МНОП

реклама
М
Мажорные иРНК – иРНК, представленные в клетке большим
количеством копий.
Мажорные основания – азотистые основания, наиболее часто
входящие в состав ДНК (А, Г, Ц, Т) и РНК (А, Г, Ц, У).
Макромолекулы генетические – биополимеры, имеющие массу
более нескольких десятков тысяч дальтон и участвующие в хранении,
передаче и воспроизведении генетической информации (ДНК, РНК и др.).
Макромутация
–
комплексная
мутация,
крупное
изменение
генетического материала (мутации структурных генов, изменение количества
избыточной ДНК, хромосомные перестройки и др.), лежащие в основе
скачкообразной или импульсной эволюции и являющиеся объектами
естественного отбора.
Масштаб
дендрограммы
–
отрезок,
равный
определенной
эволюционной дистанции и располагающийся под дендрограммой.
Матрица – последовательность оснований ДНК или РНК, служащая в
качестве основы для синтеза комплементарных цепей нуклеиновых кислот.
Матрица
Джонса-Тэйлора-Торнтона
–
эмпирическая
матрица
аминокислотных замен, основанная на большем количестве белков по
сравнению с матрицей Дэйхофф.
Матрица Дэйхофф – эмпирическая матрица замен аминокислот для
относительно короткого периода времени, созданная на основании данных по
гемоглобинам, цитохрому с и фибринопептидам.
Матричная нить – нить нуклеиновой кислоты, на которой
синтезируется комплементарная копия.
Межцистронная область – участок ДНК между терминирующим
кодоном одного гена и инициирующим кодоном следующего гена в
полицистронной транскрипционной единице.
Метод Голдмана–Янга – метод вычисления синонимичной и
несинонимичной эволюционных дистанций, основанный на одноименной
модели замещений смысловых кодонов.
Метод
Гу–Жанга
–
метод,
предназначенный
для
точного
определения параметра α для сравниваемых последовательностей.
Метод
Джукса–Кантора
–
метод
вычисления
эволюционных
дистанций между нуклеотидными последовательностями, основанный на
одноименной модели.
Метод Камерона – модификация методов Ли-Ву-Ло и ПамилоБьянчи-Ли, заключающаяся в частичной корректировке оценки кодонов,
кодирующих аргинин и изолейцин.
Метод Камерона–Кумара – модификация методов Ли-Ву-Ло,
Памило-Бьянчи-Ли и Камерона, заключающаяся в полной корректировке
оценки кодонов, кодирующих аргинин и изолейцин.
Метод Кимуры – 1. Метод приблизительной оценки эволюционных
дистанций между аминокислотными последовательностями, заключающийся
во введении поправки, равной 1/5 числа наблюдаемых различий. 2. Метод
вычисления
эволюционной
дистанции
между
нуклеотидными
последовательностями, основанный на одноименной модели.
Метод
Ли–Ву–Ло
–
метод
вычисления
синонимичной
и
несинонимичной эволюционных дистанций, основанный на учете свойства
вырожденности генетического кода на уровне нуклеотидных сайтов.
Метод максимальной парсимонии – дискретный метод построения
дендрограмм, в котором весь массив выровненных последовательностей
анализируется целиком по парсимоничным сайтам.
Метод минимальной эволюции – дистанционно-матричный метод
построения дендрограмм, представляющий собой модификацию метода
связывания ближайших соседей, заключающуюся в создании множества
дендрограмм и выборе из их числа одной с наименьшей суммой длин ветвей.
Метод Монте–Карло – метод, служащий для проверки гипотезы о
гомогенности путем вычисления вероятности того, что наблюдаемое
значение композиционной дистанции больше, чем ожидаемое согласно
нулевой гипотезе о гомогенности.
Метод Ней–Годжобори – см. оригинальный метод Ней–Годжобори.
Метод Памило–Бьянчи–Ли – модификация метода Ли–Ву–Ло,
корректирующая соотношение транзиций и трансверсий.
Метод
попарного
арифметическим
построения
невзвешенного
усреднением
дендрограмм,
–
кластирования
дистанционно-матричный
основанный
на
гипотезе
с
метод
молекулярных
эволюционных часов, гомогенной картине замен и заключающийся в
первоочередной
эволюционные
кластерами
группировке
дистанции
равны
кластеров,
минимальны,
среднему
от
между
а
элементами
расстояния
коэффициентов
между
сходства
которых
двумя
каждой
последовательности из одного кластера с каждой последовательностью из
другого.
Метод связывания ближайших соседей – дистанционно–матричный
метод построения дендрограмм, основанный на выделении наиболее сходных
последовательностей.
Метод Тадзимы–Ней – метод вычисления эволюционных дистанций
между нуклеотидными последовательностями, основанный на одноименной
модели.
Метод Тамуры – метод вычисления эволюционных дистанций между
нуклеотидными последовательностями, основанный на одноименной модели.
Метод Тамуры–Ней – метод вычисления эволюционных дистанций
между нуклеотидными последовательностями, основанный на одноименной
модели.
Методы Ина – методы вычисления синонимичной и несинонимичной
эволюционных дистанций, основанные на комбинации оригинального метода
Ней–Годжобори и метода Памило–Бьянчи–Ли.
Миграция – один из элементарных эволюционных факторов,
заключающийся в изменении генетической структуры популяции за счет
поступления (иммиграция) или удаления (эмиграция) организмов.
Минорные основания – все основания за исключением мажорных,
входящих в состав ДНК (А, Г, Ц, Т) и РНК (А, Г, Ц, У).
Миссенс–замена
несинонимичная
замена,
(собственно
несинонимичная
приводящая
к
изменению
замена)
–
кодируемой
аминокислоты.
Мисмэтч – неправильно спаренные (некомплементарные) основания
в цепях двунитчатой ДНК.
Множественное выравнивание – выравнивание трех и более
последовательностей, позволяющее выявить их слабое сходство, выделить
вырожденные функциональные мотивы и дающее информацию для
разделения последовательностей по паттернам дивергенции на подгруппы
(подсемейства).
Множественность иРНК – среднее число молекул иРНК одного вида
на клетку.
Множественные аллели – более двух аллельных состояний генов,
возникших в результате мутаций одного гена.
Модель Джукса–Кантора – модель, учитывающая один параметр –
вероятность α замены одного нуклеотида на другой.
Модель Кимуры – двухпараметрическая модель замены нуклеотидов,
учитывающая тип нуклеотидных замен (транзиция или трансверсия).
Модель
равных
вставок
–
модель
аминокислотных
замен,
учитывающая вариации частот различных аминокислот.
Модель Тадзимы–Ней – модель замены нуклеотидов, основанная на
неравной вероятности их замен.
Модель Тамуры – модель замены нуклеотидов, учитывающая не
только тип нуклеотидной замены (транзиция или трансверсия), но и
содержание гуанина и цитозина.
Модель Тамуры–Ней – модель замены нуклеотидов, учитывающая
разные виды транзиций и трансверсий (например, А↔Г, Ц↔У).
Модификационная изменчивость – разновидность изменчивости,
при которой изменение фенотипа не связано с изменением структуры
генотипа (меняется функциональная активность генов).
Модификация белка – см. посттрансляционная модификация.
Модификация ДНК – процесс постоянного пострепликативного
изменения
структуры
ДНК
(метилирование,
фосфорилирование,
дезаминирование и др.).
Модифицированные основания – см. минорные основания.
Модифицированный
оригинального
метода
метод
Ней–Годжобри
Нея–Годжобори,
–
модификация
учитывающая
соотношение
транзиций и трансверсий.
Модулирующий кодон – определенный кодон, узнаваемый редкой
тРНК, при этом трансляция содержащей его молекулы иРНК резко замедляется.
Молекулярная биология – область биологии, исследующая свойства
и признаки жизни на молекулярном уровне.
Молекулярная генетика – раздел современной генетики, изучающий
закономерности и молекулярные механизмы хранения, воспроизведения и
передачи генетической информации.
Молекулярная
эволюция
–
наука,
изучающая
изменения
генетических макромолекул в процессе эволюции, закономерности и
механизмы этих изменений, а также реконструирующая эволюционную
историю генов и организмов.
Молекулярная филогения – раздел молекулярной эволюции,
занимающийся
изучением
эволюционной
истории
организмов
и
макромолекул.
Молчащие генные сайты – см. четырехкратно вырожденные
сайты.
Молчащая замена – см. синонимичная замена.
Мультигенное семейство – набор структурно и функционально тесно
взаимосвязанных генов, происходящих от одного предкового гена путем
дупликаций и мутационного процесса.
Моноцистронные иРНК – матричные РНК, кодирующие только один
белок.
Мультимерные
белки
–
белки,
состоящие
из
нескольких
субъединиц.
Мутаген (мутагенный фактор) – физический, химический или
биологический фактор, способный вызывать или увеличивать частоту мутаций. Часто мутагены одновременно являются канцерогенами.
Мутагенез – процесс возникновения мутаций.
Мутантный ген – ген, в котором произошла перестройка или
нарушение порядка расположения нуклеотидов, т.е. мутация.
Мутационная теория – теория, исходящая из того, что резкие,
внезапные мутации являются решающим фактором эволюции, ведущим к
возникновению новых видов.
Мутационное давление – фактор молекулярной эволюции, дающий
материал для естественного отбора и обусловленный повышенной частотой
возникновения и фиксации нуклеотидных замещений аденина и тимина на
гуанин и цитозин относительно частоты возникновения и фиксации замен
гуанина и цитозина на аденин и тимин (GC-давление), или наоборот (ATдавление).
Мутация сдвига рамки считывания – делеция или инсерция
нуклеотидов, приводящая к перегруппировке кодонов, в результате чего
изменяется считывание генетической информации и трансляция триплетов в
белок.
Мутация
–
резкое
скачкообразное
изменение
генетического
материала, передающееся по наследству. Мутации в половых клетках
(генеративные
мутации)
передаются
по
наследству
при
половом
размножении; мутации в соматических клетках – при вегетативном
размножении.
Мутон – единица мутации, минимальной величиной которой является
1 пара нуклеотидов.
Н
Наследственность
–
свойство
структур
клетки
и
организма
обеспечивать материальную и функциональную преемственность между
поколениями.
Наследуемость – степень соотношения наследственности и изменчивости.
Невырожденный сайт – см. нолькратно вырожденный сайт.
Нейтрализм – концепция молекулярной эволюции, основанная на
теории
М.
Кимуры
и
постулирующая
селективную
нейтральность
большинства мутаций.
Нейтральная замена – замена нуклеотида или аминокислоты, не
сказывающаяся на свойствах и функции белка.
Некодирующая ДНК – ДНК, являющаяся составной частью
большинства геномов эукариот, не кодирующая полипептиды и РНК – это
интроны, спейсеры, псевдогены и бóльшая часть повторяющейся ДНК.
Неперекрываемость – свойство генетического кода, заключающееся
в том, что одновременно один нуклеотид может входить в состав только
одного кодона.
Непрерывная репликация ДНК – осуществление непрерывного
синтеза ДНК. Характерна для лидирующей цепи ДНК.
Несинонимичная дистанция – эволюционная дистанция между
нуклеотидными последовательностями, равная числу несинонимичных замен
на несинонимичный сайт.
Несинонимичная замена – нуклеотидная замена, проявляющаяся на
уровне кодируемого белка.
Несинонимичный сайт – сайт, в котором возможна несинонимичная
замена. Если все замены в данном сайте несинонимичны, сайт называется
абсолютно несинонимичным. Если одна из
замен в данном сайте
несинонимична, сайт называется несинонимичным на 1/3 (соответственно,
синонимичным на 2/3). Если две замены в данном сайте несинонимичны,
сайт называется несинонимичным на 2/3 (соответственно, синонимичным на
1/3).
Несистематическая
вырожденности,
при
вырожденность
которой
–
эквивалентные
разновидность
кодоны
различаются
основаниями в первом положении, а также пуринами (А и Г) и
пиримидинами (Ц, Т и У) в 3΄–концевом положении.
Нолькратно
нуклеотидный
вырожденный
сайт,
в
котором
сайт
любая
(невырожденный
возможная
замена
сайт)
–
является
несинонимичной.
Нонсенс-замена
–
несинонимичная
замена,
приводящая
к
возникновению нонсенс-кодона.
Нонсенс-кодон – один из трех триплетов (УАА, УАГ, УГА),
вызывающий терминацию синтеза белка.
Нуклеиновые кислоты – генетические макромолекулы, построенные
из
нуклеотидов,
соединенных
в
линейную
последовательность
фосфодиэфирными связями С–3΄ предыдущего нуклеотидного звена и С–5΄последующего.
Нуклеоид – основная часть генетического аппарата прокариот.
Нуклеосома – основная структурная единица хроматина, состоящая
из октамера гистоновых белков и приблизительно 200 нуклеотидных пар
ДНК.
Нуклеотид – мономер нуклеиновых кислот, состоящий из азотистого
основания, сахара (пентозы) и остатка фосфорной кислоты.
Нуклеотидная пара – соединенные водородной связью пуриновое и
пиримидиновое основания нуклеотидов, расположенных друг напротив друга
в двойной спирали ДНК.
О
Обмен цепи – реакция, в которой одна из цепей двухцепочечной ДНК
освобождается из дуплекса, образуя пару с комплементарной цепью другой
молекулы, заменяя своего гомолога во втором дуплексе.
Обратная мутация – мутация, приводящая к восстановлению
фенотипа, снимая действие мутации, инактивировавшей ген.
Обратная транскрипция – передача генетической информации от
иРНК на ДНК с помощью фермента ревертазы (обратной транскриптазы).
Обязательные гены – гены, которые экспрессируются во всех
клетках, так как кодируют белки, обеспечивающие жизненно важные
функции.
Однозначность – свойство генетического кода, заключающееся в
соответствии одного кодона только одной аминокислоте.
Одношаговая замена – замена одного из трех нуклеотидов в кодоне.
Опал–кодон – триплет УГА, один из бессмысленных кодонов,
обуславливающий терминацию синтеза белка.
Опал-мутация – мутация, приводящая к возникновению опал–
кодона.
Опал–супрессор – ген, кодирующий мутантную тРНК, способную
узнавать опал-кодон как смысловой, благодаря чему синтез белка может
быть продолжен.
Оперон – единица считывания генетической информации прокариот.
Оригинальный
метод
Ней–Годжобори
–
метод
вычисления
синонимичной и несинонимичной эволюционной дистанции, основанный на
определении количества синонимичных и несинонимичных замен, а также
числа потенциально синонимичных и несинонимичных сайтов.
Ориджин (ori) – локус, в котором начинается репликация ДНК или ее
перенос.
Открытая
рамка
считывания
-
совокупность
триплетов,
кодирующих аминокислоты и не содержащая терминирующих кодонов.
Относительно GC-бедный кодон – кодон, не содержащий гуанина и
цитозина в третьем положении.
Относительно GC-богатый кодон – кодон, содержащий гуанин и
цитозин в третьем положении.
Ортологи – сходные по структуре и функции гены или белки,
имеющие общее эволюционное происхождение и обнаруживающиеся у
филогенетически
неродственных
организмов
(например,
человек
и
дрозофила).
Охра-кодон – триплет УАА, один из бессмысленных кодонов,
обуславливающий терминацию синтеза белка.
Охра–мутация – мутация, приводящая к возникновению охра–
кодона.
Охра–супрессор – ген, кодирующий мутантную тРНК, способную
узнавать охра-кодон как смысловой, благодаря чему синтез белка может быть
продолжен.
Очищающий отбор – вид отбора, выявляемый в селекционных тестах
и характеризующийся преобладанием количества синонимичных замен на
синонимичный сайт над количеством несинонимичных на несинонимичный
сайт на уровне нуклеотидных последовательностей.
П
Палиндром (палиндромная последовательность) – участок ДНК, в
котором полностью или почти идентичные последовательности оснований
читаются одинаково в обоих направлениях.
Параметр α – параметр, учитывающий вариации скорости замен в
различных сайтах.
Пара оснований – два комплементарных основания (Г–Ц, А–Т)
антипараллельных цепей ДНК, удерживаемых вместе водородной связью.
Парологи – сходные по структуре гены или белки, имеющие общее
эволюционное происхождение, но выполняющие разные функции.
Парсимоничные
сайты
–
вариабельные
сайты
не
менее
5
выровненных последовательностей, в которых как минимум два нуклеотида
или аминокислотных остатка встречаются хотя бы два раза.
Р–дистанция – метод приблизительной оценки эволюционных
дистанций между аминокислотными последовательностями, заключающийся
в вычислении доли (пропорции) различных аминокислот между двумя
последовательностями.
Пенентрантность – частота фенотипического проявления гена, т.е.
процентное соотношение числа особей, имеющих данный признак, к числу
особей имеющих данный ген.
Пептидилтрансфераза – фермент, катализирующий образование
пептидной связи и располагающийся в рибосоме.
Пептидильный центр – участок рибосомы, в который передвигается
тРНК из аминоацильного центра при подходе к нему следующей аминоацил–
тРНК с аминокислотой, и в котором образуются пептидные связи между
аминокислотами.
Пептидная связь – разновидность амидной связи, возникающая в
результате взаимодействия α–аминогруппы одной аминокислоты с αкарбоксильной группой другой аминокислоты.
Пептиды – класс органических соединений, состоящих из двух
(дипептиды) или более (полипептиды) аминокислот.
Первичная
структура
–
определенная
последовательность
мономерных единиц (аминокислот или нуклеотидов) в макромолекуле (белка
или нуклеиновой кислоты, соответственно).
Первичный
транскрипт
(про–иРНК)
–
первоначально
синтезированная немодифицированная молекула РНК, соответствующая
транскрипционной единице.
Периодичность ДНК – число пар оснований, приходящихся на один
виток спиральной молекулы ДНК.
Пиримидиновые основания – структурные элементы нуклеотидов,
являющиеся производными гетероциклического соединения – пиримидина
(урацил, цитозин и тимин).
Плавление ДНК – денатурация ДНК.
Повторяющаяся
ДНК
–
нуклеотидная
последовательность,
присутствующая в геноме множеством копий.
Позитивный отбор – вид отбора, выявляемый в селекционных тестах
и характеризующийся преобладанием произошедших несинонимичных
замещений нуклеотидов на несинонимичный сайт над синонимичными на
синонимичный сайт на уровне нуклеотидных последовательностей.
Поле действия гена – область проявления действия данного гена.
Полиаденилирование
–
присоединение
последовательности
полиаденилиновой кислоты к 3΄-концу эукариотической РНК после
завершения ее синтеза.
Полигенность – обусловленность признака многими генами.
Полимер – макромолекула, состоящая из ковалентносвязанных
повторяющихся субъединиц или мономеров, объединенных друг с другом
сериями сходных химических реакций.
Полинг (По) – единица скорости эволюции белков, предложенная М.
Кимурой и равная 10 –9 на аминокислотный сайт в год.
Полипротеин – продукт трансляции, расщепляемый на несколько
отдельных белков.
Полисома – совокупность нескольких рибосом, обеспечивающих
трансляцию.
Полярность – влияние мутации, возникшей в каком-либо гене, на
экспрессию генов, расположенных в той же транскрипционной единице.
Полуконсервативная репликация – репликация, осуществляемая за
счет разделения цепей исходной двухцепочечной молекулы ДНК и
последующего использования каждой из них в качестве матрицы для синтеза
комплементарной цепи.
Полупрерывистая репликация ДНК – осуществление синтеза ДНК,
при котором одна из цепей синтезируется непрерывно, а вторая – в виде
фрагментов Оказаки. Характерна для молекулы ДНК в целом.
Полухромосома - см. хроматида.
Попарное выравнивание – выравнивание двух нуклеотидных или
аминокислотных последовательностей.
Популяционная
генетический
состав,
генетика
–
особенности
раздел
генетики,
наследования
и
изучающий
наследственную
преемственность в популяциях.
Популяционные волны – один из элементарных эволюционных
факторов; периодические колебания численности природных популяций в
зависимости от колебаний факторов внешней среды.
Популяционный гомеостаз – способность популяции поддерживать
относительную стабильность и целостность генотипической структуры в
изменяющихся условиях среды.
Популяция – совокупность особей вида, длительно населяющих
определенный
ареал,
свободно
скрещивающихся
между
собой
и
относительно изолированных от других групп особей того же вида.
Последовательность белка – порядок расположения аминокислот в
полипептидной цепи.
Последовательность
ДНК
–
линейная
последовательность
нуклеотидов в ДНК, содержащая генетическую информацию.
Последовательность
полипуриновой
Шайна–Дальгарно
последовательности
АГГАГГ,
–
вся
находящейся
или
часть
на
иРНК
непосредственно
перед
инициирующим
кодоном
и
комплементарная
последовательности на 3΄–конце 16S–рРНК, что обеспечивает связывание
рибосомы с иРНК.
Посттрансляционная
модификация
белка
–
изменение
полипептидных цепей после их синтеза (фосфорилирование, ацетилирование,
гликозилирование и др.)
Правила Чаргаффа – определяют состав любой двухцепочечной
молекулы ДНК: 1. Количество аденина равно количеству тимина (А=Т), а
количество гуанина – количеству цитозина (Г=Ц). 2. Сумма пуриновых
оснований (А+Г) равна сумме пиримидиновых оснований (Т+Ц). 3.
Количество
оснований,
содержащих
аминогруппу
в
положении
4
пиримидинового и положении 6 пуринового ядра, равно количеству
оснований, содержащих в этих положениях оксигруппу (А+Ц = Г+Т).
Правило
ГТ–АГ
–
правило,
заключающееся
в
постоянном
присутствии данных динуклеотидов в двух первых или двух последних
положениях интронов, входящих в состав ядерных генов.
Праймер
(затравка)
–
небольшой
фрагмент
РНК
(50–200
нуклеотидов), которым начинается вновь синтезирующийся участок ДНК.
Праймосома
–
комплекс
белков,
принимающих
участие
в
инициировании синтеза фрагментов Оказаки в процессе прерывистой
репликации ДНК, а также перемещающихся вдоль ДНК и участвующих в
последующих процессах инициации.
Прерывистая репликация ДНК – осуществление синтеза ДНК
путем образования фрагментов Оказаки, соединяющихся впоследствии в
единую цепь. Характерна для отстающей цепи ДНК.
Претерминальные
кодоны
–
кодоны,
которые
могут
стать
терминальными в результате замены одного нуклеотида и, следовательно,
прервать синтез пептидной цепочки.
Пробелы – см. инделы.
Про-иРНК – см. первичный транскрипт.
Промотор – участок оперона или транскриптона, к которому
присоединяется РНК-полимераза.
Протеом – совокупность всех белков клетки, ткани, организма.
Процессинг про-иРНК – совокупность процессов, в результате
которых про-иРНК превращается в зрелую иРНК.
Прыгающие гены – см. транспозоны.
Прямая мутация – мутация, приводящая к изменению исходного гена.
Псевдоген – сегмент ДНК, имеющий четкую гомологию с каким-либо
известным
функционирующим
геном,
но
утративший
вследствие
мутационных изменений способность к детерминации функционального
продукта.
Пуассон-корректированная дистанция – метод корректированной
оценки
эволюционных
последовательностями,
дистанций
учитывающий
между
распределение
аминокислотными
Пуассона
для
множественных замен в определенных сайтах.
Пуриновые основания – структурные элементы нуклеотидов,
являющиеся производными бициклического гетероцикла – пурина (аденин и
гуанин).
Похожие документы
Скачать