Константа скорости SNP мутаций Y

The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
Константа скорости
SNP мутаций Y-хромосомы
по данным
полного секвенирования
RJGG
Дмитрий Адамов
Владимир Гурьянов
Сергей Каржавин
Владимир Таганкин
Вадим Урасин
Абстракт
Накопление данных тестирования BigY, FGC, с одной стороны, публикация сиквенсов Y-хромосомы древних образцов Anzick-1, Ust-Ishim, K14, с другой, дает возможность оценить среднюю скорость однонуклеотидных (SNP) мутаций.
Авторы разработали собственный метод отбора истинных мутаций в современных и древних образцах и несколькими
способами определили с высокой точностью константу скорости SNP мутаций - 0.82 ∙ 10
в год на п.н.о. (95% CI:
(0.70 − 0.94) ∙ 10
).
Введение
Однонуклеотидная мутация или однонуклеотидный полиморфизм (ОНП) – отличие последовательности ДНК размером в один нуклеотид (A, T, G или C) в геноме (или в другой
сравниваемой последовательности) представителей одного вида или между гомологичными участками гомологичных хромосом.
Здесь и далее по тексту статьи авторы используют как синонимы термины «однонуклеотидная мутация», «однонуклеотидный полиморфизм», SNP и снип.
=
)
!
,
где
– вероятность обнаружить k мутаций
за T поколений на одном и том же сайте
(участке) хромосомы,
– константа скорости
однонуклеотидных мутаций.
На практике одновременно измеряется последовательность, состоящая из B пар нуклеотидных оснований. Среднее число однонуклеотидных мутаций
определяется
соотношением:
Замена нуклеотида одного вида на другой
(субституция) в процессе хромосомного мейоза, происходит, по имеющейся совокупности
генетических данных, достаточно случайным
образом. Вероятность SNP мутации очень мала, порядка одной замены на сто миллионов
пар нуклеотидных оснований (сайтов) за
один мейоз. То есть поток мутаций редкий
(свойство ординарности) и факт появления
очередной мутации не зависит от факта появления предыдущих мутаций (свойство отсутствия последействия). Эти свойства определяют поток мутаций как пуассоновский.
Вероятность мутаций в последовательности
мейозов за T поколений распределена по закону Пуассона:
=
,
(1)
где
≡ – константа скорости однонуклеотидных мутаций, которую в дальнейшем
для краткости будем называть «скорость SNP
мутаций (SNP mutation rate)» или «скорость
мутаций».
Возможность измерять число мутаций
для генеалогических целей появилась
несколько лет назад после появления высокопроизводительных машин NGS (Next Generation Sequencing), позволяющих делать
массовое параллельное чтение геномов по
разумной стоимости.
________________________________________________________
Принята 25 февраля 2015 года; опубликована 27 февраля 2015 года.
Связаться с авторами по email: nimissin@mail.ru, gurianov.vm@gmail.com,
karzhavin@inbox.ru, SemarglV@gmail.com, wert22@mail.ru
(
46
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
Коммерческое тестирование образцов интересующей нас Y-хромосомы началось с
2013 года. В Таблице 1 приведена сводка
RJGG
данных о степени охвата последовательностей Y-хромосомы коммерческими и научными лабораториями по технологии NGS.
Таблица 1. Общий размер и качество чтения участков Y-хромосомы
Исследование (тест)
Область маппирования, Mbp
Покрытие, Х раз
FTDNA Big Y
до 11.38
60
FGC Elite
̴ 23
60
1000 Genomes Project
̴ 23
2-4
Personal Genome Project
̴ 23
нет данных
Poznik et al. (2013)
9.99
3.1
Wei et al. (2013)
8.97
28.4
Francalacci et al. (2013)
8.97
2.16
Yan et al. (2014)
3.90
10
Hallast et al. (2015)
3.72
51
Маппируемые
последовательности
Yхромосомы, прочитанные по технологии NGS,
составляют в целом около 23 Mbp.
tosomal, heterochromatic, X-transposed, and
ampliconic segments. (Мы установили уникальные участки в специфической части референсной последовательности Y-хромосомы,
… для которых ожидали, что мы обойдем
сложности при маппировании ридов и обнаружении вариантов, связанные с повторяющимися цепочками. Это было достигнуто путем исключения псевдоаутосомных, гетерохроматических, X-transposed и ampliconic
сегментов).
Еще в первых работах (Skaletsky et al.,
2003)
отмечалось,
что
структура
Yхромосомы неоднородна. Эухроматин Yхромосомы состоит из нуклеотидных последовательностей следующих видов:
1) X-transposed, имеющие совпадающие
на 99% аналоги в Х-хромосоме, общая длина
около 3.7 Mbp,
В статье Poznik D. et al. (2013) были выделены участки эухроматина, наиболее подходящие для маппирования коротких ридов
(порядка 100 bp), общей длиной 9.99 Mbp.
Эти участки, в основном, представляют области X-degenerate и, в меньшей степени,
ampliconic. Палиндромные участки были исключены.
2) X-degenerate, - уникальные, легко маппируемые последовательности, общая длина
около 8.6 Mbp,
3) ampliconic, - участки, обнаруживающие
сходство (на 99.9%) с последовательностями,
расположенными в других участках
Yхромосомы, общая длина около 10.2 Mbp, в
том числе 8 палиндромных участков (5.7
Mbp).
Для оценки возраста мужской генеалогической линии по числу обнаруженных производных SNP вариантов соотношение (1) используется следующим образом:
В научных работах исследования ограничиваются,
как
правило,
областью
Xdegenerate. Исследователи стремятся избегать последовательности X-transposed и ampliconic. Вот что пишут авторы работы Wei et
al. (2013):
=
(2)
Размер маппированной области B вычисляется по BED файлу.
Средняя скорость мутаций вычисляется с
помощью различных методов калибровки
(Wang, Gilbert, Jin, Li, 2014).
We identified unique regions within the
male-specific part of the Y chromosome reference sequence … where we expected read
mapping and variant detection to escape complications introduced by repeated sequences.
This was achieved by excluding the pseudoau-
1. Авторы работы Kuroki et al. (2006)
сравнили Y-хромосомы человека и шимпанзе.
В предположении о разделении видов 6 млн.
47
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
лет назад была получена оценка средней
скорости мутаций 1.5 ∙ 10
в год на п.н.о.,
95% CI: (0.767 − 2.10) ∙ 10 .
RJGG
альным мутациям. Доля ложных вариантов
невысока для X-degenerate участков (примерно 15 – 25% от общего числа). В ampliconic областях ложных вариантов может
быть гораздо больше числа реальных мутаций.
2. Одна из наиболее известных работ Xue
et al. (2009) использовала для калибровки
мутаций образцы с известной генеалогией.
По четырем мутациям, образовавшимся за 13
поколений в участках с общей протяженностью 10.15 Mbp, была получена оценка
1.0 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI: (0.3 − 2.5) ∙
10 .
Метод отбора реальных мутаций, разработанный в настоящем исследовании, позволяет
полностью устранить из анализа ложные варианты. Описание метода содержится в разделе «Материалы и методы». Метод основан
на отборе X-degenerate последовательностей.
Для этого авторами был применен критерий
отбора однонуклеотидных полиморфизмов
combBED, созданный на основе координат (в
системе hg19) начала и конца участков Yхромосомы, внутрь которых должны попадать
отбираемые производные варианты. В Таблице 1 Приложения к настоящей статье указано
расположение 857 «хороших» участков Yхромосомы общей длиной 8 473 821 bp.
3. Расчет по данным о скорости мутаций в
аутосомных хромосомах Mendez et al. (2013)
привел к более низкой скорости 0.617 ∙ 10
в год на п.н.о., 95% CI: (0.439 − 0.707) ∙
10 .
4. Исходя из времени заселения Америки
человеком 15 тысяч лет назад авторы работы
Poznik et al. (2013) получили оценку средней
скорости мутаций 0.82 ∙ 10
в год на п.н.о.,
95% CI: (0.72 − 0.92) ∙ 10 .
Калибровка скорости SNP мутаций была
проведена для этих участков, совокупность
которых в дальнейшем будет именоваться
«областью combBED».
5. Последние успехи, достигнутые в секвенировании древних человеческих костных
останков, позволяют провести прямую калибровку средней скорости мутаций по числу
накопленных производных аллелей со времени жизни древнего человека. В работе Fu
et al. (2014) опубликованы данные по полному геному древнего Усть-Ишимского человека, жившего около 45 тыс. лет назад в Западной Сибири. Проанализировав область Yхромосомы протяженностью 1.86 Mbp, авторы
получили оценку скорости
SNP мутаций
0.76 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI: (0.67 −
0.86) ∙ 10 .
Калибровка по древнему образцу
Anzick-1
Отбор производных аллелей
Образец Anzick-1 был отобран из костных
останков мальчика, жившего около 12.6 тыс.
лет назад на территории современного штата
Монтана, США (Rasmussen et al., 2014). Образец прекрасно сохранился, что позволило
авторам работы Rasmussen et al. (2014) получить высококачественный сиквенс генома
мальчика. Мутации Y-хромосомы мальчика
Anzick-1 соответствуют гаплогруппе Q-L54.
Возраст останков был определен с очень высокой точностью радиоуглеродным методом.
По утверждению авторов, он составляет
12707-12556 календарных лет. В среднем,
это 12632 года назад.
Варианты производных аллелей, отличающиеся от референсной последовательности,
содержатся в VCF файлах. Не все они отражают реальные мутации. В силу особенностей технологии NGS, несовершенства методов маппирования, наличия повторяющихся
цепочек нуклеотидных последовательностей
в Y-хромосоме, совпадения последовательностей с аналогами в других хромосомах, часть
выявленных вариантов не соответствует ре-
В базе данных проекта YFull накоплена
уникальная совокупность образцов Q-L54, по
которым авторами построено подробное генеалогическое дерево. Оно изображено на
рис. 1. На дереве видно относительное расположение образца Anzick-1. На той же ветви
Z780 располагается современный образец
US1. 12.6 тыс. лет назад его предок был родственником мальчика Anzick-1, имея одни и
те же мутации уровня Z780.
Результаты
48
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
Эти особенности дерева Q-L54 определили
замысел калибровки скорости мутаций в два
этапа. На предварительном этапе оценивалась продолжительность относительно небольшого отрезка времени, прошедшего с
момента разделения ветвей L330 и М1107 до
времени жизни мальчика Anzick-1. Основная
калибровка средней скорости SNP мутаций
проводилась по полученному времени разде-
RJGG
ления ветвей L330 и М1107 гаплогруппы QL54. Время разделения этих ветвей близко ко
времени заселения Америки АСЧ (анатомически современным человеком, homo sapiens
sapiens) около 15 тыс. лет назад. В обоих
ветвях есть образцы с результатами BigY и
FGC в количестве, достаточном для достижения высокой точности калибровки.
Рисунок 1. Генеалогическое дерево гаплогруппы Q-L54,
построенное по однонуклеотидным мутациям 12 частных образцов и древнего образца Anzick-1.
49
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
Для предварительной калибровки, помимо
Anzick-1, использовались данные образца
US1. Донор образца US1 и мальчик Anzick-1
имели общих предков с мутациями уровня
Z780. Позже произошло разделение их линий, так как более поздние мутации, отобранные в области combBED, уже не совпадают. К настоящему времени в мужской линии US1 накопилось 78 мутаций. В образце
Anzick-1 зафиксирована всего одна мутация
позже уровня Z780. Иcходя из радиоуглеродной датировки образца Anzick-1 средняя скорость однонуклеотидных мутаций оценивается как 0.831 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI:
(0.66 − 1.04) ∙ 10 .
RJGG
этот интервал времени составляет 2989 лет,
95% CI: 1814 − 4751лет. Общий возраст
разделения ветвей L330 и М1107 - 15621 год
назад, 95% CI: 14446 − 17383года. Полученная датировка является модельно независимой, так как опирается на данные радиоуглеродной датировки образца Anzick-1 и на
данные «молекулярных часов» в образцах
US1 и Anzick-1.
В нашем распоряжении имелось 12 гаплотипов BigY (11) и FGC (1), предоставленных
частными лицами. Образцы группируются в
четыре ветви, маркируемые мутациями Z780,
L330, Y772, L804. С большой степенью точности их можно считать независимыми (см. рис.
1). Это позволяет нам уменьшить относительную погрешность. Результаты обработки приведены в Таблице 2.
Эту оценку мы использовали только для
расчета интервала времени между моментом
разделения ветвей L330 и М1107 и временем
жизни мальчика Anzick-1. По числу мутаций,
обнаруженных в образцах US1 и Anzick-1,
Таблица 2. Число фактических мутаций в 12 образцах,
отобранных для калибровки средней скорости SNP мутаций по времени разделения ветвей L330 и М1107
Размер
области
отбора
мутаций,
Mbp
Средний
размер
области
отбора,
Mbp
Среднее
число
мутаций
на ветвь
Нижний
95%
доверит.
интервал
Верхний
95%
доверит.
интервал
Ветвь
Образец
Число
мутаций
позже
L54
Z780
US1
92
7.335
7.335
92.00
74.19
112.83
L330
US7
102
7.527
7.639
104.50
85.46
126.56
L330
RUS1
107
7.751
Y772
US2
93
8.129
7.741
88.00
70.60
108.42
Y772
US3
90
7.856
Y772
US4
85
7.365
Y772
US5
88
7.693
Y772
US6
84
7.660
L804
US8
105
7.895
7.937
107.50
88.17
129.85
L804
SCO1
100
7.900
L804
SWE2
115
8.072
NOR1
110
7.882
30.65
392.00
354.26
432.83
L804
ИТОГО:
Исходя из среднего числа мутаций 392 на
30.65 млн. п.н.о., возраста разделения ветвей L330 и М1107 15621 год, получаем окончательную калибровку скорости SNP мутаций
мужского поколения
(Fenner, 2005):
0.819 ∙ 10
равным
∙ 31.5 = 2.58 ∙ 10
31.5
лет
на поколение
на п.н.о.
.
∙
∙
= 0.819 ∙ 10 в год на п.н.о.
95% CI: (0.704 − 0.935) ∙ 10
Калибровка
по современным генеалогиям
.
Для пересчета средней скорости на одно
поколение примем средний интервал одного
Часть образцов в базе данных YFull связаны между собой близким родством по муж50
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
ской линии и имеют документальные сведения о ближайшем общем предке. Это 41 образец, представляющих 14 генеалогий. Число
поколений до ближайшего общего предка варьируется от 1 до 23. Мы воспользовались
тем, что сумма случайных чисел, распределенных по Пуассону, сама является случайным числом, распределенным по Пуассону. В
нашем случае это сумма накопленных мутаций.
Калибровка
по образцу Усть-Ишимского человека
Усть-Ишимский (далее сокращенно УИЧ)
человек жил около 45 тыс. лет назад по радиоуглеродной датировке (Fu et al., 2014). На
генеалогическом дереве он расположился в
начале ветви K-M2335, см. рис. 2. Авторы работы Fu et al. (2014) провели исследование
полного генома древнего образца и по наличию мутации М526 установили нахождение Yхромосомы УИЧ в начале гаплогруппы K(xLT).
При подробном рассмотрении производных
вариантов обнаруживается более поздняя мутация M2308/Z4842. От этой мутации отходит
отдельная ветвь, сформированная из неизвестных в настоящее время SNP мутаций образца УИЧ. В результате просмотра ВАМ файла авторами выявлено 11 мутаций (включая
M2308), возникших позже мутации M526 в
области combBED, общей длиной 8.463 Mbp.
Их число было использовано для расчетов
скорости мутаций.
Преимуществом этой калибровки является
знание точного числа поколений, за которое
произошли приватные мутации. Результат
калибровки по современным генеалогиям:
2.56 ∙ 10 на поколение на п.н.о., 95% CI:
(2.03 − 3.16) ∙ 10 .
Полученная скорость хорошо согласуется
с калибровкой по датировке Anzick-1, рассчитанной для среднего интервала одного поколения 31.5 лет.
Средний интервал одного поколения по
использованной выборке современных генеалогий сложился равным 32.1 года. Поэтому
абсолютная калибровка на один год соответствует
0.798 ∙ 10
RJGG
в год на п.н.о.
51
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
Рисунок 2. Генеалогическое дерево гаплогруппы K(xLT),
построенное по однонуклеотидным мутациям 38 частных образцов
и древнего образца Усть-Ишимского человека (UIM)
52
RJGG
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
Для калибровки подходят сиквенсы гаплогрупп N, O, Q, R.
RJGG
ошибок к минимуму. К ним добавили три образца из гаплогруппы О, не являющихся
близкими родственниками (из-за отсутствия
пар). Всего выборка составила 38 образцов
(см. рис. 2). В Таблице 3 приведены данные о
числе выявленных в этих образцах мутаций
ниже уровня K(xLT).
Из базы данных YFull были отобраны 35
образцов, которые имели как минимум одного, достаточно близкого, родственника. Это
позволяло надеяться на сведение возможных
Область
измерений,
bp
Число
мутаций
моложе K(xLT)
N-Y7310
7452832
260
S02
N-Y7310
7415734
252
3
S03
N-Y5743
7480204
253
4
S04
N-Y5743
7517710
253
5
S05
N-Y4374
7500387
258
6
S06
N-Y4374
7769783
265
7
US2
Q-Y6131
8129326
293
8
US4
Q-Y6131
7364970
258
9
US5
Q-Y6131
7693497
269
10
US6
Q-Y6131
7659810
264
11
S32
Q-Y6131
7650626
267
12
AJ2
Q-Y2780
8455137
324
13
AJ5
Q-Y2780
8230718
315
14
S07
Q-Y4929
8419169
311
15
S08
Q-Y4929
7649280
279
16
S09
Q-Y4929
7461979
270
17
S10
Q-Y4929
7510483
268
18
S11
R1a-YP430
7232725
276
19
S12
R1a-YP430
7418179
283
20
S13
R1a-YP615
7181725
282
21
S14
R1a-YP615
7632739
299
22
S15
R1a-YP1041
6795545
242
23
S16
R1a-YP1041
7902430
294
24
S17
R1b-Y5626
7650748
270
25
S18
R1b-Y5626
7235989
243
26
S19
R1b-Y7729
7515672
265
27
S20
R1b-Y7729
7446027
257
28
S21
R1b-Y7369
7855639
287
29
S22
R1b-Y7369
7462871
268
30
S23
R-L1069
7412514
290
31
S24
R-L1069
7640179
298
32
S25
R-L1069
7777760
302
33
S26
R-L1069
7826576
304
34
S27
R-L1069
7476862
287
35
S28
R-L1069
8070902
321
36
S29
O-F270
7527844
37
S30
O-Y7114
7157490
38
S31
O-Y8387
7658568
среднее
Оценка
скорости
мутаций
для
гаплогруппы,
х10^9
Ветвь
S01
2
Среднее
число мутаций
на 1 Mbp,
для
гаплогруппы
ID
1
Среднее число
мутаций
на 1 Mbp,
для ветви
№
Таблица 3. Число фактических мутаций в 38 образцах,
отобранных для калибровки средней скорости SNP мутаций по времени жизни Усть-Ишимского человека
34.44
34.14
0.732
36.58
0.786
37.95
0.816
35.19
0.755
39.00
39.00
0.840
271
36.00
35.31
0.758
237
33.11
282
36.82
36.36
0.781
7611596
33.74
34.25
35.09
38.30
36.34
38.15
39.22
36.47
34.46
34.89
36.23
36.03
53
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
Среднее число мутаций моложе уровня
K(xLT) составляет 36.36 мут./Mbp.
RJGG
родного анализа, хуже, чем образца УстьИшимского человека и, тем более, образца
Anzick-1.
Поправка на мутации УИЧ составляет:
По опубликованным данным сиквенса
возможно только оценить верхний предел
скорости мутаций. В образце К14 уверенно
читаются два производных аллеля в локализациях снипов K29 и CTS6773 в области протяженностью 1.381 Mbp. Это – начало гаплогруппы С1 по номенклатуре YFull. К сожалению, 15 других выявленных в образце кандидатур имеют слабое покрытие, в основном
3Х-5Х. Их нельзя использовать для калибровки. По подтвержденным снипам можно
рассчитать только верхний предел для скорости мутаций.
= 1.30 мут./Mbp.
.
Оценка скорости мутаций выглядит следующим образом:
.
.
= 0.781 ∙ 10
∙
в год на п.н.о.
95% CI:(0.709 − 0.853) ∙ 10
.
Калибровка по образцу К14
В базе данных YFull четыре образца из
ветви С1-K29, сведения о них приведены в
Таблице 4.
Сохранность генетического образца К14
из Костенок (Seguin-Orlando A. et al., 2014),
возрастом 37 тыс. лет по данным радиоугле-
Таблица 4. Число фактических мутаций в 4 образцах,
отобранных для калибровки средней скорости SNP мутаций
по времени жизни человека из Костенок (образец K14).
Образец
Число мутаций позже уровня
С1-K29
Размер области
отбора мутаций, Mbp
Среднее число мутаций
на 1 Mbp
S33
326
8.042
40.5
S34
303
7.866
38.5
S35
329
8.022
41.0
S36
339
8.244
41.1
Итого:
1297
32.174
среднее 40.3
Верхний предел скорости SNP мутаций
оценивается как:
.
∙
∙
= 1.08 ∙ 10
Важно, чтобы исследователь знал размер
области измерений B интересующих его мутаций. Для BigY средняя величина области
измерений, рассчитанная по данным индивидуальных BED файлов, составляет 10.31 Mbp
(Big Y White Paper, 2014), для FGC Elite – 23
Mbp. Расчет по средней скорости мутаций
0.82 ∙ 10 дает 118 лет для BigY и 53 года
для FGC.
в год на п.н.о.
Результат находится в согласии с другими
калибровками, но какой-либо практической
ценности не имеет.
Если размер фактически измеренной области отличается от приведенного, то следует
пересчитать коэффициент. Например, измеренная BigY область составляет не 10.31 Mbp,
а 11.0 Mbp. Тогда коэффициент будет равен
Коэффициенты для пересчета
числа мутаций в возраст
Для практических целей удобно пользоваться коэффициентами, с помощью которых
число фактических мутаций пересчитывается
в соответствующую оценку возраста. Из соотношения (2) легко вывести формулу для
расчета таких коэффициентов:
=
= 118 ∙
.
= 111 лет.
Для более эффективного отбора реальных
мутаций авторы настоящей работы рекомендуют ограничиваться областью исследований,
располагающейся в пределах границ области
(3)
54
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
combBED.
Размер
прочитанной
области
combBED в индивидуальных образцах BigY
варьируется и, в среднем, составляет 7.6
Mbp. Соответствующий коэффициент пересчета равен 160 лет на одну мутацию.
Авторы работы Kong et al. (2012) на основании анализа полных геномов трио «родители-потомство» обнародовали данные о достоверном росте числа мутаций на один мейоз с возрастом отца. Для целей настоящей
работы рост числа однонуклеотидных мутаций в гаметах отца с его возрастом t представим в виде степенной зависимости
Обсуждение
~ .
Результаты по калибровке средней скорости SNP мутаций, полученные в настоящей
работе четырьмя методами, в пределах погрешности согласуются друг с другом.
По пяти опубликованным трио родителипотомство (Kong et al., 2012) ≈ 1.02.
Величины констант скоростей, полученные по датировке древнего образца Anzick-1
и современным генеалогиям, находятся в
прекрасном согласии. Это – наиболее точные
калибровки.
Если принять, что число мутаций в Yхромосоме сына растет пропорционально
возрасту отца ( = 1), то средняя скорость
SNP мутаций в расчете на один календарный
год не будет зависеть от среднего интервала
одного мужского поколения.
Различие между результатами калибровок
по данным Anzick-1 и УИЧ составляет всего
5%. Вместе с тем необходимо отметить два
обстоятельства для калибровки по сиквенсу
УИЧ:
В общем случае скорость мутаций в расчете на один год будет описываться пропорцией
~ ̅
1) Датировка 45 тыс. лет УИЧ располагается близко к пределу применимости радиоуглеродного метода (50 тыс. лет).
(4)
Из общих соображений можно заключить,
что 12.6 - 45 тысяч лет назад (верхний палеолит) средний интервал одного мужского
поколения был меньше 31 - 32 лет. Калибровки средней скорости мутаций по датировкам Anzick-1 и Усть-Ишимского человека не
обнаруживают какого-то достоверного различия. Это, скорее, указывает на линейный
рост константы скорости мутаций на одно поколение
c возрастом отца. Во всяком случае, скорость мутаций на один календарный
год слабо зависит от размера интервала одного мужского поколения.
2) Нет ясности в оценке среднего интервала одного поколения для мужчин, живших
десятки тысяч лет назад.
Константа скорости SNP мутаций в расчете на один календарный год ( ) связана с
константой скорости в расчете на одно поколение ( ) соотношением:
̅
.
Соотношение (4) полезно для понимания
зависимости между изменением среднего
возраста отца и соответствующим изменением скорости мутаций на один год. Предположим, мы наблюдаем уменьшение константы
скорости мутаций на один календарный год
при переходе от одной калибровке к другой.
При
> 1 это снижение соответствует
уменьшению среднего возраста отца. Если
< 1, то снижение скорости мутаций указывает, наоборот, на увеличение интервала одного поколения.
Применение скорости 0.819 ∙ 10
(калибровка по образцу Anzick-1) дает возраст УстьИшимского человека 42800 лет (95% CI:
49800-37500). В работе Fu et al. (2014) возраст УИЧ ограничен 95.4% доверительным
интервалом 46880–43210 календарных лет.
Хотя среднее значение оценки 42800 лет выпадает за пределы радиоуглеродной калибровки, в пределах погрешности датировки
согласуются друг с другом.
=
RJGG
,
где ̅ – средний интервал одного поколения
(средний возраст отца).
55
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
В целом наши результаты не противоречат
имеющимся современным данным, в том числе Poznik et al. (2013) 0.82 ∙ 10 , Fu et al.
(2014) 0.76 ∙ 10 . Но наши скорости определены с лучшей точностью.
RJGG
ветвей L330 и М1107 15.6 тыс. лет назад. Это
время можно оценить по структуре ветви
М1107. В настоящее время известны две ветви, отходящие от M1107 – ветви Z780 и
M930. Ветвь Z780 представлена исключительно мужскими линиями коренных американцев (индейцев). А подветви M930 имеют
разное происхождение. Подветвь L804 состоит из европейских линий, в то время как подветвь Y772 – из потомков коренных американцев, в том числе с мутацией M3 (см.
рис.1). Предки носителей мутации L804 остались в Евразии, тогда как предки линии М3
ушли в Америку. Мутаций одного уровня с
М930 в области combBED всего четыре. По
пяти образцам подветви Y772 и четырем образцам подветви L804, возраст разделения
ветви M930 оценивается около 14800 лет
назад. Эта датировка, на наш взгляд, наиболее близка ко времени заселения Америки.
Полученная оценка 14.8 тыс. лет назад не
противоречит результатам совокупности работ по заселению Америки, которые говорят
о том, что человек появился в Америке не
позднее 14 тыс. лет назад (Barnosky et al.,
2014). Отдельно отметим, что первые мужчины-переселенцы в Америку не относились
только к одной гаплогруппе М930. Мы видим,
что были и носители мутации Z780, к которым относились и предки мальчика Anzick-1.
Скорость Poznik et al. (2013) модельно зависима от параметра возраста разделения
линий
образцов
майя
HGDP00856
и
HGDP00877. Авторы приравняли этот возраст
времени заселения Америки человеком 15000
лет назад. В нашей работе этот возраст не
является произвольным параметром, он вычислен по датировке образца Anzick-1 и составляет около 15600 лет. Замена параметра
снижает оценку скорости мутаций Poznik et
al. (2013) до значения 0.79 ∙ 10 .
База расчета скорости мутаций в работе
Fu et al. (2014): 45000 ∙ 1.86 = 83700
Mbp∙year. Наша база расчета по датировке
Anzick-1 в полтора раза больше: 15621 ∙ 7.7
= 120000 Mbp∙year. Область измерений 7.7
Mbp получена усреднением по BED файлам
12 современных образцов, использованных
для калибровки (см. Таблицу 2). Качество
данных образца Anzick-1 гораздо выше качества
сиквенса
более
древнего
УстьИшимского человека.
Оценка скорости мутаций по времени разделения предков человека и шимпанзе Kuroki
et al. (2006) 1.5 ∙ 10
на 80% превышает
наши данные.
О времени заселения человеком Австралии. В работе Hallast et al. (2015) опубликованы однонуклеотидные мутации двух образцов аборигенного населения Австралии. В
область измерений 3.7 Mbp попали мутации
F3393 и K35, указывающие на принадлежность образцов к гаплогруппе С1. Вместе с
тем 129 других общих для этих двух образцов
снипов не обнаруживаются среди 24 образцов C1a и C1b базы данных YFull. Таким образом, возраст австралийской аборигенной
линии близок ко времени разделения гаплогруппы С1 на субклады C1a и C1b. Расчет
возраста по четырем современным образцам
C-V20 (см. Таблицу 4) дает 49200 лет назад,
95% CI: 43900-54600 лет. Полученный результат находится в прекрасном соответствии
с представлениями археологов о времени заселения человеком Сахула около 50 тыс. лет
назад (O’Connell and Allen, 2004; Hiscock,
2013).
Скорость 1.0 ∙ 10
в год на п.н.о. из пионерской работы Xue et al. (2009) широко использовалась для оценки возрастов и внесла
большой вклад в развитие генеалогических
исследований по Y-хромосоме. В настоящее
время эта калибровка, полученная по четырем производным аллелям, устарела.
Скорость 0.617 ∙ 10
из работы Mendez et
al. (2013) представляется нам заниженной.
Критика метода пересчета скорости мутаций
из данных по аутосомным хромосомам содержится в статье Sayres (2013).
В целом полученные в настоящей работе
результаты по константе скорости субституций согласуются с выводами авторов обзора
Wang, Gilbert, Jin, Li (2014).
Исходя из формулы (2) можно получить
оценку относительной погрешности возраста
по числу наблюдаемых SNP мутаций N:
О времени заселения человеком Америки.
Оно не совпадает с возрастом образования
56
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
( )
=
( )
+
( )
( )
(5)
≪
( )
( )
=
√
=
(7)
√
Соотношение (7) позволяет оценить теоретический предел точности определения
возраста ветви по снипам. В Таблице 5 приведены относительные доверительные интервалы для 95% вероятности (1.96σ/T) для
примененного в настоящей работе метода:
С помощью большого числа независимых
измерений можно добиться высокой точности
в измерении средней скорости мутаций, чтобы выполнялось соотношение
( )
=
RJGG
(6)
= 0.82 ∙ 10 (
∙
) ,
= 8 ∙ 10 bp.
В этом случае точность оценки возраста
будет определяться числом мутаций:
Таблица 5. Зависимость теоретического предела точности оценки возраста генеалогической линии
по SNP мутациям от возраста
Возраст, лет
1.96σ/T
1000
76%
2000
54%
5000
34%
10000
24%
Возможностей для повышения точности
немного. Если удастся эффективно отбирать
мутации в области ampliconic (+10 Mbp), в
том числе в палиндромных участках, и использовать обе разделившиеся ветви (+N), то
можно ожидать улучшения точности пределов, указанных в Таблице 5, примерно в два
раза.
таций происходил в следующей последовательности критериев.
1. Критерий Reg. Различные варианты
производных, то есть отличающихся от референсной последовательности аллелей, выявлялись по BAM файлам. Анализируемые
участки нуклеотидных последовательностей
Y-хромосомы имеют общую длину 13-15 Mbp
для теста BigY и около 23 Mbp для теста FGC.
Кратность чтения (покрытие) одного сайта –
от 1Х до 8000Х. Среднее покрытие коммерческих образцов – около 60Х. Из этой совокупности кандидатур отбирались только такие,
координаты которых попадали внутрь участков, ограниченных областью combBED. Область combBED была сконструирована авторами для отбора X-degenerate участков. Границы combBED участков образованы путем
взаимного пересечения BED файла из работы
Poznik et al. (2013) общей длиной 10.45 Mbp
и обобщенного BED файла BigY (11.38 Mbp),
опубликованного в BigY White Paper (2014). В
результате образовались 857 непрерывных
участков
Y-хромосомы
общей
длиной
8 473 821 bp. Координаты начала и конца
этих участков содержатся в Таблице 1 Приложения.
Материалы и методы
Для калибровки средней скорости SNP мутаций были использованы данные полного
секвенирования Y-хромосомы приватных образцов, сделанные в коммерческих лабораториях FTDNA и Full Genome Corp. Образцы были предоставлены группой YFull с соблюдением требований конфиденциальности персональных данных, на основании разрешений
частных лиц об использовании их данных в
научных исследованиях.
Данные об Y-хромосоме древних образцов
были взяты из открытых источников научных
статей: Anzick-1 - Rasmussen et al. (2014),
Усть-Ишимский человек - Fu et al. (2014),
К14 - Seguin-Orlando et al. (2014).
Разработанный авторами настоящей работы метод отбора позволяет с высокой эффективностью исключать из рассмотрения ложные варианты с производными аллелями. Отбор кандидатур для выявления истинных му-
2. Критерий Indel. Исключались варианты
инсерций и делеций (инделов), а также кратных нуклеотидных мутаций (более одной позиции с производными аллелями, MNP).
57
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
3. Критерий Locs. В некоторых случаях
одни и те же кандидатуры выявляются в образцах из разных гаплогрупп, из разных субкладов. Одна из причин – отличие аллеля
референсной последовательности, составленной в основном по данным гаплогрупп
R1b и G, от фактически наблюдаемого предкового аллеля. Другая причина – ошибки маппирования. Эмпирическим путем было выявлено, что в случае, если один и тот же вариант был обнаружен не менее, чем в шести
локализациях, то соответствующая кандидатура однонуклеотидного полиморфизма может быть исключена из рассмотрения по указанным выше причинам. Под локализацией
понимается группа образцов из базы данных
YFull (2900 образцов на февраль 2015 года),
принадлежащих одному субкладу и имеющих
производный аллель изучаемой кандидатуры.
Этот критерий достаточно мягкий, но весьма
эффективный.
RJGG
две SNP мутации в соседних позициях. Этот
вспомогательный критерий позволяет отклонять оба варианта.
8. Критерий Trash. Исключаются кандидатуры, вызывающие подозрение в том, что это
ошибка выравнивания или чтения. В основном, это мутации в палиндромных участках и
участках, имеющих копии на других участках
Y-хромосомы.
Варианты, удовлетворяющие всем критериям отбора, являются реально произошедшими в разное время однонуклеотидными
(SNP) мутациями. Критерии 2 - 8 в совокупности отклоняют до одной трети кандидатур,
в среднем 20%.
Расчет общего размера области исследования для индивидуального образца производится по всем позициям с числом ридов не
менее трех. В отобранных для настоящего
исследования современных образцах изучаемая область варьировалась от 7.2 до 8.45
Mbp в зависимости от качества секвенирования, отраженного в BAM файле (см. Таблицы
2 и 3). Внутрь области combBED попали разные по величине участки нуклеотидных последовательностей древних образцов: Anzick1 – 6.355 Mbp, Усть-Ишимский человек –
8.463 Mbp, K14 - 1.381 Mbp.
4. Критерий Reads. Исключаются кандидатуры с общим числом прочтений менее трех
раз, т.е. с одним или двумя ридами.
5. Критерий Qual. Качество определяется
стандартным образом, как средневзвешенное
от показателя качества прочтений в одной и
той же позиции, где правильные значения
берутся с плюсом, а ошибочные значения с
минусом. Отбор проходили кандидатуры с
качеством 90% и более, кандидатуры с качеством менее 90% отклонялись.
Единой формулы для подсчета скорости
мутаций нет из-за различий в методах калибровки. Во всех расчетах использовали соотношение (1).
6. Критерий Post mortal. Применяется
только в отношении древних образцов: исключаются постмортальные повреждения в
ДНК, выражающиеся в замене следующих
пар оснований: C→T и G→A (Briggs et al.,
2007). Для современных образцов критерий
не применяется.
По этой же причине расчет 95% доверительного интервала производился в каждом
случае индивидуально, исходя из свойств
распределения Пуассона. На рис. 3 приведено распределение оценки скорости мутаций
для двухэтапной калибровки по древнему образцу Anzick-1. Распределение получено путем компьютерного моделирования 5 ∙ 10
событий. Видно, что оно очень близко к нормальному распределению.
7. Критерий Single SNP. Из-за технических
особенностей применяемой программы обработки часть кандидатур с двойной мутацией
(Double Nucleotide Polymorphisms) проходила
критерий Indel. Программа интерпретировала
двукратный нуклеотидный полиморфизм как
58
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
RJGG
0,018
0,016
0,014
Probability
0,012
0,01
0,008
0,006
0,004
0,002
0
6E-10
7E-10
8E-10
9E-10
1E-09
1,1E-09
Mutation Rate Estimation
Рисунок 3. Гистограмма распределения оценок скорости мутаций по методу,
использующему датировку древнего образца Anzick-1.
Сплошной линией показано нормальное распределение.
Описание метода расчета вариаций для
более простых случаев одноэтапной калибровки содержится в работе Poznik et al.
(2013).
чить модельно независимую оценку константы скорости SNP мутаций
Заключение
Произведенная оценка скорости мутаций
совместно с накопленной в группе YFull базой
данных коммерческих образцов BigY и FGC
позволяют оценить время заселения Америки
человеком в 14.8 тыс. лет назад, Австралии –
в 49.2 тыс. лет назад.
0.82 ∙ 10 в год на п.н.о., 95% CI: (0.70 −
0.94) ∙ 10 .
Разработанный авторами метод отбора
кандидатур в снипы из BAM файлов индивидуальных образцов позволяет с высокой эффективностью отбирать реальные SNP мутации и отклонять различные ложные варианты.
*
Использование четырех независимых калибровок, ранжирование их по степени достоверности и надежности позволили полу-
*
*
Авторы выражают благодарность Роману
Сычеву за помощь и обсуждения.
59
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
RJGG
Список публикаций
1. Barnosky A. et al. (2014). Prelude to the Anthropocene:
Two new North American Land Mammal Ages (NALMAs). The Anthropocene Review,
1–18.
DOI:
10.1177/2053019614547433.
2. Big Y White Paper (2014).
https://www.familytreedna.com/learn/y-dnatesting/big-y/white-paper/
https://www.familytreedna.com/documents/bigy_target
s.txt
17. Briggs A. et al. (2007). Patterns of damage in genomic
DNA sequences from a Neandertal. Proc Natl Acad Sci
USA, 104: 14616–14621.
18. Fenner J.N. (2005). Cross-cultural estimation of the
human generation interval for use in genetics-based
population divergence studies. Am.J.Phys.Anthropol.
128(2): 415-423.
3. Francalacci P. et al. (2013). Low-pass DNA sequencing of
1200 Sardinians reconstructs European Y-chromosome
phylogeny. Science 341: 565-569.
4. Fu Q. et al. (2014). Genome sequence of a 45,000-yearold modern human from western Siberia. Nature, 514:
445-449.
5. Hallast et al (2015). The Y-chromosome tree bursts into
leaf: 13,000 high-confidence SNPs covering the majority of known clades. Mol Biol Evol, 32, no. 3: 661-673.
6. Hiscock P. (2013). Occupying New Lands: Global Migrations and Cultural Diversification with Particular Reference to Australia. In Kelly E Graf, Caroline V Ketron,
Michael R Waters (Eds.), Paleoamerican Odyssey, (pp.
3-11). Texas: Center for the Study of the First Americans.
7. Kong A. et al. (2012). Rate of de novo mutations and the
importance of father’s age to disease risk. Nature, 488
(7412): 471-475.
8. Kuroki Y. et al. (2006). Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex
evolutionary pathway. Nature Genetics 38: 158 – 167.
9. Mendez F. et al. (2013). An african american paternal
lineage adds an extremely ancient root to the human y
chromosome phylogenetic tree. Am. J. Hum. Genet. 92:
454-459.
10. O’Connell J. and Allen J. (2004). Dating the colonization
of Sahul (Pleistocene Australia–New Guinea): a review
of recent research. Journal of Archaeological Science
31: 835–853.
11. Poznik D. et al. (2013). Sequencing Y Chromosomes
Resolves Discrepancy in Time to Common Ancestor of
Males Versus Females. Science, 341: 562-565.
12. Rasmussen M. et al. (2014). The genome of a Late
Pleistocene human from a Clovis burial site in western
Montana. Nature, 506: 225-229.
13. Sayres M. (2013). Timing of ancient human Y lineage
depends on the mutation rate: A comment on Mendez
et al. arXiv preprint: arXiv:1304.6098.
14. Seguin-Orlando A. et al. (2014). Genomic structure in
Europeans dating back at least 36,200 years.
http://www.sciencemag.org/content/early/recent/
6
November 2014/ Page 1/ 10.1126/science.aaa0114.
15. Skaletsky H. et al. (2003). The male-specific region of
the human Y chromosome is a mosaic of discrete sequence classes. Nature, 423(6942): 825-837.
16. Wang C.-C., Gilbert T., Jin L., Li H. (2014). Evaluating
the Y chromosomal timescale in human demographic
and lineage dating. Investigative Genetics, 5:12.
http://www.investigativegenetics.com/content/5/1/12.
19. Wei W. et al. (2013). A calibrated human Ychromosomal phylogeny based on resequencing. Genome Res., 23(2): 388-395.
20. Xue Y. et al. (2009). Human Y chromosome basesubstitution mutation rate measured by direct sequencing in a deep-rooting pedigree. Curr. Biol. 19: 14531457.
21. Yan S. et al. (2014). Y Chromosomes of 40% Chinese
Are Descendants of Three Neolithic Super-grandfathers.
PLoS ONE 9(8): e105691.
doi:10.1371/journal.pone.0105691.
60
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
RJGG
Приложение 1
Таблица 1. Начальные и конечные позиции (по Hg 19) 857 участков Y-хромосомы,
применяемых для фильтрации однонуклеотидных полиморфизмов («область combBED»).
Начальная позиция не включается в отбор, конечная позиция включается в отбор.
Начальная
позиция
Конечная
позиция
Начальная
позиция
Конечная
позиция
Начальная
позиция
Конечная
позиция
1
2655000
2669950
301
14550565
14552625
601
18925326
18928386
2
2680900
2683020
302
14553005
14554575
602
18928656
18930246
3
2683240
2684220
303
14554965
14556545
603
18930486
18932006
4
2684440
2688930
304
14558425
14559405
604
18932496
18967146
5
2689390
2697630
305
14560525
14561505
605
18971806
18974736
6
2699410
2708370
306
14561635
14563015
606
18976366
18987126
7
2708470
2744910
307
14566345
14567325
607
18990886
19000276
8
2745730
2768038
308
14569565
14574215
608
19000986
19012836
9
2773800
2775090
309
14575685
14584745
609
19020046
19025106
10
2775160
2786260
310
14585995
14589065
610
19031226
19040646
11
2787070
2788503
311
14589631
14605385
611
19044366
19055712
12
2792920
2856720
312
14607965
14612985
612
19056046
19062366
13
2858890
2865900
313
14620755
14623105
613
19065886
19071226
14
2866444
2895330
314
14623338
14624786
614
19073190
19075336
15
2900860
2913000
315
14625805
14630585
615
19075446
19081416
16
6619420
6621660
316
14635455
14648875
616
19085906
19097296
17
6626650
6637410
317
14649415
14660649
617
19102526
19137766
18
6642670
6645650
318
14661328
14668038
618
19138606
19145846
19
6646720
6648240
319
14691439
14695028
619
19146376
19155236
20
6648460
6654290
320
14695728
14700888
620
19155886
19163999
21
6654780
6663699
321
14701388
14703908
621
19188000
19210016
22
6666100
6682350
322
14704168
14712048
622
19211430
19213536
23
6688450
6690090
323
14712768
14714948
623
19213666
19235416
24
6694660
6709320
324
14720208
14724708
624
19235446
19244866
25
6714900
6720570
325
14726988
14736348
625
19245916
19248366
26
6731140
6747310
326
14743708
14755791
626
19249996
19251626
27
6747820
6748950
327
14761211
14764571
627
19254286
19297066
28
6752380
6756090
328
14764971
14785111
628
19304486
19310346
29
6756940
6765700
329
14785371
14788111
629
19310816
19324396
30
6765780
6770070
330
14788631
14792961
630
19331486
19340266
31
6773890
6790340
331
14798441
14815451
631
19340276
19351706
32
6791590
6798940
332
14815751
14823811
632
19356176
19375935
33
6799060
6807020
333
14823911
14908514
633
19375986
19381999
34
6807070
6819200
334
14909394
14959764
634
19391000
19415546
35
6822371
6825510
335
14965116
14990530
635
19416576
19417556
36
6825940
6826920
336
14991036
14992636
636
19418076
19423986
37
6830520
6832150
337
14992740
15011876
637
19429306
19433456
38
6833100
6881370
338
15012546
15044416
638
19435536
19437136
39
6882280
6892160
339
15045356
15066106
639
19438236
19459406
61
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
RJGG
40
6892325
6901280
340
15066236
15073366
640
19460556
19461896
41
6903490
6916230
341
15073506
15080836
641
19464756
19479336
42
6917610
6922680
342
15084476
15098256
642
19479686
19483000
43
6922900
6925890
343
15103476
15109436
643
19493000
19510016
44
6930914
6976140
344
15109616
15113756
644
19510036
19517496
45
6977380
6983940
345
15113886
15115016
645
19517667
19539936
46
6984550
6998220
346
15115446
15116825
646
19542106
19544266
47
7008550
7015440
347
15122106
15126466
647
19544346
19551000
48
7034000
7039350
348
15126996
15141206
648
21049052
21054562
49
7045470
7048310
349
15143436
15146636
649
21061442
21072462
50
7048410
7053960
350
15151086
15168206
650
21073142
21077202
51
7054090
7058460
351
15171349
15177686
651
21078782
21095972
52
7063690
7080930
352
15180126
15183916
652
21097042
21107022
53
7081600
7085500
353
15189426
15201666
653
21109782
21118722
54
7086630
7088090
354
15202316
15210976
654
21125482
21139562
55
7088270
7090830
355
15210996
15212756
655
21139802
21150000
56
7091170
7093350
356
15253000
15279106
656
21158000
21162572
57
7093530
7094510
357
15279216
15281806
657
21162842
21170662
58
7094970
7097626
358
15303000
15333702
658
21171792
21187522
59
7099090
7100070
359
15334726
15364826
659
21187712
21196762
60
7102350
7107360
360
15365096
15366076
660
21200022
21201442
61
7107400
7108500
361
15370776
15376186
661
21202342
21207062
62
7109300
7110660
362
15381116
15394606
662
21208772
21211442
63
7111710
7114000
363
15401138
15402618
663
21211602
21219992
64
7127000
7127530
364
15402688
15423078
664
21221062
21241992
65
7128100
7132440
365
15424539
15429698
665
21243882
21245042
66
7132660
7134270
366
15429988
15431938
666
21248492
21268172
67
7135230
7138390
367
15432780
15442518
667
21281852
21296802
68
7138930
7140000
368
15445363
15497118
668
21297642
21320262
69
7144000
7148410
369
15497278
15532610
669
21325602
21334802
70
7150510
7154790
370
15533460
15541916
670
21340082
21346562
71
7156811
7160640
371
15541920
15570440
671
21353092
21362102
72
7160710
7162470
372
15570609
15595310
672
21362892
21371282
73
7162860
7165620
373
15599840
15619262
673
21371432
21375802
74
7167490
7170050
374
15619652
15626771
674
21383222
21386602
75
7170590
7174530
375
15631852
15636000
675
21387062
21392552
76
7175710
7182000
376
15643000
15643192
676
21394662
21408122
77
7182020
7183850
377
15647762
15653162
677
21409942
21416802
78
7185370
7186409
378
15653402
15655252
678
21421982
21427292
79
7186570
7199580
379
15655362
15662452
679
21427542
21448022
80
7202040
7210120
380
15662552
15666000
680
21450492
21455602
81
7211160
7217550
381
15682000
15682622
681
21455902
21457419
82
7218075
7221478
382
15686556
15687892
682
21459702
21473922
83
7223340
7228583
383
15688262
15698782
683
21476211
21495722
62
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
RJGG
84
7228910
7231270
384
15700842
15728984
684
21498672
21500462
85
7231300
7236630
385
15728994
15730674
685
21503102
21511422
86
7238080
7239060
386
15731124
15732384
686
21512092
21522342
87
7243540
7248250
387
15732724
15733704
687
21526732
21534982
88
7248340
7253930
388
15734144
15739614
688
21540742
21543302
89
7258910
7263970
389
15743967
15745734
689
21545122
21551659
90
7264590
7275260
390
15746725
15748215
690
21554532
21574142
91
7277390
7281990
391
15749134
15758724
691
21589342
21597182
92
7282150
7285290
392
15764024
15769224
692
21602592
21624472
93
7285330
7296080
393
15769234
15770364
693
21624522
21629742
94
7301410
7303410
394
15770514
15773634
694
21635092
21668982
95
7304410
7307970
395
15776044
15788244
695
21672022
21677152
96
7308090
7309390
396
15791044
15792984
696
21681502
21697442
97
7309780
7310760
397
15798024
15803664
697
21698082
21708502
98
7310800
7313280
398
15808764
15834286
698
21708992
21742857
99
7313440
7318820
399
15839516
15852986
699
21748082
21770262
100
7320250
7337140
400
15858156
15882866
700
21771372
21786272
101
7338700
7339970
401
15894386
15918718
701
21796422
21802982
102
7340175
7341155
402
15923958
15931558
702
21806982
21819032
103
7347580
7348710
403
15932168
15936958
703
21821322
21823312
104
7349160
7353236
404
15937088
15943138
704
21824612
21828000
105
7353400
7360470
405
15944110
15958048
705
21843000
21846842
106
7360650
7362430
406
15963638
15985778
706
21852402
21861782
107
7363760
7369110
407
15986408
15987518
707
21861952
21863242
108
7374758
7378680
408
15987978
15995368
708
21863682
21886022
109
7381600
7383890
409
15995388
16000034
709
21888108
21909862
110
7385730
7390230
410
16005908
16006888
710
21911092
21912582
111
7390480
7392050
411
16018142
16020969
711
21915602
21919582
112
7394950
7422490
412
16032166
16033596
712
21920482
21939862
113
7424980
7431000
413
16035496
16044416
713
21945122
21949222
114
7519000
7536150
414
16048786
16052356
714
21949842
21954692
115
7536220
7573010
415
16053996
16054976
715
21959042
21963982
116
7578850
7579830
416
16057036
16059036
716
21969092
21975022
117
7579880
7621400
417
16060496
16062316
717
21975092
21991122
118
7621760
7630079
418
16187000
16206076
718
21991282
21996818
119
7632950
7664410
419
16210886
16214076
719
22001662
22011502
120
7664560
7704855
420
16216536
16240916
720
22017812
22048822
121
7705405
7709085
421
16241566
16245156
721
22052452
22056432
122
7713085
7723805
422
16246016
16266296
722
22060202
22064102
123
7724305
7753305
423
16267086
16270586
723
22065102
22076062
124
7755025
7756425
424
16270896
16272226
724
22076072
22080692
125
7757065
7758405
425
16274036
16275596
725
22080822
22084962
126
7759061
7774395
426
16275896
16277926
726
22085702
22090152
127
7774795
7829185
427
16279226
16295976
727
22091102
22113762
63
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
RJGG
128
7829455
7860310
428
16297036
16316986
728
22114532
22128862
129
7861980
7866190
429
16323846
16336286
729
22129902
22132642
130
7866390
7885670
430
16336676
16344756
730
22132762
22134565
131
7886040
7894850
431
16344766
16351764
731
22135372
22150132
132
7898600
7917190
432
16357006
16379272
732
22155442
22168162
133
7918330
7923930
433
16384482
16394522
733
22173412
22182102
134
7925080
7964800
434
16399712
16410422
734
22182942
22193222
135
7970140
7984600
435
16411092
16421322
735
22198642
22203932
136
7986460
7990350
436
16430792
16462602
736
22205382
22209212
137
7991230
7996200
437
16463222
16464662
737
22541000
22541302
138
7996720
8002710
438
16471432
16474872
738
22548182
22591072
139
8007999
8043405
439
16475052
16480092
739
22591292
22592272
140
8044435
8052155
440
16480852
16490152
740
22594292
22613992
141
8052345
8056482
441
16491152
16492672
741
22615222
22619542
142
8058285
8061975
442
16492862
16498252
742
22624822
22628000
143
8067185
8072565
443
16503552
16522642
743
22645000
22651132
144
8075995
8076975
444
16522792
16539932
744
22651222
22666132
145
8079355
8080335
445
16540902
16572988
745
22668650
22690122
146
8080405
8091105
446
16574948
16602828
746
22696192
22713202
147
8091945
8110845
447
16603068
16605228
747
22714862
22756792
148
8112295
8135835
448
16605368
16617188
748
22757312
22765822
149
8137825
8159145
449
16625656
16636088
749
22766492
22767622
150
8159395
8166915
450
16636668
16652158
750
22767897
22777162
151
8167675
8174025
451
16654528
16656988
751
22782782
22788952
152
8178685
8235869
452
16658818
16662658
752
22790822
22797867
153
8237190
8276420
453
16665958
16673288
753
22801532
22809082
154
8279710
8293410
454
16678438
16682888
754
22811792
22836892
155
8293570
8295690
455
16688148
16700398
755
22842092
22851582
156
8296570
8321860
456
16710188
16719728
756
22857442
22871662
157
8326150
8344122
457
16729108
16738308
757
22874162
22876642
158
8345670
8369840
458
16739268
16777563
758
22881122
22882342
159
8371550
8383925
459
16777773
16784583
759
22884762
22954852
160
8385459
8408715
460
16785773
16814223
760
22956022
22965262
161
8409005
8660550
461
16816473
16826853
761
22965572
22972137
162
8661580
8668590
462
16827323
16829023
762
22972432
22979592
163
8669650
8671470
463
16829083
16842273
763
22991012
22994972
164
8671810
8673130
464
16842973
16847703
764
22995212
22997132
165
8673950
8678250
465
16848323
16881713
765
22997632
23004412
166
8679259
8692140
466
16886733
16914533
766
23009726
23014042
167
8694030
8697600
467
16914793
16921483
767
23019602
23026932
168
8697760
8698920
468
16921533
16926233
768
23029752
23036082
169
8699551
8712300
469
16926913
16929763
769
23036552
23038222
170
8712910
8720310
470
16931933
16941763
770
23039392
23047792
171
8720380
8723900
471
16941943
16944863
771
23049242
23050542
64
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
RJGG
172
8725010
8731250
472
16945363
16971523
772
23052772
23061352
173
8734090
8735220
473
16979939
16987299
773
23062622
23065402
174
8736715
8739095
474
16987599
16993509
774
23066672
23076582
175
8741535
8748645
475
17002599
17023599
775
23078912
23082262
176
8748915
8761695
476
17027449
17035219
776
23087405
23091722
177
8761895
8785965
477
17036469
17038669
777
23096792
23100122
178
8786485
8806905
478
17038919
17052979
778
23111582
23126482
179
8807395
8810505
479
17053063
17058269
779
23126762
23127892
180
8816845
8824355
480
17063579
17065099
780
23128532
23137202
181
8826985
8849955
481
17071149
17083329
781
23137292
23142450
182
8852036
8855495
482
17085589
17087199
782
23144042
23156000
183
8856675
8905000
483
17088839
17092779
783
23242000
23260962
184
8976000
8983290
484
17093529
17095489
784
23261242
23276652
185
8988470
9015480
485
17098699
17103259
785
23277412
23285422
186
9015640
9032410
486
17103979
17122439
786
23291112
23305872
187
9034410
9040470
487
17127139
17153559
787
23306302
23318092
188
9040480
9047130
488
17155639
17159739
788
23321612
23332502
189
9047830
9063480
489
17165219
17175696
789
23333632
23337392
190
9063520
9076110
490
17177109
17181775
790
23341832
23355442
191
9081970
9116800
491
17183215
17192875
791
23358682
23360862
192
9117040
9156000
492
17192915
17199725
792
23364102
23372152
193
9393000
9402740
493
17199795
17211195
793
23373359
23398462
194
9402840
9408790
494
17211345
17213415
794
23401262
23440582
195
9414450
9427790
495
17215735
17218445
795
23442522
23447092
196
9434190
9437010
496
17222515
17226095
796
23448942
23459912
197
9437020
9440510
497
17231235
17244019
797
23460312
23464862
198
9441340
9461000
498
17250765
17257505
798
23465892
23512502
199
9798000
9799480
499
17262965
17264655
799
23514112
23516762
200
9804970
9824230
500
17270465
17276375
800
23522382
23564052
201
9825950
9873210
501
17277065
17297175
801
23564382
23569332
202
9874930
9887250
502
17297235
17317675
802
23570002
23600292
203
9890250
9895000
503
17318115
17337935
803
23603052
23609402
204
13887280
13888718
504
17338335
17343075
804
23609852
23637000
205
13890710
13891690
505
17343355
17371025
805
23746000
23786452
206
13895010
13895990
506
17371055
17372315
806
23790162
23807792
207
13899150
13900360
507
17379785
17381505
807
23808502
23818212
208
13902060
13903040
508
17382290
17407020
808
23818882
23837382
209
13907590
13908570
509
17407600
17426470
809
23838652
23848242
210
13909100
13910080
510
17426730
17428410
810
23848522
23875302
211
13921460
13922800
511
17433930
17440590
811
23880062
23898000
212
13937200
13938180
512
17440620
17449300
812
23958000
23991999
213
13942270
13943250
513
17455710
17466680
813
24373000
24373432
214
13944490
13945470
514
17466762
17481400
814
24376062
24385032
215
13946030
13947010
515
17486080
17499110
815
24389742
24402162
65
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
RJGG
216
13973050
13974161
516
17505420
17511890
816
24409172
24432952
217
13984000
13984370
517
17512390
17518770
817
24433262
24435012
218
13986740
13993600
518
17523930
17534930
818
24435392
24480999
219
13996420
13997880
519
17535410
17538220
819
28496202
28498272
220
13997990
13999390
520
17543720
17544970
820
28500072
28501052
221
14000640
14006900
521
17545970
17547770
821
28504472
28505452
222
14007510
14011496
522
17549110
17561590
822
28506542
28507522
223
14017380
14019700
523
17561790
17567550
823
28510152
28511132
224
14020030
14021390
524
17568190
17588856
824
28514542
28515522
225
14021820
14029370
525
17588936
17600766
825
28518802
28519782
226
14029570
14032047
526
17600946
17605286
826
28520442
28521892
227
14032330
14034150
527
17605386
17617006
827
28529552
28530962
228
14034950
14041170
528
17622406
17624659
828
28531142
28532262
229
14041390
14046830
529
17629606
17634786
829
28533622
28534602
230
14047710
14050210
530
17636426
17638526
830
28536932
28537912
231
14050530
14053030
531
17644186
17666746
831
28547272
28548852
232
14053900
14055750
532
17666906
17682796
832
28600469
28601809
233
14059190
14065630
533
17684226
17697306
833
28609379
28610359
234
14065720
14068670
534
17702376
17716946
834
28612082
28613289
235
14068910
14074210
535
17716986
17722646
835
28617489
28618469
236
14076940
14086110
536
17728726
17730606
836
28620389
28621989
237
14090000
14100018
537
17735356
17737666
837
28622469
28624689
238
14100728
14107118
538
17737696
17740056
838
28625779
28627399
239
14107568
14109678
539
17741166
17756966
839
28631329
28633889
240
14114738
14118498
540
17757386
17775272
840
28648369
28650849
241
14123928
14128468
541
17779496
17782755
841
28657379
28659729
242
14136018
14153218
542
17788672
17795842
842
28660739
28662019
243
14157988
14159888
543
17798662
17812322
843
28688229
28689209
244
14167948
14178108
544
17813302
17822122
844
28699696
28700676
245
14183178
14191438
545
17831042
17834681
845
28703216
28704196
246
14191718
14194998
546
17840112
17849062
846
28706076
28707616
247
14196138
14203608
547
17849872
17854582
847
28710546
28712056
248
14204708
14212288
548
17860544
17883522
848
28724086
28725066
249
14212946
14218653
549
17886332
17898292
849
28725866
28726846
250
14219726
14229966
550
17903292
17916152
850
28727606
28728586
251
14229996
14239566
551
17916402
17928182
851
28729186
28730166
252
14240196
14241396
552
17933862
17953862
852
28731170
28734906
253
14241856
14246956
553
17955732
17963722
853
28740986
28742156
254
14247226
14250306
554
17968862
17973000
854
28744836
28747856
255
14251846
14255276
555
18031000
18040716
855
28754826
28759756
256
14261346
14266886
556
18042686
18053696
856
28760003
28761006
257
14273906
14278626
557
18059586
18079476
857
28765156
28770999
258
14279666
14283626
558
18080336
18085696
259
14284746
14289728
559
18086756
18088486
66
The Russian Journal of Genetic Genealogy (Русская версия): Том 7, №1, 2015 год
ISSN: 1920-2997 http://ru.rjgg.org © Все права защищены
260
14292536
14297066
560
18089986
18093636
261
14297776
14300016
561
18094096
18101076
262
14300606
14301866
562
18101796
18119696
263
14307986
14311906
563
18121636
18130716
264
14311966
14313846
564
18135996
18138336
265
14313996
14324576
565
18143516
18151967
266
14324776
14341534
566
18154407
18155777
267
14341674
14344044
567
18159577
18165857
268
14344834
14352364
568
18165917
18183337
269
14352584
14354684
569
18192307
18196134
270
14355314
14357704
570
18196147
18211107
271
14358164
14366544
571
18212337
18226427
272
14366564
14371284
572
18231802
18242137
273
14371924
14381014
573
18242537
18256000
274
14387544
14390124
574
18554000
18565616
275
14391644
14395404
575
18565896
18577336
276
14396344
14397644
576
18577781
18579326
277
14398144
14420424
577
18580226
18618236
278
14422584
14425114
578
18618756
18621806
279
14425384
14427324
579
18627986
18650836
280
14427344
14430000
580
18653276
18701946
281
14448102
14449982
581
18703066
18707396
282
14450202
14451342
582
18707806
18730626
283
14451966
14456312
583
18730786
18733746
284
14458182
14467942
584
18736366
18748956
285
14468132
14470542
585
18750186
18753166
286
14470572
14473072
586
18753296
18766976
287
14473412
14483302
587
18768346
18779116
288
14483542
14485582
588
18779216
18789796
289
14485832
14490472
589
18792566
18793696
290
14490702
14492838
590
18794036
18795156
291
14493402
14499714
591
18800906
18818056
292
14500002
14501322
592
18819296
18844266
293
14502442
14505532
593
18849256
18853396
294
14505822
14507842
594
18853726
18855786
295
14508522
14510182
595
18856056
18859376
296
14514936
14517082
596
18864508
18869469
297
14517502
14518642
597
18869586
18873596
298
14518742
14524222
598
18879936
18902246
299
14527562
14530632
599
18902616
18905076
300
14533292
14549385
600
18905286
18925092
67
RJGG