
задействованы
методы
физико-химического анализа биомолекул включая методы анализа кристаллических структур
антител и ферментов в сочетании современных расчетных методов квантового расчета и
молекулярной динамики биологических систем.
11. Основное содержание научного исследования: Общая
стратегия
реализации
проекта
базируется на сочетании современных методов генетической инженерии, молекулярной биологии,
энзимологии и физико-химических методов анализа биологических объектов. В качестве объектов
исследования мы планируем создать библиотеки Fab-фрагментов антител на основе
каталитического анти-фосфорорганического антитела A17 (Smirnov et al., PNAS, 2011),
каталитических антител к поверхностному гликопротеину ВИЧ-1 gp120 (Durova et al., Mol
Immunol, 2009) и библиотеки активного центра бутирилхолинэстеразы. Таким образом, мы
предлагаем создать систему дисплея биокатализаторов на поверхности дрожжей Pichia Pastoris и
разработать высокопроизводительный метод скрининга таких библиотек методом проточной
цитофлуориметрии-сортинга (FACS).
12. Приоритетное направление развития науки, технологий и техники Российской
Федерации, развитию которых способствуют результаты научного исследования: Науки
о
жизни
13. Критические технологии Российской Федерации, в которых возможно использование
результатов научного исследования: Биокаталитические, биосинтетические и биосенсорные
технологии
14. Планируемые показатели:
№
п/п
1
2
3
4
5
6
7
8
©
Планируемые результаты работ
Монографии
Учебники и учебные пособия
Статьи
Тезисы докладов
Количество публикаций в ведущих мировых научных изданиях, имеющих
высокий индекс цитирования (индексируемых в базе данных Web of
Science)
Количество публикаций в российских отраслевых научных изданиях,
входящих в перечень ведущих рецензируемых научных журналов и
изданий (ВАК)
Участие в зарубежных конференциях и семинарах
Участие в отечественных конференциях и семинарах
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
СП-2477.2013.4
2013
1
0
1
2
1
Год
2014
0
0
1
2
1
2015
0
0
1
2
1
1
1
1
3
3
3
3
3
3
10
15. Календарный план работ:
№
этапа
1
Содержание НИР
Сроки проведения
2
Разработка метода скрининга дрожжевых январь 2014 клеток с использованием проточной
декабрь 2014
цитофлуориметрии. Отработка и
валидация метода в эмульсионной
системе вода/масло/вода. Создание
библиотек биокатализаторов.
3
Скрининг библиотек биокатализаторов
январь 2015 против набора флуоресцентных
декабрь 2015
субстратов, разработанным ранее
методом проточной цитофлуориметрии в
эмульсии. Отбор положительных клонов.
Создание экспрессионных штаммов на
основе отобранных из библиотеки
клонов. Экспрессия, очистка и
структурно - функциональный анализ
новых биокатализаторов.
Создание универсальных генетических
январь 2013 конструкций для экспрессии Fab декабрь 2013
фрагментов антител и ферментов на
поверхности дрожжевых клеток.
Создание линии клеток стабильно
продуцирующей флуоресцентный белок
во внутриклеточное пространство на
основе дрожжевых клеток Pichia Pastoris.
Анализ трансформантов, оценка уровня
экспонированных на поверхности клеток
антител/бутирилхолинэстеразы.
Ожидаемые научные и (или) научно технические результаты
Будут созданы универсальные вектора для
экспрессии Fab - фрагментов антител на
поверхности дрожжевых клеток. Генетические
конструкции будут содержать гены
константного домена тяжелой гамма - 1 цепи
(первый константный регион) слитный с геном,
кодирующим якорный альфа - аглютинин;
константной легкой каппа цепи антитела
человека. В генетических конструкция буду
предусмотрены уникальные сайта рестрикции,
позволяющие интегрировать любые
вариабельные домены соответствующих цепей.
Будет разработана система скрининга
индивидуальных клеток методом проточной
цитофлуориметрией - сортингом (FACS). Для
адаптации метода для скрининга
биокатализаторов будет использована в
эмульсионной системе вода/масло/вода.
Разработанный метод может быть использован
как для скрининга библиотек
биокатализаторов, так и для фундаментальных
исследований биохимических процессов
проходящих в примембранной области.
Будет проведен скрининг библиотек
биокатализаторов с последующим
всесторонним структурно - функциональным
анализом отобранных клонов. В результате
отбора могут быть получены биокатализаторы
с улучшенными кинетическими
характеристиками и специфичностью.
Соискатель стипендии _______________________ / Смирнов И. В. /
Научный руководитель
(Руководитель лаборатории) _______________________ / Габибов А. Г. /
©
ФГБНУ НИИ РИНКЦЭ
СП-2477.2013.4
11