Полный отчет по бактерии (Файл в формате DOC)

Анализ протеома бактерии B.cereus, штамм ATCC 10987.
Н.Гурьянова, студентка 1 курса
Введение.
Вид B.cereus относят к роду Bacillus, семейству Bacillaceae, порядку Bacillales,
классу Bacilli,типу Firmicutes, царству Bacteria. [1]
Вид бактерии под микроскопом. См. в файле Bacillus.jpg (взят с сайта
http://mlstoslo.uio.no) . Длина бактерии примерно 5-10 µm, толщина 1 µm
Бактерия обитает на различных пищевых продуктах, в почве и в других
организмах, если попадает туда вместе с испорченными продуктами. Это
аэробная грам-положительная бактерия. [2]
B.cereus очень интересна в связи ее широкой распространенностью и умением
доставлять неприятности окружающим. Она способна вызывать пищевое
отравление с 30%-ым летальным исходом, благодаря двум энтеротоксинам:
термостабильному (обуславливающий рвоту) и термолабильному
(обуславливающий диарею). Способна размножаться в самых различных
объектах. Споры во внешней среде обладают высокой устойчивостью. [3]
Геном бактерии B.cereus секвенирован для того, чтобы способствовать
разработке новых способов борьбы с ней, а также для нахождения различий
между B.cereus и B. anthracis(обе бактерии относятся к группе B.cereus), которая,
в свою очередь, вызывает куда более опасную сибирскую язву.
Для отбора статей, посященных среде обитания , написанных не на японском
языке, был составлен запрос (Bacillus cereus[title] or B*cereus[title]) and habitat. В
БД PubMed по запросу найдено 9 статей. В статье [2](
Vilain S, Luo Y, Hildreth MB, Brozel VS.
Related Articles, Links
Analysis of the life cycle of the soil saprophyte Bacillus cereus in liquid soil extract and in
soil.
Appl Environ Microbiol. 2006 Jul;72(7):4970-7.
PMID: 16820495 [PubMed - indexed for MEDLINE]
) анализируются особенности обитания бактерии в почве.
[(*) Интересные особенности бактерии]
B.cereus ATCC 10987 содержит большую плазмиду (pBc10987), которая
аналогична по содержанию и по структуре pXO1 у B.anthracis.
Такая хромосомная аналогичность B.cereus ATCC 10987 и B.anthracis Ames
возможно позволит сделать B.cereus моделью для изучения биологии и
механизмов регулирования в плазмиде B.anthracis.[4]
Геном B.cereus
Статистические данные о геноме приведены в табл.1 Они взяты с сайта
http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html
Табл.1 Статистические данные о геноме B.cereus
Хромосома или
Число пар
Число
Суммарная
плазмида
нуклеотидов генов
длина
генов (% от
длины
хромосомы
или
плазмиды)
хр.1 (кольцевая)
5224283
5567
85%
плазмида
208369
241
82%
pBc10987(кольцевая)
(*) Всего
5432652
5808
Суммарная
GC
длина
состав
межгенных
(%)
промежутков
(%)
15 %
18%
35.6%
33.4%
[(*) Длины межгенных промежутков]
Я вычислил длины межгенных промежутков в хромосоме, используя таблицу
chromosome_table с сайта … (см. файл B_cereus_chromosome_table.xls).
Оказалось, что средняя длина межгенных промежутков –140 пар оснований (п.о),
а средняя длина генов 834 п.о.
[(*) Распределение генов по двум цепям ДНК]
Интересно, что 49.4% генов хромосомы расположены на одной цепи ДНК(F), а
50.6% - на R. Для их сравнения я нашла число σ=Корень(N*p*(1-p)) , где p теоретическая вероятность для гена оказаться на цепочке F , 1/2 в моем случае.
По моим подсчетам NF отличается от N/2 менее чем на 1σ, поэтому такое
различие считаю несущественным (с достоверностью 99%), т.е. цепи F и R
одинаковы по количеству находящихся на них генов. (см. файл
B_cereus_chromosome_table.xls).
Протеом
[Длины белков]
По данным с сайта http://www.ebi.ac.uk/genomes/bacteria.html число белков
протеома B.cereus совпадает с числом генов (5597). (*) По-видимому, считали
количество генов по количеству известных белков. Поэтому гены, синтез белка с
которых по каким-либо причинам блокирован, не были распознаны.
Самый большой белок состоит из 3243 аминокислотных остатков (а.о.), тогда как
самый маленький – всего из 31 а.о. (см. файл B_cereus_chromosome_table.xls).
Литература
[1] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=1396
[2] http://www-micro.msb.le.ac.uk/video/Bcereus.html
[3] http://www.medtrust.ru/pls/biblioteka/kishechnieinfectii/A05/A05.4.html